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前已叙及，院政建立后，院与摄关之间的矛盾深化，虽然在鸟羽院政期间，一度院与摄关矛盾和缓，但是两者之间的利益冲突并未根本解决。太上天皇与天皇、院厅别当与摄关为维护各自的政治、经济利益，都与武士集团结合，力图依赖武士作为自己的后盾。院政方面与桓武平氏相结托，朝廷方面则依靠清河源氏。12世纪30年代以后，院政与天皇朝廷的矛盾进一步深化，有力公卿、摄关被卷入其中。上层社会的对立，为武士集团的伸张提供了条件。
鸟羽院政成立以后，鸟羽上皇深信自己与崇德天皇之间表面上是父子关系，实际上是“叔父子”，因而两人关系甚坏，崇德天皇一直遭受院方的歧视，朝廷应有的贡调物，常常被拖延。1129年（大治四）元旦，诸国贡物断绝，致使朝廷采女的衣服之类无着落。守卫天皇御所的六处守卫营也曾遭受粮食断绝危机，为此发生守卫者怠工事件。1136年（保延二）正月七日节会时，朝廷连惯例应有的食物也无法提供，如此蔑视天皇是罕见的事。
鸟羽上皇是一位好色者，其宠爱的女色一是藤原泰子（高阳院），藤原忠实之女，封为皇后；一是藤原璋子（待贤门院），也就是与白河上皇关系暧昧的鸟羽天皇的中宫，权大纳言藤原公实之女；一是藤原得子（美福门院），鸟羽上皇近臣藤原长实之女。待贤门院璋子是崇德天皇之母，美福门院得子则是体仁亲王（后为近卫天皇）之母。泰子因高龄未能生子，璋子与白河上皇的关系日渐失宠，得子则越益得宠。1141年（永治元）三月，鸟羽上皇出家，成为法皇。同年十二月，在美福门院得子的强烈要求下，鸟羽法皇突然迫使崇德天皇让位于年仅3岁的体仁亲王，是为近卫天皇。近卫即位的同时，得子也被立为皇太后。崇德被迫让位一事，不但造成了美福门院与待贤门院的对立，而且导致了皇统的分裂，同时有力公卿，特别是摄关家也被卷入其中。上层社会形成了两个对立集团，一是待贤门院、崇德上皇、崇德上皇的外戚藤原实行、实能以及摄关藤原忠实及其次子藤原赖长结为一派；一是鸟羽上皇、美福门院、近卫天皇、藤原忠实的长子藤原忠通，以及院的近臣藤原信西等结为一派。
在上述两派的政治人物中，有必要对藤原赖长作简略的记述。前已叙及，藤原赖长是藤原忠实的次子，他的兄长是藤原忠通。赖长出生于1120年（宽仁四）五月，是赏菖蒲的月份，所以幼名为“菖蒲若”。父亲忠实因受白河法皇的抑制，辞关白职，退隐闲居。忠实辞职以后，藤原忠通代替父职担任关白。赖长是在父亲政治失意的境遇下成长的，白河法皇死后，其父藤原忠实受鸟羽上皇之召，回归政界，并被任命为内览，菖蒲若正式改名为赖长（取摄关政治全盛时期的藤原赖通、藤原道长各名字中的一字）。不久，由于忠实的策划，其女泰子成为上皇之妃，进而被立为正室。泰子立后，不但遭到了待贤门院的反对，也遭到了其兄、时任关白的藤原忠通的反对，形成了父忠实与子忠通之间的对立。由于父亲复归政坛和姐姐泰子的得宠，藤原赖长的政途一路顺风，12岁已是从三位的公卿，13岁为权中纳言兼皇后宫大夫，15岁叙正三位，17岁时升任内大臣兼右近卫大将，20岁任皇太子傅、左近卫大将，30岁从一位左大臣，32岁成为关白，权势超过了其兄藤原忠通。
