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富士川战役大胜平氏军后，源赖朝决定要乘胜追击溃逃的平氏军，直捣京都。但千叶常胤、三浦义澄、上总广常等人力谏坚守东国，当时东部地区追随平氏同源赖朝抗衡的势力有常陆国的佐竹义政、秀义，陆奥地区的藤原秀衡、泰衡。尤其是常陆的佐竹氏，“权威及境外，郎从满国中”，势力颇强，且与常陆国衙的在厅官吏相勾结，横行乡里，追从平氏，拒不服从源赖朝。因此，入驻镰仓后，佐竹氏便成为源赖朝首先征伐的对象。源赖朝首先派了解常陆国情况的上总广常诱出佐竹义政将其杀死，然后武力围攻佐竹秀义固守的常陆国金砂城。该城地势险要，再加上城垒、要塞构筑坚固，“非人力之可败”，兵率据险固守，“莫不以一当千”。源赖朝军久攻不下，最后又派上总广常对佐竹氏内部进行策反。佐竹秀义的叔父叫佐竹藏人，智谋胜人，又有越世的野心。上总广常秘密约见佐竹藏人，并晓之以理。佐竹藏人当即表示归顺，并亲自向导赖朝军奇袭金砂城。结果源氏军占领金砂城，秀义及其郎从弃械逃向陆奥。由于镰仓近侧强敌的消灭，缓解了后顾之忧，东部地区对源赖朝最大的威胁只剩陆奥地区的藤原氏。
周边环境的改善，为源赖朝建设镰仓根据地创造了条件。其建设镰仓根据地的举措之一是招募文治人才，建立政务机关。源赖朝及其追随者大多出身行伍，不晓政务，深知统治天下必须广招贤士。因此，赖朝特别青睐出身于朝廷的官吏。在其举兵后的数年间，身边集聚了一批通晓政务、又忠于幕府的朝官。随着人才的聚集，应时局的发展需要，赖朝陆续在镰仓建立政务机关，主要有侍所、公文所（1191年改名为政所）、问注所等。最初参照中央相应机构，作为私人家政机关而设置，但随着赖朝势力的扩展，在全国武士中威望的确立，逐渐发展成为武家政治的政厅。
侍所设立于1180年（治承四），同年底赖朝在镰仓大仓乡建造“大仓御所”及御家人的“宿馆”，侍所就设在御所内。在平安时代，侍所是亲王、摄关、公卿、贵族家的侍者祗候场所和家务执行机关，赖朝设置的侍所职责主要是平时管理御家人，战时掌管军务。侍所的长官称别当，次官称所司。首任侍所别当由一直跟随源赖朝的和田义盛担任，所司由梶原景时担任。
公文所始于1184年（元历元）八月二十日，成于当年的十月六日。公文所在平安时代已有所见，当时又称文殿，是国衙中处理公文的机关，也指朝廷、摄关、院厅或者寺、神社、庄园内保管文书典籍的场所。源赖朝则将其衍化为政务机关，官员除长官别当之外，还设有寄人（评议员）一职。公文所的首任别当是中原广元（也称大江广元），公文所负责的事务不仅是一般性公文管理，还包含行政、财务、税收、战备物资征集与配备以及宗教、文化等综合性事务，是镰仓幕府的核心机关。
问注所成立于1184年（元历元）十月二十日，设执事一名，寄人若干。首任执事是三善康信，寄人是藤原俊兼、平盛时。问注所执事的职责是处理“诸人诉论对决事”
，即进行纠纷的调解和裁判。侍所、公文所（政所）、问注所的相继建立，表明了镰仓武士政权机构的确立和日趋完善。
源赖朝在二十年的流放生活中，深刻体会到广结人缘、聚集力量的重要性。在举兵反平氏之初，主要依靠的是发妻家族北条氏一族，同时借重父祖辈在东部地区武士中的威望，召集武士。要使更多的武士向心于己，必须有凝聚武士的策略和政策。举兵之初，赖朝吸收武士的重要政策有三：一是“不以门叶，不以家人”的平等原则，凡追随者，不看其出身尊卑和贫富，只以忠诚为上。起兵初期，每有战役，赖朝常常采取个别谈话形式，笼络人心。二是提出“本领安堵”“新恩给予”政策。当时大部分东部地区武士都有一定的经济实力，但由于身份低，没有可靠的后盾，政治地位不稳，领地及权益不能得到安全保障。因此，他们最迫切的要求是寻求强有力的后盾，在政治上受到庇护，经济上领地得到保护。源赖朝深知武士们的愿望和要求，“本领安堵”“新恩给予”政策的提出，立刻受到众武士的欢迎，纷纷投奔赖朝门下，队伍迅速扩大，“其势日增数万，当时已占据七、八国”
，“凡扈从军士不知几千万”
。
