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律令制国家的地方行政机构，最初实行国、郡、里制。律令制规定，每里五十户，设里长一人，职责范围是检校户口、课租税、催赋役等。但是，灵龟年间（715—717），增加乡一级行政单位，地方行政变为国—郡—乡—里四级结构。天平十二年（740）左右，里一级行政单位被取消，地方行政再次恢复至三级结构，即国—郡—乡。
一般认为，全部或部分保留至今的《播磨国风土记》《常陆国风土记》《出云国风土记》《肥前国风土记》《丰后国风土记》，这5国的风土记都是依据和铜六年诏令于奈良时代完成的。
因此地方行政的国—郡—乡—里四级结构也反映在风土记的记载中，举例如下：
（1）出云国共有9郡62乡181里：
意宇郡 11乡33里；岛根郡 8乡24里；
秋鹿郡 4乡12里；楯缝郡 4乡12里；
出云郡 8乡23里；神门郡 8乡22里；
饭石郡 7乡19里；仁多郡 4乡12里；
大原郡 8乡24里。
（2）肥前国共有11郡70乡187里
基肄郡 6乡17里；养父郡 4乡12里；
三根郡 6乡17里；神埼郡 9乡26里；
佐嘉郡 6乡19里；小城郡 7乡20里；
松浦郡 11乡26里；杵岛郡 4乡13里；
藤津郡 4乡9里；彼杵郡 4乡7里；
高来郡 9乡21里。
（3）丰后国8郡40乡110里
日田郡 5乡14里；球珠郡 3乡9里；
直入郡 4乡10里；大野郡 4乡11里；
海部郡 4乡12里；大分郡 9乡25里；
速见郡 5乡13里；国埼郡 6乡16里。
从上述数字可以看出，每乡所管辖的里数并不是划一的。以出云国饭石郡为例，所属7乡，其中熊谷、三屋、饭石、多弥、须佐5乡，每乡由3里构成；波多、来岛2乡，每乡由2里构成。在《出云国风土记》中，关于所辖的各乡、里有如下记录：
出云
合 神社 叁佰玖拾玖所
（中略）
玖郡 乡陆拾贰所 里一百八十一 余户肆 驿家陆 神户漆 里一十一
意宇郡 乡壹拾壹 里卅三 余户壹 驿家叁 神户叁 里六
岛根郡 乡捌 里卄四 余户壹 驿家壹
秋鹿郡 乡肆 里一十二 神户壹 里一
楯缝郡 乡肆 里一十二 余户壹 神户壹 里一
出云郡 乡捌 里卄三 神户壹 里二
神门郡 乡捌 里卄= 余户壹 驿家贰 神户壹 里一
饭石郡 乡漆 里一十九
仁多郡 乡肆 里一十二
大原郡 乡捌 里卄四
右件乡字者 依灵龟元年式 改里为乡 其乡名字者 被神龟三年民部省口宣 改之
其中出现了“余户肆”“余户壹”的记载，所谓的“余户”，是以“五十户为一里”为原则编里后，所产生的剩余户。余户数若是大于或等于十户，则编成一里，置里长一人；若是不满十户，则寄附于大里。
律令制国家规定的地方行政组织中，并没有“村”，但是在文献史料和考古资料中，屡见有关“村”的记载，从中可以窥见律令制国家时代的地方社会的生活实态。在成书于奈良时代的《风土记》中，记录了大量的村名，根据《常陆国风土记》《出云国风土记》《播磨国风土记》的记载，可以列举其中一部分的村名如下：
常陆国 新治郡 笠间村
信太郡 雄栗村、能理波麻村、浮岛村
行方郡 曾尼村、板来村、布都奈村、大生村
那贺郡 片冈村
多珂郡 饱田村
久慈郡 大伴村
出云国 意宇郡 黑田村、山田村
秋鹿郡 渡村
楯缝郡 多久村
出云郡 多义村、佐杂村
神门郡 曾纪村、（余户里）门立村
饭石郡 烧村
仁多郡 辛谷村、横田村、比比理村
大原郡 引沼村、斐伊村、汤渊村、毛间村、介末村
播磨国 贺古郡 阿闭村、高宫村、酒屋村、贽田村、馆村、神前村
印南郡 六继村、宅村
餝磨郡 手苅村、草上村、新罗训村、高濑村、丰国村、英保村
揖保郡 佐佐村、阿豆村、越部村、泉村、桑原村、狭野村、大田村、伊都村
赞容郡 御井村、盐沼村
宍禾郡 矢田村、宇波良村、比良美村、川音村、庭音村、盐村、土间村、敷草村、波加村、伊和村
神前郡 磨布理村
讬贺郡 荒田村
贺毛郡 长亩村、品迟部村、玉野村
美囊郡 御宅村
上述的村名，不少是作为郡界或当地的传承而被提及的。显然，出现在传承神话中的村，很可能是在编户制实施之前就存在已久的自然集落。此外，正史中也记录了许多村名，例如《续日本纪》就记载了“山边郡竹溪村”（天平十二年十月壬午条）、“松浦郡值嘉岛长野村”（天平十二年十一月丙戌条）、“甲贺郡紫香乐村”（天平十四年八月癸未条）、“摄津国御津村”（天平胜宝五年九月壬寅条）、“乙训郡长冈村”（延历三年五月丙戌条）等等。根据日本学界的通说，相比较行政管理层面的、基于编户制的乡或里，村是人们实际生活的集落空间，即律令制国家时期的村，是地缘结合的自然集落。
考古发掘也证实了古代自然村落的存在。现在的歧阜县富加町羽生附近，是古代御野国加毛郡半布里的所在地。从该地的自然景观，包括住居遗址、古坟分布、灌溉水渠等因素考察，学者们认为古代的半布里是由三个不同的区域构成的。1977年，考古学者对其中之一的夕田区域进行了两年的发掘调查，确认这是一处8世纪时的村落遗址。由此，学者们推测，半布里的另外两个区域似乎也应存在相同时期的村落，分别是不同集团的居住地
。
村有村长。唐招提寺古文书中，保留了一份宝龟七年（776）的备前国津高郡津高乡陆田买卖券，该文书记录了津高乡将土地卖给唐招提寺的缘由及土地的所在地、面积等，是津高乡与唐招提寺之间土地买卖的正式文书，其中文书上所记的土地买卖见证人之一，是“村长寺广床”
。此外，“村长”用语也见于考古资料，例如平城宫东院地区遗址出土的木简中，有一枚是天平胜宝七岁（755）五月的但马国养父郡老左乡贡进赤米五斗的荷札（货签）木简，其上所记的贡进人是“村长语部广麻吕”。
不在律令制国家行政体系范畴内的村长，其选出方法不明，但可能是由村内享有威望的人担任的。
根据《令集解》，律令制国家时期，村村有神社。每年，与农业相关的春天祭田等祭祀之日，村人集聚在神社，村社的社首主持祭祀，宣告国家法令，举行中国式的尊长养老礼仪——乡饮酒礼。
显然，在村社举行的祭祀，不单是农耕社会的信仰，而且还通过共同饮食仪式，表现礼秩序和加强村共同体的凝聚力。换句话说，村社是向位于社会组织末端（即，村落）的民众渗透律令制国家统治理念及宣传法令的重要空间。
村社祭祀时的费用和酒食，皆来自村人的进献。
由上可知，律令制国家时期的地方社会组织，既有“国—郡—里（乡）”的行政组织，也存在村落共同体，二者相互交织，构成了地方诸集团的秩序。