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1198年（建久九）十月，相模川新桥落成，源赖朝前往参加庆祝典礼，在返回镰仓的归途中，不幸从马上掉落，从此身体不振，于次年（正治元）正月十三日离世。关于源赖朝从马上掉落终至死亡的原因，史书均无详细记载，因此，有诸多的疑问和猜测。有的认为是患了急症，有的认为死得不寻常，暗示有不可明示的背景，有的则认为赖朝一生被其害者颇多，其死因是由于许多怨灵作祟。
赖朝死后，由其嫡长子源赖家继任家督，时年18岁。正月二十日，朝廷任命赖家为左中将，二月初由土御门天皇签署的任命敕书送达镰仓。让源赖家继承父亲源赖朝的事业，带领御家人守护诸国，保持全国的安稳。源赖家继承家督和左中将，掌握幕府权力后，试图对源赖朝时的人事任命进行改变。三月五日，剥夺了后藤基清的赞歧守护职，改由他人担任。后藤基清是源赖朝派驻京都的亲信一条能保的御家人，剥夺基清的守护职，其矛头并非仅指后藤基清，显然是幕府的宿老。三月二十三日，又宣布停止伊势神宫所领有的六处庄园的地头职，四月一日，以“诸人群集，成鼓骚，现无礼”为由，决定将掌武士诉讼的问注所（即裁判所）从将军御所迁出，另在城郭处建筑新的办公用房。源赖朝时将问注所置于御所内是为了便于了解御家人的问题与动态，源赖朝对御家人关心是其统治巩固的核心，赖朝在住所卧寝的墙壁上写有诸国御家人的名字，每朝必然一览。在客殿也写有住在镰仓的大名、小名的名字，每日必览，多日不见的人会遣使询问平安。所以大家都勤于执政，不轻易缺勤。
源赖家将问注所迁出御家之举，实际上是自己与御家人疏远之举。他只亲近五人，即小笠原长经、比企三郎、和田朝盛、中野能成、四野四郎。赖家宣称此五人之外的御家人不能参上御所，五人在镰仓城中行暴，任何人不得敌视。七月二十日雨夜，赖家命中野能成抢占御家人安达景盛之妾，将其安置在北御所。当时景盛正奉命外出。八月景盛外出归来，知其真相，怨恨不已。有人向赖家谗言，说景盛有谋逆之嫌，赖家迅即命小笠原弥太郎等人，聚集武士，前往诛杀景盛。十九日晚，“镰仓中壮士等争鉾竞集”，内乱已箭在弦上。
源赖朝之妻北条政子得知消息，迅速派人至赖家处，对赖家传达以下意见：其一，虽然源赖朝已死，但死后不曾出现危机，今日之举，“好斗战是乱世之源”。其二，景盛是有功之臣，赖朝十分信赖之人，若有罪错，我可以予以处罚，然而今日你诛戮景盛，必定会招致后悔。其三，你若决意要追罚景盛，你先射死我。在北条政子的干涉下，赖家不得不停止行动。可是，此事在镰仓城中影响极大，“凡镰仓中骚动也，万人莫不恐怖。”
事件平息的第二天，北条政子召见安达景盛说，昨日事虽已阻止，但“我已老耄也，难抑后昆之宿意，汝不存野心之由，可献起请文于羽林（源赖家），然者即任御旨捧之。”
让景盛呈一文书于源赖家，以表示自己并无野心。北条政子很清楚此事的起因，并非安达景盛有“野心”，而是源赖家以左中将之威，强夺部下爱妾，让景盛呈文书表达无野心之举，实是让景盛忍辱受屈，使夺妻之事不了了之。北条政子在劝导安达景盛之后不久，又再次遣使对源赖家指斥。指出其欲杀景盛是对有功之臣的不义之举，可以看出赖家疏于幕政“倦政道”“不知民愁”，且不顾颜面，一味乐于“倡（娼）楼”。北条政子还对赖家的用人提出批评，说赖家侧近是“非贤哲之辈，多为邪侫之属”。还说源氏一族、北条氏者等幕府元老，往昔大多是源赖朝的左右，可如今不但不受优赏，却不知辈分，直呼实名，怨恨之声时有所闻。
对源赖家的所作所为，首先感到不安的是幕府宿老们。为了防止赖家滥用御家人诉讼裁决权，在北条政子主持下，举行了宿老会议，决定停止御家人诉讼由将军独裁制，以限制赖家的裁决权。自1199年（正治元）四月以后，凡诉讼事宜，由十三名元老合议决定，十三人之外的人，不得过问诉讼事，史称“执权合议”。
对于以北条政子、北条时政为首的元老派制约，源赖家及其近侧采取种种对抗措施。一有机会赖家仍然亲裁庄园争议，如1200年（正治二）五月陆奥新熊野神社的坊领诉讼，未经十三人合议，赖家亲自裁决。又如六月，他裁令已故御家人梶原景高的妻子在尾张国内的所领庄园“安堵”。同年十二月，赖家实施了一项直指源赖朝时期建立的支配御家人基础的恩给制度、触及众多御家人利益的政策，即命令政所搜集诸国的田文账籍，根据田文账籍所载计算出治承、养和（1177—1181）年间以来，赏赐给御家人的“新恩地”，凡每人平均超过五百町的部分没收，颁给赖家的“近仕”。此事公布后，幕府上下哗然，“朝臣以下宿老殊周章”
。大家叹息说：“人之愁，世之谤，何事如之哉？”由于三善康信的力谏，幕府勉强应允延期到来年春天执行。
源赖家继任以后，御家人冲突最早的表现是1199年（正治元）十月开始的梶原景时与结城朝光之间的斗争。两人都是源赖朝的近臣，颇受器重。梶原在1180年（治承四）石桥山战役中救过源赖朝，当时源赖朝被平氏军所败，隐藏山间，平氏搜索山间，当赖朝有可能被发现时，景时果断地将敌军引开，自此一直被赖朝引为知己。梶原景时也有缺点，即好告密，他曾向赖朝密告源义经不义，致使源氏兄弟不和。梶原景时的告密行为早已引起众多御家人的不满，源赖朝在世时，大家慑于将军的威望，不敢正面与梶原冲撞。赖朝一死，大家对他的行为就不买账了。
1199年十月底的一天，结城朝光在御所纪念赖朝之死，表示对源赖朝死后镰仓政权现状的不满。梶原景时密告给源赖家，并说结城朝光借“忠臣不事二君”，怀念前将军，实际上是在诽谤当今。
当结城朝光得知由于梶原景时的密告，自己即将因“逆恶”而受“诛戮”时，无比慌张和忿恨。结城找到挚友三浦义村，述及梶原景时密告之事。三浦义村对结城朝光说，事关重大，如无特别对策，很难避其灾。
派人请来和田义盛和安达盛长，将此事原委一一告之。和田义盛、安达盛长二人建议赶快召集御家人写一封连署状，向赖家申诉，先等赖家态度，如无裁许，则“可争死生”。连署状由中原仲业起草，次日，即二十八日，千叶常胤、千叶胤正、三浦义澄、三浦义村等66名御家人宿老，群集于鹤冈神社回廊，就梶原景时诬告之事及中原仲业起草的连署状进行讨论。众宿老以“养鸡者不畜狸，牧兽者不育豹”的态度，誓死支持结城朝光。66人连署的状文由和田义盛、三浦义村等交给大江广元转递给源赖家。