《愚管抄》一书赞誉藤原赖长是“富有和（日本）汉（中国）之才”的“日本第一大学生”
。他酷爱汉籍，幼时就已读《孝经》，13岁读《史记》，17岁读《蒙求》。他在日记《台记》中说，从17岁至24岁的8年中读书1076卷，其中经家（尚书、礼记类）362卷、史家（史记、汉书类）326卷、杂家（蒙求、文选类）342卷。《太平御览》《类聚三代格》《延喜式》是常读不辍的经典。好学和丰富的知识为其日后成为摄政、关白，掌管天下打下良好的基础。
近卫天皇在位期间，藤原忠通为摄政，藤原赖长为左大臣。由于兄弟二人所属政治集团不同，政见也屡屡相悖。赖长为了控制朝政，特意将妻兄藤原公能的女儿多子收为养女，打算嫁给近卫天皇，以图成为外戚。此事也得到鸟羽法皇的口头应诺，但遭到美福门院得子和藤原忠通的坚决反对。其实藤原忠通也不示弱，为了竞争，收养了藤原伊通的女儿呈子，也期望嫁给近卫天皇，此事近卫天皇的母亲美福门院表示赞许。后藤原赖长在父亲藤原忠实的协助下，获得鸟羽法皇的同意，多子入宫，被立为皇后。但一个月后，忠通的养女呈子在美福门院的安排下入宫，立为中宫。在极相近的期间，出现“一帝二后”的状况，说明上层贵族间矛盾的尖锐，谁都想成为外戚，控制朝政，结果只能导致对立的深化。
近卫天皇自幼患有眼疾，身体虚弱。1153年（仁平三）九月，近卫天皇病重。忠通对鸟羽法皇说是眼疾恶化，鸟羽法皇认为这是藤原忠通言过其实，别有用心。其实，近卫天皇病危确是事实，但鸟羽上皇的担忧并非凭空揣测。1155年（久寿二）七月近卫天皇病亡，年仅17岁，一般说是眼疾致死，其实眼疾是不大可能致死的。据《兵范记》载，说是“食欲不振”，究竟是何故而亡，无据可考。自幼体质虚弱的近卫，也许是经受不了政治旋涡的冲击，过早离世的吧。
近卫天皇死后，关于皇位的继嗣，中央高层贵族间展开了针锋相对的较量。崇德上皇认为自己的儿子重仁是最有力的继承者，更期望自己能够重祚，掌握朝廷大权；美福门院得子和藤原忠通则力举鸟羽法皇与待贤门院所生的雅仁亲王之子守仁。当美福门院向鸟羽法皇推举守仁时，鸟羽表示了不同意见，他说：守仁的父亲雅仁还健在，无视父亲的存在，先于父而继位是前无先例的。最后通过商谈，鸟羽法皇与藤原忠通、美福门院得子取得了一致意见，决定雅仁亲王继承皇位。1155年（久寿二）雅仁亲王在高松殿举行即位典礼，称后白河天皇，是年28岁。
后白河天皇的继位，引起了崇德上皇和藤原赖长的不满。崇德的不满是因为自己的主张未能实现，藤原赖长的不满则是由于继承人一事，始终没有找他商量，赖长身为内览，却被排除在政治中心之外。当时，正适嫡妻亡故，服丧期间不能参加政治活动。当他获知近卫天皇死讯后，急忙参内，但因在服丧中，被告之不宜上殿，只得愤然返回。雅仁继位又给他沉重一击，虽然说到了穷途末路，但他仍然盼望重振。首先能保持内览一职，但由于美福门院和藤原忠通的诬陷，未能如愿。后雅仁之子守仁被立为皇太子，赖长又通过高阳院泰子期望鸟羽法皇能同意他担任东宫傅一职。得到的回答是：守仁是美福院门养育的，近三年来赖长完全没有奉仕过女院，倘若我离世，赖长将不会尽忠于皇太子和女院，那样的不忠者不能成为东宫傅。不久高阳院泰子亡故，唯一能依靠的人也失去了。就这样，被抛弃在鸟羽法皇政治圈外的赖长，只得闲居家中，一边研读佛典《因明论疏》，一边静观政治形势，伺机再起。
