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新中国成立后，黄河流域生态保护进程可分为三个阶段。第一阶段是新中国成立后到 20 世纪 70 年代末期，黄河流域资源利用超出黄河承受力，流域生态保护处于“被动”状态。新中国成立初期，当时农业生产水平低，物资匮乏，人们对黄河的保护意识较为淡薄，作为我国粮食生产区的黄河中下游地区，农业生产对水土资源的利用超出了黄河承受能力。黄河中上游流域煤炭、石油开采技术水平低，资源遭到破坏、过度开发且二次污染严重，黄河流域生态环境受到极大威胁，环境保护面临严峻挑战，黄河生态保护处于被动状态，
生态环境保护意识较弱，对黄河生态保护重要性的认识程度处于初步阶段。
第二阶段是改革开放以来到党的十八大召开之前，黄河流域经济发展的同时，面临的生态环境压力增大，是生态环境保护意识增强、转变阶段。
20 世纪 80 年代以来，国际社会越来越关注气候变化、碳排放、大气污染问题，联合国气候变化大会自 1995 年起每年在世界不同地区轮换举行，联合国环境规划署和世界气象组织于 1988 年成立了政府间气候变化专门委员会，1992年 5 月通过《联合国气候变化框架公约》。我国国内经济快速发展的同时，也带来了环境污染、大气污染、土地荒漠化、水土流失等诸多环境问题。认识到“边发展、边污染”“先污染、后治理”的道路行不通，1989 年 12 月，《中华人民共和国环境保护法》通过并施行，
通过环境立法方式，保护和改善环境，防治污染和其他公害，推进生态文明建设，促进经济社会可持续发展。
2003 年 7 月，胡锦涛提出科学发展观思想，“坚持以人为本，树立全面、协调、可持续的发展观，促进经济社会和人的全面发展”，按照“统筹城乡发展、统筹区域发展、统筹经济社会发展、统筹人与自然和谐发展、统筹国内发展和对外开放”的要求推进各项事业的改革和发展。
2007 年 10 月，党的十七大报告提出，深入贯彻落实科学发展观，坚持生产发展、生活富裕、生态良好的文明发展道路，建设资源节约型、环境友好型社会，实现速度和结构质量效益相统一、经济发展与人口资源环境相协调，使人民在良好生态环境中生产生活，实现经济社会永续发展。建设生态文明，形成节约能源资源和保护生态环境的产业结构、增长方式、消费模式。主要污染物排放得到有效控制，生态环境质量明显改善。生态文明观念在全社会牢固树立。
中国共产党领导人民治理黄河 60 周年之际，胡锦涛指出，黄河是中华民族的母亲河，黄河治理事关我国现代化建设全局，人民治理黄河事业成就辉煌，但黄河的治理开发仍然任重道远，必须认真贯彻落实科学发展观，坚持人与自然和谐相处，全面规划，统筹兼顾，标本兼治，综合治理，加强统一管理和统一调度，进一步把黄河的事情办好，让黄河更好地造福中华民族。
改革开放以来到党的十八大召开之前，黄河流域煤炭、冶金等能源工业得到快速发展，流域居住人口数量增长，黄河流域尤其是中下游地区工业污染不断加重，环境出现恶化，黄河流域面临着巨大的生态压力，国家对环保污染事件的打击整治力度不断加大。科学发展观思想的提出，要求黄河治理、黄河流域发展要坚持人与自然和谐相处的原则，坚持文明发展道路，保护黄河生态环境意识不断增强。
第三阶段是 2012 年 11 月党的十八大召开以来，黄河治理和生态保护进入一个新的阶段，是黄河流域“美丽中国”建设和黄河生态文明建设的新时代。
党的十八大报告提出经济建设、政治建设、文化建设、社会建设和生态文明建设“五位一体”的总体布局，生态文明建设纳入中国特色社会主义总体布局，将建设“美丽中国”作为奋斗目标。中共中央、国务院于 2015 年 4 月 25 日印发的《关于加快推进生态文明建设的意见》指出，生态文明建设关系人民福祉，关乎民族未来，是实现中华民族永续发展的必由之路，坚持绿水青山就是金山银山，动员全党、全社会积极行动，深入持久地推进生态文明建设，加快形成人与自然和谐发展的现代化建设新格局，开创社会主义生态文明新时代。
2017 年 10 月，党的十九大报告提出，建设生态文明是中华民族永续发展的千年大计，是构成新时代坚持和发展中国特色社会主义的基本方略之一。2018年 3 月，建设“美丽中国”和生态文明写入《中华人民共和国宪法》，十八届五中全会将加强生态文明建设作为新内涵写入我国“十三五”规划，国家生态文明建设进入了新的阶段。