大江广元收到连署状后，并未马上呈递，他认为源赖朝宠爱的御家人，若被科罪，确实不妥，他考虑用什么办法实现私下和解。在和田义盛等的催促下，大江广元于十一月十二日将连署状呈源赖家。看完连署状后，赖家马上将连署状交给梶原景时，让其陈述事实。梶原景时无法陈述，采取回避之策，于十二日带着家眷离开镰仓，到相模国一宫领地躲避。二十余日后，他以为御家人反对他的风头已过，便又回到了镰仓。众御家人宿老见梶原景时回来，便每日要求幕府批准连署状内容予以处置。十二月十八日，幕府合议决定将梶原景时逐出镰仓，押送回到相模国一宫领地。次年正月，梶原景时率一族，秘密逃出一宫领地，奔向京都。此事迅速传到镰仓，以北条时政为首的若干宿老紧急参见源赖家，要求源赖家派军追击，赖家不得已同意派军追讨。景时一行逃至骏河国清见关时，受到当地武士的阻击，在决战中，梶原景时一行被杀。
梶原景时事件的发生，固然是由景时的诬告引发的，但是其事件的扩大，应该说与幕府内部的权利斗争有关。源赖朝死后，梶原景时实际上与将军源赖家关系接近，众御家人置景时于死地，固然有景时本身的密告恶习的原因，但更重要的是要通过打击景时来削弱源赖家的势力，这一点源赖家自己并未意识到。梶原景时死后，幕府扩大了打击面，众多与景时有关系的御家人都受到牵连。如加藤景廉，“是与景时依为朋友”，领地被收公。
又如因听到传闻说武田有义应景时之约，欲秘密上京，武田有义受到追捕。据说在搜查武田住宅时，虽然室内空无一人，却有一封梶原景时写给武田有义的信。
源赖家虽然无才无能，却十分在意名分和地位，不停地请求朝廷封其高官、赐高位。1200年（正治二）十一月，应其要求，朝廷封其为从三位左卫门督。1202年（建仁二），应其请求，朝廷又赐其从二位，补任为“征夷大将军”。官职位阶提高了，但其政事并无起色，每天沉迷于蹴鞠。1201年八月，因狂风暴雨，各地农田遭损，五谷作物遭毁，粮库也因风雨遭到毁坏。千余船只沉没大海，无数渔民淹死。民众陷入贫困，社会上盗贼横行。在广大民众处于水深火热之时，作为幕府将军的源赖家不闻不问，仍沉迷在蹴鞠之中，御家人纷纷指斥和批评。源赖家就在这种昏庸的状态下，迎来了他的政治生涯的末日。
1203年（建仁三）七月，源赖家突然患病，“俄以御病恼，御心神辛苦”
。八月二十七日，幕府以赖家“遗言”的形式宣布，将赖家拥有的财产和权力实行分割，即关东二十八国的地头、守护职交给赖家长子一幡（时年6岁）掌管；关西三十八国地头职，交给赖家的弟弟千幡管理。此事表面上是赖家的“遗言”，实际上主要促进者是源赖家的母亲北条政子和外公北条时政。北条氏因支持源赖朝举兵讨伐平氏，帮助赖朝建立幕府，立有奇功。所以在镰仓幕府建立后，以功臣及外戚身份屡居要职。北条时政曾作为源赖朝的代表上京都与朝廷交涉重大政治事宜，如守护、地头的设置等。他还曾担任七国地头和京都守护职，为维护畿内近国的治安发挥过作用。源赖朝死后，北条时政支持女儿北条政子限制第二代将军源赖家的权力，实行“执权合议”，而且是其成员之一。梶原景时被逐出镰仓和被追杀，北条时政似是背后的重要操手。梶原景时事件后，御家人中不断有叛乱发生，与此同时，追随源赖朝创建幕府的老臣，如足利义兼、三浦义澄、千叶常胤等相继病故。在这种政治动乱中，北条氏依仗北条政子，以源赖朝嫡妻的旗号，笼络御家人，逐渐地扩展自己的势力。
第二代将军源赖家在疏远众多御家人的同时，在政治上主要依靠岳父比企能员一族。比企能员之女若狭局，与赖家所生的长子名一幡，比企氏认为一幡是理所当然的将军继承人。因此，当宣布赖家的全国地头补任权二分之后，若狭局及其父比企能员颇为愤慨，认为这是北条氏要掌握幕府权力的行动。当时，各地御家人听说将军源赖家病重的消息，纷纷来到镰仓，“关东安否，盖斯时也。”
源赖家的岳父比企能员觉得形势似乎对己有利，若以北条氏蓄意篡权的名义进行声讨，会得到众多御家人的支持。病床上的源赖家也意识到时势的紧迫，便密召比企能员到病床前，进行打倒北条氏的秘密策划。比企能员追讨北条时政的计划得到赖家的“许诺”，却被北条政子听到。“尼御台所隔障子，潜令伺闻此密事”
，当时北条政子隔着屏风正在监视他们的一言一行。获知密议内容的北条政子急忙写了一封书信派人送给北条时政。当时北条时政为修佛事正在前往名越的路上，送信者追上了北条时政，递交了北条政子的信。
读完信后，时政大为惊讶，急速返回镰仓，考虑用诱杀之策。于是，他派使者到比企能员宅，邀请他参加佛像供养仪式，并以此机会相互聚谈。比企能员答应了北条时政之邀。北条使者走后，比企氏一族一齐力谏不要赴约，说近日已有秘密计划，或许已被对方风闻其事，不可贸然前往，纵虽前去赴约，也应有甲胄弓矢的家子、郎从等相随从。比企能员认为如此装备，不但不能警卫，反而会引起对方怀疑，再则如果召集甲胄兵士，也会招致聚集在镰仓的各地御家人骚乱，此次赴约是为结佛缘，又可乘此机会协商地头职分配事。比企能员如期赴约，随身只有七名轻装的随从。北条时政却身着甲胄，由善于弓道的射手守卫大门，杀手天野远景、新田忠常穿着铠甲，隐藏在西南的旁门内。比企能员骑马抵达北条时政宅的大门口，下马进入大门内，沿回廊向开着的旁门走去，这里正是杀手潜伏的地方。天野远景、新田忠常见比企能员靠近旁门，便冲出来从左右两胁架着能员，随即砍下了他的首级。比企能员的随从，一见此情，慌忙逃回，禀报了事情经过。比企氏一族及其家臣、郎从等立即隐居到赖家长子一幡所在的小御所，策划进一步反击。掌握比企氏一族动向的北条政子，于下午二时左右，任命北条义时、北条泰时为讨伐比企氏的大将军，率军包围了小御所。比企氏一族进行抵抗，但势弱不敌北条氏军，最终放火烧毁小御所，不少人葬身于火场，赖家之子一幡也难免此灾。
病中的源赖家得知岳父、嫡子被害消息，悲痛且愤怒。九月七日，为讨伐北条时政，派使者秘密送信给和田义盛和新田忠常，要他们应召背叛北条氏。得到密信的和田义盛，将信交给了北条时政，时政立即逮捕赖家的使者并予以处死，赖家的讨伐计划再次失败。至此，治政无术和病患之中的赖家，已无回天之力。依据北条时政的命令，赖家剃发出家，并由三百余骑兵押送至伊豆国修禅寺幽禁，不久被北条时政派人杀害。源赖家自1199年继任家督，至1203年出家，在幕府将军位上仅五年，而真正被任命为征夷大将军，仅一年零二个月之久便去世了，这标志着幕府政治进入了北条氏掌握的时代。