“不以门叶，不以家人”“本领安堵”“新恩给予”政策，虽然在起兵初期增进了源赖朝与众武士之间的相互依赖与信任，但尚未达到严格意义上的主从关系。因此，在建设镰仓根据地时，源赖朝对武士队伍进行整治，推行御家人制。即以儒家的“忠”“义”思想为理念，以土地为媒介结成的武士间的主从关系。凡投奔源赖朝麾下的武士，一律成为家臣，无条件地听从赖朝的指挥。御家人效忠的具体表现主要是承担军事义务，战时从军，平时担任警卫，其中以警卫京都的“京都大番役”最为重要。该义务根据御家人所领田数多寡征役。在下对上示忠的同时，赖朝作为主君（称武卫或镰仓殿）则从上对下负有保护家臣切身利益的责任，即领地不受侵犯（“本领安堵”），保证他们对原有领地的统治权。这种保护被称为“御恩”。与此同时，凡仕奉主君和战争中有功者，在原有领地之外，赐予新领地（“新恩给予”）。赖朝将没收的庄园作为自己的领地，分给立功者。
成为御家人需要一定的手续和仪式，东部地区的武士欲成为御家人，必须直接参见源赖朝，向赖朝捧呈记载姓名的名簿，表示忠诚。赖朝则亲笔签赐“本领安堵”手书，或发布“御下文”，表明两者的主从关系正式确立。镰仓幕府建立后，平氏统治下的西部地区武士陆续归顺，人数速增，成为御家人的手续渐趋简化，只要“运志于源家之辈，注出交名”
，得到源赖朝代表者的手书即可。
在每一次战役，或每到一处，源赖朝都要奖励有功之臣。其最早一次论功行赏，是在富士川战役获得大胜即1180年（治承四）十月二十三日，回到相模国府镰仓后，实行大行赏。及时宣布他们原有领地的“安堵”。除原有领地之外，又赐以新领地（“新恩”），无疑对鼓舞士气作用很大。在平定常陆国的佐竹秀义之后，赖朝也将没收的秀义旧领作为新恩分别赐给有功武士。同样，在西征平氏的过程中，东部地区的武士奋勇杀敌，赖朝依据战斗情报及时予以嘉奖。如在一谷战役之后，于二月十四日，赖朝发布御下文，宣布“上总国御家人等，多以私领本宅如元（原），可令领掌”；十五日又宣布“凡武藏、相模、下野等军士，各所竭大功也，追可注记，言上”
。对战死者则及时发布死者所领的继承者，如在一谷战役中，武藏国人藤田行康奋战阵前，最终战死，源赖朝发文宣布行康的“所知、所领等，无相违，男小三郎能国，可令相传知行”
。“无相违”即是“安堵”之意，任何人不得侵扰。源赖朝正是采用“安堵”所领的政策，在西征过程中，获得大批西部地区武士的向归。
源赖朝虽然对忠诚者、有功者采取恩赏、安堵，而且屡屡向朝廷（院厅）提出要求，授以官职位阶，但对不忠者，惩处十分严厉。为维持御家人的秩序，源赖朝特别规定，朝廷授御家人官职必须由源赖朝亲自推举，即使是立有功勋者也是如此。在征讨平氏过程中，有不少“关东御家人不蒙内举，无功兮多以拜任卫府所司等官”。他们一没源赖朝的举荐，二又无功勋，却受朝廷任命，担任卫府所司官职，严重违背御家人的纪律。为此，1185年（元历二，文治元）四月十五日，源赖朝向已担任官职的二十三名御家人发布“御下文”，指出虽然任官奖赏是朝廷之事，但“东国辈，徒抑留庄园年贡，掠取国衙进官物，不募成功，自由拜任，官途之凌迟已在斯”。因此，应停止任官，不给买官者方便（“偏令停止任官者，无成功之便者欤”）。凡已担任官职者，“永停城外之思，在京可令勤仕阵役，已厕朝烈，何令笼居哉，若违令下向墨俣以东者，且各改召本领，且又可令申行斩罪之状。”
任官职就不要离开京都，永远不能再回到自己的领地，若违背此令，第一没收“本领”，第二可以斩罪论处。
源赖朝对御家人不忠诚严惩的事例，更为典型的是对兄弟源义经的惩处。在征讨平氏过程中，义经极希望赖朝向朝廷推荐，委以官职，但赖朝并不积极推荐义经。当平氏专权横行时，后白河法皇对源赖朝的崛起十分高兴，因为可以借其势力灭掉平氏和木曾义仲，巩固自己的专制地位。但当赖朝势力日盛时，后白河又十分惧怕威胁自己的地位，于是策划义经与赖朝兄弟反目，有意在未经赖朝推荐的情况下，于1184年八月授义经为检非违使、左卫门少尉两职。九月又赐义经从五位下官阶，这使赖朝非常愤怒。
坛浦战役结束，平氏被灭，赖朝决定让范赖暂留九州，处理战后事宜，却让义经押解平氏上京。五月中旬，源义经押解平宗盛父子等平氏首领前往镰仓，抵达镰仓郊外后，平宗盛父子被押解进入镰仓城内，义经却被挡在郊外，不许入城。义经在镰仓郊外酒勾腰越驿滞留多日，甚为愁郁，期间给大江广元写了一封信（史称“腰越状”），表达了自己的郁闷和不满。
源义经表达深情的书信，并未能打动赖朝，义经最后依然“不遂拜谒而空归洛”。六月十三日，赖朝进而将分赐给义经的二十四处“平家没官领”全部没收。八月，朝廷依据赖朝先前推荐，任命源氏一族多人分别担任伊豆、相模、上总、信浓、越后等国国守，其中义经虽然也被任命为伊予守，但在赖朝的操作下，义经已无实权。十月九日，赖朝派遣土佐房昌俊上京刺杀义经。昌俊率三十八骑武士进京，与在京的东国武士会合共六十余骑，于十七日袭击了义经所在的六条室町亭。十八日，义经请求后白河法皇下达征讨赖朝令。义经已多次与后白河密议过征讨赖朝的事，所以袭击事件的发生促使后白河法皇迅速决定发布征讨令，使兄弟情谊彻底决裂。因各地武士拒绝服从后白河法皇的命令，源义经被迫投靠奥羽地区的藤原秀衡。1187年藤原秀衡去世后，其子藤原泰衡杀死源义经以求和解。尽管如此，1189年源赖朝亲率大军进攻奥州，最后将该地的藤原家族消灭。
