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本始二说讨论的是佛性问题，但在论述佛性思想时，也从不同的角度阐发自己的因果观，这一节准备着重从理论上对二者的因果观作一简要考察。
本始二说之因果观有同有异。其相同之处，我们在上一节中已经指出，二者都看到因与果的区别。不同的地方在于，本有说在谈论因与果的相互关系时，更注重二者间的必然联系；始有说则在严分二者的基础上，强调因果转化的条件性。
本有说的基本立足点是众生有正因佛性在，他日必得佛果，以必有故，言佛性本有。宝亮曰：
明众生佛性亦然，非即身中已有一切种智，以有因故言有众生佛性。若无此天然之质，为神明之主，终不修因，除迷求解，正以神明之道，异于木石，可得莹饰，故习解虚衿，断生死累尽。 [212]
先有酪相在，因中说果，必有故言有也。 [213]
就是说，所谓本有者，非即身中已有一切种智，只为此众生身中有异于木石之神明正因，所以能除迷求解，断惑尽累，出生死而入涅槃。这有如乳中有酪相在，必能生酪。僧宗还以乳能生酪，而不生兔角，说明乳中有酪性生，而无兔角之性。 [214] 意思是说，乳与兔角风马牛不相及，故不可说乳中有兔角之性，反之，乳与酪有必然的内在联系，故可说乳中有酪性。灌顶在《大涅槃经玄义》中也曾引本有论者的主张曰：“木石之流，无有成佛之理，则非本有之用，众生必应作佛，今犹是因，因是本有，果是始有，本有有始有之理，即是功用义。” [215] 这一主张与上面言及的宝亮、僧宗的思想有相通之处，即都认为众生异于木石等无情物，由于有成佛之理，有成佛之因，故必作佛，必得佛果。本有论者这种果自因中出、有因必得果的思想，从理论思维的角度看，是有其合理因素的。因为，如果说十八世纪的法国思想家霍尔巴赫的“任何原因都要产生结果，任何结果都不能没有原因”“必然性就是原因与结果之间固定不移的，恒常不变的联系” [216] 等思想都曾作为对人类认识史的重要贡献而大书特书，那么，早在五六世纪间的中国僧人的这种肯定因与果必然联系的思想不能说对人类的思维进步没有启发意义。当然，佛性学说中这种因中说果的思想也不完全是中国僧人的创造，在印度佛教经论中已屡屡言及因果关系。如《中论》曰：“法从因缘有，不应言无因。若无因缘，则如我说。” [217]
《大般涅槃经》也说：
如来或时因中说果，果中说因，如世间人，说泥即是瓶，缕即是衣，是名因中说果。果中说因者，牛即水苹，人即是食。 [218]
《大智度论》也曾指出：
如人日食数匹布，布不可食，从布因缘得食，是名因中说果。如见好画，而言好手，是为果中说因。 [219]
这种因中说果、果中说因的思想是佛教学说的一种重要的思维方法。佛教学说在论及因果关系时，常常省去其中的许多中间环节，忽略了其中许多必要的条件，而把因果直接等同起来。例如著名的“直心是净土，贪欲即是道”等说教，就是因中说果而因即是果。这里有一段竺道生与佛陀跋陀罗关于因果佛性的问答，很可说明佛教徒有时甚至以果说果为平庸，以因说果为高尚。据传当佛陀跋陀罗问竺道生何谓涅槃时，道生答以不生不灭。佛陀跋陀罗便说，“此方常人见解”。道生问：“以禅师之见解何为涅槃？”佛陀跋陀罗手举如意，又掷于地，道生不悟，跋陀乃拂袖而去，道生的学生忙追上去问他。跋陀说：“汝师所说，只是佛果上的。”若因中涅槃，则“一微空故众微空，众微空故一微空，一微空中无众微，众微空中无一微”。跋陀在这里是以一多相即的思想谈涅槃之因果关系，这显然比本有论者走得更远。本有论者只说个因中有果，而跋陀及前面所引之《涅槃经》《大智度论》等却把因与果直接等同起来了。如果说，把原因与结果直接等同起来的因即果说纯属相对主义，那么，看到因果之间有必然联系的因中有果说无疑有一定合理因素。