1203年（建仁三）九月七日，在北条政子废黜源赖家将军的同时，京都的朝廷宣布任命赖家之弟实朝（即千幡）为从五位下、征夷大将军。如此巧合的一废一立，着实少见，从中不难看出北条氏的精心策划。十五日，实朝又被冠以“关东长者”之名。源实朝被任命为“关东长者”和征夷大将军时，年仅10岁
，尚不懂世故。为方便扶政，源实朝移居北条时政邸宅。十月九日，新将军政所开始行政，北条时政为政所别当，因此，政务实权掌控在北条时政之手。新将军任职后，幕府采取了若干对策以抚平社会的不稳。首先，以“远州御书”的形式（“远州”，1200年北条时政任远江守，故称远州殿），向各地御家人宣布“所领如元”，以御家人原有领地不改变所有权，消除御家人的担忧。
其次，派使者至京都，动员在京都及畿内地区的御家人对新将军效忠，并向幕府提出忠诚不二保证书（“起请文”）。在各地武士表示忠诚中，尤其值得注意的是武藏国的武士团不向新将军表忠，却向北条时政表忠。
第三，宣布减免关东知行国公领及相模、伊豆等国庄园、公领百姓的当年年贡，此举被称为“休民户善政”。第四，宣布诸庄园所务裁决听命“远州令下知”。也就是说裁定内容以北条时政的通知为准，显然庄园裁决权握在北条时政手中。幕府的上述措施的实施，使处于紧张状态的社会渐趋平稳。
第三代将军源实朝在社会基本稳定的背景下成长起来，史料记载表明，北条氏，特别是实朝之母北条政子不是以武者的模式，而是以政治家的模式培养源实朝，着力在实朝周围构筑京都皇族文化那样的氛围。首先在实朝的姻婚上，迎娶京都公卿家族的女子。实朝的婚姻原定对象是御家人足利义兼之女，但北条政子嫌弃足利氏门第，推翻了前已约定的婚约，通过皇族的联系渠道，与前大纳言藤原信清结成姻亲，信清之女即是后鸟羽上皇宠爱的西御方姐妹。信清之女远嫁镰仓将军，初次实现了“公武合体”。其次培养实朝勤读书，“将军家御书始”，实朝开始读书是在1204年（元久元）正月十二日。侍读中有位名叫源仲章的人，曾是后鸟羽上皇的近习。实朝开始读的书是《孝经》，此外常读的书还有《贞观政要》等。第三，培养实朝喜爱和歌，养成儒雅而崇仰传统文化的素质。当时和歌名家辈出，藤原定家就是其中之一，实朝与藤原定家的学生内藤朝亲有一定联系，后鸟羽上皇曾命藤原定家等人编纂和歌《新古今集》。此和歌集于1205年（元久二）三月二十六日编纂完毕，四月呈后鸟羽上皇。新和歌集编纂完成后，始终没有公开披露。实朝耳闻此和歌集的完成，非常企望能详读，因为据说其中收录了源赖朝的歌。内藤朝亲因是藤原定家的门徒，对《新古今集》内所载和歌早已熟知，当他得知源实朝企望后，就偷偷地抄录《新古今集》全文，亲自送到镰仓。实朝喜出望外，殷勤款待内藤朝亲，赠送许多礼品，还将自己的和歌习作拿出来请内藤氏评判。
除喜吟和歌外，实朝还热衷于贵族盛行的蹴鞠、斗鸡。1213年（建保元）二月，实朝还设立“学问所”，选“艺能之辈”讲说“和汉古事”
。他继承源赖朝信奉神佛的传统，完善镰仓周边宗教环境，确立鹤冈八幡神社、永福寺、药师堂、阿弥陀堂、胜长寿院、法华堂等寺社奉行。每年年初必参拜鹤冈八幡神社，年末必参拜永福寺和胜长寿院。在其御所内设佛堂，安置文殊菩萨，挂圣德太子像。
源实朝不好武艺、酷爱贵族文化的行为，受到诸多的评议，说他以歌、鞠为业，武艺似废，以女性为宗，不如勇士。当时大江广元和北条义时曾多次进谏应重视武艺，说唯有武艺才是镰仓幕府的长久之基。但均未被实朝接受。
源实朝沉迷于贵族文化，幕府政务自然由北条氏掌管。北条氏对幕府实权的控制，引发御家人的不满，御家人与北条氏的纠葛时有发生。北条义时虽然身兼执权、侍所别当两个职务，但幕府诸重要事宜皆受到北条政子干预。而随着实朝年龄的增长，对北条义时的一些主张也有了自己的看法。因此，北条义时总是想方设法削弱实朝将军的权力和威信。
北条义时、大江广元等人力谏实朝辞去朝廷赐予的官职，因为在和田义盛家族1213年叛乱被灭后，朝廷接连向实朝任命官职。1216年闰六月任命为中纳言，八月加任为左近中将。实朝继幕府将军以来，已经位至正二位，先后任命官职有征夷大将军、右少将、右中将、左近中将、左近卫大将、中纳言、权大纳言等。1218年（建保六）又被朝廷任命为内大臣、右大臣。虽然实朝无军事才能，但众多的军职和朝廷职务不啻是一种权力和地位的象征，在武士中颇具影响力，这也是北条义时感到不安的根由所在。源实朝拒绝辞官，实是将军与执权之间不和之兆。
当时北条政子关心的问题则是源实朝的后继人问题。源实朝虽然沉迷于文化、游乐、女性，但一直未能生儿育女，一旦发生突发事件，就会出现将军的空位。从血统上看，有资格继承的人是二代将军源赖家之子公晓（幼名善哉）。公晓出生于1200年（正治二），其父赖家被幽禁，其兄一幡和外公比企能员被杀时已4岁。北条政子对公晓的态度较为矛盾，公晓是自己的孙子，且由于对其父赖家的最后被害怀有愧疚之心，但又不愿意由公晓来做实朝的接班人。就在这种矛盾的心态下，她在1205年（元久二）十二月安排让公晓拜鹤冈八幡宫寺别当尊晓为师，削发为僧。1206年（建永元）十月，又决定公晓为源实朝的养子，后让其赴滋贺大津的园城寺（三井寺）明王院，成为僧正公胤的门弟。1217年（建保五年）六月，因鹤冈八幡宫寺别当空缺，政子认为公晓可补缺，于是公晓返回镰仓。十月，公晓正式补任鹤冈八幡宫寺别当。
1218年（建保六）二月，北条政子前往京都，同往的是兄弟北条时房和幕臣二阶堂行光。这次上京的目的名义上是参拜纪州的熊野山，实际上是与皇室贵族秘密协商事宜。《吾妻镜》载：“（尼台所）在京之间有珍事等。”
《愚管抄》载：“实朝母参熊野，上京。多次赴约卿二位。”
所谓“珍事”，应是与幕府有关的重要事宜。后来证实，“珍事”即是实朝无子，迎皇族为将军的事。所谓“卿二位”，是后鸟羽上皇的乳母，本名藤原兼子，一般称“卿二位”，在后鸟羽院政时期十分活跃，有“权门女房”之称，源实朝迎娶的前大纳言藤原信清之女，曾得到过卿二位的关照。正因为如此，政子在京期间，受到高规格的接待，后鸟羽上皇赐其从三位爵位。后鸟羽上皇还曾答应接见，政子以“边鄙老尼咫尺龙颜，无其益”