习近平总书记十分关心黄河治理和生态保护与流域高质量发展，多次实地考察黄河流域生态保护和发展情况，就三江源、祁连山、秦岭等重点区域生态保护建设提出要求。2014 年 3 月，他到河南兰考县调研，专程前往焦裕禄当年防治风沙取得成功的东坝头乡考察。2016 年 7 月，他在宁夏考察调研时强调，要加强黄河保护，坚决杜绝污染黄河的行为，让母亲河永远健康。2019 年 9 月 18日，习近平在郑州主持召开座谈会指出，保护黄河是事关中华民族伟大复兴的千秋大计，明确提出了黄河流域生态保护和高质量发展的重大国家战略。习近平在充分肯定黄河流域生态保护和生态环境持续明显向好的同时，指出“流域生态环境脆弱，水资源保障形势严峻，发展质量有待提高”等，并强调“治理黄河，重在保护，要在治理”，强调要共同抓好大保护，协同推进大治理，让黄河成为造福人民的幸福河。习近平总书记的指示为今后黄河治理和生态保护指明了方向。
自党的十八大召开以来，黄河治理和生态保护进入生态文明建设新时代，黄河流域生态保护在多个方面取得积极成效。生态保护工程建设实施方面，建设黄河流域自然保护区、重要生态功能保护区，建设三江源等重大生态保护和修复工程、水源涵养提升工程。资源开发生态保护方面，进行水资源开发生态保护、矿产资源开发生态保护、旅游资源开发生态保护。污染治理方面，推进包括水污染综合治理、大气污染综合治理、土壤污染治理等工程建设，进行水土流失综合防治，开展生物多样性保护。生态补偿机制建设方面，国家财政实施生态补偿推进三江源生态系统保护，沿黄 9 省（自治区）重点生态功能区财政转移支付也逐年增加，上下游省份横向生态补偿进行了先行探索，6 省（自治区）建立实施省内流域生态补偿机制，黄河流域生态环境治理效果得到不断提升。
黄河流域生态保护当前面临的问题主要是流域生态环境依然脆弱，经济发展与资源环境承载力矛盾突出，水资源利用效率低，同时也缺乏流域省（自治区）之间生态环境协同治理、综合管控机制。
一是流域生态环境脆弱，生态环境潜在风险高。黄河上中下游具有不同的地理特征和生态环境，黄河上游整体看生态环境较好、水源较充足，但局部地区出现了生态系统退化状况，水源涵养功能下降，甘肃、宁夏等地气候多干旱少雨，存在地域荒漠化问题；黄河中游地区具有丰富的煤炭、能源资源，水土侵蚀、流失严重，工业污染、城镇生活污染和农业面源污染问题突出；黄河下游地区所处黄淮海平原农业发达，但黄河流量偏小，水资源相对匮乏，人多地少，人地关系紧张，河口一些地方出现湿地萎缩。整体来看，黄河中上游部分地区河段已丧失生态功能，流域资源环境承载力已经超出可承载水平，整体生态环境相对脆弱。黄河流域生态环境脆弱的同时，污水处理等基础设施建设缺乏，流域污染治理水平滞后于经济发展，流域内高污染、高能耗产业造成的环保事件时有发生，潜在环境风险高。
二是经济发展与资源环境承载力矛盾突出，污染防控压力大。黄河流域是我国煤炭、电力能源的主要生产基地与供应基地，是金属冶炼、石油化工产业聚集地区，长期以来区域经济表现为粗放式发展模式。以能源、原材料为主的传统工业企业所占比重较高，高技术产业发展缓慢，区域自主创新能力不足，高能耗、高排放、高污染问题加剧了经济发展与资源环境承载力间的矛盾。
黄河流域清洁生产和污染治理能力偏低，水体稀释和降解污染物能力不足，黄河流域污染防控压力大，面临着水污染、大气污染和土壤污染防控治理压力，尤其是整个黄河流域水质面临考验：一是黄河流域煤炭开采、金属冶炼、化工等高污染、高能耗产业数量多，企业污水污染物排放难达标；二是农业生产过程中，化肥、农药使用量大造成流域土壤污染、流域水污染；三是城市人口数量增加，生活用水量不断增加，生活污水排放增多。
三是水资源利用效率低，保障形势严峻。黄河水资源总量不到长江的 7％，黄河全域人均水资源为 530 立方米，人均占有量仅为全国平均水平的 27％，低于水资源困乏地区 1 000 立方米／人的水资源标准，但流域水资源开发利用率高达 80％，远超一般流域 40％生态警戒线。
黄河流域一方面水资源短缺、水循环失衡；另一方面工农业用水利用方式粗放，水利用效率不高，流域水污染严重，供水量已经超过黄河水资源的承载能力。黄河流域水资源保障形势严峻，抑制不合理用水需求，推动用水方式由粗放低效向节约集约转变，如何量水而行、以水定地、以水定产、节水优先、还水于河，是黄河流域生态保护面临的重大问题。
四是流域生态环境协同治理、综合管控机制缺乏。黄河流域生态环境治理需要多方协同、综合管控。黄河流域总面积 79.5 万平方千米，涉及 9 个省（自治区）71 个地级行政区和 1 个省直辖县级市，当前各省（自治区）行政区域间，并没有实现统一的经济发展规划、生态环境治理规划，黄河流域各地方政府、企业、社会公众等治理主体难以形成合理的分工合作，无法实施完善的协同治理。在法律法规层面，针对黄河流域生态保护与治理的规定也相对较少、难成体系。黄河流域区域生态环境协同治理机制、跨界治污机制缺失，各省份间缺乏协作沟通，生态保护治理效率不足，综合管理体制和运行机制不够完善，
