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日本战败后，盟军对日本实施占领的同时开展了一系列的民主化改革。在学术研究领域，战时极端的历史观和方法论被批判，马克思主义史学作为“科学的历史学”逐渐成为学界的主流理论方法。在此背景下，日本史学界对原始古代的研究逐渐分化为历史唯物主义和纯实证主义两种方法论倾向。
1947年对静冈市登吕遗址的调查发掘工作，吸引了当时日本考古界的关注。该遗迹原本是战时建设军工厂的过程中发现的一处农耕聚落遗迹。日本考古学会在1948年专门成立了登吕遗迹调查特别调查委员会，历时数年时间对该遗迹进行了考古发掘。这项发掘工作极大地促进了有关弥生时代的研究。不仅出土了与唐古·键遗址类似的大量木制农具和建筑构件，而且还发现了附带灌溉设施的大型水田遗迹以及立柱建筑等集落住所遗迹，从而为研究弥生时代的农耕集落提供了可视化材料，具有划时代的意义。
此外，战后不久对福冈县石崎遗迹、佐贺县叶山尻遗迹、熊本县藤尾遗迹的发掘中，不仅发现了瓮棺墓，还发现了大量的支石墓，从而为弥生时代的葬制研究提供了新的视野。
随着日本各地考古发掘工作不断取得进展，除了弥生土器的样式论、弥生文化的地域性差异以及弥生时代编年等领域的研究不断推进外，还出版了利用最新的考古资料综合讨论弥生集落社会、墓葬与祭祀以及社会生产关系等宏大课题的专门著作。
秉持唯物主义的和岛诚一指出：“弥生时代是原本处于停滞的采集狩猎经济阶段的绳文日本人，受到大陆农耕文化的积极影响而过渡到以水稻为中心的经济阶段，并且开启了日本人从此之后以米为主食的历史的时代。在思考该时代的成立与发展方式时，必须统合其所处的客观条件再进行理解。”
尽管是半个多世纪前的观点，但在今天仍然影响着日本学界对弥生时代的整体认知。近藤义郎在回顾战后二十年日本考古学发展时认为：“随着对登吕遗址研究的深入，开启了弥生时代农业论的活跃讨论，并逐渐成为许多考古学者的常识。但是今天看来，倒不如说这种议论有势头逐渐衰退的感觉，而且让人感觉学界对土器样式的细致分类、弥生时代与绳文时代的关系等问题的关注和兴趣跑到前面去了。”
也就是说，近藤认为学界仍有必要从宏观视角和理论化的角度对弥生时代作进一步的探讨，这在当时仍是尚未完成的课题。
战后日本经过十年左右的恢复期，经济发展进入快车道。进入1970年代以后，日本迈入发达国家行列，并继续保持了二十年的经济成长。在此期间，各地大量修建机场、高速公路，并且房地产行业也快速扩张，而这些因素也给日本考古学的发展带来巨大影响。有关弥生时代的研究也不会例外。随着日本全国各地大兴土木，保护性的考古发掘也大量开展，出土了庞大的考古资料。在这些新资料的支撑下，日本学界开始重新思考战后至1970年代对弥生时代的研究，尝试构建出全新的弥生时代像。如马克思主义史学家原岛礼二、都出比吕志、山尾幸久等学者在前述和岛和近藤的弥生时代论基础上，分别总结出家庭共同体、农业共同体、首长等社会性概念，并提出了弥生社会走向阶级社会的假说。
这一时期，除上述理论性和总括性探讨弥生时代史的成果外，更多的研究是各地基于自身掌握的庞大考古资料而进行的地域性探讨，或者说有关地域社会状况的探讨。其基本方法是从时空角度对某些地区已经发掘的遗址的分布、选址进行动态考察，以此为基础探讨某地区的政治、社会和经济背景。如寺泽熏将遗迹的时间动态看作“遗迹群”，并尝试将各群中抽样检出的考古学特征看作地区性农业共同体的政治性权力的酝酿和社会性特征。
这种地域社会论的发展，还相应的带动了对某些次级问题的研究，比如对弥生时期某些地区的自然环境的复原、地区之间的贸易与交流以及土器编年的精细化等等。此外，在对日本弥生时代进行地域性研究的过程中，日本学界还倾向于引进欧美的地域社会研究理论并在某种程度上将其视作范式或者模型。酒井龙一借助当时在欧美学界流行的聚落考古学理论（Settlement Archaeology），尝试将各地的考古资料体系化，并提出遗址群考古学的概念。
这一时期另一影响日本弥生时代研究的重大事件是中日邦交正常化。1972年9月，日本首相田中角荣闪电访问中国，并迅速完成了中日两国邦交正常化的外交谈判。这不仅带来了地缘政治的重大变动，也让日本学界的对外视野从关注欧美扩展到关注东亚，从而真正具有了全球性的研究视角。具体而言，1970年代以后的日本弥生时代研究者开始从东亚区域视野出发关注弥生人的来源路径、水稻及农耕传播谱系、列岛环濠聚落及墓葬与东亚大陆的比较、青铜器与铁器的流入及制作技术等问题。而弥生时代的日本以乐浪郡为中转开展的对汉帝国的外交活动尤其受到史学界的关注。
