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前已叙及，自北条泰时接任幕府执权后，由于实行幕政改革，幕府政局稳定，经济、文化均有明显的发展，呈现一片太平景象。当然，繁荣情景并不意味着各种矛盾的消失，就幕府内部而言，由于执权掌控幕府大权，诸事必须通过评定众的集体议决，致使将军权力架空。因此，将军与执权之间一直潜伏着矛盾。这种矛盾，当北条泰时健在的时候，尚可以隐没而不爆发，一旦政治略有波动，潜伏的矛盾就会破土而出。
1242年（仁治三）六月，北条泰时突患重病，进行各种治疗均未见效，最终于十五日辞世，享年62岁。北条泰时生有二子，长子北条时氏，次子北条时实，但长子时氏在1230年（宽喜二）28岁时已经死亡，次子时实则早在1227年（安贞元）被人杀害。北条泰时系的后继者仅有时氏的儿子经时和时赖兄弟。当时，虽然竞争执权职位的人，还有北条泰时之弟名越朝时和时任六波罗探题的北条重时，但最终选择了泰时之孙19岁的北条经时。
1243年（宽元元）九月，幕府将军藤原赖经访评定众成员藤原基经位于镰仓郊外大仓的家，执权北条经时及其弟时赖陪同前往。在藤原基经家，大家咏歌、管弦。藤原赖经从京都被迎来镰仓担任将军时年仅2岁，9岁时被任命为征夷大将军，在职18年。1242年北条经时担任执权时，时年19岁。赖经也是正当年富力强之时，他对北条氏嫡系的专权，心中怀有不满。执权北条经时上任伊始，继承其祖父北条泰时的传统，打出了振兴诉讼、裁判制度的旗号，并且将以前评定众的判决要旨（“评定事书”）呈送将军审阅的程序，改为执权审阅，裁判的主宰者由将军变为执权，由此将军权力进一步空洞化。面对北条嫡系的强势，赖经将军决定让位年仅6岁儿子若君（赖嗣）。1244年（宽元二）四月二十一日，若君“御元服”，同时赖经向朝廷提出让职请求。四月二十八日，朝廷发旨同意赖嗣为征夷大将军、从五位上右近卫少将。赖经则出家，法名行智。赖经让将军职的原因，当时世间传说是因为天灾频仍，为专心祈祷而让之。
赖经虽然辞去将军职而出家，但仍关注政事，赖嗣的活动，他常伴在侧，作为将军的保护人，史上称其为“大殿”。赖经的作为自然不会使执权高兴，他们期望年幼将军不要受“大殿”的影响。摆脱“大殿”的办法，就是让“大殿”离开镰仓，回到京都去，1244年（宽元二）八月下旬，预定赖经次年春天回京都，然而接近回京的十二月下旬，“大殿”宣布推迟回京的日程。1246年（宽元四）正月十日，在“大殿”的主持下，为幼年将军赖嗣举行穿甲胄之仪。此仪秘密举行，执权北条经时等北条系的人并不知此事。值得注意的是，“大殿”的这一行动，是在获知执权北条经时身患黄疽重病后实施的。
执权北条经时开始患黄疽是在1245年（宽元三）五月，至次年三月，病情危急。二十三日，为安排后事，北条经时在家中举行秘密会议，正式让执权职于胞弟时赖。让位后经时出家，法名“安乐”。二十五日，新执权北条时赖先后参见将军赖嗣、“大殿”赖经。闰四月一日，北条经时病亡，年仅23岁。从1242年担任执权至让位，仅在位5年。经时之死又使幕府处于危机时刻，镰仓内外政局不稳。
与此同时，将军方面和执权方面各自活动不断。五月十四日，将军方面以谨慎防备“天变”为名，分别在“大殿”居处、将军的政所和住处举行盛大的佛教祈祷仪式。执权方面则加强了对要道的控制，严令把守镰仓市内各条道路，特别是通向执权邸宅和将军、“大殿”邸宅的通道。二十四日，忠于北条氏的涩谷一族固守执权北条时赖邸宅正前方的下马桥，禁止一切人员通行，忠于将军方面的人很是不满。据《吾妻镜》载，当日有一名官职为大宰少弍的人率数十骑人要通过此桥，前往将军所在邸宅，遭拒绝后，与涩谷一族发生争执。
镰仓城内纷乱之势越趋严峻，此时，执权北条时赖的叔伯名越光时决定乘势谋叛，企图夺取北条时赖掌控的幕府大权。北条时赖对形势早已洞察，一边警固宅邸四方，一边依靠家臣北条政村、金泽实时及外戚安达义景，并获得有力御家人三浦泰村的支持，在二十五日拂晓，抑制了名越光时的谋叛。事发后名越光时的越后国守被革除，所属领地被没收，本人被流放伊豆，相关人员也被流放。其弟时章、时长、时兼等向执权申诉并未参与谋叛，被免除处分。
名越光时之父系北条泰时之弟名越朝时，由于北条泰时嫡系掌执权要职，又是北条氏家督（得宗），名越家地位无法与之相抗。名越氏一直被排除在执权、联署、六波探题等要职之外，对此始终耿耿于怀。当北条时赖担任执权以后，名越光时更下毒誓：“讨伐时赖，夺执权职，据权势于天下。”