对黄河流域生态环境保护和经济高质量可持续发展形成制约。
实施黄河战略，要求坚持生态优先、绿色发展理念，功能区分类治理、分类施策，科学统筹、协同推进黄河流域生态治理保护，完善生态补偿，维护黄河生态安全，筑牢国家生态屏障。
一是生态优先，实施生态安全战略，筑牢国家生态屏障。黄河流域是我国重要的生态安全屏障，全国主体功能区规划明确了我国构筑的包括“青藏高原生态屏障”“黄土高原-川滇生态屏障”和“东北森林带”“北方防沙带”“南方丘陵山地带”在内的“两屏三带”为主体的生态安全战略格局，其中青藏高原生态屏障、黄土高原-川滇生态屏障以及北方防沙带，均处于黄河流域，与黄河流域实施生态安全战略密切相关。黄河作为我国北方地区的生态“廊道”，已成为重要生态安全保护屏障和生态建设的重要载体和依托。
生态优先是习近平生态文明思想一以贯之的基本遵循，
黄河流域生态保护和高质量发展，应遵循绿水青山优先、生态优先、保护优先的基本要求。加强顶层战略设计，探索以生态优先、绿色发展为导向的黄河流域高质量发展新路径，加大生态系统保护力度，把黄河流域建成我国北方重要生态安全屏障，在祖国北疆筑牢生态屏障，筑起万里绿色长城，立足全国发展大局，保持加强黄河流域生态文明建设的战略使命。
二是科学统筹，协同推进黄河流域生态治理保护。黄河流域生态保护、环境治理，是一项系统性、整体性工程，需要科学统筹，各行政区划、参与主体多方协同，构建黄河流域生态保护和经济高质量可持续发展的长效机制。一是黄河流域各省（自治区）地方政府间的合作协同。黄河水土流失、流域污染、洪水灾害、水资源短缺等系列问题，都与整个黄河上中下游密切相关，需要流域 9 个省（自治区）地方政府间的通力协作，共同治理，转变以行政区划为主的传统治理机制，体现以流域管理为主的协同治理机制。二是政府部门、企业、社会组织与公众等多元主体共同参与协同治理。黄河流域生态保护治理，既是政府部门的职责，也更应发挥、提高企业、社会组织、公众的积极性和参与度，共同治理，构建全社会参与的多元治理模式。三是法律法规体系，尤其是地方性法规、地方政府规章、部门规章之间的协同，以及黄河流域各地发展规划之间的协同。黄河流域生态保护与治理是一个系统性工程，切忌出现政出多门、各自为政、追求自身利益的现象。
三是功能区分类治理、分类施策，刚性约束资源开发利用。按照黄河流域区位特征、自然生态和资源承载能力划分，黄河流域主要包括分布在三江源国家自然保护区的禁止开发区，分布在黄河流域中上游的青藏高原以及黄土高原大部分地区的限制开发区，黄河流域省级中心城市和市级中心城市的优化开发区，以及渭河谷地、汉中地区、黄淮海平原和山东半岛的重点开发区，共四种功能区。
黄河流域不同区位的资源开发利用进行刚性约束，基于主体功能区划分，实施分类治理、分类施策：在黄河上游水源涵养地区，治理目标是生态保护，加快环境治理、生态修复，建设生态廊道经济带，生产供给更多生态产品；黄河中游地区，做好水土保持，加强水土流失治理和污染治理，发展农产品、工业能源产品的可持续供给；黄河下游地区，加强水资源利用的分配协调管控，修复生态机制，保护黄河三角洲湿地生态，保护生物多样性，促进经济与环境的可持续发展。
四是完善生态补偿，发挥市场机制作用。充分体现生态系统的内在价值，建立完善黄河流域生态补偿制度，对自然资源和生态环境的保护行为进行有效激励，以经济手段调节利益相关者关系，调动生态保护积极性。建立实施生态恢复保护国家补偿退出路径和机制，黄河中上游地区继续实施退耕还林还草为主的生态恢复措施，调整农业种植结构，减少引黄灌区灌溉面积，黄河下游地区进一步整治河道岸滩，建设黄河沿岸生态景观风貌带。
实施生态补偿制度，考虑生态保护、农村贫困问题，推进生态功能区建设、生态移民工程建设与城镇化建设，从根本上解决黄河中上游地区农村的绝对贫困、相对贫困问题，促进区域之间、城乡之间协调发展。
发挥市场机制作用，进行黄河流域生态建设和环境保护，建立政府引导、市场主导、社会参与的生态补偿和生态建设投融资机制，发挥政府引导基金作用，激励国内外各类绿色基金、产业基金、各类企业资金投向生态林建设、污水处理、农业扶贫、生态景观与生态旅游等生态建设和生态修复项目，通过生态环境保护项目投资，实现生态效益和经济效益的融合，促进黄河流域生态保护和经济高质量可持续发展。