明代君主专制制度的加强,资本主义的萌芽出现,经济、政治的繁荣,促进了医学的进一步发展。在医政建设方面,除承袭前朝相关制度外,明代逐步形成以太医院为核心的医药管理、教育体系。
太医院是国家最高的医疗行政管理机构,由礼部管理和监督,以为皇权服务为目的,兼管地方医药事务、医学教育考试等。
1364年,朱元璋仿照元代建制,在南京设医学提举司,负责国家医药行政事宜,后分别于1366年、1367年,将医学提举司依次改称为太医监、太医院。
南京、北京均设有太医院,这是明代医政制度的一个特色。明成祖迁都北京后,于北京复设太医院,保留南京太医院,两地太医院人员设置大致相同,但南京太医院在规模及职能范围方面远不及北京,且接受北京太医院的领导。