1185年（文治元）十一月，源赖朝派北条时政率千余骑兵进京，请求敕许设置守护、地头职。据《吾妻镜》记载，北条时政抵京后，专门拜晤中纳言藤原经房，研究“补任诸国平均守护、地头。不论权门势家庄（园）、公（领）可宛课兵粮米（每段五升）”事。
藤原经房呈报后白河法皇，立即得到允准。
地头的称谓，实际上相当于国衙领地内执行公务者和庄园内的下司职等，因此在平安时代后期已有存在。平氏家领范围内，不少平氏家人已被补置为地头，另外国司和私有庄园的领家，为了各自的私利，庄园经营的需要，也分别在国有庄园和私有庄园内设置地头。这些地头的设置，都没有得到过朝廷的正式允准（“是非朝恩”）。在源赖朝举兵以后，他在东部地区屡屡实施“新恩给予”，受到赖朝“新恩”的武士职责，实质上与平氏曾经推行的地头相似。作为“新恩”的庄园，是从敌对者手中没收过来的。源赖朝正式任命御家人为地头是在1185年（文治元）六月，其时赖朝授予岛津忠久为伊势国的波出御厨、须可庄两处庄园的地头，这两处庄园原是平氏的领地。
朝廷设置守护、地头（称“国地头”）的宣旨，对源赖朝而言，其意义是很大的。依据宣旨，源赖朝拥有了在全国所有庄园和全国六十国派遣地头、守护的大权。散布于各地庄园、公领中的地头、下司、押领使等武士，都处于他的监督之下，权力所及的范围从东部日本扩展到西部日本各地。在后白河法皇发布设立守护、地头宣旨后，赖朝迅速地新任了许多地头。地头成为源赖朝派驻庄园的政治代表，他们拥有警察权、征税（年贡、兵粮米）权以及土地管理权等。
尽管守护与地头的设置同时获得院厅同意，但最初守护与总追捕使同时并用，其权限一是对庄园和公领拥有每一反田地征收五升粮米的征收权；二是对各地国衙的在厅官人、庄园下司、总押领使实行监督。随着政治形势的变化，尤其是对源义经、行家搜捕任务的初步完成，实质上转变为守护后，其权限也发生了变化。
守护、地头制度至1189年（文治五）源赖朝平定奥州之后才渐趋完善。在国衙尚存的全国大多数地区，源赖朝任命守护的目的在于向国衙领域内派驻自己的政治代表，以武力为后盾，实施军事、检察、审判、经济和行政权，有学者把这种统治称为“关东武士团，在畿内近国各处实行占领军政”
。因此，可以说守护制度的基础是军事指挥权和军事占领。当权门势家、寺院、神社、各地的国郡官吏纷纷抵制守护、地头设置时，源赖朝对地头的设置范围作了一定的让步，但对守护的设置范围并未作出让步，其原因是地头是对庄园的军事占领，而守护是对国的军事占领。
平定陆奥、出羽地区后，源赖朝实施恩赏，以郡为单位，任命了众多地头职。如千叶常胤为东海道方面的行方、亘理等郡的地头；畠山重忠为葛冈郡；葛西清重兼任平原为中心的伊泽、磐井、牡鹿、江刺五郡、兴田、黄海二保的地头；三浦义澄为会津、大诏、河沼、耶麻四郡的地头；和田义盛为名取郡的地头；中条家长为刈田、稗贯二郡的地头；工藤行光为岩手郡的地头；足利义兼为波斯郡地头；大江广元为置赐盆地及周边，即置赐郡和成岛、屋代、北条三庄等的地头；北条时政、义政父子则成为平贺、山边、鼻和、田舍四郡以及轻津全域、糠部郡的地头。
上述地头职的任命，都有如下特点：第一，地头领有的地域不是以庄园为单位，而是一郡或若干郡为单位；第二，地头的职责，实际上与原来藤原氏占领下的郡司、庄司、保司职责相同，即领域内田地的管理、年贡物的征收、庶民纠纷的裁判、治安管理、寺院神社的管理等；第三，上述任命地头中，除了一部分征讨陆奥的将领外，有的人并不在当地。这就形成了身在镰仓、坐收奥羽财富的御家人群。这种统治模式，虽不能说与9世纪以后出现的遥任国司相同，但至少可以说在某种程度上两者有相似之处。源赖朝通过郡、庄、保层级的地头和奥州总奉行等国衙层级的职制设置，实行对奥羽的统治，实际上这是源赖朝统治全日本六十余州的理想模式。
总之，源赖朝以诸国设置守护，庄园、公领设置地头制，利用委任和解任的权力，逐步地掌握了全国的军事、警察权。