为由，未能进见。后鸟羽上皇的热情，与卿二位的应诺不无关系，此后后鸟羽院政和朝廷频频向幕府示好。十月，政子的爵位升至从二位，十二月初，实朝封为正二位右大臣，获得封官的源实朝决定“明年正月在鹤冈八幡宫寺举行大臣就任典礼”。
1219年（承久元）正月二十七日是举行庆典的日子。大臣就任典礼从傍晚一直进行到夜深。当实朝从八幡宫寺内退出来，走到石阶处时，突然有一个包着黑布头巾的人从黑暗处冲出，从背后击倒实朝后，用剑砍下实朝的头，提着实朝的头匆匆逃走了，虽经四处搜查也不见凶手的踪迹。黑暗中用剑杀死实朝的人，就是赖家之子、八幡宫别当公晓禅师。与公晓杀害实朝的同时，有三四个人驱散了实朝护卫，并杀死了与实朝同行的源仲章。公晓逃到备中的阿阇梨雪下北谷宅，之后他派乳母之子弥源太兵卫尉去会见三浦义村，三浦义村迅速将公晓的所在报告给执权北条义时。北条氏、三浦氏等经过商议，虽认为公晓并非一般人，有武力、有勇气，也精于兵法，不易对付，但还是决定派遣以长尾定景为大将，率善战武士若干人，前往备中的阿阇梨雪下北谷宅。与此同时，公晓离开雪下北谷宅，登上鹤冈的后峰，朝着三浦义村邸的方向前行。途中正好与长尾定景相遇，在双方争斗中，定景用刀砍下公晓的首级。
镰仓将军的空缺，需要急速补任。同年二月，北条政子派二阶堂行光进京，与后鸟羽上皇商议迎皇子为镰仓将军事。当时幕府方面希望依据北条政子上京时秘密协定，迎后鸟羽之子冷泉宫赖仁亲王到镰仓任将军。可是，后鸟羽上皇出于如下考虑，推翻了秘密协定，不同意赖仁亲王东下镰仓：一是对北条氏不放心。三代将军可以随意被杀，赖仁亲王的安危也难以保证；二是三代将军死后，幕府很可能会发生内讧，因此，与其赖仁亲王继任将军，不如静待幕府内乱而亡。后鸟羽上皇拒绝送子任将军的消息很快传到镰仓，在此后的三月，院厅方面遣使要求幕府罢免摄津国长江、仓桥两处庄园的地头，理由是两处庄园的地头蔑视领主、后鸟羽的宠姬龟菊（亦称伊贺局）。院厅此举，其真实用意并非在于罢免地头，而是企图以此试探幕府内部是否团结。对此，三月十二日在北条政子宅邸，召集北条义时、北条时房、北条泰时、大江广元等商议对策。商议结果，大家一致同意以强硬的态度回复院厅，即幕府第一任将军源赖朝任命的地头，没有犯大罪，则不能轻易变动。
接着于三月十五日，北条时房以幕府使者身份率千骑武士前往京都，一方面向院厅显示军威，另一方面也望以武力促成亲王任将军之事。经多次交涉，后鸟羽依然不同意皇子东下镰仓。幕府方面只得放弃迎亲王为将军的打算，转而迎接与源氏有血缘关系的左大臣藤原道家儿子三寅（后称赖经）为新将军。藤原道家是藤原良经与源赖朝妹妹的女儿所生，道家的妻子则是源赖朝妹妹的另一个女儿，因此，从父、母双方的血缘看都与源氏有关系，迎其为将军，要比迎皇子更具正统性。在决定由三寅为幕府的继承人后，镰仓方面曾要求把三寅的姓由藤原氏改为源氏，但因朝廷的拒绝而未获成功。六月三日，朝廷下达了藤原赖经（即三寅）为将军的宣旨。七月十九日藤原赖经离京都，二十五日抵达镰仓。当时赖经仅2岁，一切政务由北条政子掌握。“政所始。若君幼稚之间，二品禅尼可听断理非于帘中”
，垂帘听政后的北条政子被称为“尼将军”（源赖朝死后出家为尼）。新将军的确定和政子亲自主持政务，使由于源实朝被杀而引发的混乱状况得以迅速稳定。
藤原赖经虽然与源氏有着血缘关系，但是毕竟不是直系。因此，如何孕育源赖朝直系子孙继承人，成为北条氏不得不思考的问题。北条政子健在时，大权在握，以源赖朝之妻号令御家人，谁也不会产生异议，而北条政子死后，事情就不会那么简单了。因此，在北条政子死后的第五年，1230年（宽喜二）北条氏将北条政子的孙女，亦即第二代将军源赖家的女儿竹御所嫁给了藤原赖经。成婚时，将军藤原赖经13岁，竹御所28岁。他们之间所生的赖嗣，就是后来的第五代将军。
自源赖朝实行“肃清庙堂”之策后，朝廷内以九条兼实为首的亲镰仓势力占据优势。九条兼实的得势，除有镰仓幕府方面的支持外，还在于其女任子为后鸟羽天皇的中宫。九条兼实在朝中最大的政敌是源通亲，此人是后鸟羽天皇乳母卿二品的丈夫，其养女在子也进入后鸟羽天皇的后宫。九条兼实和源通亲都期望自己的女儿与后鸟羽天皇间能生下皇子，以此进一步扩张势力。结果九条兼实之女任子生了皇女，而源通亲之女在子生了皇子为仁亲王。1196年（建久七）十一月二十五日，源通亲发动政变，宣布停止九条兼实的关白职，并由藤原基通担任此职，此后源通亲倾力于扶植养女在子所生的为仁亲王。为使为仁亲王继承皇位，源通亲于1198年（建久九）正月七日，在后鸟羽天皇并不情愿的情况下使其让位于为仁亲王。当时有候补天皇资格的皇子，除为仁亲王（4岁）外，还有赖仁亲王（3岁）、守成亲王（2岁）。源通亲却以“二三岁践祚，为不吉例”为由，力挺为仁亲王。为仁亲王继位是为土御门天皇，源通亲力挺为仁亲王，其用意在于“振外祖之威”。后鸟羽天皇让位之后，开院政，而源通亲又为院厅别当。
1199年（正治元）正月，朝廷拟进行朝臣的叙位、除目（任命官职）仪式。如此重大事宜，源通亲竟不与摄政藤原基通商量，也不报告后鸟羽上皇，而是自己与位于末座的权中纳言藤原亲经二人商定。对此，朝廷诸臣愤怒地指斥其违背惯例，切齿怒喝：“可弹指，可弹指！”
尽管源通亲的独断行为受到诸多批评，但权力的伸张并未停止。正月十三日，源赖朝死亡，亲幕府势力失去了强力的依靠，源通亲实行大清洗，亲幕派均被诬陷为阴谋刺杀源通亲的罪名而被处分。五月，通亲被任命为“内大臣兼宣旨”，正当他独揽朝政、政治上极为风光时，1202年（建仁二）十月突然死亡。