因为名越氏一直是将军的近侧卫护，所以名越光时的行动受到了“大殿”和将军赖嗣的默许。事件暴露后，北条时赖对将军身边的人员进行清洗，首先把前将军、“大殿”赖经逐出镰仓，送回京都；其次解除多名御家人评定众职，并任命大田康持为问注所执事。这次以名越光时和前将军赖经推动的谋叛事件，史称“宫骚动”。
“宫骚动”的平定并未彻底解决执权派与将军派之间的矛盾，前将军赖经被逐，回京都时由十余名御家人同行。同行者分两部分：一部分是到京都后不回镰仓，陪伴前将军；一部分是送前将军到京都后即刻返回，后者之中有一名叫三浦光村的人。三浦氏是幕府的有力御家人，从源赖朝举兵开始，一直追随源氏，镰仓幕府成立后，成为幕府的栋梁。三浦光村是镰仓幕府御家人三浦泰村之弟。
为了强化执权势力，执权北条时赖主张让时任京都六波罗探题的叔祖父北条重时（北条泰时之弟）回镰仓辅佐执权，但时赖的主张遭到三浦泰村的否决。另一方面，追随前将军赖经的行止愈加明显。对此，安达景盛、义景、泰盛祖孙三代人防备意识愈强，暗地里准备与三浦氏作一武力较量。执权北条时赖虽然对三浦氏行为颇有不满，但还是希望化解矛盾，得到三浦氏对执权事务的支持。为此，他收三浦泰村的次男驹石丸为养子。为改善关系，1247年（宝治元）五月十三日起，时赖住进三浦泰村邸宅。三浦泰村一边表示忠心，一边却仍然从各地调集一族亲信。形势严重如此，执权时赖依然信其忠心，不愿看到干戈相见，遂于五日派使送信给泰村，提出释弃前嫌，实现和解。三浦泰村表示接受，而其兄弟光村等人不同意。
与此同时，安达氏也不同意时赖采取和解之策，认为如今是铲除三浦氏的极好机会，必须与之一战。安达氏集合三百余骑兵突击三浦氏，三浦氏五百余骑抵抗。由于安达氏为首的幕府军兵力不断增加，三浦氏难以抵御。在数万幕府军的包围之下，最终三浦泰村以下一族276人，部下、余臣260人皆切腹自杀。三浦泰村的妹婿千叶秀胤（时任上总权介）听闻三浦氏被围消息，集部下、家臣三百余骑，奔赴镰仓支持，途中得到“三浦一族已灭亡”的情报，只得返回千叶的居所，并袭击各村，掠夺粮食，准备与幕府军决战。执权北条时赖派军征伐，千叶秀胤一族最后焚宅自害。至此三浦氏叛乱结束，因此事发生在宝治元年，故史称“宝治之乱”。三浦氏一族的灭亡，消除了幕府统治的隐患。
“宝治之乱”后，北条时赖为巩固地位，采取了多项措施：
第一，从京都召回担任18年六波罗探题的叔祖北条重时，担任联署，辅佐执权。北条重时被召回镰仓时，年已50岁，从血缘上讲他是时赖祖父之弟，从姻戚关系上讲，他是时赖的岳父，因为时赖之妻是其女儿。北条重时的人生价值观特别注意自己在社会上的形象，他曾说过：尽管企望何等的利益，但不应损坏世间的声誉；纵然舍弃百千利润，也应维护良好的名声。北条时赖由于他的辅佐，执权地位日益巩固。
第二，宝治之乱发生在镰仓，而其背后却是已在京都的前将军赖经，朝臣九条道家是赖经之父。因此赖经的反执权活动，道家不可能不知。事实上，当时是九条道家之子良实向幕府告发了其父参与策划宝治之乱的事，因此，九条道家彻底失去了北条氏的信任。九条道家一直是幕府在朝中的代言人（“关东申次”），现在幕府则指名让西园寺实氏担任。1246年（宽元四）正月，后嵯峨天皇让位于后深草天皇，开始后嵯峨院政。后嵯峨上皇力图兴行德政，于是在西园寺实氏的支持下，在院厅设置了“评定众”“文殿众”两个新机构。作为院厅政务运行机关的评定众，其官吏以亲幕府的贵族为核心，对此，幕府颇为满意。
第三，1252年（建长四）二月，北条时赖、北条重时秘密遣使京都拜谒后嵯峨上皇，提出欲迎后嵯峨上皇的皇子担任镰仓幕府将军。后嵯峨上皇自然愿意自己的皇子能下镰仓任将军职，京都与镰仓结亲，有益于地位的稳固。皇子中有二人可供选择，一是年仅3岁的皇子，二是年已13岁的第一皇子宗尊亲王。后嵯峨上皇的意见通过六波罗府传送给时赖和重时，经过紧急密商，决定选择宗尊亲王为幕府将军。三月十九日，宗尊亲王启程。四月一日抵镰仓。同日宣布圣旨，三品宗尊亲王为征夷大将军。三日，前将军赖嗣启程回京都，九条道家系的将军被彻底逐出镰仓和京都的政界。
第四，1256年（康元元），北条重时辞联署职，由其子北条政村继任。同年十一月，执权北条时赖因身体不佳，辞去执权职务，由于当时其子北条时宗尚幼，便让北条长时（重时之子，政村之兄）继任，自己则从宋僧兰溪道隆受戒出家。
