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持统女皇延续了天武天皇的构建中央集权律令国家的事业，在其即位的前一年（689）六月，向诸官司颁布了“令一部廿二卷”
。该令被称为净御原令。天武十年（681）二月，天武天皇曾在大极殿宣布：“朕今更欲定律令，改法式。”
由此，开始编纂净御原律令，历经八年的时间终于完成。净御原令已经散佚，具体内容无法完整得知，但根据《日本书纪》等文献史料可知，净御原令的篇目至少包括考仕令、户令、官员令、衣服令等。
净御原令规定的官司制，除了延续天武朝的大辨官、法官、理官、大藏、兵政官、刑官、民官、宫内官等官僚机构外，恢复了天智朝曾设置的太政大臣、左右大臣三职；并将天武朝的纳言之职分为大纳言、中纳言、小纳言三职；同时设置了大宰、国司等地方官职。
在官人制方面，关于考课选叙方法，相对官人每年都有可能晋升冠位阶的天武朝规定，持统女皇于持统四年（690）四月发布诏令，规定官人须每积累到一定的年限，才能依据考课的评价成绩晋升冠位阶，“有位者限六年，无位者限七年”；每年考课的基准依据出勤情况分为九等，只有每年考课的平均成绩在四等以上者才真正具有晋升冠位阶的资格；另外，在晋升官人冠位阶时，净御原令的考仕令规定，从“善”（勤务态度）、“最”（职掌胜任否）、“功”（功绩）、“能”（才能）和氏姓大小等方面进行评价，进而授予相应的冠位阶。
同时，持统四年四月，还对官人朝服的颜色作了修改。新的规定中，除了明位没有言及以外
，其他位阶的官人朝服之色具体如下表。这一朝服之色的规定，基本上被大宝元年（701）实施的大宝律令所承袭。
表1-3 持统四年官人朝服之色规定
在民政方面，净御原令宣布后，持统三年（689）八月，中央朝廷命令地方诸国于该年之冬制作户籍。但是该命令似乎没有被施行。翌年（690）九月，持统女皇再次诏令诸国调查户口，制作户籍，并且明确须依据净御原令的户令规定编制户籍。690年的干支为庚寅，因此该年制成的户籍史称为“庚寅年籍”。这是继“庚午年籍”之后，第二次全国性编制户籍。
编制户籍是统治者掌控民众以及向民众征收租税的基本簿账。庚寅年籍完成以后，持统六年（692）九月，在畿内地区开始施行班田制
，朝廷派遣班田使，实施班田收授。