源通亲的死亡，使后鸟羽上皇有了真正建立能按自己意愿实行院政的机会。后鸟羽从继任天皇位到让位成为太上皇的过程中，先是受到九条兼实的牵制，不能自由行政，后又受源通亲的控制，自己的意志难以推行。如今九条兼实、源通亲对政治的干预业已排除，摄政藤原基通也已力不从心，于是便在其乳母卿二品藤原兼子的辅佐下重开院政。在此之前，后鸟羽不关心政治，热衷于和歌，集文人编纂了《新古今和歌集》；生活上奢侈、好色，身边游女和阿谀奉承者云集；院厅官纪混乱，卖官、伪造任命书等盛行。但重开院政后，他开始关注政治，重视中央权力的集中。1210年（承元四），以二次彗星（九月、十一月各一次）的出现为借口，后鸟羽上皇强迫土御门天皇让位于自己最钟爱的三子守成，为顺德天皇，时年顺德只有12岁。作为“新政”的开始，后鸟羽上皇首先着手重建朝廷政务规范和仪式程序，1211年（建历元）七月二十日至二十四日，朝廷大臣举行“竖义”，对“行幸”“临时祭”等礼仪知识进行互相问答。
九月举行“大飨习礼”实践
，同时举行规模较大的“大尝会”及“禊”的“论义”专题讨论会。参加讨论的大臣分为十组，每组二人，每组一题，以一问一答的形式进行讨论。在讨论会上，因为长期疏于政务，不少大臣对所问政务问题竟回答不出。
无能、昏庸的朝臣们狼狈、蠢状犹然可见。1212年（建历二）三月，公布了新制二十条，其内容主要是关于神社、寺院事务、诉讼程序以及禁奢侈等规定。1213年（建保元），顺德天皇的《禁秘抄》（亦称《禁中抄》《建历御记》《顺德院御记》）完成，全书三卷，记载了宫中行事、仪式、政务等九十二项，引用古例一一加以说明。后鸟羽上皇也在学习朝廷政务、仪式等礼仪知识后完成了《世俗浅深秘抄》，全书有285条。所有上述对朝廷、宫内诸杂事的梳理和整顿，其根本目的就是要重振皇权和朝廷的威望。
后鸟羽院的“新政”，还表现在选拔了一批政治人才。1210年（承元四）有12人授爵三位，1211年有9人被提升为三位公卿。在九条兼实时期，朝中公卿人数受限制，建久年间（1190—1198）爵位为三位的公卿15人，1208年（承元二）则公卿人数倍增，而到了1211年（建历元）达到了40余人。有些人本是身份低下，不能胜任高官，如菅原在高、菅原为长等，父辈均为大学头或大学头长，后鸟羽上皇授他们三位爵，任命为参与朝政的公卿，菅原为长在1213年（建保元）还专门负责后鸟羽上皇的《贞观政要》学习，成为侍读。
后鸟羽上皇在加强军事力量方面着力颇多，这是朝廷长期受到镰仓方面抑制所产生的逆反举措。加强军事力量从两方面入手，一是拉拢分化幕府的御家人，首要目标是1203年（建仁三）幕府派往京都担任京都守护的平贺朝雅。根据《吾妻镜》记载，平贺朝雅受命西进京都是“为京都警固”，同时为了统领西日本的御家人，“西国有所领之辈，为伴党可令在京之旨”
。后鸟羽院为拉拢平贺朝雅，任命其为右卫门权佐，并成为后鸟羽上皇的近臣，利用他牵制京都及西日本幕府御家人。1205年（元久二）闰七月，平贺朝雅因受北条时政、牧方夫妻策划谋害源实朝的事件牵连，被幕府诛杀后，后鸟羽院转而重用平贺朝雅的兄弟大内惟义。1206年（建永元），在原有的守护院御所等的“北面武士”之外，又在院的西边置“西面武士”。大内惟义不仅守护宫城，而且赋以畿内近国广泛地区的支配权。这样，通过幕府派驻的京都守护大内惟义和在京御家人、西日本的各守护，使众多武士逐渐与幕府产生离心力，日渐受院厅的直接控制，蜕变为院厅反对幕府的武力。
就在后鸟羽上皇进行朝廷“新政”、积聚武力之时，1219年（承久元）正月，发生了幕府将军实朝被杀事件。一直对幕府抱有敌意的后鸟羽，认为幕府将军的空缺必将导致幕府的内斗、分裂，乃至瓦解。因此，认为现时是倒幕的好机会，于是开始策划倒幕。最初的倒幕行动，就是前已叙及的毁弃前约，拒绝皇子赴镰仓任将军职，同时以院宣的形式，命令幕府罢免宠妾龟菊（伊贺局）所领摄津国长江、仓桥两处庄园地头，通过此事，以试幕府内部动静。但结果却出乎后鸟羽上皇的意料，幕府内部的核心层团结一致，对院厅的态度十分强硬，不听院宣，坚决拒绝罢免长江、仓桥两庄园地头的命令，此事成为朝幕间爆发“承久之乱”的导火线。
为了一致针对幕府，实现王权一统，后鸟羽上皇于1221年（承久三）四月二十日让顺德天皇让位于仲恭天皇，出现了三位太上皇同时并存的局面。二十三日规定院号，顺德天皇刚退位成为上皇，故称“新院”，原土御门上皇称“中院”，后鸟羽上皇为“本院”，朝廷诸事由本院掌控。事实上，三位上皇之中，后鸟羽、顺德二人是积极倒幕派，土御门上皇由于希望自己的儿子接替顺德天皇皇位，与后鸟羽发生分歧，对倒幕活动持消极态度。四月二十八日，后鸟羽在京都伏见离宫内城南寺，以举行流镝马（骑射）为名，集结各地武士，并将真实意图告诉自己的亲信坊门忠信、源有雅、叶室光亲、一条信能、高仓范茂、中御门宗行以及僧正长严、法印尊长等人。倒幕军的构成，一是以藤原秀康、山田重忠、仁科盛朝为首的院的北面武士、西面武士，二是被拉拢、收买的幕府京都守护和在京御家人，如大江广亲、大内惟信、三浦胤义、佐佐木广纲以及西日本的有力御家人等；三是以僧正长严、法印尊长为首的僧兵。至此，后鸟羽上皇倒幕的准备工作已告完成。
后鸟羽上皇于1221年（承久三）五月十四日开始实施倒幕计划，首先将矛头指向朝廷内的亲幕府大臣，将藤原公经及其子藤原实氏软禁在弓饬殿。之后命令藤原秀康讨伐坚不背叛幕府的京都守护伊贺光季，藤原秀康与三浦胤义商议如何才能讨灭伊贺光季的战术，二人一致认为强攻光季住处很难战胜，只有把他引出来，然后加以杀害才是最好的办法。十五日，后鸟羽上皇用院宣召伊贺光季到自己所在的高阳院，光季拒绝应赴。藤原秀康、三浦胤义、大江亲广等最后不得不率军强攻光季住处。光季早就获知院厅方面的动静，本有机会逃出京都，但意识到京都守护的职责，放弃了逃跑的机会，在院方军尚未攻击之前，他派信使急速赴镰仓报告京中的紧急形势。当藤原秀康等人率军来攻时，伊贺光季手下不足三十名武士。在千余骑院方军的围攻下，光季及其次子光纲遂放火烧宅自焚。
幕府方面获知京都政情的信息是在五月十九日，伊贺光季生前派遣的信使抵达镰仓，详细汇报了院厅“召聚官军”、软禁亲幕府朝臣、武力围攻京都守护的情况。与此同时，院厅方面也派遣间谍潜入镰仓，一个名叫押松的人，怀揣声讨北条义时的院宣，准备对幕府的有力御家人武田信光、小山朝政、足利义氏、小笠原长清、宇都宫赖纲、北条时房等进行策反。已叛投院厅的御家人三浦胤义也派了使者送书信给在镰仓的哥哥三浦义村，动员其叛变幕府，投靠院厅。三浦义村驱逐了使者，将策反信件交给北条义时，以示对幕府的忠诚。院厅的间谍押松也被拘押，由于有力御家人忠心于幕府，后鸟羽上皇在幕府核心层进行策反的计划失败。