源赖朝在镰仓武士政权的建设中，另一项重要工作就是调整自己与王权之间的关系。他与王室，特别是与后白河法皇关系的斗争与协调，显现了他高超的政治手腕。赖朝与后白河院的关系，反反复复，大致经历了三个阶段。即1181—1184年为第一阶段，此时期后白河院与赖朝在讨伐平氏一事上，政治目的基本一致，因此协调、合作多于矛盾和斗争；1184年平氏灭亡至1189年奥州平定为第二阶段。这一时期，后白河为抑制赖朝势力的扩展，多次采取谋略。与此相对，赖朝也屡屡作出针锋相对的对策；1189—1192年为第三阶段，这一期间，赖朝与后白河院之间，应该说矛盾与暗斗多于协调和合作。
后白河院与源赖朝正式接触始于1181年（养和元）七月。如前所述，赖朝为了利用源义仲与平氏、义仲与院厅以及平氏与院厅之间的矛盾，派遣密使谒见后白河法皇，表明自己对院厅并无谋叛之心，举兵的目的只有一个，即讨伐法皇的宿敌；院厅应同时重用源氏、平氏，源氏支配东国，平氏支配西国。此次密谈内容，虽然由于平氏的反对未能实施，但使平氏与院厅间的矛盾进一步深化。1183年（寿永二）九月末，赖朝又遣使与后白河密谈，提出平氏占领的神社、寺院所属的庄园归还原主；平氏掠占的院、宫、诸贵族的庄园也归还原主等主张，受到院厅的赞同。十月十四日，院厅基于赖朝提出的主张发布院宣：“东海、东山、北陆三道诸国年贡、神社佛寺并王臣家领庄园，如原返还领家，若有不遵此宣旨者，随赖朝命可追讨。”
院厅对赖朝的重视，引发了木曾义仲的极大不满。当时，木曾义仲正从征讨平氏的前线归来，因为败于平氏的水军，又得知院厅与赖朝的接近，并赋予赖朝对东海、东山、北陆三道的控制权，更觉得自尊心受到伤害。于是十一月十九日发动政变，监禁了后白河法皇，解任并监禁了四十九名公卿，没收平氏领地八十余处。《平家物语》说，当时遭平氏解任、监禁的公卿人数达43人，木曾义仲时达到49人，“恶行超过平家”
。木曾义仲胁迫后白河法皇发布追讨源赖朝的院宣，自称“征夷大将军”。为解京都之危，赖朝迅速派遣兄弟义经、范赖分别率军入京。在镰仓方面军的威胁下，木曾义仲向北陆方向退逃，后在近江（今滋贺县）的粟津决战中丧命。此后，后白河法皇倚重赖朝，对西逃的平氏实行征讨。源赖朝则适时地利用院厅的信任以及自己的军威，于1184年（寿永三）二月制定《镰仓条条》，分别对“朝物事”“平家追讨事”“诸（神）社事”“佛寺间事”作出原则性的规定，并将其送至朝廷和院厅。
对于赖朝的《镰仓条条》，后白河法皇内心已开始对赖朝的“野心”扩张保持警惕，双方携手密切合作渐趋转化为针锋相对的对峙。对赖朝开始产生警戒的后白河法皇，对赖朝的兄弟源义经、范赖予以器重。1183年（寿永二）赖朝奏请院厅，授范赖为三河国守，而战功比范赖更大的义经却未获得封官。后白河为离间赖朝和义经，未经赖朝的同意，直接封义经为左卫门少尉、检非违使两职，赖朝大怒。平氏全歼后，义经返回京都。已有妻室的义经，又娶敌将平时忠的女儿为妻，更使赖朝震怒。当源氏兄弟矛盾极为尖锐之时，后白河院应义经之求，于1185年（文治元）十月发布了声讨赖朝的院宣，指责“源赖朝卿，偏耀武威，已忘朝宪”
，并命令源行家和源义经等追讨之。
后白河院在发布院宣之前，深知此举必然会得罪源赖朝，但出于自身安全，不得已而为之。据《吾妻镜》载，后白河院在决定院宣前是这样考虑的，即“为遁今之难，先被宣下，追仰子细于关东，二品定无其愤欤”
。即是说，为避眼前之危，先同意义经之求，发布院宣，然后再详细地向关东说明原委，赖朝也会理解。据《玉叶》记载，其实在后白河院发布征讨赖朝院宣的前一日，即十七日，朝中公卿就对是否发布院宣事展开争论。以九条兼实为代表的一部分人，认为发布院宣追讨的人，应是“罪犯八虐，为敌于国家之者”，而赖朝“又无指罪科者，可被追讨之由，更以难量”。大藏卿高阶泰经等人则认为先前平氏、木曾义仲时，中央也发过征讨赖朝的院宣，赖朝都未予以追究。因此，此次也可先下院宣，再向赖朝解释，后白河院采纳了大藏卿高阶泰经等人的意见。
后白河院发布征讨赖朝院宣后，社会上传闻诸多，为澄清事实，九条兼实、大藏卿高阶泰经各自遣使镰仓，申述院宣下达经过及个人曾经申述过的意见。泰经的使者在陈述中再次申明后白河院发院宣，是怕遭义经的“天魔所为”，“为避当时难，一旦虽似有敕许，曾排睿虑之所与”
，为后白河院开脱责任。对此辩解，赖朝自然不能接受，严厉地予以驳斥。源赖朝大骂后白河院是“日本第一大天狗”，同时派遣北条时政进军京都。在武力示威下，后白河院于二十五日发布了委任赖朝为追讨义经、行家使。