1156年（保元元）七月二日，鸟羽法皇病故。美福门院、藤原忠通一派认为这是取得决定性胜利，迫使藤原忠实、赖长父子堕入绝望深渊的好时机。藤原赖长也认为这是重振权势的机会，但困难重重，因为鸟羽法皇已做了周到的安排。为了保证后白河天皇皇位的稳定，鸟羽法皇让后白河天皇认美福门院得子为母，并嘱藤原忠通等公卿齐心扶持。政治现实使赖长不得不接近崇德上皇，赖长与崇德的政治立场并不一致，但是面对美福门院、藤原忠通的打击，最终他们走到一起。
自鸟羽法皇重病卧床开始，京城顿时气氛紧张，对立双方都着手用武力制服对方。但无论是后白河天皇一方，抑或是崇德上皇一方，均无军事实力。想要用武力制服对方，都必须依赖地方上的武力集团。其实，武力动员在鸟羽法皇卧病之初已经开始。法皇处于病危状态时，武力动员更趋频繁。美福门院、院近臣藤原信西（通宪）及藤原忠通一方，利用国家权力，首先动员检非违使、卫府等在京的武力，实行京都及周边的守卫。接着动员地方武士进京，以下野国守源义朝（为义之子）、源义康等率兵守卫后白河天皇的高松殿；以出云国守源光保、和泉国守平盛兼等率兵守卫鸟羽院、美福门院及皇太子的鸟羽殿。七月五日，即鸟羽法皇死后第三天，更召平基盛等检非违使进京，加强京都的警戒，其他各国国司都应召送自国武士进京，总兵力达到1700余骑。天皇方面如此严密的武力部署，其目的显然是要迫使崇德上皇一方在京城内毫无发挥武力抗衡的空间。七月八日，朝廷旨令诸国国司，凡藤原忠实、赖长从庄园征集军兵时务必予以禁止。“入道前太政大臣并左大臣，催压园军兵之由有其闻，慥可令停止者”
，同时没收了天皇所在的高松殿北的赖长邸宅东三条殿。
在此严峻情势下，崇德上皇方面被迫进入武装动员。崇德上皇和藤原赖长原本没有考虑武士应对。在七月二日鸟羽上皇死去的前夕，崇德还专程前往法皇御所探视，但由于守卫武士的阻拦未能如愿。受到武士的蔑视，虽然十分生气，但看到天皇方面的武力部署，崇德终于意识到问题的严重性。七月八日，天皇派兵搜索藤原赖长邸宅并宣布没收，九日半夜，崇德上皇悄悄地从居住的鸟羽离宫中的田中殿转移到白川斋院御所（今京都左京区冈崎），次日又移至白川北殿并以此为据点，动员武士，聚集兵力。藤原赖长也从宇治进入京内，与崇德上皇会合。当时，崇德、赖长动员的武士由三部分人构成，即崇德上皇近侧平家武士，有平家弘、康弘、盛弘、时弘、时盛等，还有一直仕奉藤原忠实、赖长父子的武士平忠正、源赖宪、源为义（源义朝之父）等，藤原忠实、赖长所领有的庄园武士以及兴福寺僧兵等，总兵力约1000人。
从崇德、赖长方面武士主将的成员看，有不少曾受到鸟羽法皇的贬斥、惩罚，有的年事已高，如源为义已61岁。源为义因长子义朝已在天皇一方，所以力图避免与义朝对立，但受到崇德上皇劝说，又与赖长关系密切，最终应诺参战。崇德、赖长方面的实力与天皇、忠通方面相比，显然处于劣势。十月，在研究战略、战术的时候，源为义提出了四点避弱求强的建议：第一，首先进驻宇治，占领宇治桥，狙敌进攻；第二，据守近江国，以甲贺山为背靠，取得坂东武士的支援；第三，巡幸关东，募集东国武士；第四，京城攻击目标应是后白河天皇所在的内里，应尽速采用夜袭战术。