忽必烈对日本的觊觎是从1266年（至元三）开始的，这一年的八月，忽必烈遣兵部侍郎黑的、礼部侍郎殷弘等人出使日本。十一月，黑的等人抵达高丽，向高丽国王元宗递交国书，要高丽派使陪同黑的等人赴日。高丽王派枢密院副使宋君斐、侍御史金赞陪同黑的等前往日本，但行进到巨济岛松边浦，因“畏风涛之险”，不至而还。
1267年（至元四）六月
，忽必烈再次派使到达高丽，“委以日本事，以必得其要领为期”。高丽派起居舍人潘阜持蒙古及高丽国书前往日本，1268年正月抵达日本大宰府。呈交蒙古国书。1270年十二月，忽必烈又命秘书监赵良弼为遣日本使，到达九州，但交涉无果。1271年，忽必烈改蒙古国号为元。1272年赵良弼再次赴日，在大宰府滞留近一年，于1273年五月归国。
蒙古国使的不断前往，促使幕府对海防警固的重视。1271年（文永八）九月，当时的执权北条时宗和联署北条政村联名命令在九州地区拥有领地而居住在东部日本的御家人，尽速赶赴九州领地，与当地守护人一道，“异国之防御，且可镇领内之恶党者”
，并要求各地守护调查土地，在土地账（“大田文”）中记明所属境域内的庄园、公领的数目、规模、领主姓名等，目的在于掌控作为军役基础的土地所有状况。在幕府的指示下，丰后国守护大友氏率领域内的御家人，加固了筑前、肥前的防御点。以相模、武藏等国御家人为中心的东国武士团，也于1272年（文永九）春抵达九州的防御地。
1273年，赵良弼离日本归国。五月谒见忽必烈，汇报日本的国情，包括君臣爵号、州郡名称、风俗等。和平途径未能成功，忽必烈唯有武力征讨一途。忽必烈曾再三征询过赵良弼有关远征日本的事，但赵良弼并不赞成征讨。忽必烈坚持武力进攻，于1274年（至元十一）派遣总管察忽至高丽，监造战舰。除外，高丽人民还要应征兵役以及大量后备人员、军需物资。
在战争准备基本就绪后，忽必烈于1274年三月任命凤州经略使忻都为总帅、高丽军民总管洪茶丘为右副帅、刘复亨为左副帅远征日本。征伐军于十月三日从高丽的合浦启舰，总计大小战舰900艘（其中大船300，轻疾舟300，小船300），近4万兵力（其中忻都屯田军4500人，洪茶丘所属5000人，新征兵15000人，由金方庚率领的高丽军约6000人）。五日下午，元军船队驶入对马西海岸的西须浦。对马守护代官宗助国急率80余骑武士，从对马岛的东海岸严原（国府所在地）连夜翻山越岭赶赴佐须浦，与元军对阵拼战。由于兵力悬殊，宗助国及其子、家臣大多战死，对马岛失守。十四日，元军进军壹岐岛，下午4时左右驶抵该岛西岸的胜本、鲸伏一带。壹岐岛守护代官平景隆率一百余骑武士迎战，平景隆虽据城固守，但面对元军的强大攻势，难以阻挡，尤其是元军的弓矢射程远达200米左右，而日本武士的弓矢射程只能达到100米。平景隆坚守的城郭终被元军攻破，景隆自杀。占领壹岐岛后，元军又进攻松浦半岛沿岸的港浦和岛屿，如松浦、平户、五岛列岛等。
十月十九日上午，元军进至博多湾，战船从东边的箱崎到西边的今津海面上，首尾相连一字排开，军势威严。因为不断接到对马、壹岐、松浦等方面传来的战报，所以在元军来到博多前，九州的武士上自大宰府少弍武藤资能、丰后守护大友泰直，下至松浦党、菊池、原田、小玉党以及神社神官、佛寺高僧，都各自集结，严阵以待。二十日黎明，元军开始陆续登陆。陆战从东边的箱崎、博多方面开始，日本方面以29岁的总大将武藤景资为首予以抵抗，战斗从上午10时进行到日没。与元军在东边登陆的同时，高丽军在西边的百道原至鹿原一带登陆。以洪茶丘率领的一部分元军在更西边的今津登陆，登陆的元军、高丽军均受到强烈的阻击，战斗极其壮烈。
在鏖战一日后，元军占领了博多湾多处要地，日军全面后撤。傍晚时分，元军左副帅刘复亨骑马指挥追击时，被日军前线总指挥武藤景资发现并搭弓射箭，刘复亨受伤落马。日军全部撤退至大宰府水城，因天已黄昏，元军并未追击。因刘复亨受伤，忻都召集其余将领研究军事部署，各将领发生分歧。由于日本武士的顽强勇猛，对元军造成了心理上的冲击，对日本武士产生了一定的畏惧。同时，对日军的人数无法准确掌握，元军将领以为日军数目数倍于自己。再加上经过一日的战斗，元军确实伤亡也很大，所带箭矢也已耗尽，于是失去了对形势的正确估计。次日黎明，以为元军会加强攻击的日军，却发现博多湾内已不见元军踪影。第一次元军远征日本的撤退似应是矢尽、伤亡巨大、官军内部意见不一和突遇大风雨等原因造成的。