后白河院的这种翻手为云、覆手为雨的权术，源赖朝了如指掌。对赖朝而言，后白河院可恨、可恶，按照常理，赖朝完全可以据此对其采取幽禁、废立等极端手段。但赖朝并未这样做，因为他深知极端手段只会招致更严重的对立、社会的混乱以及贵族、大寺社势力的反感，自己就会重蹈平清盛、木曾义仲等人的覆辙。赖朝一方面对院厅采取宽恕的态度，另一方面则顺势要求后白河院“肃清庙堂”，对院厅、朝廷内的反镰仓官吏实行清洗。对后白河院的宽恕，使院厅方面的紧张情绪得以缓解，“公朝持参赖朝返札之后，院中颇安堵，其状有和颜之趣”
，反映了当时院厅如释重压的情状。关于“肃清庙堂”之事，十二月六日赖朝与大江广元等人协议后直接向院厅提出。在赖朝的“院奏折纸”中，主要提出两事，一是关于任职事，二是关于解官事。关于任职事部分，关键是建立朝政的“议奏”制度，对包括神祇、佛道及朝廷重要政务实行合议。
有关“议奏”的职责，赖朝于1186年（文治二）四月在给九条兼实的信中有明确的要求。信中说：“赖朝适禀武器之家，虽运军旅之功，久住远国，未知公务之子细。纵又虽知子细，全非其仁，旁不能申沙汰也”，因此，“天下之政道者，依群卿之议奏”，希望你们“具存君臣之议者，各无私不谀，令回贤虑”。在合议政事时，一定要秉公行正，“虽为赖朝之申状，不可有理不尽职裁许”，“纵虽被下敕宣、院宣，为朝为世，可及违乱端之事者，再三可令复奏也”，如有不尽职责者，必是不忠之臣。
实际上，赖朝在信中强调了如下两点：一是今后不会直接介入朝廷事务，诸事通过议奏；二是抑止院厅的专制，即使有院宣、敕宣，但只要是“为朝为世”的事，也应反复议奏。
关于解官的事，赖朝提出的名单中包括参议亲宗、大藏卿泰经、右大弁光雅、刑部卿赖经、右马头经仲、右马权头业忠、左大史隆职、左卫门少尉知康、信盛、信实、时成、兵库头章纲等，解除这些人职务的理由是他们皆是“同意行家、义经等欲乱天下之凶臣”。依据赖朝意见，根据幕府提出的名单，经过评议，十二月二十七日，最终确定了新任朝臣，以及革除官职和流放者的名单。至此，赖朝“肃清庙堂”之事宣告结束，院厅、朝廷公卿贵族中，亲镰仓势力大增，且主导政治动向，而反镰仓势力遭到沉重打击。
1189年（文治五）源赖朝平定奥州后，院厅与镰仓方面的关系进入新阶段。这一时期对其来说，有二件事的解决至关重要，第一件事是征伐奥州战争需要获得院厅的承认；第二件事是战功的赏赐。两件事紧密相关，如前所述，赖朝在出征前多次向院厅、朝廷提出颁布征伐令，但中央一直未予应允，赖朝是在“军中闻将军之令，不闻天子之诏”的思想指导下，未得院厅、朝廷的宣旨就出发远征。即使有千万个理由，若是没有圣旨和院宣，征伐奥州的战争就成为赖朝与藤原泰衡之间的私战，私战与公战具有不同的政治价值。因此，赖朝一直在争取院厅、朝廷对其出征的肯定。
与源赖朝的积极态度相反，院厅与朝廷对征战奥州颇为消极。后白河院的消极态度，显然出自私有利益的考虑。奥州藤原氏势力的存在，对中央来说是有利的，在战略上可以起到牵制镰仓势力扩展的作用；另一方面，奥州的丰富资源和特产一直是中央贵族奢侈生活的供应地，奥州藤原氏势力的存在，有益于中央贵族继续保持和掌握这些资源。正是出于上述动机，任凭赖朝一再要求发布院宣，后白河院就是默不回应。
九月八日，奥州平定，源赖朝立即派飞脚向中央报告战绩。在报告书中，除了记叙战斗经过外，还专门叙及为什么没有将藤原泰衡首级送呈中央的原因：一是路途遥远；二是泰衡乃“非指贵人，且相传家人”
。赖朝的报告通过帅中纳言的经房上达后白河院，大概是由于奥州已落入源赖朝手中，再消极对待征伐奥州这件事已无任何价值，所以后白河院态度由冷变温，迅速派使向赖朝宣布征讨奥州藤原泰衡的院宣。
1190年（建久元）正月初，奥州发生藤原泰衡的郎从大河兼任的叛乱，号称徒众七千余骑向镰仓进军。在途经秋田境内时，因渡河时河冰开裂，有五千余骑落入河中而亡。与此同时，源赖朝调集上野、信浓、上总等地御家人，对大河兼任残部进行围剿，最终全部镇压。在大河兼任叛乱平息后，赖朝决定亲自上京。
源赖朝启程赴京是在1190年（建久元）十月三日，十一月七日抵京。入京队伍虽然不带弓矢，随从不穿甲胄，但规模雄伟，前有七百余骑，后有三百余骑相拥，大有远征胜利归来之势，后白河院及京都民众目睹了入京队伍的雄姿。“二品御入洛，法皇密密以御车御览”
。赖朝亲自上京，其深层用意在于最终确立自己的政治地位，同时希望得到院厅、朝廷的封官、封爵。这一点院厅方面十分清楚，在赖朝尚在进京途中时，后白河院就曾询问朝臣，以何官职授赖朝为妥。
