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1922年北大国学研究所成立，其成员与主持者多出自章太炎门下。这些章门弟子多在1913—1915年间进入北大，他们代替了过去桐城派的遗老，不仅成为北大文史教学研究的主流，而且主导了北大国学研究所。即使1923年胡适起草的《国学季刊发刊宣言》，其中也仍然“隐着章太炎的影子”（逯耀东语）。
《北京大学校史（增订本）》叙述北大1910年代的历史时指出：
在此之前，姚永概任文科教务长，桐城派的学风在北大文科居于优势。……夏锡祺代替姚永概主持北大文科后，引进了章太炎一派，……他们注重考据训诂，以治学严谨见称，这种学风以后逐渐成为北大文史教学与科研中的主流。
京师大学堂开办后，桐城文人任教甚多，桐城派领袖吴汝纶即首任京师大学堂总教习。民国后严复出掌北大，姚永概任文科教务长，亦桐城派著名文人。1913年夏锡祺任文科学长，此后相继引入沈尹默、朱希祖、钱玄同、马裕藻、沈兼士、黄侃等章太炎门人，后又引入刘师培，公开挑战桐城古文，鼓吹六朝文章。进入民国后的一个时期，章太炎成为学界最高权威，而北大文科以训诂音韵、文字考据为真正的学问，也都是受其影响。
1917年后，陈独秀任北大文科学长，引入胡适等人，大兴新文学运动和文学革命。虽然太炎门人在国语运动上新文学运动一致，但刘师培、黄侃明确反对新文化运动对古代文化采取的偏激态度，而太炎门人始终在北大文科处于优势地位。胡适从一开始就认识到北大文科的这一特点，故努力与太炎弟子们维持良好关系。在新文化运动中，胡适的社会名声虽然大大超过这些文科同事，但在北大文科内部，还是太炎门人居于优势和主导。
1921年北大通过研究所组织大纲提案，规划成立研究所，分国学、外国文学、社会科学、自然科学四门，国学一门进度最快，遂于1922年1月成立。这与后来清华研究院先成立国学门是相同的。所不同的是，北大在1917—1918年已经成立了分科的研究所（文、法、自然），但蔡元培后来认为各系分设，散漫无伦，故1920年由评议会决定合并旧研究所为四门，新的研究所以蔡元培为所长。此研究所非专为研究生而立，乃转为研究高深学问而设。其国学门的范围是：凡研究中国文学、历史、哲学之一种专门知识者属之。
陈以爱指出，这些身兼国学门委员的文科教授，除了胡适外，皆为留日的章太炎门生，由沈兼士连续担任国学门主任（1922—1927）。与清华国学研究院重视培养研究生不同，北大国学门从1922年至1927招收的研究生共46人，但最后只有10人提交了毕业论文。这显然是因为国学门的重点不在培养研究生，而是在“三室五会”的活动。其“五会”中的歌谣研究会成立最早，在全国推动了一场歌谣的运动。风俗调查会与歌谣研究会互动密切，由风俗会而推动方言研究会，广泛开展方言调查。
北大国学门这种偏重民俗、歌谣的倾向不能不说是受到新文化运动及其文化观念的影响。1926年，沈兼士在检讨北大国学门工作时也指出，国学门“关于研究方面尚未能充分进行”
。
从晚清到清华大学国学院成立，国学研究在近代的演进也可以分为三个阶段。第一阶段在学问方法上延续了清代的考据学、训诂学，在观念上导入一些近代的文化意识。如按照古人的传统观点，经学是最重要的，但清代的学术观念已经开始慢慢变化，到了晚清，章太炎、刘师培等人的国学研究作为一个研究体系，一方面继承了清代的考证学、训诂学作为方法，另一方面就研究意识来看，已经具有了近代观念，认为子学和经学是平等的。他们的研究不再突出“经”，而比较强调“子”，并且在“子”里面对孔子也有所批评。