在院厅倒幕活动步步紧逼之下，幕府的形势极为严峻，关键问题是御家人的向背。因此刻不容缓之举，就是统一御家人的意志和行动。为此，“尼将军”北条政子召集有力御家人商议时局。北条政子声泪俱下，悲壮激越，在场御家人无不感动。大多数御家人虽然对北条氏有不满情绪，但都认识到，代表他们阶级利益、维护他们既得利益的不是皇室、院厅，而是幕府。因此，经北条政子动员，思想很快得到统一。当晚，在北条义时邸，北条义时、义房、泰时、大江广元、三浦义村、安达景盛等讨论具体对策。会上有人提出固守关足柄、筥（箱）根，防御京都方面东进，保卫镰仓。与此相反，大江广元则提出守关防御必将成为失败之因，最佳之策是“早可发遣军兵于京都”。两种意见不能统一，北条义时将不同意见报告北条政子。政子听了汇报后说：“不上洛者，更难败官军欤。”
显然同意大江广元的意见，主张立即进军京都。根据北条政子的指示，北条义时派人向信浓、远江以东的东海、东山诸国，也就是远江、骏河、伊豆、甲斐、相模、武藏、安房、上总、下总、常陆、信浓、上野、下野、陆奥、出羽等东日本十五国传达幕府的决定，催促各地武士应征保卫幕府。二十一日，幕府再次举行军事会议。会上对北条政子确定的大江广元方案再度出现异议。大江广元说，目前业已确定的进军京都方案，只隔一天又出现异议，若如此累日议而不行，必然会产生动摇，影响军心，发生不测之事。因此，今夜即使是北条泰时一人出发，东国武士肯定会“如云之从龙”那样积极响应从征。北条义时虽然与大江广元有同感，但还是请教了幕府宿老三善康信，得到的回答与大江广元意见完全一致。三善康信说：关东安否现在至为关键，当务之急是发遣军兵于京都，此事不能延误，延误数日，则会士卒懈怠，军情瓦解。可先派大将军一人，先行进发。
至此，北条义时才决心派遣北条泰时率先进发京都，包括其子时氏在内仅十八骑。泰时出发后，北条时房、足利义氏、三浦义村也相继出发。正如大江广元所说，泰时出发，御家人门积极响应。根据《吾妻镜》记载，自二十二日至二十五日拂晓，除宿老和留守者外，“东士者悉以上洛”，进京军力分东海、东山、北陆三路。二十七日，北条义时释放被拘押的院厅间谍押松，让其携带一封致后鸟羽上皇的信，作为对声讨义时院宣的回答。据《承久记》载，北条义时在信中责问后鸟羽上皇：每年二三次向朝廷贡纳染绢、金银、鹭羽、马匹等物，一切不缺，为何要出如此院宣？在押松返回京都前，院厅方面已从别的渠道得知镰仓方面的军事行动情报，京都弥漫着紧张空气。
六月五日，幕府的东海道方面军到达尾张一宫，在此举行军事会议，决议分兵进攻木曾川、长良川沿岸渡口。鹈沼由毛利季光，池濑由足利义氏，板桥由狩野入道，摩免户由北条泰时、三浦义村，墨俣由北条时房、安达景盛分别负责担任主攻。与此同时，东山道军在东海道军的北方进至木曾川的大井户。五日夜，各线发动进攻，当晚及次日，幕府军首先攻破官军大井户、摩免户、墨侯防线，“官军不及发矢败走”“秀康、广纲、胤义以下，皆弃警固地返洛”
。七日，幕府的东山道军、东海道军会合，军事会议就下一步进攻京都作了部署和分工，决定势多由北条时房，手上由安达景盛、武田信光，宇治由泰时，芋洗由毛利季光，淀由结城朝光、三浦义村分别负责进攻。
京都方面，八日，藤原秀康等回京向院厅汇报了与幕府军决战而大败的情况。幕府军即将兵临城下的战况，引起院厅、朝廷的惊恐。据载：“一院（指后鸟羽）、土御门院、新院（指顺德上皇）、六条（雅成亲王）、冷泉（赖仁亲王）两宫御登山，洛中贵贱，东西驰走。”
后鸟羽上皇逃入比叡山避险，但次日又返回京都城内。十二日，后鸟羽上皇命藤原秀康、大内惟信、三浦胤义等布防宇治、势多、芋洗、淀等战略要地，构成最后一道保卫京都防线。十三日，幕府军发动全面攻击，其中以宇治、势多两处战斗最为激烈。当日大雨不止，防守宇治的官军防备甚严，“官军发矢石如雨，东士多以中之”。夜半北条泰时亲自到前沿阵地，因中箭死亡者颇多，决定暂停战事，等天亮后再战。十四日，依据前一日经验，北条泰时认为如不渡河，难败官军。于是组织渡河，但因前日大雨，宇治川河水大涨，“缘水流浊，白浪涨落”。在急流中强渡，幕府军死伤惨重。北条泰时意识到渡河是唯一出路，因为战士长途奔袭，已呈疲劳之状，再加上粮草补给一旦不济，战局始将有失败之险。为此，一边派人探察河水深浅，一边激励武士们说：“吾众拟败北，于今者，大将军可死亡时也，汝（等）速渡河入阵！”
自己也“乘筏渡河”，最终渡过了宇治川，官军闻风溃逃。与此同时，北条时房率军突破势多桥防线，在幕府军即将入城之时，后鸟羽上皇急派使者大夫史国宗于北条泰时军阵递交院宣。以“不起于睿虑”五字把掀起朝幕战事的责任，完全推到追随他的朝臣身上，这种推诿，幕府方面自然不会相信。十五日，北条泰时、房时率军进入京都，入住六波罗馆。在大军压境的形势下，后鸟羽上皇宣布撤销讨幕院宣，并承诺自今以后一切听从幕府的吩咐。至此，后鸟羽上皇策动的倒幕行动彻底失败。朝廷与幕府的关系进入新阶段。
“承久之乱”被平定后，幕府以六波罗府为基础加强对京都、近畿及西日本的控制。六波罗府原是源赖朝控制朝廷而设置的京都守护机构，建在京都的鸭川之东（今京都东山区松原町附近）六波罗地方，设有南波罗府、北波罗府。“承久之乱”后，幕府强化了六波罗府权力，分别任命北条泰时、北条时房为南北两府的“六波罗探题”，专事监督朝廷，和京都守护共同负责尾张（今爱知县）以西诸国的诉讼和行政权。六波罗探题下设机构是幕府机构缩影，设有评定众、引付众（主持裁判）以及维持治安、处理刑事犯罪的检断等，一直有“小幕府”之称。六波罗探题的职责是全权执行幕府对朝廷和西部日本的监督和管理。