由此可见，赖朝乞讨官职之事，后白河院有思想准备。赖朝入京后，住在京都六波罗的新馆。在京期间，赖朝与后白河院多次密谈。十一月九日举行第一次密谈，据载赖朝于“申”时出六波罗，进入法皇所在的六条殿，“他人不候此座，临昏黑御退出”，其他人一律退出，唯后白河和赖朝两人密谈。“申”约为午后四五点钟，一直密谈至昏黑，表明商谈多时。当日夜深，后白河院发布任命赖朝为权大纳言官职的院宣。十九日，后白河院再次接见赖朝。二十二日，院厅决定授赖朝右大将称号。赖朝以刚任命为大纳言又任大将似有不妥为由，上书辞退右大将任命。二十三日，后白河院再次召见赖朝，“大纳言家御参仙洞，终日令候御前”
，这一天两人一直在一起。二十四日，院厅正式宣布院宣：右近卫大将源赖朝。十二月一日，举行了隆重的任命仪式。然而任命仪式后的第三日，赖朝辞退了右近卫大将、权大纳言两职，并于十四日启程返镰仓。虽然史籍中没有赖朝“愤然”离京的记载，但是赖朝肯定是怀着对后白河院拒不授予“征夷大将军”一职的不满情绪返回镰仓的。后白河院曾先后数次任命源赖朝的政敌为“征夷大将军”职，而对赖朝面对面的请求却坚决拒绝，反映了院厅和朝廷对源赖朝的防备心理。对赖朝来说，“征夷大将军”一职，意味着不但拥有东日本地区独自的统治权，更重要的是表明从此重大决策主导权已转移到镰仓，而不在京都，虽然重大决策要通过院厅、朝廷发布。对后白河院为首的中央来说，若授予赖朝“征夷大将军”一职，则意味着国家权力的减弱，镰仓方面不但支配了东部日本的行政、习法权，而且全国的兵权也将被镰仓方面掌控。鉴于各自的政治利益，在“征夷大将军”的任职问题上，源赖朝和后白河院，谁也不能让步。
虽然源赖朝的肃清庙堂和亲自上京，并未能完全消除朝幕之间存在的矛盾，但是实际上基本确立了朝廷拥有对西日本除了军事、检察权以外的行政统治权。而幕府对东日本除了继续拥有军事、检察权，还拥有朝廷承认的公有权力。
源赖朝的“肃清庙堂”建议被院厅接受后，亲镰仓势力大振，其中九条兼实掌握了朝中实权。1191年（建久二）三月，赖朝的妹夫、担任京都守护的一条能保被任命为中纳言，次月又被任命为检非违使别当。同时，幕府重臣大江广元也被任命为检非违使和明法博士，幕府派在朝廷的势力更盛。在赖朝的支持下，以九条兼实为中心，试图实行朝政改新。兼实的改新方案一般情况下并不是自己直接向院厅提出，而是通过源赖朝的上奏形式，获得法皇同意后加以实施。
九条兼实的改新基本思想，一是以律令为基础，整顿松弛的朝政和纲纪，录用有用的人才；二是因天皇年纪尚小，所以院政为政治主导；朝务采取公卿共同议定。从文献记载可知，有几项改新措施值得一提，第一，设立文殿。据《玉叶》载，文殿正式设置是在1186年（文治二）六月二十八日。“此夜始文殿，以中门南廊为其所”
。文殿别当是藤原亲经，下有七位“文殿众”，有明经学者中原广季、中原师直、中原俊光，明法学者中原章贞、中原明基，儒者中原师纲，算道学者三善行衡。从“文殿众”组成人员可知，设置的目的是着眼于人才的选拔和培养。第二，复活专事诉讼的记录所。恢复记录所的事是源赖朝于1186年六月要求摄政九条兼实上奏院厅的十条政见中的一条，八月十九日得到后白河院的认可。1187年（文治三）二月二十八日，记录所正式恢复，任命藤原定长、藤原亲经为执权，并任命十二位“寄人”参与记录所事务。记录所的任务，根据《玉叶》的记载，有如下两点：其一是“诸司、诸国并诸人诉讼，及庄园券契于记录所，宜令勘决理非”；其二是“年中式日公事用途，宜令记录所勘申式数”
。可知记录所拥有传统的庄园整理、纠纷裁决的职能，同时有中央行政事务的财政预算、规模等作出计划的职能，反映了九条兼实振兴朝政的用心。第三，广征谏言，以“谋国安”。关于广泛征集朝廷政务意见的建议，在1187年（文治三）三月三日得到后白河院批准。次日，由藤原亲经宣布院宣。这份院宣依据以九条兼实、藤原定经等人的上书为基础拟成，虽然文字较长，但从中可看出九条兼实等人广开言路、开门征询政见的思想真谛。
源赖朝支持下的九条兼实朝政改革的动因：一是因多年战乱，人们苦于军事征战，致使“民都忘农桑”，诸国、诸司官吏忙于课役征收，疏于神、佛事；二是近年来天灾频仍；三是虽然自征服奥州以后全国趋于平静，但依然“万机未遑修德，化俗之道，经国之术，不能独治”。目的一是仰慕“尧鼓纳谏，舜旌进善”的圣世，实现历史上弘仁、贞观、延喜、天历时期群贤共致朝政、和乐廉洁的政治氛围。二是建立“在官奉公之人，盖尽谏诤之情”的上谏之制，即使明知谏言有犯上之险，也要“勿有所隐”，唯有此举，才能“谋国之安”。根据院宣被召纳谏进言的除左、右、内三位大臣外，还有三位大纳言宗家、实家、忠亲，前任或现任中纳言的雅赖、通亲、经房、兼光，右大将实房，参议雅长、右大弁光长，大外记清原赖业、中原师尚，大夫史小槻广房以及已经出家的前纳言资长、长方和前式部大辅俊经。被召就有关佛寺进谏意见的有诸宗僧纲，其中有天台座主全玄，醍醐座主胜贤，三井寺长吏公显，法印澄宪。东寺长者法务俊澄也在被召之例，但因“称病不参”。这些高僧就“诸宗御祈事；诸修法事；忏悔法事；佛法兴隆事”，提出了不少意见。