进入平成时代（1989—2019年）后，随着日本泡沫经济崩溃，大规模的土木工程失去了原动力，考古挖掘工作也大量减少，导致此前依靠不断新增的庞大出土资料进行的研究难以为继。不仅如此，2000年藤村新一考古造假事件被媒体披露后也让史学界反思此前过于重视考古资料的研究方法。从另一个角度来说，考古发掘热潮的褪去反倒刺激了历史学界不断探讨新的研究视角、理论和方法。进入21世纪以后，从事弥生时代研究的学者相继从农业技术与生产力论、战争论、观念与意识形态等崭新的角度开展研究，拓展了对弥生时代的认知。
如第二章说述，九州岛北部地区已经发现了绳文时代晚期的水田遗迹和灌溉设施。现代考古学通过最新的自然科学技术对动植物遗体、花粉残留、植物硅酸体进行分析研究，认为在弥生时代以前已经出现了旱稻种植。不过，最新的研究也表明即使在弥生时代日本列岛的农业生产力仍然相当落后。通过对这一时期植物遗存的累计量以及水稻栽培技术的复原，可以推测出当时的稻米产量并不高，弥生人的日常饮食除稻米外还需要其他旱田作物作为补充。
对农业技术和生产力水平的探讨，与如何认识弥生时代的政治形态密切相关。史学界一般将日本古代王权的形成追溯到弥生时期，因为进入农业社会是生产力水平提高的表现。水稻的种植不仅让人类改为定居生活，而且有可能出现粮食的剩余，进而在财富分化的背景下出现政治权力的分化。假如上述弥生农业生产力落后、水稻产量不足以保证基本粮食要求的论断成立，将对弥生政治史的通说产生巨大冲击。对此观点，很多学者提出批评。如小林借助最新理化学技术对已发现的水田遗址面积、稻米残留物、弥生人的烹饪方法等进行研究后，认为弥生时代的农业技术和稻米产量已经很高，米饭已经是普遍化的食物了。
应该说，通过最新的自然科学技术对弥生考古遗迹、遗物开展研究已成为重要的方法，但如何将其与既往的一些政治史、社会史概念及定说进行有效的勾连仍是未解决的问题。
除弥生农业技术和生产力论外，有关弥生时代的战争论也是目前学界的前沿课题之一。松木武彦、宇多川武久等学者，重新从军事角度对已出土的石簇等武器以及作为防御工事的环濠聚落和高地集落进行综合性分析，从而将其隐含的战争意义推广到整个学界。
这些学者提出，从弥生时代开始战争这一人类憎恨的行为与国家形成阶段相重合，各个部族、地域共同体等人类集团之间的杀戮行为成了推进集团政治统合的重要力量。不过，目前的研究多基于已经出土的带伤人骨、遗址的战争痕迹推断当时的战争规模、战斗形式以及参战人员的构成等课题。对于这些战争行为到底是哪些人类集团之间为了什么目的，以及产生了何种后果等问题，尚有争议。特别是长期受到历史学界关注的“倭国之乱”的原因及结果——亦即邪马台国问题，仍有进一步讨论的空间。前述松木的著作提出的战争与早期国家形成相关的内部机制问题，为武力行为的产生提供了新的观察视角。
目前，学界在探讨弥生时代战争的产生原因时，主要有两种分析框架。第一种框架认为，在新的农耕经济系统形成后，为了争夺水源乃至人口，相邻人类集团之间的小规模冲突不断积累，最终发展为不同集团为了强化自身力量而采取联合作战的策略，最终形成地区性的统治与从属的政治权力关系。另一种框架则重视跨地域间贸易网络产生的影响，特别是弥生时代中期以后铁器的传入与普及过程中，不同地区的接受度存在差异，导致了不同人类集团实力差距的变化。换言之，更早引入铁器的集团将占据明显的优势，从而通过对外战争控制更大范围的地区。从这种分析框架来看，倭国之乱也可以被看作九州北部势力与以近畿为中心的人类集团之间围绕铁资源的供给渠道产生了大规模的军事冲突。这两种分析框架，都是从经济性机制的视角观察弥生时代战争频繁爆发的内在原因。
有关弥生时代观念与意识形态的研究也是新近出现的重要课题。有关弥生时代的文字资料极为有限，因此这一领域以往多从属于神话学、人类学的研究范畴。但随着对考古遗存中有关农耕礼仪、祭祀以及墓葬等资料的分析和复原，有关弥生人的精神世界的研究越来越成为前沿。目前，最具代表性的研究者是金关恕、春成秀尔、光本顺等人。当然，资料的缺乏导致这类问题的研究多少会让学者的讨论陷入某种偏见乃至牵强附会之中，要取得令人信服的研究成果实属不易。对原始古代社会观念与意识形态的研究，某种意义是受认知考古学影响的产物。弥生时代研究中的认知范围主要包括弥生人的祖先认知、祭祀活动等信仰问题以及绘画、物品造型等艺术观问题。如光本顺通过对弥生时代表现人物的绘画、人俑中面部表情、肢体动作、衣装纹样等的分类和分析，将这些出土资料进行编年化排序，并尝试探讨编年与这些身体属性之间的关系，从而得出结论认为在弥生中期前半段重视行为和劳动，而在弥生中期后半段至古坟时代前期则更注重头部表现。
当然，这样的研究虽然从观念变迁角度切入，但尚未就这种认知背后的动因、意义作出理论性的总结。而且结论过于简单，难以将其纳入到对弥生时代的政治和经济问题探讨之中。