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康熙皇帝在登基七年后，终于亲操政柄了。然而此刻他的心中早已失去了当年的平静，摆在他面前的是一堆未了的难题和令人担忧的隐患。
几年来，四辅臣把持朝政，几乎取代了皇帝的权力，使入关以来建立的尚显稚弱的封建皇权变得更加衰微，取而代之的是满洲上层贵族集团，地位尤其特殊的上三旗各派势力益发严重的倾轧、争斗和对权力毫无遏制的追求。朝廷中，皇帝形同虚设，辅臣间刀斧相加，各派势力分门立户，朋党丛生。对中原地区，辅臣们始终以维护满族旧制为宗旨，实行一系列压迫人民、反对汉化、坚持异族统治的强硬政策，以至到康熙六、七年间，全国各地天灾人祸接踵而至，刑狱繁兴，怨声载道。西南、南和东南边隅，吴三桂、耿精忠、尚可喜三藩各拥重兵，割据一方，分庭抗礼的野心日益彰明；台湾诸岛，郑氏大军已公然占据，自成政权，劝民力农，修武办学，开口通商；西北部则有蒙古准噶尔上层指挥的叛乱大军的威胁。
千头万绪之中，康熙皇帝首先要考虑的只能是亲理朝纲，然而他已经明确地感觉到，这并不容易做到，辅臣们仍在对抗。这一切都预示着紫禁城要发生一场始料未及的大事情。
早在康熙六年（1667）年初，在四辅臣中最具有协调作用的索尼已预感到自己不久于世，提出请皇帝亲政。康熙皇帝对这个始终忠于皇室的四朝老臣倍加褒扬，并谕吏部，要求对这个身染重病且又年迈的首席辅臣“特加恩宠，以示酬庸之典”
。索尼因而被晋一等公，与前所授一等伯并世袭，并一再得旨嘉奖。三个月后索尼病逝，谥号“文忠”，赐葬有加礼，鞍马二匹、银二千两，仍加祭四次，几个儿子也分别承袭世职、爵位或被晋封。
七月，位居索尼之次的苏克萨哈被鳌拜及其朋党借康熙皇帝之手处以绞刑，遂使鳌拜一伙“今日归政于皇上，明日即将苏克萨哈灭族”
的预谋得逞。在康熙皇帝左右，如今只站着鳌拜和遏必隆两位辅政大臣。遏必隆依然唯唯诺诺，尽管他明知自己往日助纣为虐，为自己今后的出路感到担忧，但他眼见鳌拜不肯归政于皇帝，自己也不敢将已写就的辞呈奏本奉上。只有鳌拜，依然恃权任气，骄横跋扈，对已亲政的康熙皇帝争执顶撞，甚至高声质问，多次越权矫旨。康熙初年，孝庄文皇后为皇帝择妃立后，鳌拜曾与苏克萨哈一同前往太后面前阻拦启奏，反对将噶布喇（索尼长子）之女立为皇后。康熙五年（1666），鳌拜因换地之争中苏纳海、朱昌祚、王登联拂逆己意，恼怒之至，坚持对三大臣施以重刑。康熙皇帝知鳌拜因苏纳海始终不肯阿附而欲泄私恨，不准其请。鳌拜根本不听，出门便矫旨，将三大臣处绞。索尼死后，他更加事事凌驾于各辅臣之上，“班行奏章，鳌拜皆前列”
；有时甚至将旧日奏稿呈上皇帝，强迫康熙皇帝顺从己意。当着皇帝的面，他常常高声呵叱部院大臣，施威震众，甚至拦截奏章，从来无视君臣之礼。为杀掉苏克萨哈，他气势汹汹，又争又吵，对康熙皇帝进行要挟，迫使康熙皇帝改变自己的决定，满足其凶险报复之心。甚至在康熙八年（1669）的新年朝贺典礼上，他竟然身着黄袍，仅顶戴与皇帝有所不同罢了。