应该说，处于劣势的状况下，源为义的四点建议是以弱转胜的良策。然而，源为义的建议遭到崇德、赖长的否决，他们相信自己的力量而轻视敌方，赖长主张大和兵士到达后再作最后决定。对于夜袭的战术，赖长也不赞成，他说夜袭是用一二十骑兵的小规模战斗，现今是上皇与天皇之间的战争，不能用夜袭，应是大规模的会战。这样一来，崇德上皇方面坐失了战机。
在崇德上皇方面商议战事的时候，后白河天皇方面也召开了军机会议。天皇采纳了源义朝、平清盛的作战方案，即采取先发制人战术，在天明之前实施夜袭。十一日凌晨，鸡鸣时分，后白河天皇因所在的内里高松殿，地理位置不利防守，紧急迁移至原藤原赖长的邸宅东三条殿。与此同时，源义朝率200余骑，义康率百余骑，平清盛率300骑，共600余骑兵武士奇袭崇德上皇所在的白川北殿。崇德上皇方虽然进行了大约4个小时的顽强抵抗，但终因势弱而大败，伤亡惨重。战斗结束后，平清盛等对崇德的御所进行搜查，未见崇德、赖长（左府）的下落，但军中皆言赖长中矢负伤，不知生死。
当时，崇德上皇一见败局已定，便仓皇逃亡。十三日潜入仁和寺，赖长在逃亡中中矢受伤。赖长之父忠实，虽然参加了上皇方的战略会议，但双方会战时，他一直留守宇治，没有参加战斗。赖长逃到奈良后，要求与父见面，但为了表示保持中立，不得罪双方，忠实拒绝了赖长的要求。最终，崇德上皇在仁和寺被捕，后被流放到赞岐，8年后在流放地死亡。藤原赖长因伤势严重而亡，藤原忠实因最后保持中立，未被处罚，从此隐居洛北知足院，6年后亡故。
这次战乱发生在保元元年，因此史称“保元之乱”。从上述战乱发生的过程看，表明这次战乱的焦点，依然是争夺中央权力制控权的争斗。这次争斗最明显的特点是，参战双方的主要成员有不少是兄弟、父子、叔侄，如崇德上皇与后白河天皇是兄弟，藤原忠通与藤原赖长也是兄弟，武士源为义与源义朝是父子，平忠正与平清盛是叔侄，为了权力，他们相对立、相残杀。
正是出于对立双方的血亲关系，朝廷方面根据后白河天皇的策士藤原信西（通宪）的主张，采取了迅速、果断的镇压措施，以防进一步生变，为此恢复了250年间已不见的死刑。“源为义以下被行斩罪，嵯峨天皇以降，所不行之刑也。信西之谋也。”
失败一方中的皇族、公卿皆处以流放罪，所属领地庄园一概没收，武士皆处以斩刑。共处以皇族、公卿流放者13人，武士被斩者74人。
对有功者实行重赏。平清盛授播磨守，源义朝授右马权头，源义康授左卫门尉，藤原忠通被敕命为藤原氏的“氏长者”。另外，还根据平清盛的请求，敕准其弟平赖盛、平教盛可以进出朝廷。“保元之乱”中，使天皇方面获胜付出最大功劳的是关白藤原忠通和武士源义朝，但其后受到后白河天皇器重的则是称为“黑衣宰相”的藤原信西和武士平清盛。后白河天皇该举措酿成了朝廷君臣和武士之间的新矛盾。
“保元之乱”的结束，特别是崇德上皇的流放，为后白河天皇的亲政创造了条件。后白河天皇治政，特别倚重藤原信西（通宪）。奈良时代，藤原氏分为四家，即南家、北家、式家和京家，长期以来活跃于政治舞台的藤原氏属北家。信西出身于南家系藤原氏，社会地位虽不高，但世代以学者著称。祖父藤原季纲曾任大学头，父亲藤原实兼是文章生出身。信西自幼好学，至青年时代，已博览群书，精通日本和中国的典籍，《平治物语》说他是“受儒胤传儒学，诸道兼学，暗诸事，至九流百家，当世无双之宏才博览也”
