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虽然玄烨出生之后数年未曾受到孝庄文皇后和顺治皇帝的重视，但由于客观环境不断发生变化，机遇还是不断向玄烨身边靠拢，并且终因顺治皇帝的青年早逝而使这种可能变成现实。
顺治皇帝亲政以后，由于年轻，兼之是政治舞台上的一个生手，而开国之初，需待他亲自处理的政务十分繁多，因而数年之内他一直非常忙碌；与此同时，婚姻和家庭中的挫折、矛盾也严重摧残了他的精神和身体，至顺治十七年（1660）时，这个刚刚二十三岁的青年皇帝已被折磨得精疲力竭，骨瘦如柴。恰在此时，他所宠爱的皇贵妃董鄂氏又一病身亡，这一事件的发生，更使这个青年皇帝的精神遭受极大的刺激。据《汤若望回忆录》载：董鄂皇贵妃死后，“皇帝陡为哀痛，竟致寻死觅活，不顾一切，人们不得不昼夜看守着他，使他不得自杀”
。因为十分悲痛，董鄂氏皇贵妃的丧礼也办得十分过分，破例追封为端敬皇后不说，还将“太监及宫中女官一共三十名悉行赐死，免得皇贵妃在另一个世界中缺乏服侍者。全国均须服丧，官吏一月，百姓三日。为殡葬事务耗费极巨量的国帑，两座装饰得辉煌的宫殿，专供自远地僻壤所招来的僧徒做馆舍。按照满洲旧俗，皇妃的尸体连同棺椁并那两座宫殿，包括其中珍贵陈设，俱都被焚烧”
。此外，按照清朝定制，皇帝及太后之丧始改蓝笔批本，而且以二十七日为限。而董鄂氏皇贵妃去世后，宫中蓝笔批本竟至本年年底，达四个多月。同时，为了寻求精神上的解脱，顺治皇帝行动也十分反常，竟要放弃万乘之尊出家为僧，当年十月，他还真的为此剃掉头发。后来虽经孝庄文皇后和臣下多方劝说，顺治皇帝才放弃了出家的念头，但经这几个月的折腾，他的身体更加虚弱，自然也就极易感染疾病。
这年底，顺治皇帝重病在床。当时，为了庆贺即将到来的元旦大节，紫禁城中早已张灯结彩，宫女、太监们也忙成一片，但顺治皇帝的患病使得刚刚到来的节日气氛一扫而光。首先，宫中各处撤去刚刚挂上的全部门神、对联、彩灯、彩带，接着礼部奉旨宣布免去一年一度的元旦大朝庆贺礼。已经做好进宫参加元旦大宴准备的广大臣工听到这个消息，都忐忑不安，预感到朝廷将要发生重大的事件。果然，正月初四，朝廷正式向文武大臣宣布顺治皇帝患病，接着又传谕北京城内居民“毋炒豆，毋燃灯，毋泼水”，并下令除十恶死罪外，释放所有在牢囚犯，以祈顺治皇帝康复
。至此，广大臣民才普遍知道顺治皇帝患的是十分可怕的天花。几天之内，为了顺治皇帝的康复，自孝庄文皇后以下所有内廷臣工已方法用尽，但因身体过于虚弱，顺治皇帝病情不但没有减轻，反而愈益恶化，至正月初六（1661年2月4日），已至不救。这样，由于最高统治者的病危，满洲政权陷入巨大的危机之中。
顺治皇帝病危是入关之后清朝最高统治机构中发生的头等重要的大事件，为了继续维持满洲政权对全国的统治，择嗣继立刻不容缓。正月初六夜，顺治皇帝特召原任学士麻勒吉、学士王熙来到养心殿病榻侧，要求二人聆听遗言，撰拟遗诏颁布天下；同时，诸王、贝勒及朝中亲信大臣也齐集养心殿东间，静候顺治皇帝确定继嗣人选。麻勒吉、王熙二人在御榻前根据顺治皇帝所述起草了遗诏第一段之后，因怕影响顺治皇帝休息，出至乾清门下西围屏内继续起草，写好一段，进呈一段，然后再交孝庄文皇后审查修改，其中最为关键的是确定继嗣人选。最初，顺治皇帝考虑自己诸子年幼，而统一全国的军事战争正在进行，继嗣皇帝应该年龄较大，为此，他提出让他的一个从兄弟作为自己的继位人。按照他的设想，新的一代皇帝将超出其父皇太极一系，从清朝开国皇帝努尔哈赤的孙辈中考虑。如果这种设想变成现实，新任皇帝年龄将和顺治差不太多，能够立即挑起处理全国事务的重担。