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阿德勒早在和弗洛伊德一起做研究的时候，就把会对幼儿生活产生障碍的身体缺陷称作“器官缺陷”，并研究它对于性格形成所造成的影响。
1906年，阿德勒在星期三心理学会发表了一篇题为《精神官能症的器官性基础》的文章。这篇文章是阿德勒即将出版的第一本著作的摘要。
事实上，所有的精神官能症都是由器官缺陷，特别是特定的器官功能低下（例如视觉器官或听觉器官的功能障碍）引起的。其次，性功能障碍发生的主要原因，也大多源自身体先天上的缺陷。因为，体质的弱点会对性能力造成影响。再次，有器官缺陷的人为了适应社会，会试着去克服他的障碍。克服障碍的过程就称作“补偿作用”，而且常常会过度补偿，因为不知道要补偿到什么程度才够。听不见声音的贝多芬，或是先天口吃的古希腊演说家狄摩尼西就是最好的例子。这第三个论点，让与会者，特别是弗洛伊德眼前一亮。
阿德勒之所以提出器官缺陷的理论，与他的成长背景有关。他小时候曾罹患佝偻病，无法随心所欲地活动。他的父母为了锻炼阿德勒的体力，想办法鼓励阿德勒多到户外玩耍。他们在维也纳郊外的住家后面有一片广阔的草地，阿德勒在那里和许多朋友一起玩一些激烈的游戏，不久，他的佝偻病就完全好了。他不仅病痊愈了，而且很会替朋友着想。个性活泼的阿德勒变得人见人爱，不管走到哪里都受人欢迎。
另一个背景则是，阿德勒于1897年结婚后没多久，就在有名的游乐园入口处——普拉特地区的彻尔尼巷七号，开业当内科医生，他在那里替一群在游乐园工作的人进行治疗。通过这个经历，阿德勒看见这些靠体力与技能营生的人，都曾为身体先天的孱弱所苦，但后来都靠着自己努力克服这些弱点。
他在这个时候发表的文章，最后都集结在隔年即1907年出版的《器官缺陷的研究》中。弗洛伊德基本上认同阿德勒对于器官缺陷与补偿作用的想法，但他感觉这个想法会影响到自己的学说，也就是性冲动（Libido）是人格形成的基础。
阿德勒原先认为身体上先天的孱弱以及因为孱弱产生的自卑感若没有被克服，会使人产生精神官能症，但后来他放弃这样的想法。即使如此，弗洛伊德仍不认同补偿自卑的欲望可以从性冲动以外的形式去理解，而这正是阿德勒的想法。
阿德勒的《器官缺陷的研究》出版的那一年，学会内部出现很大的变动，会员人数增加到二十二人。随着学会规模变大，内部的气氛也跟着改变。隔年，星期三心理学会改名为“维也纳精神分析学会”。学会最开始那种温暖的一体感消失了，会员彼此之间互相斗争，进行人身攻击。但阿德勒并没有卷入这样的斗争中，反而扮演调停纷争的角色。
阿德勒与弗洛伊德分道扬镳的诱因之一，就是他发表了关于“攻击性”的理论。阿德勒在《一般人与精神官能症患者的攻击冲动》这篇1908年发表的论文中，谈论性冲动与攻击冲动的存在。这两种冲动的目标都是获得快乐，对于前者的论述已经包含在弗洛伊德的理论之中，所以阿德勒把焦点放在对于后者攻击冲动的论述。
“从孩子第一次面对外在敌对环境的姿态（往往是第一次哭泣的时候）便可得知。仔细检讨这个现象后我们了解到，这样的态度通常来自一个人无法使器官获得快乐时。这种状况，以及对于个人的周遭采取敌对、好战的态度所衍生出来的人际关系就是选择战斗，借此满足个人需求，我把这样的冲动称作攻击冲动（Aggressionstrieb）。”（《治疗与教育》）
小孩子一出生就希望可以得到快乐，但他还太小，充满敌人的周遭世界妨碍他获得快乐。为了获得满足而涌起战斗欲望的动力，会使小孩子成长。原本的攻击冲动是以比较纯粹的形式被表现出来，像是打人、咬人，或作出让对方感到害怕的事，等等。长大之后慢慢会演变成运动、竞争、决斗、战争、支配欲望、不同人种之间的斗争等具有破坏、攻击性的行为。但相对地，攻击冲动也可以引导出对社会有用的行为以及天赋。
