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我国幅员辽阔，南北跨越50个纬度，拥有热带、亚热带、暖温带、中温带和寒温带5个温度带和1个高原气候区，地形地貌复杂，自然条件优越，中药资源蕴藏量极为丰富。根据地貌、气候、土壤和植被等自然因素，将中药资源的自然分布划分为东部季风、西北干旱和青藏高寒三大（一级）自然区域，再依据气候条件，特别是温度条件划分为14个（二级）自然带。中药资源中，仅少量分布在海洋中，绝大部分分布在各区域的森林、草原、荒漠、江湖和农田等各种陆地生态系统中。
本区域地处中国东部，属于湿润、半湿润季风气候，气候湿润，夏季普遍高温多雨，雨热同季，冬季寒冷干燥。年降水量均大于400mm。根据温度、降水和地貌等自然条件，该区域可以分为5个地域单元。
东北寒温带和中温带地区包括黑龙江、吉林、辽宁和内蒙古东北部地区，区内有大小兴安岭、长白山和松辽平原。本区是中国最寒冷地区，属于寒温带、温带湿润、半湿润地区，年降水量为400～1000mm，夏季降雨量集中。植被以针叶林为主，南部地区有针阔混交林，土壤有寒温带的漂灰土、中温带的暗棕壤、黑土和黑钙土。
1.本区中药植物资源有1600余种，如人参、五味子、细辛、关黄柏、防风、刺五加、升麻、牛蒡子、桔梗、地榆、槲寄生、赤芍、草乌、平贝母、龙胆、玉竹、穿山龙、白薇、金莲花、柴胡、威灵仙、关苍术等。
2.本区中药动物资源较为丰富，约为300多种，有鹿茸、熊胆、麝香、蟾蜍、全蝎等。
3.本区中药矿物资源有50多种，如芒硝、滑石、硫黄、磁石、硼砂、赤石脂、钟乳石、石膏等。
华北暖温带地区包括山东、河南、北京、天津、河北和山西的中部及南部、陕西北部和中部、辽宁南部、宁夏中南部、甘肃东南部，以及安徽和江苏北部地区。气候位于温带和亚热带之间，大部分地区属于暖温带，夏季较热，冬季寒冷，降雨量400～1000mm。植被以针阔混交林为主，东部丘陵山地为棕壤，中部丘陵山地为褐土，黄土高原为黑垆土，黄淮海平原地区主要是潮土和盐渍土。
1.中药植物资源有1500余种，如柴胡、金银花、黄芩、黄芪、远志、桔梗、知母、地黄、山药、牛膝、党参、北沙参、板蓝根、酸枣仁、杏仁、山楂、紫菀、瓜蒌、连翘、柏子仁、沙棘等。
2.中药动物资源近250种，有阿胶、牛黄、全蝎、蟾蜍、土鳖虫、蜈蚣、桑螵蛸、五灵脂、刺猬皮等。另外，本区域临海，分布有大量的海洋动物药资源，主要有牡蛎、海螵蛸、瓦楞子、海盘车、海马、海龙等。
3.中药矿物资源有滑石、磁石、紫石英、代赭石、自然铜、云母、石燕、钟乳石、胆矾、硼砂、赤石脂、石膏、白矾等30多种。
华中亚热带地区包括浙江、江西、上海全境，以及江苏和安徽的中部及南部、湖北和湖南的中部及东部、福建中部和北部、河南和广东的小部分地区。区内有秦岭、淮阳山地、南岭山地、长江中下游平原、江南丘陵地区。本区气候温暖湿润，降水充沛，年降水量为800～2000mm。该区北亚热带地区植被为常绿落叶阔叶混交林，中亚热带地区主要为常绿阔叶林，土壤主要是黄棕壤、黄壤和红壤。
1.中药植物资源有2500多种，水生和湿生的种类较多。如贝母、菊花、麦冬、延胡索、玄参、郁金、白术、白芍、牡丹皮、山茱萸、木瓜、茯苓、泽泻、莲子、枳壳、玉竹、茅苍术、薄荷、太子参、女贞子、辛夷、栀子、薏苡仁、芡实等。
2.中药动物资源有蟾酥、地龙、土鳖虫、珍珠、蕲蛇、金钱白花蛇、桑螵蛸、蜈蚣、灵猫香、麝香、鳖甲、水蛭等300多种。
3.中药矿物资源有滑石、磁石、紫石英、自然铜、云母、石燕、钟乳石、鹅管石、胆矾、硼砂、赤石脂、石膏、阳起石等。
西南亚热带地区包括贵州、四川、云南的大部分地区、湖北和湖南西部、甘肃南部、陕西南部、广西北部及西藏东部。本区地貌复杂，有秦巴山区、四川盆地、云贵高原等。热量、雨量丰富，大陆性气候明显，年平均气温为15℃～18℃，降水量为800～1500mm，该地区主要植被类型为北亚热带地区植被，为常绿落叶阔叶混交林，中亚热带地区主要为常绿阔叶林，土壤类型为黄褐土、黄壤、红壤和石磷灰土等。