但他的这种设想遭到上三旗大臣的抵制和反对。清朝政权开创之初，依靠八旗统治全国。在八旗中，镶黄、正黄、正白三旗由皇帝亲自统率，称为上三旗；其他正红、镶白、镶红、正蓝、镶蓝五旗分由宗室旗主掌握，称为下五旗。如将宗室亲王拥立为继位皇帝，将会发生连锁反应：原来顺治皇帝亲自统率的上三旗地位将要显著下降，而被立为新皇帝的宗室亲王所领之旗地位必定直线上升。顺治以前，在最高权力更迭之际，这种情况就曾发生过。如清太祖努尔哈赤在位期间，曾经自领两黄旗。在他去世之前，将两黄旗部众分给他的三个少子阿济格、多尔衮、多铎。努尔哈赤死后，他的第八子皇太极继位，随即将自己原领的两白旗改为两黄旗，而将努尔哈赤交给阿济格、多尔衮、多铎的两黄旗改为两白旗。黄、白四旗在满洲政权中地位和作用的变化，导致了长期的黄、白旗矛盾，并在皇太极去世后发展成为黄、白旗两个政治集团争夺最高权力斗争的尖锐对立。多亏两黄旗大臣同心拥立皇太极第九子顺治皇帝福临，同时又做出一定让步，允许两白旗代表人物多尔衮担任摄政王，才使满洲政权渡过了这场危机。现在，顺治皇帝又想重走老路，显然不利于满洲政权的统一和巩固，也将动摇上三旗大臣在满洲政权中已经形成的优越地位。因而，他的这种设想遭到了上三旗大臣的反对。
同时，对顺治皇帝的这种设想，他的母亲孝庄文皇后也持反对态度。三十多年来，满洲政权的最高统治者不是自己的丈夫就是自己的儿子，而今老境来临，竟要发生由宗室亲王出任最高统治者的局面，那时，新皇帝也有自己的母亲，必定要被尊为皇太后，自己这个皇太后往哪里摆？再看后宫之中，那些将要守寡的后妃，有的是自己的侄女，有的是自己的侄孙女；几个孙子，虽非博尔济吉特氏后妃所出，但却都是自己的嫡亲骨肉，比起宗室亲王，毕竟和自己亲近一层。如果宗室亲王入主宫中，他们都要仰人鼻息，看人脸色吃饭，日子怎么过？出于这些考虑，她和上三旗大臣都坚决主张，尽管顺治皇帝诸子尚在幼年，也要从这些孩子中择人继立。
在征得顺治皇帝同意将择嗣范围缩小到顺治皇帝所生诸子时，他们又陷入困惑的境地。当时，顺治皇帝在世诸子计有六人，他们是：皇二子福全（九岁）、皇三子玄烨（八岁）、皇五子常宁（五岁）、皇六子奇授（三岁）、皇七子隆禧（二岁）、皇八子永干（二岁）。其中皇二子福全年龄较长，母家出身满洲，但却一只眼睛失明，是个独眼龙。在世人心目中，当朝皇帝应当完美无缺，至少仪表应该没有缺陷，福全容貌如此，显然不合人们心愿。皇三子玄烨，年龄只比福全小一岁，但母家出身汉军。其他几个儿子，虽有母家出身满洲者，但年龄又太小，有的还在襁褓中，立他们为君，也不利于清朝统治的巩固。
孝庄文皇后和上三旗大臣都束手无策之际，突然想起此时正在钦天监任职的德国传教士汤若望。此人年近七十，阅历丰富，曾为孝庄文皇后治愈过疑难病症，深得顺治皇帝信任；而且他考虑问题的角度也往往和别人不同，也许他能提出什么好主意。果然，他在见到生命垂危的顺治皇帝后，立即提出以皇三子玄烨继位为君的建议。他所坚持的理由是：“因为这位年龄较幼的皇子，在髫龄时已经出过天花，不会再受这种病症的伤害。而那位年龄较长的皇子，尚未曾出过天花，时时都得小心着这种可恐怖的病症。”
顺治皇帝正是因为天花而致不起，因此，汤若望的这种看法不但顺治皇帝深表赞同，就是在一旁的孝庄文皇后和上三旗大臣也顿开茅塞。这样，汤若望仅用寥寥数语，就使人们极伤脑筋的问题迎刃而解。故时人龚鼎孳在为汤若望七十寿诞所作贺辞中对他备加推崇，称他“最后则直陈万世之大计，更为举朝之所难言”
。此时玄烨虽已八岁，却一直未取汉文名字，为了用满、汉文字向全国颁布遗诏，将要进入弥留之际的顺治皇帝特为他取汉名玄烨，并命苏克萨哈送至乾清门麻勒吉、王熙起草遗诏之处，令其草入遗诏。从此，这个佟妃所生之子才算有了自己的正式汉文名字，至于他原来的满文名字，则因史料湮没，再也无人知晓了。