在忽必烈看来，1274年的征日结果并没有失败，只是战役的间歇。因此，在忻都、洪茶丘等返回尚未一个月，忽必烈于1275年二月派礼部侍郎杜世忠、兵部侍郎何文著、计议官撒都鲁丁为宣谕日本使。杜世忠等人于三月十七日到达高丽，然后由高丽使徐赞、上传等陪同前往日本。杜世忠一行绕过大宰府，四月十五日抵达长门室津（今山口县本浦町），企图摆脱大宰府的限制，直接前往镰仓或京都。长门守护将杜世忠一行从长门送回大宰府。八月，大宰府又将他们送至镰仓。九月四日，幕府在镰仓西郊的龙口，将杜世忠一行全部送上断头台。
为鼓舞“文永之役”中有功武士的士气，幕府对120名武士进行了行赏。十二月，命令九州诸国和安艺国御家人做好异国前来征伐的准备。“若元军强攻九州，九州陷落，则东国军兵上京守护天皇和东宫，（太上天皇的）本院和新院则迁向关东。根据九州形势变化，南北两六波罗兵开赴九州，顽强反战有勋功者，当行恩赏！天下大事即在此时。”
并把元军再次征伐日本的日期预定在1276年三月，让九州诸国集中兵力、船员组编远征军，以博多为据点，大宰大弍武藤经资为总司令官。为此，要求各地截至1276年三月二十日，必须将能够动员的武士姓名、年龄和武具、船舶、橹、水手、舵手以及所领如实报告幕府。与此同时，在博多湾沿岸修筑石垒防御工事。
全长十余公里的石垒防御工事由九州各国负担，每一国负责一定的区域，劳役、费用由该国的御家人和非御家人承担，负担数根据所领有的土地数，按比例支付。如大隅国的石筑地役赋课文书记载，田一反负担一寸，一町负担一尺，百町则负担百尺（约三十米）。从现存石垒遗迹可知，石垒高约一丈，面海一侧成垂直状，陆地一侧成缓坡状，居高临下，便于对海上之敌射矢。这种石垒的建成，在后来抵御元军的战斗中发挥了极大的作用。
“文永之役”之后，幕府采取的另一政策是对九州地区及其附近和日本海一侧各国守护进行大规模调整，具体涉及的国有筑后、肥后、肥前、周防、长门、石见、伯耆、越前、能登等，新任命的守护主要是北条氏一族出身者和北条的亲信。这种大规模地将自己一族以及亲信派往面对大陆的重要地区，其目的显而易见，一是乘防御异国征伐为由，加强幕府“得宗”的权势；二是为了防御和抵抗异国征伐时，保证军事上的强有力指挥权。
在幕府加紧备战的同时，元朝也在紧锣密鼓地做战争准备。杜世忠一行被杀的消息在1280年（至元十七，日本弘安三）二月传入元朝。前一年八月，跟随杜世忠赴日的高丽艄公、引海共四人幸免于难，辗转逃回高丽，高丽王遣使将消息禀呈元朝。忽必烈获知后立即举行廷议，商讨对策。为集中征日事务的统管，中央特设“征东行中书省”（亦称“日本行省”），由阿剌罕任右丞相，范文虎、忻都、洪茶丘为右丞、行中书省事，并封高丽忠烈王为开府仪同三司、中书左丞、行中书省事。廷议决定洪茶丘、忻都率蒙、汉、高丽四万军，从高丽的合浦出发，范文虎率江南军十万，从江南出发，“俱会日本壹岐岛，两军毕集，直抵日本”
。
1281年（至元十八，日本弘安四）正月，忽必烈召集东路军、江南军统帅会议，任命阿剌罕为此次东征总帅，确定六月十五日两军在壹岐岛会师。1281年（至元十八，日本弘安四）五月，忻都、洪茶丘及高丽的金方庆率东路军4万人、战船900艘，从高丽的合浦出发，前往巨济岛，等待范文虎的江南军。然而等待半月之久，仍未得江南军的启航信息，遂决定先行出击。五月二十一日，东路军进攻对马岛世界村大明浦，守卫日军顽强抵抗，但终因力量悬殊，大多战死，元军在岛上大肆杀掠。二十六日，元军转战壹岐岛，并迅速占领该岛。根据忽必烈廷前会议决定，六月十五日，东路军与江南军在此岛会师。东路军理应遵守约定，静候江南军的到来。可是忻都自认为有第一次征战博多的经验，怕等来江南军后，自己难抢占战功，于是不经协商和请示，擅自率军前往博多湾。
日本方面早已获知元军在对马、壹岐的状况，元军船只尚未驶抵博多湾，武士们已集结在箱崎一带候战。这次日军的军力除九州及其附近地区的武士以外，幕府还派安达盛宗率关东武士前往九州增援。当时日军方面的布防根据各国筑造石垒的地段确定，如守卫博多湾西端的是日向国和大隅国，其东邻的是丰前国，生松原一带是肥后国，姪浜一带是肥前国，博多是筑前国和筑后国，筥崎宫附近是萨摩警固所。总指挥武藤经资，副帅大友泰赖，武士皆由各国守护统领。筑前、肥前、丰前由武藤经资，丰后由大友赖泰，筑后由北条宗政，肥后由安达成宗，萨摩、大隅、日向由岛津久经亲自率领。