数年来，他依仗自己的权势培植亲信，打击异己，以部臣对自己阿谀奉承与否来决定亲疏去取。他虽位居四辅臣之末，却谙于争权夺势，终于将朝廷大权操于自己一人之手。他网罗亲信，广植党羽，专用奸佞之徒，在朝中纠集成一股欺藐皇帝、操纵六部的势力。
辅国公班布尔善处处阿附鳌拜，在朝中利用手中掌握的权力擅改票签，决定拟罪、免罪。他追随鳌拜，结党行私，康熙六年（1667），他密切配合鳌拜戮杀了苏克萨哈，并精心为其罗织了二十四大罪状。由于他帮助鳌拜翦除异己有功，被擢为领侍卫内大臣，拜秘书院大学士。
正白旗副都统玛尔赛曾跟随鳌拜之弟穆里玛平定李自成农民军余部李来亨，在宫中一向与班布尔善一起谄媚鳌拜，深得赏识，被擢为工部尚书。户部尚书苏纳海被诛后，鳌拜一心欲将自己的党羽塞入户部，便不顾户部已奉旨补入尚书的事实，援顺治年间曾设满洲尚书二员旧例，迫使康熙皇帝同意将玛尔赛补为户部尚书，又命其兼任正白旗蒙古都统。玛尔赛在户部，与尚书王弘祚常有矛盾，不能独断专行，心中不满，大学士班布尔善便借一次户部失职过失之机，单独票拟，将王弘祚革职，清除出户部，为玛尔赛泄私愤。康熙八年（1669）正月，玛尔赛病故，鳌拜又请康熙皇帝予以封谥，康熙皇帝没有同意，鳌拜竟擅自谥其为“忠敏”。
鳌拜一门更是显赫于世，他的弟弟穆里玛为满洲都统，康熙二年（1663）授靖西将军，因镇压李来亨农民军有功，擢阿思哈尼哈番，威重一时。巴哈也是鳌拜的弟弟，顺治帝时便任议政大臣，领侍卫内大臣，其子讷尔都娶顺治女儿为妻，封和硕额驸。鳌拜的儿子那摩佛官居领侍卫内大臣，班列大学士之上，其后又受袭二等公爵，加太子少师。鳌拜的侄子、姑母、亲家都依仗他的职位得到高官厚禄，甚至跻身于议政王大臣会议。
鳌拜将自己的心腹纷纷安插在内三院和政府各部，一时间“文武各部，尽出其门下”
，朝廷中形成了以鳌拜为中心，以穆里玛、塞木特等人为主力的党羽集团。凡事在家与亲信定议后方才施行，甚至将各大臣、衙门各官奏上已经康熙皇帝批准的奏稿，也要带回家去另议，并商量对策。
对部臣，鳌拜向来以其对自己的追随与否决定亲疏去取，“相好者拔之，不相好者陷害之”
。凡拂逆己意的，定要加害报复。大臣费扬古一直与鳌拜不合，他的儿子、侍卫倭赫及侍卫西住、折克图、觉罗塞尔弼四人一同在御前值勤，对鳌拜也不表示敬畏之意。鳌拜因此深深恼恨，伺机加害。康熙三年（1664）四月，倭赫与其他三人在景山、瀛台值勤，曾私骑御马，又用御弓射鹿。鳌拜侦知，立即以此降罪四人，倭赫、西住、折克图、塞尔弼因此小事惹来杀身之祸。鳌拜仍不罢休，又诬费扬古“守陵怨望”
，将他连同儿子尼侃、萨哈连一同处以绞刑，只有幼子色黑以“不知情”免死，被流放至宁古塔。折克图之父、西住之兄、塞尔弼之同祖兄都以子弟所犯罪重大，不即请旨治罪，分别革职、鞭责。鳌拜并下令籍没费扬古家产给予他的兄弟都统穆里玛。一次鳌拜的马被窃，他不仅捕杀了窃马贼，连御马群牧长也一并杀掉。为独揽朝政，鳌拜甚至控制议政王大臣会议。康熙六年议苏克萨哈罪时，鳌拜担心大学士巴泰提出相反见解，根本不让他知道此事。蒙古都统俄讷、喇哈达、宜理布在议政时与鳌拜意见常相左，鳌拜便下令不许他们再参与开会议政。