京都朝廷方面的事由亲镰仓方面的九条兼实为首的公卿掌控以后，源赖朝倾力于镰仓政权的建设，特别是在后白河院拒绝授予征夷大将军职返归镰仓后，政权建设的力度明显加大。源赖朝模仿君臣礼仪，建立了象征镰仓殿与御家人之间主从关系的年中行事。自赖朝进入镰仓，建立御家人制度，御家人与镰仓殿交流的空间主要是在赖朝御所西边的侍所。赖朝常至侍所，御家人则向其献酒、献物，以示主从关系。如《吾妻镜》元历元年六月十六日条所载，“武卫（赖朝）出于西侍，忠赖依召参入，候于对座，宿老御家人数辈列座，有献杯之仪。”又如文治四年三月二十一日条载：“梶原平三（梶原景时）于御所经营颇尽美，献杯酒椀饭。二品（指源赖朝）出御侍上，诸人群集（中略）御酒宴及歌舞。”在侍所与御家人的聚会上体现了主从关系的亲密。然而，自京都归来以后，不但体现主从关系的场所移至镰仓殿御所，而且还建立了正月的“椀饭之仪”，此仪始于1191年（建久二）正月。“正月一日庚戌，千叶介常胤献椀饭。其仪殊刷，是升进故。”
虽然椀饭之献以往也曾有过，但是因为进京接受过院厅授予权大纳言、右近卫大将两职的任命，所以如今的“椀饭之仪”就显得十分特别。举行“椀饭之仪”的场所是在赖朝的御所，据载，正月的“椀饭之仪”要连续进行数天，每天均由亲近御家人献酒、献物和歌舞。如1191年（建久二）正月一、二、三、五日都有“椀饭之仪”，由千叶常胤等人献椀饭、剑、弓箭、砂金、鹫羽、御马等。特别应指出的是，举行“椀饭之仪”的空间，据《吾妻镜》载：“午刻前右大将家（指赖朝）出御南面，前少将时家朝臣上御帘，先有进物。”
这里的“御南面”似是赖朝御所的南庭。与日本历史上天皇在朝廷的南庭举行政治性活动的情况极为相似。又据载，在五日的“椀饭之仪”时，“御酒宴之间，即出堪旅者，有弓始”。所谓“弓始”即是“射礼”，四位善弓箭者分别为两组进行比赛，各人射五箭，根据每人射中箭的多少，赖朝赐以剑、弓等物。正月行射礼是日本天皇的宫廷仪礼。
1191年（建久二）三月四日，镰仓发生火灾，大火不仅烧毁了御家人北条义时等的邸宅，而且殃及鹤冈八幡神宫和源赖朝的御所。灾后源赖朝决定进行镰仓城的大改建，欲使其成为东日本的都城，新的幕府建筑就是在此期间开始的。
幕府新御所于八月建成，二十八日赖朝移居新御所，八月一日举行了隆重的庆贺之仪。据载，大庭景能等御家人于新造御亭献杯酒，其仪隆重而极美，以五色鲈鱼等为肴物。
反映源赖朝仿效天皇行事的另一个例子就是狩猎，狩猎是象征王权的事。源赖朝自1193年（建久四）三月开始，多次出外观猎和亲自狩猎，俨然以王者的姿态昭示天下，仅三月至五月就有五次。源赖朝的狩猎活动，其规模之大，连京都院厅的太上天皇也是望尘莫及。
源赖朝自京都返回镰仓以后，虽然心中对院厅极为不满，但在表面上却是十分小心谨慎地维护与后白河院之间的“君臣”关系。最为典型的是1191年（建久二）四月初，近江的守护源定重及其父源定纲刀伤日吉神社宫仕、法师事件。源定纲、定重父子是源赖朝的御家人、近江国守护，佐佐木庄园是定纲父子的据点，又是供养延历寺千僧之地。因为1190年有水灾，所以源定纲及当地庄民未能向延历寺贡上米粮。寺院差遣日吉神社宫仕等，捧着神社的神镜，闯入源定纲的邸宅。宫仕等人“破城壁，谴责家中男女”，使源定重“颇及耻辱”，忍无可忍，愤怒之下，令郎从等刃伤宫仕一二人，引起“山门骚动”“众徒更不静谧”。四月三日，传说众僧徒将袭击定纲邸宅，摄关九条兼实担心事态扩大，命令延历寺座主显真制止众徒行动。与此同时，众僧徒派遣使者到京都和镰仓，要求引渡定纲父子。事态的严重性，使源赖朝颇为担忧。十六日，他派梶原景时，随后又派后藤清基上京。期间，源定纲突然逃跑，行踪不知。四月二十六日，延历寺众僧徒抬着日吉、祇园、北野等神社的神舆，向朝廷请愿，要求对定纲父子处以死罪。朝廷大臣与延历寺座主紧急商议，决定对定纲父子以流放、监禁罪处置，并征得众僧徒的同意，“减死罪一等，可处远流”
