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石器的使用仍很普遍，与绳纹时代相比，打制石器显著减少，磨制石器大为增加。后者主要是刀、镰、凿、斧、锛等工具和农具。福冈县的今津、今山和立岩遗址发现有专门制作磨制石斧和石刀的加工场遗迹，其制品在九州北部乃至中部地区分布广泛，可见磨制石器的制作已专门化。到了晚期，由于铁器进一步普及，石器才迅速减少，乃至绝迹。收割工具主要是石刀，此外还发现有少量的石镰和蚌刀。石刀发现数量最多，主要有直背弧刃、弧背直刃、弧背弧刃、直背直刃几种。多数为双孔石刀。石刀的形状因地域而异，或者因时期不同而发生变化。早期流行的是直刃弧背的半月牙形石刀，这是九州地区残留的形制；背及刃都呈弯曲状以及刃是直线型的石刀，为近畿和其他地区弥生时代中期的代表。这类石器的共同特征是，即使形状不同，但均在背部中央部位穿孔，并且有两个穿绳孔。当时的石刀是将绳子套在指头上使用的，并不是像现在把镰片固定在木柄上使用。
根据弥生时代炭化了的米粒，可见许多稻穗还照原样保留了下来，亦可知用石刀并不是从稻子的根部收割，而是仅摘取穗部。安山岩原石的分布地带以濑户内海为中心，在这一区域内有用安山岩原石制成的打制石刀。因这种石头非常坚硬，穿孔相当困难，因此两端留出突起物做成绳挂的为多。磨制的石刀在宫崎县曾经发现过，也是没有孔的这种形式。砍伐工具主要为石斧。弥生时代的磨制石器最具特色的是大型蛤刃石斧。这种断面呈椭圆形的大型棒状石斧，其刃部是从两面磨制成圆弧刃，无论从正面还是从侧面看，都似贝类的腹缘形状。其形体较重，比起锐利的刃部来，似乎整体的重量更便于利用，是一种很好的切割、打击石斧。这种石斧的石质限于闪绿岩、斑砺岩等火山岩。而且它附带有与刃平行的长柄，石器上也留下了安柄的痕迹。
与水田作业有关的农具主要是木锄、木耙和木锹（耜）等。木锄有宽刃和窄刃两种，也发现两端有刃的木锄。木耙为多齿的，一种为器身窄长的一种为器身短宽的。北部九州地区的木锄、木耙大多数为窄刃，形体较长；而在近畿地区发现的木锄、木耙多为宽刃和多齿的，有的木耙有5个齿；木锹的形状多样，有长方形、三角形、菱形和梯形等。亦发现少量多齿的木锹。木杵、木槌、木臼是加工稻米的工具，发现数量较多。在静冈市有东第二遗址发现的实物臼，高51厘米，口径62厘米，四面垂直并作出棍状的把手，特别精致。杵长1—1.5米，直径7厘米。木杵的中间较细，便于把握。另外还发现有突出两头的竖杵。从铜铎的纹饰看，两人双手持杵状物，一个臼放在中央，两人交互进行舂米。弥生时代出土的农具主要为木制和石制，木制工具有锹、锄、多齿粑、田舟、田屐等。收割工具主要为磨制的双孔石刀、打制的两侧带缺口的石刀、石镰和贝刀等。作为碾米的工具主要是木制的臼、杵，有的为两头的竖杵，加工的方法在铜铎的纹饰上有所表现。以上这些工具均与水稻的种植、收割和加工有直接关系。绳纹时代除石器外，还有许多角骨器作为辅助用品。而弥生时代木制农具与石器同时存在，其中石斧类型较多且造型先进，比绳纹时代要进步得多。在弥生时代早期阶段，木器和石器仍是当时主要的生产工具。
自从中国传入铁器以后，铁制工具在当时的农业生产和日常生活中已开始逐步发展起来。作为铁器文化的先驱，九州北部地区虽然在弥生时代早期已有铁器发现，但直到中期以后铁制工具的数量才开始明显增多。铁器的种类包括掐刀、锸、镰等农具；斧、凿、刀、鉇（刨子的一种，细长铁棒，前端为三角形，略弯曲，柄部夹上木片并用布包起来，用此物修整木材表面）等生产工具：剑、戈、矛、镞等武器；以及鱼镖、鱼钩之类的捕捞用具。早期的铁器是从大陆输入的，中期和后期则主要利用输入的铁料在日本本地加工制作。