康熙六年（1667）六月，内弘文院侍读熊赐履应诏上万言书，亟陈康熙初年以来朝政得失，影响国计民生
。熊赐履首先分析了康熙皇帝登基以来的政治、经济、社会生活等形势，指出全国百姓已经相当贫困，以至逃难不止。官府催征，“私派倍于官征，杂项浮于正额”，“蠲征则吏收其实而民受其名，赈济则官增其肥而民重其瘠”，而造成这种状况的正是吏治腐败。地方推举人才，仅以催科为政，视表面乖巧定优劣，甚至以送礼薄厚确定人选。朝中大臣对此不加鉴别，知情也不举发，以致使无耻之徒久窃威权。并认为必须首先甄别督抚，“督抚廉则监司廉，守令亦不得不廉；督抚贪则监司贪，守令亦不敢不贪”。因而必须坚决清除地方的“贪污不肖者”。
对整顿朝纲，熊赐履作了详细的论述。他指出：康熙元年以来，“国家章程法度，其间有积重难返者，不闻略加整顿，而急功喜事之人又从而意为更变，但知趋目前尺寸之利以便其私，而不知无情之弊已潜滋暗伏其中”；朝举夕罢，“以致盈庭聚讼，甲令游移”；对“职业隳废而士气日靡”“学校废弛而文教日衰”“风俗僭移而礼制日废”等朝廷弊政作了综合分析，尤其对“各衙大小臣工大率缄默依阿，绝少实心任事之人，甚至托老成慎重之名，以济尸位素餐之计；树议者谓之疏狂，任事者目为躁竞，廉静者斥为矫情，端方者视为迂腐”表示担忧，要求康熙皇帝亲自“立振颓风”，申饬朝中大臣“是则曰是，非则曰非，汉官勿以阿附满官为工，堂官勿以偏任司官为计”，以使朝纲得以整肃。对尊教兴学、提倡礼制等，熊赐履也提出一整套见解和措施，同时恳请康熙皇帝躬行节俭，熏陶德性，崇儒重道，举行经筵，学习传统治国理论。
熊赐履的奏疏清晰地分析了辅臣擅政以来国家政治的利弊和前途，立即受到朝野的注意和高度称许，康熙皇帝对此也十分重视。然而鳌拜等却以熊赐履的奏疏语皆有所指，心中十分厌恶，因而在朝见康熙皇帝时，提出要治熊赐履妄言之罪。康熙皇帝不准其请，批评鳌拜道：这是朝臣在讲国家政事，于你并没有伤害。不久又将熊赐履擢升为内秘书院侍读学士。其后熊赐履又数次上疏进谏，建议康熙皇帝召见儒臣，讲求治道。鳌拜对熊赐履益发不满，即下令传旨，责令熊赐履说明“积习隐忧”“未厌人望”之事实所在；又传旨严饬熊赐履“不能实在指陈，妄行冒奏，以博虚名”，并以“所陈无据”为由，下部议处，降二级调用。同时，鳌拜又以此为借口，要求康熙皇帝申禁言官，不得上书陈奏。然而，这时的康熙皇帝已逐渐成熟，他一面驳斥了鳌拜废禁言官的奏请，一面将被鳌拜擅降二级的熊赐履官复原位。一年以后，熊赐履升任翰林院掌院学士兼礼部侍郎。
对于鳌拜的专横跋扈，朝野贵族、部臣早已有目共睹，十分反感。康熙皇帝亲政以后，他仍贪恋权柄，迟迟不愿归政于康熙皇帝；仍旧恣意妄为，下至侍卫，上至辅臣，凡不合己意，便设法谋害打击，乃至论诛籍家、子孙连坐，使部臣敢怒不敢言。亲政的康熙皇帝对此更是厌恶之至。熊赐履对朝政直言不讳的批评和要求康熙皇帝崇尚汉族礼仪的建议，对鳌拜等人提出公开的指责，使年轻的皇帝决意摆脱辅臣的纠缠和控制，开始对朝廷政治进行冷静的考察与反思。熊赐履奏疏案标志着康熙皇帝的亲政进入一个新阶段。