继位新君确定之后，随之而来的就是新君即位后的国家体制问题。两千多年来，新君年幼即位者并不少见，为了维持统治，一般都是根据形势和需要于下述三种方式中任择一种：一是母后临朝，委政外戚；二是亲王辅政；三是由去世君主指定亲近重臣辅政。十几年前，顺治皇帝的父亲皇太极去世时，顺治皇帝年方六岁，满洲贵族经过讨论，试行宗室亲王摄政制度，即由顺治皇帝的两个叔叔睿亲王多尔衮和郑亲王济尔哈朗共同辅政。但为时不久，多尔衮即将济尔哈朗挤了下去，自称摄政王，至此还不满足，又先后给自己加上皇叔父摄政王、皇父摄政王等称号，并将所有权力收归己有。这样，几年之间，就出现了枝大于干、臣重于君、国家政治生活极不正常的局面。多亏多尔衮在顺治七年（1650）底死去，才使顺治皇帝顺利收回全部权力。如果多尔衮不死，顺治皇帝成年后，必然会与多尔衮发生激烈冲突。因此，对于这种方式，顺治皇帝、孝庄文皇后和上三旗大臣都因创痛至深难以忘记，而不予考虑。
至于母后临朝、委政外戚这一方式，看来当时好像也曾考虑过。玄烨即位后不久，一个江南生员还为此上书，提出垂帘听政的建议。虽然这种方式历史上曾经采用，但易于招致訾议，而且效果普遍不好。同时由于孝庄文皇后出身蒙古，将自己母家兄弟拉入朝内只会产生新的矛盾。如果让玄烨生母佟氏临朝，外戚辅政，不只她本人无此能力，而且因其出身汉军，也不会为孝庄文皇后和在朝满洲贵族所同意。
至此，可供他们选择的只有大臣辅政一种方式。这种方式，历史上虽曾采用并发生不少弊端，但却可采取措施加以防止和弥补。一是不用汉族大臣辅政，以确保满洲贵族对政权中枢的控制；二是在考虑满族大臣时，范围局限于上三旗，以确保皇室对他们的控制；三是为了让他们忠心耿耿地为皇室效劳，要求他们对天地神
和大行皇帝灵位宣誓，并接受其他贵族官员的监督。
上三旗满洲大臣辅政体制确定后，即开始确定辅政大臣人选。根据上三旗大臣的历史和现实表现，顺治皇帝和孝庄文皇后决定让索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四人担任辅政大臣。
索尼（1601—1667），姓赫舍里氏，满洲正黄旗人。原为皇太极之嫡系，屡立战功。皇太极死后，他与两黄旗大臣盟誓于盛京故宫大清门，誓立皇子。顺治初年，多尔衮对他先加拉拢，他不为所动；后又对他屡加打击，将他革职，谪守昭陵；顺治亲政后，始又起复，至顺治十八年（1661），他已六十来岁。他的一生经历证明，他是忠于皇室的，因而被确定为首席辅政大臣。
苏克萨哈（？—1667），姓纳喇氏，满洲正白旗人。其父苏纳，与皇太极之母孝慈高皇后同族。早年自叶赫投努尔哈赤，努尔哈赤以公主下嫁，因称额驸，苏克萨哈即公主所生之子，与顺治皇帝为姑表兄弟。虽然苏克萨哈原隶属正白旗，但因当时正年轻，没有卷进皇太极死后黄、白旗两个政治集团争夺最高权力的斗争漩涡。多尔衮死后，在顺治皇帝欲行清洗多尔衮势力时，他又以两白旗重臣身份，首先揭发多尔衮“阴谋篡逆”的罪行，因此得到顺治皇帝的重用。顺治十四年时，孝庄文皇后一度身患重病，苏克萨哈又以内大臣身份终日奉汤送药，“昼夜勤劳，食息不暇”
，更加得到皇室信任。因为他在正白旗极有影响，而正白旗又原是多尔衮遗部，直到顺治八年以后才被收为上三旗，为了巩固两黄旗与正白旗的团结，防止发生新的动乱，在考虑辅政大臣人选时，特将他列为第二。
