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1994年《仲裁法》的公布是中国仲裁史上最大也是最重要的事件，行政性商事仲裁从此退出历史舞台，民间性商事仲裁横空出世。《仲裁法》规定，只要是设区的市都可以成立仲裁委员会，于是，二百多座达到要求的城市纷纷成立仲裁委员会。深圳也不例外，《仲裁法》颁布实施后，深圳市委指示时任深圳市检察院副检察长冯百友组建深圳仲裁委员会，1995年10月，深圳仲裁委员会正式成立并对外承接仲裁案件，冯百友担任首届仲裁委员会主任。而此时，贸仲深圳分会也借机“拓展疆土”，开始大量承接国内仲裁案件。
深圳仲裁双雄各据半壁江山的局面业已形成，优势比较在所难免，深圳仲裁委的第一届主任冯百友和第二届主任宋魏生都是从市检察院副检察长的位置上调任的，在一线政法领域身经百战，他们审时度势，分析双方的优势和劣势，确定了攻其所短，避其所长的战略。依据《仲裁法》成立的深圳仲裁委最大的长处就是本地化，因地制宜地相继按行业细分建立了深圳金融仲裁院、深圳医患纠纷仲裁院、深圳消费争议仲裁办公室、深圳知识产权仲裁院、深圳土地纠纷仲裁院等专业仲裁服务机构；按地域细分设立了龙岗分会、华强北工作站、科技园工作站等。除此之外，深圳仲裁委还敏锐地注意到深圳的商会和律师事务所对仲裁的大量需求，又先后在深圳市商业联合会、深圳市企业联合会、潮汕商会、租赁协会等九家大型协会建立了调解仲裁中心；在深圳市七家最大的律师事务所设立了调解工作站、知识产权调解庭、投融资纠纷调解庭等。第一时间在一线基层为争议当事人提供亲切、便捷的仲裁法律服务。
截至2011年，深圳仲裁委受理案件1265件，标的金额32.72亿元，全国综合排名第六，
直追贸仲深圳分会。但此时的贸仲深圳分会已经成长为能够独当一面的“巨无霸”，贡献了贸仲近30%的受理标的金额。以董有淦为首的第一代贸仲人在深圳分会业已退居幕后，新一代的分会人源于本土，年富力强，紧跟深圳高速发展的脚步，发展迅猛，贸仲总部的管理已跟不上发展需要。同样的情况也正发生在上海分会。这对双胞胎的羽翼已经丰满，贸仲总部为进一步加强管理和风险控制，于2012年5月1日修改了《仲裁规则》，规定裁决书统一加盖总会印章。
上海分会和深圳分会有了独立发展的时机后，当机立断，各自火速制定了自己的《仲裁规则》并聘任自己的仲裁员队伍。而贸仲也有自己的立场，发布声明解除上海和深圳两分会的授权，声明两家的仲裁机构主体违法，将给当事人招致“无效仲裁”的法律风险，同时迅速重组上海和华南两分会——这也在情理之中。
对此，上海分会和深圳分会从自身角度出发，认为依据历史事实，分会是市政府成立的事业单位，同时也通过了司法登记和注册，与贸仲仅存在业务合作关系。深圳分会获得了深圳市政府和广东省司法厅的批准，于2012年10月22日正式更名为“华南国际经济贸易仲裁委员会”（以下简称深国仲），同时启用“深圳国际仲裁院”的名字。而上海也紧跟其后，于2013年4月11日更名为“上海国际仲裁中心”（以下简称上国仲）。
贸仲重组的华南分会和上海分会迅速进驻深圳和上海，与深国仲和上国仲展开竞争，贸仲多次宣告深国仲和上国仲主体不合法，这显然起到了一定的效果，许多对裁决结果不满的仲裁当事人纷纷到当地的中级人民法院申请撤销深国仲和上国仲的仲裁裁决，而各地中级法院的意见不一，有的支持，有的反对，从以下几宗案例中可以看出当时的混乱：
深圳市中级人民法院（2012）深中法涉外仲字第226号民事裁定书（2012年11月20日作出），“本院认为：依据《仲裁法》第十六条第二款的规定，仲裁协议应当具有下列内容：（一）请求仲裁的意思表示；（二）仲裁事项；（三）选定的仲裁委员会。本案中，深圳市永×公司与香港嘉××医药公司在代理协议第十二条第二款中约定：如因本协议引起争议，由双方友好协商解决，如该争议未能通过友好协商解决，则应提交贸仲华南分会【本院注：贸仲华南分会已更名为华南国际经济贸易仲裁委员会（深圳国际仲裁院）】仲裁。该仲裁条款有明确请求仲裁的意思表示，也约定了仲裁事项，而且仲裁机构的名称准确，依法应认定为有效……华南国际经济贸易仲裁委员会（深圳国际仲裁院）对涉案具有管辖权”。
深国仲是幸运的，它获得了深圳市政府、广东省司法厅和深圳市中院的三重支持，而上国仲就没那么幸运了。辽宁大连海事法院（2012）大海商外初字第8号和江苏省苏州市中级人民法院（2013）苏中商仲审字第0004号两宗申请撤销上海国仲裁决的诉讼都得到了当地法院的支持，判定上国仲无管辖权，只有贸仲上海分会才有管辖权。
如此下去，损害的不仅仅是仲裁的公信力，还有司法的公信力。不能再让这种局面继续下去了，2015年7月16日，最高人民法院作出裁决，对独立后与重组后的两家仲裁机构的管辖权进行了明确的切割：当事人于2012年10月22日（深国仲更名独立之日）之后签订仲裁协议约定将争议提交“中国国际经济贸易仲裁委员会华南分会”仲裁的，重组后的中国国际经济贸易仲裁委员会华南分会对案件享有管辖权；当事人于2012年10月22日（更名独立之日）之前签订仲裁协议约定将争议提交“中国国际经济贸易仲裁委员会华南分会”仲裁的，深圳国际仲裁院对案件享有管辖权。
从此，“混战”结束，深国仲、深圳仲裁委和贸仲华南分会在深圳，上国仲、上海仲裁委和贸仲上海分会在上海，各自开启了“三足鼎立”的时代。只是没有人想到，深谋远虑的深圳市政府正在谋划一盘大棋，中国仲裁界的“国际仲裁高地”也呼之欲出。