年仅十六岁的康熙皇帝此时已深感鳌拜处处“欺朕专权”、另有所图了。为真正实现全面亲政，他必须从辅臣政治的阴影下彻底走出来。一方面，他认真地总结八年辅臣当朝时期清廷统治路线的利弊得失；另一方面，开始有计划地做好彻底清除鳌拜集团的准备。
康熙皇帝采取一系列汉化政策，加强皇权统治地位。他首先恢复了八股文取士的传统科举制度。康熙二年（1663），为抵制汉制，清朝政府停止了以文会试，并减试一场，以三场考试改为两场，改用策论表判。康熙七年（1668）七月，重新恢复旧制，以笼络人才，招揽汉族地主知识分子。康熙八年（1669）四月，康熙皇帝亲自至太学释奠儒学先师孔子，讲解《周易》《尚书》，此为清朝皇帝之创举。为整顿吏治，他重新恢复京察大计，严格审查各地督抚、要员，诏谕各省督抚不论满汉，挑选贤能者推用，革去不称职者，并重新限定各省督抚举荐属员额数。为纠正各地官吏扰民之弊，康熙皇帝甚至停派巡仓御史，并下诏清理各地刑狱，释轻囚，减重罪。在经济上，康熙皇帝施行发展经济、改善民生的政策。他下令查处前明废藩房屋、田产，变价出售给原来的佃户，同时加强了对矿山、关榷、山林的管理。在军事上，康熙皇帝一面笼络三藩头目，对他们分别进爵加封，一面认真筹划对策。在宫中，三藩问题与河务、漕务被并列为朝政三件大事，“夙夜廑念，曾书之宫中柱上”
。
与此同时，鉴于鳌拜作恶多年，树敌过多，促使各种反对势力开始集结到康熙皇帝一边，康熙皇帝也开始了清除鳌拜的准备工作。考虑到顺治皇帝的顾命大臣名重一时，且多年以来鳌拜一直致力于网罗亲信，纠集势力，宫廷内外多置耳目，公开缉拿恐不免激起事端，因此，寻找有利的时机和选择适当的方式，是这场决斗的关键。早在康熙六年（1667）七月，为了对鳌拜加以迷惑，康熙皇帝对遏必隆“于所有一等公外，授为一等公；鳌拜于所有二等公外，授为一等公”；“遏必隆原所有一等公，命其子法喀袭替”；“鳌拜所有二等公，命其子那摩佛袭替”。康熙七年（1668），加鳌拜太师，其子那摩佛加太子少师。康熙八年（1669）春，鳌拜称病，要康熙皇帝前往探视慰问。康熙皇帝带着随从和托走进鳌拜府中，来到他的床前。和托看到鳌拜面色略带惊慌，忙一步上前，揭开卧席，见席下藏着锋利的腰刀。康熙皇帝见状笑着说，刀不离身，这是满洲的习惯，没什么值得大惊小怪的。说罢回到宫中，便立即将皇后的叔父索额图召进宫内。
索额图，满洲正黄旗人，索尼第三子。初为侍卫，康熙七年（1668）授吏部右侍郎。从康熙八年（1669）五月起，康熙皇帝多次以下棋之名召其商讨对策。索额图召集了一群身强力壮的少年，在宫中练习布库游戏，这是一种男孩子们比角斗气力的游戏。每次练习，康熙皇帝都在一旁观看，即使鳌拜入奏进宫，也不做回避。鳌拜以为康熙年少贪玩，每与众少年相嬉戏，心里十分坦然，并不在意。即将采取行动之前，康熙皇帝不露声色地以各种名义将鳌拜亲信派往外地。康熙八年五月十六日（1669年6月14日），鳌拜因事入奏，康熙皇帝对这些少年们说：你们都是我的左膀右臂和心腹卫士，那么你们是敬畏我呢，还是敬畏鳌拜呢？大家齐声道：我们只敬畏皇上！康熙皇帝便将鳌拜罪恶一桩一桩讲给这些卫士，命令这群小将立刻上前将鳌拜拿住。一个欺上凌下、作恶多端的权臣，最后竟被一群少年卫士抓获归案。