六月六日，元军东路军船队进入博多湾。根据第一次征战的经验，以为博多湾东、西均可轻易登陆。然而驶近一看，沿岸石垒连垣，极难登陆。经过侦察部队的终日侦察，获知志贺岛、能古岛并无石垒建筑，防守也较弱，于是忻都命舰队在志贺岛附近停泊。观测到元军在志贺岛附近停泊的情报，以善于海战的松浦党御家人为首，日本武士乘夜色降临，驾小舟袭击元军。这一夜元军彻夜应付日军众多小规模偷袭，以大船作为船队外围，用石头、箭矢正面抵御，日军损失也颇重。
七日早晨，洪茶丘率军登陆志贺岛。元、日两军之间小规模的交战每日不断，八、九两日尤为激烈。登陆的元军企图从志贺岛突破日军防守，抄博多守军的后路，打开僵局。但大友赖泰之子大友贞亲率三十余骑阻击，元军不敌，溃退。九日以后，安达盛宗率领的关东武士全力支援志贺岛方面的日军，元军损失千余人。当时正是盛夏季节，天气炎热，淡水、蔬菜接济困难，再加上出征以来近一个月的疲劳，元军中疫病患者急增，病死者有数千。在此境遇下，忻都等撤离志贺岛，等待江南军的会合。
江南军主帅虽然是范文虎，但忽必烈决定东征军总帅阿剌罕坐镇江南军。江南军所以没有按期与东路军会师，就是因为阿剌罕到达庆元（今宁波）后，突然病死于军中。忽必烈任命阿塔海代替阿剌罕职，人事变动，造成了延误。在阿剌罕尚未病亡的五月，曾有日本船漂流江南，据侦查获知，大宰府附近的平户岛不是防备重点，有利于东路军和江南军会师。对此，阿剌罕曾呈报忽必烈，忽必烈接到报告后，宣布由阿剌罕全权决定。于是六月初，阿剌罕、范文虎派先遣队前往壹岐岛与东路军联络，告之以平户岛为会师地。但先遣队首至对马岛，未取得联系后至壹岐岛，此时东路军已开赴博多湾。日军获知有江南军抵壹岐，派兵袭击，六月二十九至七月二日，战斗相当激烈，日军伤亡惨重，败退。
范文虎未等先遣队的信息到来，于六月十八日，在新总帅阿塔海尚未到任（到任是二十六日，此时江南军已全部出海）的情况下，开始陆续启程征日。江南军总兵力10万，大小兵船3500艘。六月末七月初，江南军主力相继到达平户岛至五岛列岛一带。东路军与江南军主力遂在平户岛会合，两军进行了二十余天的休整。七月二十七日，两军主力又移至肥前鹰岛。进驻鹰岛的第一天，元军虽然受到日军海陆两方面的截击，有过激战，但此后再也没有大的军事行动。当时，元军势大力强，如若指挥得当，乘势进击，日军决难抵挡。但大批士卒缩居战舰，不事征战，结果延误了最佳战机。闰七月一日夜，台风袭来，元军船舰遭毁灭性破坏，船上将士大多溺水，元军大败。
忽必烈两次征日期间，面临国家命运危亡，日本国内呈现一致对外的“团结”景象，原有的诸种矛盾被空前的“国难”所掩盖。但外来的侵扰结束后，被掩盖的矛盾重又复发，而且由于抗元之后，诸如恩赏之类引发的新矛盾，一起呈现在镰仓幕府面前。正当急需缓解新旧矛盾时，主持幕政的执权北条时宗却病倒了。病情日趋严重，使幕府上下为之不安。1284年（弘安七）四月四日，时宗离世，时年34岁。
时宗死后至新执权确立间，有三个月成为执权空白期。在三个月内迟迟不能迅速确定新执权一事，反映了幕府内部的复杂矛盾。当时，除了北条氏一族中嫡系与旁系的矛盾外，还存在着将军与北条氏一族间的矛盾。自北条时宗主持幕政以来，幕府将军惟康亲王基本处于无权状态。时宗一死，年已21岁的惟康自然产生自己主持幕政的欲望。从原则上说，将军主政理所当然，谁也不能反对。可是谁主幕政，涉及太多的政治利益。惟康亲王亲政，北条氏显然不会乐意。在这种决定政治利益的关键时刻，亦即五月二十日，在新执权尚未产生的情况下，幕府颁布了《新御式目》三十八条。前十八条是对幕府将军和尚未成为执权的北条贞时的训诫，后二十条则是幕府的基本政策。
究竟是谁在主导执权空白期幕政呢？当时唯一具有慑服力的人是安达泰盛。时宗死后，他虽然为冥福死者而出家，将引付头一职让与嫡子宗景，但并未完全淡出政界，三十八条法令很可能在他的主持下制定，一是为训诫年轻将军和即将继任的执权；二是要保持幕府和社会的稳定，用法令统一人心。
当时，确定幕府执权固然重要，但元朝是否会第三次入侵，如何稳定国内局势，应对外来侵略，依然是头等大事。为了能使广大武士继续合力防备外来侵略，如何合理地、适时地解决抗元战斗中有功武士的恩赏成为关键。在安达泰盛主持下，幕府冷静地面对危机，通过发布法令的办法，力图一一解决难题。从执权北条时宗去世到第二年新执权确立前后，发布的法令多达七八十次。