遏必隆（？—1673），姓钮祜禄氏，满洲镶黄旗人，为清朝开国功臣额亦都少子。早年随父兄南征北战，为清朝政权的建立和发展多立有功勋。皇太极死后，他和两黄旗大臣极力拥戴皇太极之子继位为君。因此，多尔衮摄政期间将他革去官爵，抄没家产，直到多尔衮死后，才重新受到重用，先后受封多罗额驸、一等公、议政大臣、领侍卫内大臣。因他是两黄旗重臣，所以也被列为辅政大臣，名列第三。
鳌拜（？—1669），姓瓜尔佳氏，满洲镶黄旗人。父卫齐，为清初开国功臣费英东之少弟。清朝初年，鳌拜随同父兄屡立战功。入关前征朝鲜，战松山；入关后逐李自成，剿张献忠，无不身先士卒，舍生忘死，冲锋陷阵，骁勇善战。然而，由于他在皇太极去世后曾与两黄旗大臣盟誓誓立帝子，还在多尔衮面前态度十分强硬，表示：“吾属食于帝，衣于帝，养育之恩，与天同大，若不立帝子，则宁死从帝地下而已！”
因此，多尔衮专权期间曾被三度论死，只是因他功劳甚大，方才免死。多尔衮死后，他先后被任命为议政大臣，由一等侯晋二等公，领侍卫内大臣，成为顺治皇帝倚重的两黄旗大臣。故而在顺治皇帝病危时，命他与索尼、苏克萨哈、遏必隆并为辅政大臣，名列第四。
在确定辅政大臣具体人选的同时，为了维持统治，孝庄文皇后还利用为顺治皇帝遗诏审查定稿的权力，进一步扩充并大大加重了顺治皇帝遗诏中的自我责备之辞，并以顺治皇帝口气，先后为其开列了十四条罪状，将顺治皇帝失德之处悉行列入。归纳起来，大致有以下十点：一是“纪纲法度，用人行政，不能仰法太祖太宗谟烈”，“且渐习汉俗，于淳朴旧制日有更张，以致国治未臻，民生未遂”；二是早年去世，对于母亲孝庄文皇后未尽孝养之道；三是“于诸王、贝勒等晋接既疏，恩惠复鲜，以致情谊暌隔，友爱之道未周”；四是过分“委任汉官”，“以致满臣无心任事，精力懈弛”；五是在使用官员中不能进贤退不肖；六是为了摆脱财政困难，下令裁减百官俸禄，而自己却修造宫殿，务极精工，狂花滥费，“厚己薄人，益上损下”；七是于董鄂氏皇贵妃丧礼“过从优厚”，超越礼制；八是效法亡明陋规，“设立内十三衙门”，重用宦官；九是“性耽闲静，常图安逸，燕处深宫，御朝绝少”，怠于政务，不以国事为重；十是“自恃聪明，不能听言纳谏”，“以至臣工缄默，不肯进言”
。顺治皇帝童年即位，全靠孝庄文皇后抚育成人，而今又过早去世，不能再对母亲尽孝养之道，遗诏中表示出这种遗憾之情可以理解。但其他各条词峻意重，且不说顺治皇帝数日生病，能否如此彻底悔悟，即使真的幡然悔悟，两千多年来，历代帝王崩逝，遗诏也无此等写法。显然，遗诏在审查定稿中曾经孝庄文皇后作过重要修改。而孝庄文皇后之所以如此，一是作为一个身经创业艰难的过来人，对顺治皇帝亲政数年以来的行径确实看不惯；二是试图以此增进并巩固同包括四辅政大臣为首的满洲旧臣的团结，取得他们的支持和拥护，维持清朝的统治。正是在这种情况下，孝庄文皇后才强抑对即将去世的儿子的无限亲情，将顺治皇帝的遗诏改定为一份罪己诏。虽然这份诏书并非出自顺治皇帝之意，而且历史地看，其中一些内容也对清朝历史发展产生过消极影响；但同样不可否认的是，在当时的历史条件下，对于统一满洲贵族的思想和行动，增加他们对清皇室的向心力，巩固和发展的清朝统治，这份遗诏还是起了重要的作用。时至今日，读起这份遗诏，想起当时情景，对于敢于揭露自己儿子当政时期所行败政的孝庄文皇后，人们还是怀有一定的敬意。
经过半个夜晚的紧张工作，到初六深夜，遗诏中各项主要内容才都大致确定并缮入遗诏。此时，因病势愈益恶化，顺治皇帝已进入弥留状态。所有在场亲王以下人员又立即转入大丧的准备工作。同时，为确保国丧期间不致发生动乱，他们下令关闭北京所有外城城门，并在城内派兵巡逻；紫禁城内更是如临大敌，像死一样沉寂，气氛空前紧张。当夜子时，在三更鼓声之中，这个入关之后的第一代皇帝顺治便咽下了最后一口气，在位十八年，终年二十四岁。