一个十六岁的青年帝王，不顾凶险的形势，凭着他过人的聪敏、沉着、果敢和才能，以令人难以置信、迅雷不及掩耳的速度，干净利落地清除了这个不可一世的权臣，完成了清朝历史上这一惊人之举。据今人推测，这一重大决策，康熙皇帝很可能自行做出，而未向太皇太后或其他大臣透露。他以坚定的意志，在两年的时间里，有计划、有步骤地实现了自己的理想，以一个真正的皇帝身份去统治这个强大的、统一的封建帝国。直到很久以后，康熙皇帝这场漂亮的决斗仍被人们作为传奇故事颂扬。在满族中，人们将青年康熙皇帝描绘成具有超人智慧和组织能力的神奇人物，每年宫中都要演出这部智擒鳌拜的短戏，以纪念这次皇权对贵族权臣的胜利。
擒获鳌拜的当天，康熙皇帝亲自列举鳌拜集团的种种罪恶，并下令刑部勘捕鳌拜及其同党。他严厉斥责鳌拜“通同结党，以欺朕躬”，“恐身干物议，闭塞言路”，“凡用人行政，欺朕专权，恣意妄为”，“上违君父重托，下则戕害民生，种种恶迹，难以枚举”；并指出：“遏必隆知而缄口，将伊等过恶未尝露奏一言，是何意见？阿南达负朕隆宠，每进奏时，称赞鳌拜为圣人。着一并严拿勘审！”
康亲王杰书等奉旨勘问鳌拜，凡列罪三十款，其中包括欺君擅权、引用奸党、结党议政、聚贷养奸、巧饰供词、擅起先帝不用之人、杀苏克萨哈、擅杀苏纳海、更换旗地、奏阻立后、谬用济世、禁止科道陈言、违旨擅谥、旧疏呈览、呵叱大臣、逼令他人迁坟等，皆属罪行严重。康熙皇帝亲自参加了审讯，所列俱为事实。诸大臣以其所犯之罪重大，拟将鳌拜革职立斩，并连诸子、兄弟，发妻子为奴，籍没家产。在事实面前鳌拜已无话可说，只求康熙皇帝开恩免死。他脱下衣服，露出为建立和巩固清政权多年血战留下的处处伤痕，恳求康熙皇帝从轻发落。康熙皇帝对这个身历三朝的老臣不忍加诛，只准了革职、籍没、拘禁。其子巴哈、赵布太、那摩佛都一并免死，革职拘禁。鳌拜之弟穆里玛、侄塞本得则被削职处斩。
另一个辅政大臣遏必隆，虽身居辅臣，却处处顺服鳌拜，经康亲王杰书等勘问，也以“不行纠核”“藐视皇上”获罪，其中有妒忌册立皇后，对鳌拜不行劝阻、不予争执，致苏克萨哈被杀等，凡二十一款。遏必隆自知罪责难逃，表示“今皇上如杀则死，如留则生”。议政王大臣会议，以其“欺君误国”“审问时不以实供”，提出应拟“革职”“立绞”、妻子为奴。康熙皇帝则以其“并无结党之处”免死，仅革去太师及公爵
。
与此同时，对鳌拜党羽，康熙皇帝则根据不同情况，分别加以处理。大学士班布尔善、尚书阿思哈、噶褚哈、太必图、济世等人，都以“倚附权势”“结党行私”“表里为奸，擅作威福，罪在不赦”被处死；其他多数党羽，如苏尔马、阿南达等人，皆从轻处置，或“免死，宽其籍没”，或“从宽免死，照旧留任”。康熙皇帝发布诏谕，告诫这些党羽、随从和依权附势的内外文武官员：“自后务必洗心涤虑，痛改前非，遵守法度，恪共职业。”康熙皇帝以惩重宽轻、区别对待的方法加以处置，既惩治了奸党，也分化瓦解了鳌拜集团的势力，最大限度地保证了中央政局的稳定