对于九州御家人及有功武士的恩赏能否适时实行的关键，是战功的调查和恩赏土地的筹集。当时九州的御家人在元军到来前，不少人面临着家境的衰落，所有领地或当或卖，再加上元军征伐以来，由于轮番警卫（“警固番役”）、防御石垣工程的建造等，人力和经济上付出颇多，都希望幕府能早日实施恩赏。“弘安之役”之后，通过调查认定战功文书多达二千余份，全部实施恩赏，需庞大的土地，然而根据西日本各国可用来恩赏的土地，显然无法解决。“弘安之役”结束后的第三年，即1284年（弘安七）五月，幕府作出了重要决定：对神社在元军征伐时祈愿“降服敌国”的奖励，流失的领地皆无偿回归神社，确认御家人对原有所领的支配。
1284年（弘安七）七月七日，在安达泰盛的护持下，北条时宗的嫡子贞时正式就任新执权。幕府在安达泰盛的实际主持下，开始实施诸项改革事务，诸如神社的振兴，幕府直属领地（“关东御领”）的充实；为加强经济流通，取消流通税；诉讼制度的完善，“引付责任制”的建立等。为了五月提出的九州神社领地和名主职及其所领安堵政策的贯彻，幕府从镰仓派遣三名使者到九州，与当地的丰后守护大友赖泰、肥后守护代安达盛宗、筑前守护少弍经资三人组成三个工作组，分别对九州诸国的神社、名主所领恢复的相关问题进行调查、裁决和颁发安堵下文等（称为“合议”，1286年改称为“镇西谈议所”）。在向九州地区派遣使者的同时，幕府也向其他各地派了使者，与各地守护一起议决，执行权力大大超过守护三条职责的事务。幕府为了治理“恶党”和罪犯，新发布“关于犯人在所需斟酌事”的条令，指出凡有犯人逃入的地方，即使是将军或嫡系北条氏的所属领地，各地守护皆可进入捉拿，越境潜逃者，两地守护应互相协力惩办。这一条令的实施，实际上等于长期以来不允许进入权贵庄园领地的禁令被打破了。
为了追求诉讼裁判制度的公平和完善，八月十七日，幕府制定了十一条新式目，特别规定了“引付责任制”。引付制建于1249年北条时赖执权时代，由幕府任命引付众，分成五个引付组（“五方引付”），以组为单位分别审理诉讼案件。每组引付成员由若干评定众、引付众构成，由其中的一名评定众任头人，具体事务由开阖、右笔等担当。每组引付经审判后做成判决草案，交评定众会议审定。旧的引付制由于责任规定不严，常有当事者不回避，或把矛盾上交评定众会议等情况。新的引付制则明确规定了回避制度，引付头或引付与案件有关系，必须回避，由其他引付负责审理。案件最终的判决草案，不能上交多份，只能一份，而且引付头和草案的起草者要承担全责。
随着幕政改革的推进，幕府政治日渐恢复正常。但由于推进幕政改革，安达泰盛及其子宗景的权势迅速扩张，引来不少批评。批评最激烈者是嫡系北条氏“得宗”的御内人（或称“内管领”）平赖纲。所谓“御内人”，系效忠于嫡系北条氏（“得宗”）的御家人，早在第三任执权北条泰时时就已出现。御内人大多是出身于伊豆、骏河地区北条氏领地内的名主层，以北条氏为权力的背景，逐渐进入幕府的政治机构，如评定众、侍所等，其中的有力者还得到推荐，受到朝廷的卫门尉、兵卫尉等官职的任命。随着嫡系北条氏（“得宗”）的专权，特别是随着蒙元的征伐，北条氏一族被大量补任为各地的守护，占据了播磨、备中、安艺、伯耆、丰前、肥前、肥后、筑后、日向、大隅等国的守护大权。源赖朝在世时，全日本的守护中，北条氏仅2名，而1284年（弘安七）达到26名。北条氏兼任守护职，而又无力实行亲自管理，于是任命有力御内人为守护代，对某一国实施管理。在镰仓幕府内，御内人头人又称为“内管领”或称“侍所头人”等。第五任执权北条时赖掌握幕府实权后，重大幕政不再通过评议众讨论，而是以自己的邸宅为据点，召集若干心腹的秘密会议，历史上把这种以执权为核心的秘密会议称为“御寄合”。第八任执权北条时宗时，这种“御寄合”成为执权专制的治政手段。参加“御寄合”者，除了外戚、亲信，还有忠于执权的有力御内人。御内人平赖纲，北条时宗在世时就参加了关于诸如六波罗探题的任命、向朝廷推荐任命御家人官职等人事安排的“御寄合”。
御内人平赖纲势力在1284年（弘安七）急速扩张。北条时宗死后，时宗的嫡子贞时在安达泰盛的扶持下继任执权。对此，平赖纲也是支持的，因为他是贞时乳母的丈夫。正是凭借乳母的丈夫这层关系，北条贞时就任执权的同时，平赖纲担任了执权的内管领要职。平赖纲是一个有强烈权力欲者，“一心篡政，诸人恐懼”。他深知依仗执权扩张势力，最大的障碍是安达泰盛父子。欲搞垮安达氏，唯有等待机会。
安达氏以外戚和有力御家人身份操纵幕政，将军、执权都得听从其旨意。泰盛对平赖纲也是有所防备的，但一朝权在手，便得意忘形。1285年（弘安八）十一月十七日，平赖纲以安达氏谋反之名，兴兵袭击安达氏。安达泰盛、宗景父子奋起抵抗，在镰仓各处，包括将军、执权的御所附近发生激战，将军御所被战火焚毁。在激战中，安达泰盛、宗景父子为首的五百余人或战死或自杀。这次争斗发生在十一月，故称“霜月之乱”。