始有论者并不否认众生有成佛之因性、可能性，但他们反对因中说果，反对因即是果，认为众生虽有成佛之正因性在，如果没有修道等条件，众生同样不能成佛。这有如乳虽能生酪，但如没有醪暖等条件，还是不能成酪；麻虽能生油，但如不加捣压，同样不能成油。
始有说首先以乳酪体味各异为例，说明因不即是果，因果非一。他们说：“若乳有酪体味应同，云何而得味各异，乳冷酪热是其体异，乳甜酪酢是其味异，其色亦异略而不辨。体味各异明非本有。” [220] 进而由酪须醪暖方有说明果是始有，非因中本有。他们仍以乳酪为例说明之，指出如果让乳摆在那里，不加工，不醪暖，即使放至一个月之久，乳还是生不了酪。只有在一定的条件下，用他们的话说叫“其缘具足”，乳才能生酪。“若乳中先有酪者，何须待缘耶？” [221] 既然须要待缘，则不能说乳中已有酪，因中已有果。
始有论者对乳酪关系的这一番论述，表达了他们这样一种因果观：原因虽然可产生结果，但原因不等于结果。原因要变成结果，还必须借助于一定的条件——缘因，只有因缘具足，结果始出。始有论者在这里自觉不自觉地指出了因果转化之条件性，这种思想无疑比以单纯的因中有果说要前进一步。
如果进一步去考察始有说的因果观，人们又可以发现，这种思想多出自《涅槃经》的正因、缘因说，而与《佛性论》的三因佛性说很相近。
所谓正因、缘因，慧远在《大乘义章》中释其名曰：
亲而感果名为正因，疏而助发名为缘因……若就菩提总为一果。佛性本体起果义强，故说正因，诸度等行方便助发，说为缘因。 [222]
就是说，直接产生果者为正因，起辅助作用的名为缘因。用现代哲学的语言说，正因是事物因果转化的内在根据，缘因是事物变化的外在条件。慧远认为佛性是感得佛果的根据所在，故名之为正因；六度及诸善行是助正因得佛果的外在条件，故号之缘因。此说与始有论者的正因、缘因说是一致的。在始有论者那里，正因是乳，缘因是醪暖。没有乳，醪暖不出酪。反之，只有乳，不加醪暖，也出不了酪。《佛性论》有三因佛性一说。始有论者所说之乳，有如《佛性论》所说之应得因，而所谓醪暖，实则是加行，由加行故，得因圆满成酪。由无加行（缘因），立因果各异。简单地说，这就是始有说之因果观，它的合理内核是指出了因果转化之条件性，即其缘具足，始可言有。
对照本始二说的因果观，一个注重因果之间的必然联系，主因必得果，一个严分因果并进而指出因果转化的条件性，这是从两个方面丰富了中国古代的因果思想，其历史价值应给予必要肯定。但是，如果从辩证唯物主义的观点看，不论是本有论者之因必得果说，还是始有论者之因非即是果观，都是一种宗教学说中的因果之网。原因与结果作为一对哲学范畴，原是为了揭示客观世界中先后相继的两个现象之间的必然联系。正如列宁所指出的：“原因和结果只是各种事件的世界性的相互依存的（普遍）联系和相互联结的环节，只是物质发展这一链条上的一环。” [223] 本始论者所说之因果，完全抽去了因果联系的客观性，因此，尽管佛经中谈了许多因果关系，却始终不能得出一个科学的因果观。这是其一。其二，辩证唯物主义因果观的基本思想是把原因与结果作为一个既对立又统一的整体和过程来看待，因此，主张原因与结果界限明确，因就是因，果就是果，不可倒因为果或倒果为因。但是，佛经之谈论因果，常常混淆原因与结果的界限，把因果视为一物，如泥即是瓶，牛即水草等。此中之差别在于：“辩证法，正如黑格尔早已说明过的那样，包含着相对主义、否定、怀疑论的因素，可是它并不归结为相对主义。” [224] 而佛教之因果观则以相对主义为归宿。我们在谈论始有说的因果观时曾指出他们一定程度地看到因果转化的条件，但这种说法只是在特定的范围内才有意义。因为如果从总体上看，不管是本有论者，还是始有论者，在他们那里，因果本身并不是“客观实在联系的一小部分”，而是“主观联系的一小部分”，因果律不是客观世界的反映，相反，世界是由因果之网织成的。这种思想和唯物辩证法的因果观相去之遥，实在不可以道里计。