。
康熙皇帝这位青年君主，在亲政两年后，彻底翦除了鳌拜集团这股保守反动的贵族势力，成功地向世间展示出政治上早熟的帝王特有的气质和胆魄，为清朝政府强化和发展皇权赢得了时机，扫清了道路。一场发生在满洲统治集团内部惊心动魄的夺权之战就这样以皇权的彻底胜利而告终结。
擒拿鳌拜、掌握全部中央政权后，康熙皇帝又采取各种措施，清除鳌拜多年擅权所造成的各种严重后果。
首先是着手平反苏克萨哈等人冤案。为此特颁诏称：“苏克萨哈奉皇考遗诏辅政，虽系有罪，罪止本身，不至诛灭子孙后嗣，深为可悯。其白尔黑图等并无罪犯，因系族人，连坐诛戮，殊属冤枉。”下令恢复苏克萨哈二等子爵，发还其家产，令其幼子苏常寿承袭。案内各革职官员恢复原职。
当年七月康熙皇帝又下诏谕，昭雪苏纳海等人冤案。他说：朕阅处分原任户部尚书苏纳海等原案，并无大罪，鳌拜等但以为拨地等待迟延，遽行拿问，多端致文诬陷，不按律文，任意将无辜处死。原任总督朱昌祚、巡抚王登联于拨换地时，见民间旗下困苦，因有地方之责，具疏奏文。辄以为非其职掌，越行干预，亦不按律文，冤枉处死。伊等皆国家大臣，并无大罪，冤死深为可悯，理应昭雪。后追谥三人，分别为“襄愍”“勤愍”“悫愍”，并各荫其子入国子监读书，各任官职。同时，对鳌拜执政期内枉杀、擅免之官员，也命吏部等分别考察昭雪、补用、恢复原官。
其次，对四大臣辅政时期的一系列错误政策和路线，也进行了较大程度的纠正与调整。第一是恢复内阁制度，废除内三院，建立正式的辅助皇帝处理政务的机构，班居六部之上，大学士兼殿、阁之衔，同时恢复了翰林院的独立地位。第二是开始整顿吏治，惩治贪官污吏。对鳌拜专权期间，全国水旱频仍、盗贼未靖、贪官污吏肆行
削，以致百姓财尽力穷、日不聊生的严重局面予以揭露，并要求各级官吏必须时时注意民间疾苦，务须“纪己洁清，摒绝馈受”；对不思尽职、唯图利己、嘱托行贿、苟图幸进者，今后一律从重治罪，决不姑贷。他还下令恢复官吏甄别考察制度，颁布了管理官员的有关条例。大学士、尚书及三品以上官吏，自陈优劣；三品以下官员，由吏部会同督察院详加甄别。在外各总督、巡抚，由吏部、都察院查明任内功过、称职与否，详加明奏。同时要求加强监察作用，纠举交通近侍、妄行干求、诬陷他人之徒，弹劾惩创贪虐官吏，并从中央及各省中清除、降处了一批不称职的高级官员。
第三，开始着手调整对广大汉族人民的政策。其中最重要的便是下令永停圈地。康熙八年（1669）六月颁布命令，称：“自后圈占民间房地，永行停止，其今年所已圈者，悉令给还民间。……至于旗人，无地亦难资生，应否以古北等口边外空地拨给耕种，其令议政王贝勒大臣确议以闻。”并令新满洲以官庄余地拨与耕种，指圈之地仍归民有。至此，入关以来这项扰民特甚的败政终于停止下来，其他各项工作也都逐渐纳入正轨。在康熙皇帝的率领下，清朝政权开始进入了一个向上发展的新时期。