这些都体现了近代文化的意识，即，把经学的地位降低，把孔子的地位拉平。这是从晚清开始到民国初年，当时的国学作为研究体系的基本形态。这个形态对后世的影响还是很大的。现代人一提起国学，想到的就是考据学、训诂学等“小学”，其实这只是国学在近代的第一阶段的一些特征。这里有一个很有意思的问题，就是清代考据学、训诂学加近代学术观念所构成的近代第一阶段的国学，其实已经是一个新的学术体系了，不再是老的体系了。考证学、训诂学加上近代意识，如《国故论衡》，这些学术系统已经带有新的特色，跟清代传统的学术研究体系不同。而如《荀子集解》，虽然其作者王先谦已经是近代人，但是这本书的学术形态还是比较传统的，可谓是传统的国学。近代新的国学虽然仍包括传统的国学，但其主体已经发展出新的研究形态。
第二阶段以北京大学国学所为中心。不过，如果不从阶段，而从典范的意义上来说，则太炎门人的治学仍多笼罩在章太炎之下，这个阶段和北京大学国学所真正新的典范可以说是以强调科学方法和疑古思潮为特色的。这些当然都与北京大学有关。在新文化运动倡扬“科学与民主”的影响下，不仅胡适特别强调科学方法的意义，其他人（如毛子水）也都非常重视科学方法。实际上，“科学方法”作为一般提法已经成为当时学界的共识，而实际上如何理解科学方法则主张有异。这个时期提倡的所谓“科学方法”与晚清到民国初年的考据学、训诂学方法其实是有所不同的。虽然胡适常说清代考据学、训诂学当中有一些科学的方法，但总体来讲，他所讲的科学方法不即是清朝人的那种训诂学、考据学，而是有了一些新的分析和处理方法，特别是由西方学术而来的一些方法如实验主义、实证方法。除了科学的方法之外，疑古、辨伪的意识是这一阶段的国学研究，特别是胡适、顾颉刚研究的一个特点。
疑古思潮与当时整个新文化运动对传统的批判、怀疑有关，人们对中国古史、经书、史料提出许多怀疑，这种怀疑也开发了许多新的研究领域，促进了史学的发展。这是作为研究体系的国学在这一阶段的特点。
第二阶段由北大胡适等所代表的科学思潮加疑古思潮是一个新的国学研究形态，比第一阶段更进了一步。它强调科学思潮、疑古思潮，同时也强调整理古代文化，这种文化学术意识虽然与第一阶段有连接之处，但已经属于更为新的一个阶段，其形态与章太炎相比也已经是一个更新的发展了。在章太炎那个时代，考据学、训诂学加近代意识的学术里面虽然也有一些西方的东西，但那些西方的东西更多的是属于“革命”的社会因素，如因为主张革命，所以要把经学和孔子的地位降低。但是到了科学、疑古这一阶段，它配合了科学和民主的呼唤，从文化启蒙的立场引进西方的人文价值，西方文化也在中国近代学科建立的意义上被大量参考借鉴。不过，大体上看，这一阶段的北大国学门，“启蒙”的意识甚强，“科学”的整理不足。
第三阶段就是清华国学研究院突出代表的、借用一个较有争议的概念来讲：汉学化的国学。
这里的“汉学”不是胡适继承章太炎而主张的清代汉学，
而是世界汉学（及东方学中的中国部分）。汉学化的国学是什么意思呢？其实就是世界化的，跟世界学术的中国研究接轨、合流的一个新的国学研究。
例如王国维所实践、由陈寅恪提出的大家熟知的“把地下的实物和纸上的遗文互相释证”、“外来的观念和固有的材料相互参证”、“异国的故书和吾国的古籍相互补正”三种方法，这些方法可以说都是与当时法国和日本的汉学、中国学的研究的方法是一致的。所以，像清华国学院陈寅恪所注重的是，清华国学院不仅在宗旨而且在实践上强调的也是，如何利用东方的古语言学、比较语言学等新的知识和方法来研究中国文化，因为当时的欧洲人和日本人都用了这种方法对中国的古学做了新的研究，并取得令人瞩目的成果。第三阶段的这种以清华国学院为代表的世界化的国学是新的国学研究的进一步展开，可以说，它真正落实了一个新国学运动的展开。在第二阶段所讲的科学方法和疑古，更多的还是观念上解放和启发，如顾颉刚所提出的“层累地造成的中国古史”的假设，而没有落实到学术实践上的卓越发展。所以李济后来说：“（清华）国学研究院的基本观念，是想用现代的科学方法整理国故。”
这个说法虽然未能把清华国学研究院与北大国学门的特色区别开，但是如果把科学理解为包括西方社会学、历史学、语言学、人类学等社会科学理论，也可以认为，清华国学研究院才在科学地整理国故上做出了成绩，
这也是清华国学院后来居上的原因。
后来中央研究院史语所的学科负责人也是以清华国学院出身者为主流。