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新时代，地理复杂性研究面临诸多挑战：
挑战1：如何界定地理系统的复杂性？如何标定复杂的地理系统？在许多传统地理学理论问题尚未解决的今天，研究复杂地理系统是一个巨大的挑战。
挑战2：如何划分复杂地理系统的独立单元及单元的行为方式？复杂系统研究一般被认为是独立单元的相互作用过程。地理学应该选择网格化方法，还是将地理实体抽象为均质颗粒进行研究，这些方法究竟能表达怎样的地理事实？
挑战3：如何界定复杂地理系统结构？是从陆地表层的自然和人文要素划分？还是从空间结构划分？抑或从地理功能单元划分？
挑战4：在表征复杂系统的众多指标中，针对复杂的地理系统如何选取指标？选取的依据是什么？在科学上和社会实践中具有什么作用？新时代，为地理学提供新环境，对地理学提出新要求，学界同人理当拥戴伟大的地理学，充满信心，发挥地理学的时代光彩。