。三十日，决定定纲流放萨摩，其子定重、广纲、定高分别流放对马、隐岐、土佐，定重最后处以死刑，五名郎从处以狱禁。鉴于定纲父子确有罪错，源赖朝无法袒护。为保住定纲父子的性命，奉命上京的梶原景时等甚至提出可以用定纲的一半领地寄进寺院，以抵死罪。朝廷大臣的“减死罪一等”和院宣的流放决定，乃是镰仓方面力争的结果。
五月三日，源赖朝上书院厅。虽然上书中严词非难僧徒的上诉，以及无理欲置定纲父子于死地的请求，但其中也不乏拥护后白河院圣断的内容：其一，“赖朝苟以忠贞奉公，继家业守朝家”，完全赞同对定纲处以流放，其下属予以禁狱的决定，“诚是明时之彝笵也”；其二，说御家人之辈，若违背敕裁，所犯罪行若与赖朝的规定相抵触者，则可“不顾先例可行斩罪，又可随众徒趣之处。背纶言企乱入，凡不辨是非之性，宛不异木石欤”。并说宽容评定源定纲之罪，“如蔑山之灵，可成众徒之郁愤”；其三，纵使是我赖朝“有其咎之时”，朝廷也可处罪。源赖朝对佛教界的事也从未忽视过，“云天台，云法相，虽有忠节，更无疎（疏）略”，当年源义仲谋叛，诛杀明云座主时以及平重衡焚烧奈良佛寺、杀害僧众时，源赖朝是非分明，严加追讨惩办。自然，对源定纲、定重父子之罪，也不会姑息。
定纲事件后，幕府对守护、地头的行为加强管制，规定守护职责限于“大犯三条”，即逮捕谋叛者、凶杀者和催促大番役等。在处理定纲事件过程中，源赖朝的慎重，以及尊重院厅圣断的态度，反映了他在政治上的成熟，终使朝幕关系得以稳固。
1191年（建久二）正月，源赖朝的新御所落成，并以东日本王者的姿态建立类似君臣关系的诸种礼仪。紧接着整顿政权机构，原来的公文所正式改名为政所，并重新任命相应的幕僚。政所是将军的政事机关，设别当、令、案主、知事家等职。别当仍由大江广元担任，藤原行政任令，藤井俊长为案主，中原光家为知事家。问注所设执事，由三善康信担任。侍所设别当、所司、公事奉行人等职，任命和田义盛为别当，梶原景时为所司，公事奉行人共有七人，即藤原亲能、俊兼、三善康清、宣衡、平盛时、中原仲业、清原实俊等。设京都守护和镇西奉行人，以一条能保为京都守护，藤原远景为镇西奉行人。上述任职者大多是曾在朝中任官者，或是文学之士。
与此同时，对幕府的文件形式实行统一。相当时期以来，镰仓方面的文件，基本上是两种形式：一是源赖朝亲自画押的“御制”，另一是由政所下达的“政所下文”，主要用于御家人的恩赏、所领安堵、地头守护任命等，两者之间常常相互交叉。为了统一，逐渐实施以政所下文为主要形式。政所作为将军府的事务机关，将军的旨意通过政所幕僚的润笔形成文字下达，反映了源赖朝的统治由武治开始转向文治。
正当镰仓方面加强政权建设时，1192年（建久三）正月底，传来后白河法皇病危的消息。二月初，源赖朝派大江广元上京，“奉秘藏御剑于石清水宫”，祈祷法皇病愈。三月十三日，后白河法皇离世。对于后白河法皇之死，在表面上源赖朝以“重君臣之礼”表示哀悼，并在镰仓举行了佛事。
后白河法皇去世后，源赖朝企望的“征夷大将军”一职在朝中已无阻力，七月十二日，朝廷决定授源赖朝为“征夷大将军”。宣敕使于同月二十六日抵达镰仓，在御所西廊举行了隆重的接受任命书仪式，敕使在镰仓受到了盛情接待。二十九日，敕使归京，源赖朝以马十三匹、桑丝百十尺、越布千端、本绀兰摺布百端赏赐。八月五日，幕府将军正式宣布“今日政所始”
，标志着镰仓幕府的正式确立。虽然在政权形式上镰仓幕府将军受命于天皇，将军也向朝廷称臣，但除官员任命依据幕府的要求依然由朝廷掌握外，镰仓幕府的政令在全国具有极大的权威性。表面上镰仓幕府成立后的日本进入双重政权时期，实际上，国家的实权基本上控制在幕府之手。
建立幕府政权，制约朝廷权威，是源赖朝异于其他武士群雄的创举。源赖朝毕竟出身于皇族门第，因此他最后的政治宿愿，摆脱不了回归皇族的企望，自被委任征夷大将军后，他开始策划其女大姬进入皇宫事宜。源赖朝一行在京都期间，参见天皇七次，会见后白河法皇妃丹后局二次，宣阳门院二次。在会见丹后局时，有其妻北条政子、女儿大姬在坐。赖朝夫妻的用意是企望通过丹后局的威望，实现大姬入住内宫。事实上，源赖朝与丹后局的联络早在1191年就已开始，这次会晤是为早已议宜中的事付诸实施，最终大姬入住内宫之事在丹后局的促进下顺利实现。丹后局的乐意协力是因为其女宣阳门院觐子的庄园曾经九条兼实之手被废除，为恢复七所庄园的所有权，必须要有源赖朝的支持。另外，源赖朝七次参见后鸟羽天皇，其目的不仅因为大姬的入宫，更主要是着眼于自己的继任者与皇室建立和谐的关系。