“承久之乱”后，幕府首先通过六波罗探题进行战乱参与者的调查和处理。在政治上剥夺了后鸟羽上皇等人的皇权和一批朝臣的职务，然后根据各自的罪状，予以刑事惩罚。后鸟羽上皇流放隐岐，顺德上皇流放佐渡，后鸟羽之子冷泉宫赖仁亲王、六条宫雅成亲王分别流放备前、但马，仲恭天皇被废黜。土御门上皇并未参与叛乱，本可以不予以惩处，但他主动要求处以流罪，开始被流放土佐，后来幕府将其改迁至阿波（今德岛县）。后鸟羽上皇身边积极推动叛乱的公卿、僧侣，如中御门宗行、一条信能、高仓范茂、源有雅、坊门忠信、僧正长严等人，或处以流放罪，或处以死罪。其中还有一位后鸟羽上皇的宠臣叶室光亲也被处以死罪。然而据后来了解，叶室光亲虽是上皇宠臣，但他一直反对后鸟羽倒幕，认为倒幕是无谋之举，一再上谏书奏请终止倒幕行动，终未被上皇接受。六波罗探题北条泰时了解上述情况并得知尚存的叶室光亲数十份谏书时，非常后悔对其采取过酷的处罚。大概是由于这一错杀，在日后朝廷的重建中，叶室氏受到了幕府的器重。除上述直接参与战乱的皇室、公卿被惩处外，其他有关人员，如前内大臣源通光、权大纳言源定通、权中纳言源通方、参谋藤原亲定、藤原信成、前权中纳言藤原教成等，皆以“恐惧”之名，予以革职。至此，叛乱首要分子，除藤原秀康、大内惟信、僧尊长等人潜逃外（以后陆续被捕后处死），倒幕势力基本清除殆尽。
清除倒幕势力后，幕府立即进行新朝廷的重建，扶植后鸟羽上皇之兄、一直对政治并不热衷的守贞亲王为太上皇，建立后高仓院政。守贞亲王之子、10岁的茂仁亲王立为天皇，是为后堀河天皇，原亲镰仓的朝臣西园寺公经、近卫家实、九条道家等先后恢复了在朝廷的地位。作为院和朝廷的经济财源，幕府将后鸟羽上皇等领有的包括八条院领、长江堂领、七条院领等三百余处庄园，交给院方管理，但所有权属幕府。
新建的朝廷、院厅，在政治、经济上受到幕府严格的控制，国家大事必由幕府决定，朝廷、院政成为应幕府所需发布院宣和圣旨的机器。天皇的废立，朝臣的升贬，均依据幕府的好恶。1232年（贞永元），后堀河天皇让位，九条道家的外孙年仅2岁的皇子即位，是为四条天皇。
由于幕府的控制，皇室无所作为，因此皇族的政治威信一落千丈，天皇不被尊重。以四条天皇为例，他在12岁时，即1242年（仁治三）正月，在撒有滑石粉的廊道上不慎摔倒在地。当时，身边的妃妾和近臣不仅不去搀扶，反而以天皇摔地而乐。实际上这一跤，因头部着地，天皇当场丧命。天皇和皇族不但政治威信衰落，而且经济拮据。四条天皇摔死后，根据幕府的指示，朝臣们又开始新天皇的选择。当时有望继位的人是顺德上皇之子忠成亲王和土御门上皇之子邦仁亲王，以西园寺公经、九条兼政为首的朝廷公卿主张忠成亲王继位。忠成亲王是九条兼政的外孙，他若继位，自然有益于九条氏，为了促成此事，九条兼政派专使前往镰仓，积极推荐忠成亲王。西园寺氏、九条氏认为幕府一定会赞成，甚至做好了即位庆典的准备。然而，幕府的看法与西园寺氏、九条氏的看法相左，幕府执权北条泰时认为，土御门上皇并未参与承久之乱，他的儿子邦仁亲王应是皇位的继承者。北条泰时派专使安达义景上京都，出发前，泰时对他的指示是：倘若你抵达京都前，忠成亲王已经即位，要断然废止，让邦仁亲王继位！幕府的强硬态度，引发公卿们的不满，但仍然遵从幕府的旨意，邦仁亲王即位，是为后嵯峨天皇。
后嵯峨天皇虽被立为天皇，但经济上却相当“贫困”。举行即位式时，他连合适的礼服也没有。无奈之下，欲借用西园寺公经为忠成亲王即位所准备的礼服。可是，后嵯峨天皇已是23岁的青年，借来的礼服尺寸太小未能用上。由于庄园领地和各国衙滞纳年贡，举行即位典礼的费用也难以筹集，最后还是靠幕府的献金，才解除了困境。
幕府对朝廷的控制，始终未能松动。1243年（宽元元），因天灾后嵯峨天皇让位于4岁的久仁皇子，是为后深草天皇。后嵯峨以西园寺公相等人为近臣，开始院政。此期间，幕府对原亲幕朝臣九条道家没有了好感，解除了他的“关东申次”（幕府代言人）身份，改由西园寺实氏担任。为了控制院政，幕府任命土御门、德大寺、吉田、叶室等公卿为院评定众，即院政的事务由评定众合议决定。院评定众的设置及其议事方式，局限了太上天皇的权力，院政的大小事务，必须要与幕府协商，最终的决定权实际上掌握在幕府手里。
“承久之乱”后，幕府所做的另一件重要大事，就是按照惯例，对平乱过程中的有功之臣进行“恩赏”。在处理“承久之乱”过程中，幕府清查和没收参与叛乱的皇室、贵族、寺院、神社的庄园三千余所。作为对有功者的“恩赏”，幕府任命有功御家人，分别到这些庄园去担任庄官、地头。“二品禅尼（北条政子）以件没收地，随勇敢勋功之浅深，面面省充之。”
任命是根据战功大小确定的，而且由北条政子亲自审定。
除这次没收的庄园任命新庄官、新地头外，在其他所有未曾设置地头的庄园内也新任命了地头。先前源赖朝曾经期望的在全国各庄园设置地头的愿望终于得到了实现。自此，镰仓幕府把自己的统治触角延伸到全日本的各个角落。接着，幕府在调查以往任命的地头所务和利益分配先例的基础上，又于1223年（贞应二）六月，通过朝廷发布圣旨，规定了新地头利益分配法（“新率法”），即新地头管辖的范围内，每十町土地，地头享有免田（给田）一町，其余属于庄园领主、国司的法定收入，但允许地头从庄园领主、国司的法定收入中，不论丰歉，每段土地征收五升“加征米”
。七月，幕府又对新地头的职权范围作了更明确的规定。如若不从规定，“猥张行事”，出现领主、国司不断诉讼，则将严厉惩处，撤销地头的任命。
正当镰仓幕府在专注处理“承久之乱”后的诸问题时，执权北条义时突然病倒，并于1224年（元仁元）六月十三日去世。“日者脚气之上，霍乱计会”
，似是夏季上吐下泻之病所致。北条义时一死，幕府体制再次面临动摇。
北条义时的后继者，具备竞争资格的有三人：一是长子泰时，京都六波罗探题；二是次子朝时，镰仓名越的有势力者；三是与后妻伊贺氏所生的政村。八月一日，北条政子在北条泰时宅，召集三浦义村等有力御家人元老，统一认识，确认泰时担任幕府执权。次日，北条政子又以“决定世上事”的姿态，再次召集有北条时房、大江广元等人参加的评议会，就伊贺氏谋叛事进行讨论。宣布革除伊贺光宗的政所执事职，没收所领庄园五十二处，流放信浓国，北条义时的后妻流放伊豆，护送一条实雅回京的伊贺朝行、光重两人，由六波罗探题直接从京都流放九州。与伊贺光宗合谋、企望担任幕府将军的一条实雅，于十月从京都被流放到越前国。
北条泰时执幕府之政后实行政治“民主”，与大江广元、叔父北条时房组成最高领导机构，凡大政要事，联合商定，史称“联署”。1225年（嘉禄元）六月，幕府元老大江广元去世，七月，北条政子亡故，幕府历史转入了新的阶段，在父辈创造的幕府基业上，北条泰时开始施展政治才能。