“霜月之乱”一扫安达氏及其支持者的势力，内管领平赖纲一手掌握了幕政大权。平赖纲的统治采用多种阴险手段，平赖纲父祖的传统地位是嫡系北条氏“得宗”家的执事，在幕府机构中最高只是所司（次官）职，没有担任评定众、引付众的先例。安达氏消灭后，评定众、引付众这些重要职位仍然由有力御家人担任。在不能改变传统地位的情况下，平赖纲利用在幕府各机构中行动的正当性，将自己的子、弟及御内人安插在幕府各机构内，监督各级机关的官员，对其“不正”行为和“懈怠”随时提出弹劾，造成幕府上下人人自危。
平赖纲虽然对安达泰盛的政策没有完全改变，但对某些政策有所改变和修正，例如对1284年执行的九州地区的神社领地归还令、御家人的名主职的承认和领地归还令进行了修改。1291年（正应四）八月二十日，幕府发布法令，凡寺院、神社及京都方面的诉讼，要优先审查，接到案件的五组“引付众”应迅速审理，如果延误审理，可应申诉人的要求，通过如下五人上递执权裁决，他们是饭沼资宗、大濑惟忠、长崎光纲、工藤杲晓、平宗纲。其中饭沼资宗、平宗纲是平赖纲之子，长崎光纲是其兄弟，工藤杲晓、大濑惟忠是御内人。名义上，京都的诉讼案件通过这五人转达执权北条贞时，实际上都由他们裁定。这样，在幕府公的审理机构之外，开辟了御内人审理的渠道，御内人从中谋取利益。诉讼者为了自己的申诉能够尽速地得到有益于己的裁决，纷纷委托御内人处理。
除了控制诉讼权外，平赖纲还将御内人派进京都六波罗探题府，以探题家人身份对探题及六波罗府的职员实行监督。平赖纲的傲慢和恶政不但引起幕府各机关职员的不满，也引起执权北条贞时的反感。安达泰盛扶持北条贞时为执权时，贞时14岁，第二年平赖纲杀安达泰盛一族，控制了幕政。平赖纲实际控制幕政七年半，期间北条贞时已由少年成长为22岁的青年，已经有了亲自掌控幕政的强烈欲望，对以平赖纲为首的御内人目无执权行为早已怀恨在心。1293年（永仁元）四月十三日，镰仓发生大地震，大慈寺丈六堂毁灭，寿福寺倾倒，建长寺被焚，还发生了山崩，死者2万余人。由于大地震灾害的冲击，镰仓陷入混乱。就在这混乱时刻，同月二十二日，根据执权北条贞时的命令，平赖纲及其次子饭沼资宗被暗杀。此次事件，史称“平禅门之乱”。
平赖纲父子被杀，幕政大权重新回到嫡系北条氏执权贞时之手，掌握幕政的北条贞时对平赖纲实施的幕政进行纠正和改革。首先，发令停止对与“霜月之乱”有关人员的赏罚，其意即是说，平赖纲没收安达泰盛一族及相关御家人的领地、财产，并将其赏赐给御内人的行动立即停止。其次，对诉讼裁判制度进行改革。平赖纲被杀后的次月，即五月十五日，举行了评定会议，要求评定众、引付众、奉行人等精勤工作，迅速处理诉讼等事务。由于平赖纲时期诉讼裁判不公，有许多不服上诉的案子需要尽速处理，所以特别设立“越诉头”一职，由大佛宗宣、长井宗秀二人担任。十月，宣布废止引付制度，设置“执奏”制，设七名“执奏”，其中三人是原来的引付头，即北条时村、名越公时、北条师时，二人是越诉头大佛宗宣、长井宗秀，二人是新增的金泽宣时、宇都宫景时。“执奏”只有审理权，没有裁决权，最终裁决归执权北条贞时。年轻的执权，精力旺盛，精勤执政，众多的诉讼案件得以及时处理，但毕竟精力有限，众多案件，难以每件必亲自过问。于是，1294年（永仁二）十月，重又恢复五组引付制度，执权只过问重要事件。其三，加强对西部日本御家人的统制，1293年，设立镇西探题，派北条兼时、北条时家任首任探题。从源赖朝开始幕府就重视九州地区，1185年（文治元），源赖朝派天野远景赴九州统率九州御家人，称为“镇西奉行”。1275年（建治元），北条实政被派赴九州，准备抗击元军来袭。弘安之役之后，幕府派专使至九州，与当地的守护组成“合议”（“镇西谈议所”）。此次镇西探题的设立，标志着“得宗”对九州地区行政、裁判和军事的全面控制。1300年（正安二），镇西探题府也和镰仓幕府、京都六波罗探题府一样，设置了评定众、引付众，协助镇西探题处理行政、裁判和军事事宜。其四，为了挽救御家人的贫困和衰败，宣布德政令。
北条贞时实行亲自过问重大幕政的政策，改变了执权政治初期建立的合议制度，这种政治模式学界称其为“得宗独裁”。1301年（正安三）八月，时年31岁的北条贞时，让执权职于堂弟、女婿北条师时，出家为僧，但仍以得宗的地位掌握幕府实权。
