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崔浩和寇谦之担忧笃信佛教的太子拓跋晃权势日盛，会夺取他们的权柄，因此对拓跋焘说：“太子监国一事，实有蹊跷。应该是凭借了释玄高的法术，才令先帝降梦。如此看来，他们的行动非常急切，如果不早日除掉释玄高，以后必成大的祸患。”
本来让太子监国就不是拓跋焘的本意，听了崔浩他们所说，于是他决定先从释玄高下手。拓跋焘命令把释玄高收监，拓跋晃苦劝，拓跋焘不听，并于太平真君五年（444）九月十五日，把释玄高杀死。释玄高年四十三岁。
这次拓跋焘亲征盖吴，进入了长安城。曾经占据长安的前秦苻坚、后秦姚兴等人，都是虔诚的佛教徒，长安城内僧人也比较多。拓跋焘有一次到一座佛寺视察，僧人也非常重视，请侍从官员饮酒。侍从官员进入僧人房间后，突然发现有很多兵器，大惊，赶紧出去报告拓跋焘。
拓跋焘大怒道：“这些武器绝不是寺院所用，必定是和尚们和盖吴预谋，准备作乱！”
拓跋焘命人把寺院内的僧人全部收押，在寺院搜查时，又发现了多套酿酒用具和州刺史、郡太守以及富人寄藏在寺院内的财物，数以万计。还在密室内发现了藏匿的妇女。
拓跋焘怒不可遏，崔浩从旁游说要杀尽天下僧人，烧掉佛经，摧毁佛像。拓跋焘同意了。寇谦之当时也在旁边，不同意崔浩的做法，竭力劝阻，并和崔浩发生了争执，崔浩不听寇谦之所言。于是，长安城内的僧人全部被杀了，经书被收集起来付之一炬，佛像全被捣毁。
拓跋焘命留守平城的太子拓跋晃向全国发布命令，采取和长安一样的做法，积极灭佛。诏令上说：“后汉昏君（东汉明帝时，佛法传入中国），被奸邪迷惑，扰乱纲常。古九州之内，并没有佛法。语言夸张荒唐，不合乎人情事理，乱世之时，容易使人迷惑，使人不辨黑白。因此政教不行，礼崩乐坏，九州之内，变得荒凉残破。朕承天应命，要除伪存真，恢复伏羲、神农的太平时代。其他的全部荡除，消灭其痕迹。从今往后，胆敢侍奉外来神仙以及捏泥人造雕像的，全部灭门。有非常之人，然后才能行非常之事，除了朕，谁还能做到这点？有司应该通知天下各军、各州镇，有佛像的统统捣毁，有佛经的一律烧毁，和尚不分老幼，一概活埋。”
留守平城的太子拓跋晃接到诏书后，大惊失色，因为他好佛法，他的朋友圈中也有很多僧人。但父亲的命令，他又不能违抗，于是他尽量拖延发布命令的时间，给僧人逃亡争取了一定的时间，保住了一批僧人的性命。
北魏境内的寺庙、佛塔全部被铲平了，一座都没有留下。
中国历史上有过三次大的灭佛行动，因为当时的皇帝谥号或庙号里都有一个“武”字，所以被称为“三武之祸”。另两个灭佛的皇帝是北周武帝和唐武宗。
北魏太武帝拓跋焘灭佛，是“三武之祸”的第一祸。这是发生在太平真君七年（446）三月的事情。