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如前所述，苏我入鹿欲立古人大兄为王位继承人。在这种情势下，对于王位继承的另一有力竞争者——中大兄来说，如果不消除苏我虾夷父子的势力，不仅中大兄继承王位的可能性渺远，而且大王的威势也会被削弱。这时，中大兄遇到了中臣镰足（亦称中臣镰子）。
中臣镰足出身于世代负责王权祭祀的中臣氏，“幼年好学，博涉书传，每读太公六韬，未尝不反复诵之”，并追随从大唐归来的僧旻学习周易
。中臣镰足虽然承袭了中臣氏名，却没有就任祭祀神祇之职，而是选择了称病隐居。中臣镰足一度曾将反苏我虾夷父子的希望寄托在轻皇子（后为孝德大王）身上，但很快便判断出轻皇子不足以谋大事，于是另觅贤主，“历见王宗，唯中大兄雄略英彻，可与拨乱”
。不过，中臣镰足迟迟没有接近中大兄的机会。皇极三年（644）的一天，中大兄在飞鸟寺的榉树下踢球（蹴鞠），鞋子随球而飞，恰在这时，中臣镰足偶然经过，他拾起中大兄踢飞的鞋子，送到中大兄的面前，二人终得相见。关于中大兄和中臣镰足二人相识过程的叙述，尽管后人修饰的色彩浓重，但是也说明二人偶然相识的可能性比较大。相识以后，二人志同道合，密切往来，成为反苏我虾夷父子势力的核心人物。
为了谋略大事，中臣镰足建议中大兄策略结婚，迎娶苏我仓山田麻吕（苏我马子之孙，即苏我入鹿的堂兄弟，以下略称“仓山田麻吕”）的长女，意图通过政治联姻，集结反苏我虾夷父子的势力。中大兄言听计从，中臣镰足亲自做媒。但在婚约之夜，仓山田麻吕的长女被人掳走，就在仓山田麻吕不知如何是好之时，其次女知晓父亲之忧后，主动提出嫁给中大兄，使这桩策略婚姻得以实现。
皇极四年（645）六月，中大兄秘密地告知岳父仓山田麻吕，要利用“三韩进调”之日，借仓山田麻吕唱读三韩表文之机，除掉苏我入鹿。仓山田麻吕欣然同意。六月十二日，中大兄谎称此日是“三韩上表”日，众人皆信以为真。这一日，皇极女王、古人大兄、苏我入鹿等人都聚集到皇极女王所在的王宫（飞鸟板盖宫）的“大极殿”。苏我入鹿为人多疑，平时都是昼夜佩剑在身，但当日，中臣镰足事先安排了宫中的艺能之人，诱使苏我入鹿解剑入殿。同时，中大兄命令关闭所有的宫门。“三韩上表”仪式开始后，仓山田麻吕唱读“三韩表文”，而中大兄和中臣镰足等人手持长矛、弓矢等武器隐藏在殿旁。依照计划，在仓山田麻吕唱读“三韩表文”之时，佐伯子麻吕和葛城稚犬养网田二人应该冲出去刺杀苏我入鹿。但是他们二人因为惧怕苏我入鹿的威势，迟迟未能出剑。眼看表文快要读完，却仍不见佐伯子麻吕等人动手，仓山田麻吕不禁汗流浃背，声颤手抖。对此，苏我入鹿觉得奇怪，询问仓山田麻吕：你为何战栗？仓山田麻吕回答：近侍大王前，不禁流汗。隐藏在一旁的中大兄见状，意识到不能再拖延时间了，于是亲自冲了出去，佐伯子麻吕等人也紧随其后，一起出其不意地用剑刺伤了苏我入鹿的头和肩。苏我入鹿惊慌而起，佐伯子麻吕挥剑又斩断了苏我入鹿的一只脚。受伤的苏我入鹿倒在了皇极女王面前，叩头说：“臣不知罪，乞垂审察。”面对突发事件，皇极女王大惊失色，向中大兄询问缘故。中大兄回答说：苏我入鹿“尽灭王宗，将倾天位”，岂能让苏我入鹿替代大王？
中大兄如此一说，皇极女王无言以对，只有起身离开了现场。没有得到女王庇护的苏我入鹿，死在了佐伯子麻吕等人的剑下。这一年（645）的干支是乙巳，因此学界将该事件称之为“乙巳政变”。
杀死苏我入鹿之后，中大兄当日就率领王族、群臣等众人，聚集在苏我虾夷家宅对面的飞鸟寺里，准备军事对抗来自苏我虾夷一方的攻击，并派人将苏我入鹿的尸体送到苏我虾夷的家中。苏我虾夷得知苏我入鹿被杀的消息后，也在集结兵力，布阵备战。但是，就在“乙巳政变”发生的翌日（十三日），苏我虾夷在焚烧史书（《天皇记》《国记》）和珍宝之后，选择了自尽。曾经权势煊赫不可一世的苏我虾夷父子，就这样以横死的形式离开了政治舞台。
苏我虾夷死后的第二天（十四日），皇极女王决定让位，并提出把王位传给中大兄。中大兄没有即刻答复女王，而是先询问中臣镰足的意见。中臣镰足认为：在中大兄之上还有同父异母的兄长古人大兄，如果中大兄即位的话，则不符合身为人弟的谦逊之心，因此对于中大兄而言，继承王位的时机还不成熟，不如让中大兄的舅舅轻皇子即位，这样中大兄就会赢得人心。中大兄听从了中臣镰足的建议，向皇极女王表明了推辞王位的态度。于是，皇极女王禅位于轻皇子（即孝德大王）。
在“乙巳政变”以前，前大王死后，是经群臣合议选定王位继承人的，而且新大王即位时，由群臣向新大王献上象征王位的宝器。但在皇极女王让位、轻皇子即位的过程中，不仅没有群臣合议这一环节，而且象征王位的玺绶也是由皇极女王亲手交给孝德大王的。因此对于王权的发展，皇极女王让位可以说是具有划时代的意义。