北条泰时推行幕府改革，首先从整顿北条氏家规入手。北条氏自时政、义时以来，从未制定过家规，北条泰时为巩固执权家族的坚固基础，在任职之初，即闰七月二十九日制定《家令》。八月二十八日，即执权所开始运行的第一天，规定《家务条条》。北条氏嫡系被称为“得宗之家”，而“得宗之家”的主人称为“得宗”，是镰仓幕府主权的操纵者，《家令》《家务条条》的制定和实施，在相当长的时期内，对执政家族的行为有了法的规范，有利于政治的清明。
北条泰时担任执权期间，其幕政改革的核心就是建立法体制，将法规导入政治统治。据记载，他在同年十二月确定了自己的治政原则，即“显政道兴行之志，而以明法道目安，自今朝每旦一反可览之。”
泰时法体制的建设首先是设立评定众，实行集体领导。1225年（嘉禄元）九月三日，泰时召见三浦义村、二阶堂行村，就“理世”事进行密谈。十月三日，就幕府御所重建及其选址问题，有力御家人进行“群议”。十二月幕府新御所落成，将军赖经迁入新御所。二十一日，由北条泰时主持，举行了首次评定众会议（“评议始”），评定众制度正式确立。评定众是次于执权的重要职务，凡幕府政所、问注所掌管的重大事宜，财政和诉讼案子的裁判，都必须经评定众讨论通过。
评定众设置后的第七年，在幕府建立以来制定的法、惯例以及多年评定会议实绩的基础上，北条泰时着手幕府基本法的编纂。1232年（贞永元）五月开始，八月完成，共五十一条，史称《贞永式目》，亦称《御成败式》。
《贞永式目》具体内容涉及面甚广，包括意识形态、行政、民事、诉讼等各个方面，通篇贯穿着封建统治阶级以法治国的思想。其中第一、二条强调人与神佛的关系，如在叙及神与人之关系时说：“神者依人之敬增威，人者依神之德流运”，所以人们不要荒废例行祭祀。作为武士之法，《式目》对守护、地头的职责、权限作了明确规定，第三条重申守护的“大犯三条”的职责，指出催促京都大番役，防范谋叛、杀人（夜袭、强盗、山贼、海贼）的发生是幕府建立以后早已规定，然近年守护超出职权范围的行为屡有发生，出现“非国司而妨国务，非地头而贪地利”，因此规定凡守护者，除遵守“大犯三条”职责之外，不得干预其他事务，“若背此式目，相交自余事者，或依国司、领家之诉讼，或依地头、土民之愁郁，非法之至为显然者，被改所带之职，可补稳便之辈也。”
第五条规定禁止地头的非法。对于地头滞留年贡，若查实，应尽速补齐。滞留数量过大的，也须在三年补足。拒不执行者，予以革职处理。《式目》对御家人利益的保护也颇为明显，如第七条明确规定，自第一代将军源赖朝至北条政子去世期间，幕府承认的御家人领地和财产，今后一律禁止诉讼，即使递交诉讼文书也不予受理。此条被誉为“不易之法”。《式目》对于幕府曾经作出决定的事，一般都维持原有裁决，如第八条规定，有的领地幕府曾“下文不令知行”，即不承认领有权。“不领知行”即使年限已过二十年也不能重新提出领有权争议，应继续维持原来裁决（“不论理非，不能改替”）。《式目》第九条规定对谋叛人的处理，第三十二条是关于藏匿盗贼、恶党罪的规定，第三十三条是对强盗、窃贼、放火者的处罪，规定犯此罪者均可以“且任先例，且依时议”，不必受条文限制，任意予以惩处。
《贞永式目》最明显的特点是关注民生。当时民生的重点是粮食和生存，粮食和生存的依托则是土地。围绕土地所产生的纠纷，往往成为人间关系的主流，社会问题的源头。因此，《式目》中有二十一条涉及土地相关的问题，其中包括土地（所领）的继承、侵占、没收、买卖，以及农作物滞纳、侵夺等。另外，对于借贷也作了规定。
《贞永式目》的第二个特点是在道德价值中强调忠与孝，全篇贯穿着维护忠者、亲者、孝者的利益。例如父母与子女有不同意见，发生争议时，子女首先要考虑的是孝（“不可不惮不孝之罪”）。亲情是和睦的基础，亲情义绝，则敌对发生。因此，在父母所领让与问题发生矛盾时，子女要“竭忠孝之节”，而父母也应持“慈爱之思”为子女着想，以此求得彼此和睦。第二十条则规定，得到父母让领的儿子，先于父母死亡，父母有权收回所领。以《贞永式目》为基础，幕府还陆续制定了一些单行法，以完善武士法体制。1232年（贞永元）十一月制定《六波罗成败法》十六条。1235年（嘉祯元）公布《六波罗条条》，对六波罗探题的职务作了具体规定。在幕府发展过程中，大江广元功勋颇大，尤其他执笔的不少文书，对于法律的建设很有参考价值。因此，北条泰时于1232年（贞永元）十二月命有关方面进行搜集整理，编成“大江广元目录”。1240年（仁治元）三月，制定《关东御家人并镰仓祗候人俭约、任官条条》，指出万事不应过分奢侈，提倡俭约。1239年（延应元）五月，禁止人身买卖。1243年（宽元元）七月，实行“将军出行，供奉人值班制”，规定每月上、中、下旬供奉人值班名单。1245年（宽元三年）五月，制定《诸人诉讼法》等。
《贞永式目》的第三个特点是禁止武士纷争和私斗。自镰仓幕府建立至北条泰时任执权的近五十年间，御家人间常常发生私斗，遇事凭武力解决问题。一旦出现武斗，幕府常常派有力御家人前往制止，但被派的有力御家人也有一族、一党之私，在处理矛盾时，未必能公正。为解决这一武家社会长期存在的问题，《贞永式目》用“法”的条文加以规定，如《式目》第十条规定杀害、刃伤罪，第十二条规定恶口（谩骂）罪，第十三条规定殴人罪，第三十四条规定与他人妻私通罪，第五十条规定暴乱（“狼藉”）参与者罪等。这些条文，一定程度上遏止了个人间和多人间集团性暴乱的发生和扩大。
为严格事务官勤政，幕府还使工作日程规范化。如在记录所门口悬钟，为接应诉讼者撞钟；每月的前半月（十五日以前），有关事务官早上6点就要到记录所上班，中午下班；后半月（十五日以后），正午出勤，至下午4点下班。每当诉讼者撞钟，听到钟声，值班室就要召见投诉者，听其诉言，并作笔录。每月十日、二十日、三十日是判案的日子，这一天评定众、引付众以《贞永式目》为基准，集体断案。
由上述可知，北条泰时从立法入手，发挥集体智慧建立评定众，提升镰仓在全国的城市地位，并强调事务官的道德修养等，使镰仓幕府从仅仅是一个武士的政府成为名副其实、文武并重、威倾全日本的政府。北条泰时任期内的日本，虽然仍有这样那样的矛盾和斗争，但基本上是安定的，是各方面都有长足发展的时期。