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传统学校的拥护者的另一个反对意见是纪律与自由之争。在一个儿童可以自由走动的班级里，怎样才能做到纪律严明呢？
我们的教育体系中，纪律的定义显然有所不同，我们寻求的纪律是积极的。我们不认为儿童像哑巴一样安静，像瘫痪者一样一动不动，才会受到训练。这样的儿童不是受到了纪律约束，而是被磨灭了天性。我们主张，当儿童成为自己的主人时，才能够控制自我；当他必须遵循生活规则时，就是有纪律的。这种积极的纪律的概念不容易理解，也不容易实现。但是，它确实体现了一种崇高的教育原则，与绝对的、不加商量的强制教育截然不同。
教师必须具备一种特殊的技能，才能引导儿童走上这条纪律之路。儿童应该终身遵循这种纪律，并不断完善自己。正如儿时，当他学会如何行动而不是固定在一个地方时，不是在为上学做准备，而是为一种井然有序的生活做准备。因此，他习惯了一种应用范围不局限于学校而是延伸到整个社会生活的纪律。儿童的自由应该以其所属团体的利益为边界，形式应该包括我们所说的良好的教养和行为。因此，我们应该防止儿童做任何可能冒犯或伤害他人的事，或是不礼貌、不得体的事。但是，任何有益的行为，儿童都可以表达出来，教师对此行为不仅要允许，还应支持。这是至关重要的。教师通过科学训练，不仅要获得观察自然现象的能力，而且要培养观察自然现象的兴趣。
在我们的教育体系中，教师行为更多处于被动地位而非主导地位，支撑这种被动性的应该是由一种对科学的好奇心带来的焦虑和对希望观察到的现象的尊重。教师必须理解并欣赏自己作为观察者的地位。每所学校的教师都应该具备这样的态度，儿童才能在这里第一次发现自己的精神生活。儿童刚刚开始自主活动时，我们无法知道扼制这种自发性的后果，甚至可能会扼杀生命的活力。儿童在童年时代所展现出来的智慧的光辉，就像黎明时分的太阳或刚开始绽放的花朵的生命力，我们应当带着一种崇敬感来看待它。
教育只有帮助儿童向生活敞开心扉，才能真正有效。为了达到这一目的，我们不应该压抑儿童的自发活动，或强迫他按照别人的意愿行事——这才是至关重要的。但是，我们当然也不应该允许他沉溺于无用或有害的活动，我们必须阻止和制止儿童参与这些活动。