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1945年8月日本战败投降，战前的国家体制崩溃。在以美国为主的占领军主导下制订的《日本国宪法》，明确了国民主权、象征天皇制以及保护基本人权的内容。在此之前，在皇国史观指导下的以“记纪神话”为信史的原始古代研究被否定，代之而起的是以客观反映国民历史为使命的科学历史学。而战后考古学也在对战前、战时的研究不断反思和反省的过程中，逐渐走向新的阶段。
1948年，日本考古学协会成立，该协会以自由、民主、平等、互惠、公开为原则，以推动考古学发展和践行社会责任为宗旨，是战后日本在人文社科领域组建的第一个全国性学术组织，发行学术刊物《日本考古学年报》。经过70多年的发展，该协会会员从成立时的170人，增加到目前约4200人的规模。在《日本考古学年报》早期刊登的“研究趋势”栏目中曾指出“根据文部省颁布的《中学校历史教授要项》的规定，日本全国各地的学校展开了发掘贝冢、古坟、寺社遗址、城堡遗址的考古热潮（1950—1951年最为盛行）”。对于专业考古研究者而言，这一方面增加了破坏历史遗迹、遗物的担忧，另一方面也确实提高了考古学在全社会的关注度。考古学协会内部设置了专门从事考古调查的特别委员会，并获得文部省的研究经费支持。在战后最初十年内，该委员会主持发掘的主要古坟包括福冈县一贵山铫子冢古坟、广岛县三城古坟、冈山县佐良山古坟群及金臧山古坟、和歌山县东国山古坟、奈良县栉山古坟及室宫山古坟、大阪府紫金山古坟、京都府椿井大冢山古坟、三重县石山古坟、福井县足羽山古坟群、富山县朝日长山古坟、东京都狛江龟冢古坟等，可以说囊括了日本各地、各时期的所有类型古坟。
随着大量最新古坟发掘报告的刊行，有关古坟的整体认识以及棺的形态、埋葬设施结构、附葬品的种类与构成相关认知均有巨大的提高。小林行雄在批判性继承后藤守一与梅原末治研究成果的基础上，于1955年发表了具有划时代意义的论文《古坟发生的历史意义》
，试图重建以前期古坟为中心的时代像。以上述战后十年古坟调查发掘出土的东汉中期铜镜与曹魏三角缘神兽镜的组合陪葬案例为对象，小林针对这种现象提出了“传世镜论”与“同范镜论”的新学说。他认为作为共同体的宝器而被各地长期使用的汉中期铜镜，在传世的过程中不断减少甚至消失，为解决这一需求而出现了日本本土仿制的同范镜。小林将器解释为反映了首长的世袭化和大和政权对这种世袭化的承认，并指出同范镜的分配背后是大和政权与各地方首长之间产生了新的支配与从属的政治关系。最终提出，汉中期铜镜在传世与陪葬过程中的消失、同范镜反映的大和政权与地方首长的政治关系以及古坟的出现这三种现象，是显示古坟时代成立的核心特征。
战后的历史学界从战前的政治压迫中获得解放，并在战后初期积极探讨从理论性和体系性视角重新研究日本原始古代的历史。例如，1949—1951年日本历史学研究会召开的大会主题分别为“世界史的基本法则：关于各社会结构的基本矛盾”、“国家权力的诸阶段”、“历史上的民族问题”。可以说，历史研究在走向理论化的过程中，不断向政治接近。而小林的上述新说，除了受到新出考古资料的启发外，也不可避免地受到当时日本学界潮流的影响。尽管也有学者对小林的研究提出质疑，但小林在研究方法上的开拓性贡献——将考古学从文献的辅助地位提升到为历史学研究文献同等的地位——令其获得大多数学者的高度评价，并对此后的古坟时代研究产生重大影响。到了1960年代，作为战后历史学研究主流的马克思主义历史理论不断走向精细化，学界开始将“社会构成论”、“共同体论”等次级学说应用到古代国家形成问题的研究之中。
西嵨定生在小林研究的基础上，认为铜镜的分赐是伴随政治关系成立的次生现象，而古坟是表现豪族与大和政权间政治关系的媒介物，这意味着新的政治关系深入到原有的“包括以构成大和政权中核的氏族联合为中心而形成的具有拟制同族关系的全部地方氏族的秩序体制”。
尽管西嵨将氏姓秩序向大和政权的发展看作是线性发展的观点受到其他学者的怀疑，但将古坟视作大和政权的某种身份秩序表现物的观点已经成为某种通说。
1970年代以后，高速经济增长和国土开发热潮让考古发掘工作突飞猛进，相关的研究人员数量也急剧增加。1972年在奈良县发掘的高松冢古坟中发现了色彩艳丽、绘制精美的壁画
，现已被日本文部省认定为国宝。日本各种媒体争相报道，从而引发了日本国民对古坟时代历史的新一波热潮。高松冢古坟壁画中女子衣着妆容服饰均可觅得六朝的踪迹，妆容虽与唐初长乐公主墓中《群侍图》十分相近，眉毛细弯，边缘圆滑，却与其余唐初形象资料大不相同。唐初女子虽仍画长眉，但已初现桂叶之状，眉毛纹理清晰，并且《群侍图》中女子额上靠近发际线处横长的面饰也与前代更为相近。另外，高松冢古坟壁画与《群侍图》女子均着条纹裙，这种服饰是南北朝时开始出现，在唐初大为流行的一种服饰，根据日本学者对高松冢古坟壁画中人物服饰的研究，高松冢古坟壁画中服饰确实与高句丽古坟壁画极为相近，而这种上衣很有可能是在气候较为寒冷的鲜卑地方习俗。目前，奈良县在高松冢古坟的发掘位置附近建立了专门的高松冢壁画馆，陈列临摹的壁画、石棺以及刀具、海兽葡萄镜等随葬品的复制品模型。此后的二十年里，考古学对古坟时代的研究除了编年问题和出土资料的样式问题等之外，研究的重点已经变成对当时的生产与流通、礼仪与祭祀、家族与阶层、权力与集团关系等课题上了。
此外，近藤义郎的专著对古坟时代对于日本列岛古代国家形成的意义进行了全方位讨论，都出比吕志则提出“前方后圆体制”为初期国家的观点。
都出作为马克思主义史学者，从很早之前便主动对弥生时代到古坟时代的社会发展作理论性归纳。他在1980年代接触到克莱森和斯卡尼克（Claessen and Skalnik）等新进化主义人类学者提出的社会发展论后，即试图将其用于对日本古坟时代与早期国家形成关系的研究之中。都出不仅对新出考古资料进行全面梳理，而且还对文献史料中记载的律令制国家以前的社会变化进行重新检讨。最终，他认为日本古坟时代的社会已经形成了以中央政权为中心，在政治、社会、经济等领域具有稳定秩序的初期国家。
除此之外，这一时期日本与韩国学界就古坟时代的合作研究也日益频繁。随着韩国国内调查研究的进步，双方在人才、物资和信息方面不断增进交流，特别是韩国西南部的前方后圆古坟受到日本学界的关注。1991年泡沫经济崩溃后，一方面考古发掘事业走向停滞，另一方面日本政府对考古和历史研究的经费支持大幅削减，从而导致新出资料和研究人员数量急剧减少。与此同时，日本社会对考古学和历史学研究存在的意义本身也产生疑问，经济的不景气使得不直接创造经济价值的人文社会学科的研究人员不得不重新思考其如何回应社会的质疑和担负社会责任。