尽管在蒙元征日之后为解决地头与领主之间的矛盾实施了“地头土地承包制”和“领地中分法”，使一批担任地头的御家人发展成为在地领主，靠剥削庄民过着富裕的生活。但并不是所有的御家人都有这样的机会，尤其是大量的中下层御家人，在抵抗元军过程中承担了沉重的军事、经济负担，又得不到幕府的补偿。自己原有的领地由于诸子的财产分割和庶子独立化倾向的发展越来越少，再加上货币经济的发展，追求奢侈的生活造成了货币支出的增加。传统的自给自足经济，显然已不可能支持货币经济发展环境下的生活，中下层御家人进一步没落。为了维持生活，御家人开始将祖传的领地和幕府的恩赏地或典当，或出卖给商人和高利贷者（有不少是神社神人和寺院僧侣）。失去领地和恩赏地的御家人如同“无足御家人”，失去了生活的根本基础，像失去了双足一样。
御家人制是镰仓幕府的政治和军事基础，作为御家人，负有军役、京都大番役和关东御公事的责职。因此，御家人的稳定也就是幕府的稳定。现在，御家人陷入了贫困，自然危及幕府的基础。为保证御家人生存条件的稳定，幕府一直禁止御家人领地的买卖。在《御成败式目》中，虽然规定御家人的领地和财产要予以保护，若遇矛盾时，一律禁止诉讼，但其中也规定御家人急需用钱之时，“相传之私领”也可买卖（“令沽却”），这条规定为御家人领地的流失提供了法律依据。御家人典当、出让领地事件不断出现，甚至有御家人将地头代的职务卖与高利贷者。幕府不得不一再追加条令，禁止御家人领地流失事发生。
1267年（文永四）十二月二十六日，幕府评定众会议决定了有关典当、买卖御家人所领事宜的条例。明确了御家人的一切所领，不论恩赏地抑或私领地不许买卖，而且典当的所领，只要归还本钱即可无息赎回。如果买主是非御家人，则必须无偿归还本主。1309年（延应二）五月二十五日，幕府又宣布了“凡下辈不可买领买地事”。所谓“凡下辈”，即指商人、高利贷者、僧侣、非御家人等地位低下者。
御家人私领可以买卖，先前虽有明确规定，但自今以后，即使是私领也不许卖给凡下之辈和高利贷者，若有违背，按最近规定，出卖的领地一律充公。虽然是侍以上者，但非御家人不能叙用。又以山僧为地头代官者，应停止之。此后，幕府仍有相似内容的条令颁布。然而由于时代的发展，御家人生活的变化和消费的增大，幕府的禁令不但未能解除中下层御家人的贫困，御家人的领地和财产的丧失更趋严重。
1297年（永仁五）三月，镰仓幕府实行对御家人更为彻底的保护政策，发布了“德政令”。主要内容是停止受理越诉、典当地和出卖的土地，无偿归还原主、停止受理高利贷诉讼，重点是保护御家人的利益。德政令以强制的命令督促全国实施，但由于实施细节考虑不周，实施过程中，混乱和骚乱层出不穷。其中主要有以下现象：（1） 许多非御家人或凡下之辈，假借“关东御德政”的权威，冒充御家人，争夺无力寺院的领地，致使各地“恶党”性质的事件增多；（2） 朝廷利益与幕府御家人利益的冲突。例如九州宇佐神社的一名叫大神贞行的神官，包括其在神社内的宅基地等，买有七笔土地。按照“德政令”必须归还原主。但大神贞行要求宇佐神社的“本家”予以保护。宇佐神社的“本家”是朝廷摄关家的氏长。同样在宇佐神社，有的神官曾把所属土地卖掉，1298年（永仁六），依据朝廷的兴行神社领地的圣旨，神官对已经出卖土地实行大规模的回收。这时土地买主则依据德政令相关内容，予以抵制；（3） 依据德政令，出卖的土地无偿归还御家人本主，但令文没有规定归还土地上的当年农作物归谁收割，为此买卖双方为农作物的归属发生对抗；（4） 买主采取多种手段抵制德政令的实施。有的买主增加卖价，取得卖家的应诺，不归还土地。有的在土地买卖时，立下两份合同，即一份是卖地合同，一份是让与合同，借以应对日后的纠纷。
总之，“永仁德政令”招致诸多经济的、社会的混乱，御家人的贫困已根深蒂固，仅靠强制性“德政”已无法挽救，继续实施会引发更严重的社会危机，于是幕府于次年，即1298年（永仁六）二月二十八日，发布了关于土地买卖的新令。但新追加令文的内容自相矛盾，令文的前半部分规定除了持有“御下文”“下知状”，或已超过二十年领有年限的土地外，其他已归还本主的公私土地，以后不能再有改变；令文的后半部分却宣布，自此令发布日起，不再禁止所有公私领地的买卖，买卖双方应该遵照幕府此前发布的有关条文，实际上宣告永仁五年德政令的失败。解禁土地买卖的同时，高利贷的借贷也被解禁。“永仁德政令”的失败，标志着幕府权威的丧失。1333年（元弘三），由于御家人的倒戈，镰仓幕府灭亡。