与渔业有关的发现是骨鱼钩、铁鱼钩、骨鱼鳔、铁鱼鳔、陶网坠和石网坠等，此外，在距海较近的遗址中发现大量贝壳和鱼骨等。近海捕鱼所用的木舟亦有发现。在铜铎上也有表现两端上翘的木舟，舟上有多人挥桨划水的场面。弥生时代发现的鱼钩既有骨制的亦有铁制的。在西北九州地区，绳文时代流行的F类西北九州型骨鱼钩，在弥生时代分布范围已扩至山阴地区，如在鸟取县境外港的海底遗址和松江市西川津遗址均有出土。与此同时，在濑户内海沿岸亦有发现，只是鱼钩有的已开始变小，钩与轴的结合方式为榫卯结构。随着弥生时代晚期铁制鱼钩的出现，复合式鱼钩逐渐消失，但作为钓鱼用的鱼钩然是以骨角制为主。
在九州地区还发现有铁制鱼镖。而在爱知、三重县及琵笆湖沿岸出土的鱼镖，与绳文时代中期出土鱼镖非常相似，应是受到了绳文时代鱼镖的影响。所不同的是，弥生时代出土的鱼镖可见明显的铁刀修刮痕迹，整个镖身更加细长精致，最长者达45厘米，系用大型鲸骨制作而成。弥生时代发现的鱼镖虽承继了绳文时代的风格和制作工艺，但制作技术更加精细和实用。鱼镖的尾端除少量有铤外，多数为有銎式，更利于安柄。前端则多加工成深凹槽以镶嵌石镞。在弥生时代，燕型、惠山型、寺胁型几种是由绳文时代的同型鱼镖文展而来的。
燕型：以尾端分2—3个叉，状似燕尾而得名。整体形状不固定，长短不一，尾端多偏向一侧，多为2个叉，少量分3个叉。前端多呈对等三角形。横截面多呈圆形或椭圆形，有少量横截面呈菱形。有部分前端凿有深凹槽以镶嵌石镞或野猪牙镞。镖身中段修刮成一周浅凹槽，或在浅凹槽处有对钻圆孔。与南境型和沼津型鱼镖最大的区别在于，燕型鱼镖的尾端有銎以利于木柄插入，有的两翼有多个倒刺。在北海道南部地区亦发现有少量燕型鱼镖，其形状与绳文时代的燕型鱼镖大体相似，但罕见倒刺，有的鱼镖器身有刻划纹。
寺胁型：以福岛县いわき市寺胁贝塚遗址命名。整体呈圆锥状。前端横截面多呈圆形，罕见菱形。中部偏下修刮成一周浅凹槽，有的在浅凹槽处有对钻圆孔。尾端外撇呈四瓣瓦状凹缺，中有一銎以利安柄。分布区域主要在磐城海岸。
惠山型：以北海道尻岸内村惠山贝塚遗址命名。惠山型鱼镖是受到绳文时代一王寺型和燕型鱼镖的影响而产生的，其形状兼具两型鱼镖的特点。有的鱼镖两翼倒刺多而长，或前端安有石镞。器身中下部有对钻圆孔或一周浅凹槽。
在弥生时代晚期海岸边的一些遗址中发现了大量的石锤。这些石锤被认为是用来投掷出去砸击鱼的。这些发现表明大规模渔业的存在。渔业发达的标志之一是以能自由驾驭渔船为前提，当然也就能使更多的人共同参加捕鱼作业。弥生时代虽说是以农耕为主，但同时还兼营狩猎、渔业和采集等活动。这一时期狩猎对象以野猪和鹿为主，多数都是用弓箭射杀的。射杀的方式在铜铎上有所体现，还铸出了数头猎犬。狩猎用具中发现有木弓，数量较多，最大的约2米，小的约0.6米。石镞发现数量最多，新出现了铜镞，多带铤。其他作为杀伤性武器还有仿铜器的石剑、石戈、石矛和石翘首刀等。弥生时代的石镞形状以有茎及菱形为多，也发现有一定数量的凹尾形石镞。这是一个时代的变化，而且石镞有渐渐变大的倾向。铜镞可以分为有棱有铤及扁平无铤两类。铜镞多发现在山阴地区，而同种类型的磨制石镞在九州东部和中部地区出现，到了中期特别发达。铜镞分凹尾、燕尾、平尾、有铤三种。中部地区的磨制石镞，其特征之一是中央穿孔，而且同时期的铜镞也往往穿孔，大概是这一地区一种特殊的打制石镞方法。
这个时代除石镞、铜镞外，还发现了其他骨角制的镞。弥生时代晚期石镞开始锐减，铁镞数量大增。主要为分凹尾、燕尾、平尾、有铤三种。弥生时代弓箭的制作非常发达。从奈良县唐古遗址的考古发掘资料可知，除了用直径2厘米的树枝在两端削出弭这类简单的圆木弓外，还有一种弓箭，直径3厘米左右，里面刻出血槽、节的部位，用樱桦固定住，再涂上黑漆，非常精美。至迟在弥生时代早期已有少量的使用，是一种2米左右的长弓。与弓箭并存的是弥生时代早期流行的一种投掷工具。它是一种直径为2—3厘米的陶球，外形像橄榄球一样，两端较尖。球的形状虽有两种，但都较小。因是烧制而成，所以非常坚固。打制的石矛多出土于安山岩丰富的地方，早期形体较小，中期以后体加宽，中央有棱，这有可能是模仿金属器，或者认为它具有金属器的功能才这么制作的。