1.中药植物资源有4500多种，如川芎、黄连、附子、木香、黄柏、川牛膝、三七、明党参、巴豆、石斛、当归、南沙参、独活、川乌、川楝子、川郁金、川白芷、续断、木瓜、吴茱萸、佛手、杜仲、厚朴、大黄、天麻、款冬花、女贞子、前胡、半夏等。
2.中药动物资源约有300多种，如麝香、牛黄、灵猫香、乌梢蛇、水牛角、水蛭、僵蚕、全蝎、银环蛇、蕲蛇等。
3.中药矿物资源有石膏、赭石、滑石、鹅管石、朱砂、雄黄、白矾、石燕、硫黄、钟乳石、芒硝、自然铜、硼砂等80种左右。
华南亚热带、热带地区包括海南、台湾及南海诸岛、福建东南部、广东南部、广西南部及云南西南部。区内有近沿海地区的山地和丘陵、珠江三角洲、台湾和海南及雷州半岛。本地区高温多雨，冬暖夏长，水、热资源丰富，干湿季节分明。年平均气温22℃，年降雨量多为1200～2000mm，台湾地区和海南省部分地区年降雨量高达3000～5000mm。该区植被主要为常绿阔叶林、热带季雨林，土壤由南到北以砖红壤、赤红壤为主。
1.中药植物资源有3800余种，如广藿香、巴戟天、砂仁、益智、肉桂、鸡血藤、鸦胆子、红豆蔻、苏木、诃子、穿心莲、芦荟、茯苓、泽泻、北沙参、蔓荆子、栀子、钩藤、葛根、土茯苓、乌药、贯众、佛手、木鳖子、使君子、草豆蔻、狗脊等。
2.中药动物资源有200多种，如刺猬皮、银环蛇、蛤蚧、燕窝、海马、珍珠、牡蛎等。
3.中药矿物资源有30种左右，如石膏、赤铁矿、方解石、钟乳石、自然铜、禹粮石、雄黄、朱砂等。
西北干旱自然区域地处中温带至暖温带，区域内高山、盆地、沙漠、戈壁广泛分布，昼夜温差大，冬季寒冷，夏季炎热，降水量自东向西减少，年降水量差距较大，多数地区不足250mm。根据其干旱强度分为2个地域单元。
内蒙古温带地区包括内蒙古中部及东部、黑龙江中南部、吉林西部、辽宁西北部、河北及山西的北部。本区冬季寒冷干燥，夏季凉爽，长年多风，东部年降水量为700mm左右，至西部降到200mm左右。植被为典型草原或荒漠草原，东部平原为黑土、草甸土。
1.中药植物资源有1000余种，如甘草、麻黄、黄芪、知母、赤芍、黄芩、防风、银柴胡、沙棘、金莲花、锁阳、郁李仁、苍术、柴胡等。
2.中药动物资源有牛黄、鹿茸、刺猬皮、鸡内金、全蝎、土鳖虫、蛇蜕等。
3.中药矿物资源有芒硝、大青盐、石膏、炉甘石、紫石英、赭石、寒水石等。
西北温带干旱区域包新疆全域、青海及宁夏北部、内蒙古西部、甘肃西部和北部，阿尔泰山、天山、昆仑山、祁连山、贺兰山坐落其中。区域内日照时间长，干旱少雨，一般地区年降水量仅为20～200mm，山区为200～700mm。以戈壁、沙漠和荒漠草原为主，山地和河岸有森林植被，土壤有灰棕漠土、灰漠土、棕钙土和灰钙土等。
1.中药植物资源有2000余种，如甘草、麻黄、枸杞子、肉苁蓉、锁阳、软紫草、伊贝母、藁本、羌活、独活、阿魏、红花、罗布麻、苦豆子、秦艽等。
2.中药动物资源有160多种，如刺猬皮、牛黄、五灵脂、鹿茸、鹿角、阿胶、麝香、龟甲等。
3.中药矿物资源有60多种，如大青盐、云母石、石膏、硫黄、寒水石、朱砂、芒硝、炉甘石、禹粮石、胆矾、硼砂、磁石等。
青藏高寒自然区域包括西藏大部分、青海南部、四川西北部和甘肃西南部，地势复杂，山脉纵横，多高山峻岭。本区寒冷干燥，日照强烈，降水量为50～900mm，植被主要有高寒灌丛，高寒草甸，高寒荒漠草原，湿性草原以及温性干旱落叶灌丛，土壤有高山草甸土和寒漠土。
药用植物资源有1100多种，如川贝母、冬虫夏草、胡黄连、大黄、甘松、羌活、藏茵陈、绿绒蒿、山莨菪、雪莲花、珠子参、雪上一枝蒿等。
动物药资源有鹿茸、麝香、鹿角等。
矿物药资源有朱砂、雄黄、石膏、硝石、大青盐、芒硝、云母、硼砂、紫硇砂等。