如同前面说的，除了性冲动之外，弗洛伊德不认为补偿器官缺陷的欲望有其他可能，他也不承认阿德勒所认为的，攻击冲动独立于性冲动、性欲望之外，直到后来弗洛伊德看到人们在第一次世界大战中的残忍行为，才承认人天生就有攻击冲动。
反倒是阿德勒自己后来否定了被弗洛伊德所认定的：人天生具有攻击冲动。阿德勒和弗洛伊德都因为第一次世界大战的关系，对于人的本性的立场产生一百八十度的转变。为什么会发生这种事？等后面我们讲到阿德勒学说的核心概念“共同体”（德语Gemeinschaftsgefühl，又译为“社会情怀”或“社会意识”）的感觉时再来探究原因。因为这个概念不仅可以明显看出这两人在思想上的差异，也可以通过阿德勒对于人的本性的看法，探寻我们这个世界未来的走向。
阿德勒认为虽然攻击冲动可以归结于破坏性、攻击性的行为，但它同时也可以引导出有用的行为与天赋，若能注意到这一点，就可以知道“攻击冲动”这个名称取得并不适当。因为阿德勒暗示我们，攻击冲动可被引导转变（Kulturelle Verwandlung）成慈悲、同情、利他主义、关怀他人不幸等对社会有用的动力。至于什么东西促使这样的转变发生，阿德勒在1908年发表的论文中认为这个冲动是由“文化”决定的，但他在1914年出版的《治疗与教育》一书中，把该论文中的“文化”改成“与生俱来的共同体感觉”。
总之，阿德勒所说的攻击冲动，并非意味着潜藏于人心中偶尔会激烈出现的攻击本能，而是可以被引导，并且转变成为对社会有贡献的动力。阿德勒在提倡共同体感觉以及思考它的意义时发现了这个问题，随即转换观点，认为争吵或战争不应该归因于人的攻击本能。
同样在1908年，阿德勒写了一篇论文《儿童的情感欲望》。阿德勒在这篇论文中主张人皆有内在的情感欲望，这些欲望最后都会与“触、见、闻”等生物性的欲望合流（互相影响）。小孩子绝大部分的成长发展，都与如何恰当地引导这些复合欲望息息相关。
这种情感欲望在早期出现的状况“十分明显，很容易看得出来。小孩子就是希望被溺爱、被称赞，喜欢黏人，喜欢黏在自己喜欢的人身边，想要和他们睡在同一张床上。这样的欲望最后会演变成渴望获得充满爱的关系，他会开始爱身边的人，也会对于友情、共同体感觉产生爱的感觉”。
“小孩子绝大部分的成长发展，都与如何恰当地引导这些复合欲望息息相关……在他的冲动获得满足之前，应该迂回地把（小孩子的）欲望引导到文化上的表现。这样就可以把他追求爱的方法与目标提升到更高的层次。这时他内心就会产生纯粹的共同体感觉，只要他的目标被转换成其他形态，（小孩子）内心的共同体感觉就会觉醒……（但是）假如小孩子……无法（学习）等待，而只是想获得原始形态的满足，他的欲望将会转变为直接的、感觉性的欲望。”
如同前面提到的攻击欲求可以通过“文化”（后来被改为“与生俱来的共同体感觉”）引导转变为对社会有用的贡献一样，把情感欲望提升到更高的层次，可以使孩子心中的共同体感觉觉醒。
后来阿德勒对于溺爱提出强烈批判，他认为即使小孩子渴求溺爱或被称赞，也不应该直接满足他的欲望。因为“情感”可能会变成“溺爱”，“情感欲望一旦被引导到错误的方向”，一定要立刻引导回来。正确的方向要依靠共同体感觉指引，把他的欲望引导到对社会有益的事情上。
我们后面会看到，阿德勒正式提倡共同体感觉的概念，是在第一次世界大战的时候，也就是说，当他还和弗洛伊德一起活动的时候，这个思想已经在他心中萌芽了。
霍夫曼指出，弗洛伊德很可能没看到阿德勒写的这篇关于情感欲望的论文（霍夫曼《阿德勒的生涯》），假如他有留意到这篇论文，一定会对阿德勒把情感欲望独立于性冲动之外的观点提出异议。
不管是前面说的攻击冲动或是情感欲望，阿德勒把它们与性冲动同样并列为驱动人行动的力量，这意味着阿德勒认为驱动人行动的力量不止一种。就这点来看，他已经和弗洛伊德的见解出现差异，不过这时阿德勒的学说思想尚未发展到巅峰。综观以上分析，我们可以得知在1908年这个时间点，通过共同体感觉指引攻击冲动与情感欲望宣泄方向的这个观点，已经在阿德勒心中悄悄萌芽，并开始构思这个理论了。