。他藏书丰富，所藏书籍涉及经学、史学、文学、法律、医术、辞典、天文、占卜等，共有173个唐柜。其才学虽然可与藤原赖长并肩，但由于处在门阀之世，出身于下级贵族而不能荣达。为了能攀上上层贵族地位，信西曾以养子身份寄身于长门国守高阶经敏门下，后娶同族高阶重仲之女重子为妻。在白河院政时，高阶氏是白河上皇的近臣。1144年（天养元），信西39岁，官至少纳言职。信西与高阶重子生有三子，即俊宪、贞宪、是宪。后与高阶氏解除养子关系，在鸟羽院政初期，恢复了藤原姓。随着与重子关系日渐冷淡，又娶纪伊国守藤原兼永之女朝子为妻。朝子是待贤门院藤原璋子的御侍，璋子生下雅仁亲王（即后白河天皇）时，朝子自愿做雅仁亲王的乳母，受到赏识叙升二位，被称为“纪伊二位”。
信西和“纪伊二位”朝子都期望雅仁亲王能继承皇位，但鸟羽上皇扶植体仁亲王（近卫天皇）登祚。由于皇族、公卿贵族间争斗，以及对前途、命运的失望，信西郁闷至极，最终出家为僧。因与藤原赖长关系甚密，当他告之要辞官遁世出家时，赖长甚为惊讶，据说赖长曾派使者去见信西，传达了自己对他的尊意，其大致内容是：阁下是有才学之人物，未授显官，却将遁世，世不尊过世之才，此乃天灭我国也。不久，赖长亲自饯别信西，据《台记》记载，辞别时信西对赖长说：“臣以运拙，不带一职，是以遁世。人以才定高低，（臣）为天所弃，渐至废学，愿殿下莫废。”赖长答道：“决不忘尊嘱”，不觉声泪俱下。
信西表面上遁世为僧，实际上时时关心朝廷政事变化。后白河天皇登祚后，以乳母之夫的关系，受到鸟羽上皇和天皇的器重，成为鸟羽院政的近臣，虽然官职依然是少纳言，却辅佐鸟羽院的政务决策。而且他的长子俊宪、次子贞宪也相继成为朝臣，如长子成为东宫学士，后又任藏人头一职。后白河亲政后，意欲实行新政，具体政务委于藤原信西实行。事实上，后白河天皇的“保元新政”是在信西思想指导下实施的。信西的思想归纳起来就是以王土王臣思想为基石，恢复“延喜、天历之治”时代的皇权政治。在为期三年的“保元新政”中，藤原信西推行了以下新政：
第一，抑制权门、寺社势力，对其拥有的庄园实行清理，颁布《新制七条》。其基本内容：现天皇即位后的新立庄园中，无宣旨许可的一律停止；庄园本免田以外所加纳田，出作田，不从国司之命者，一律禁止；禁止伊势、石清水、贺茂、春日、住吉、日吉、祇园各神社神人滥行；禁止兴福寺、延历寺、园城寺、熊野山、金峰山诸寺院的滥行；严格禁止新立庄园等等。如“延久庄园整理”那样，设立了“记录庄园券契所”
，任命十三名学者、法律家为“寄人”和三名“奉行人”（其中一人系信西长子藤原俊宪），具体负责庄园券契的审查等事务。
第二，整顿社会秩序，命令寺社削减恶僧、神人人数，并“制止京中兵仗”
。
第三，再建因天灾、战乱损害的皇居。平安京建造的皇居，在960年（天德四）九月遭火灾而全部烧毁，此后因财力困乏，一直未能重建，天皇寄居外戚邸宅，外戚私宅成了国家权力中心。在鸟羽院政期间，关白藤原忠通计划重建，也因财政问题，未能付之实施。藤原信西实行庄园整顿的目的之一，就是要通过对权贵、寺社非法庄园的清理，筹集重建皇居的经费。据《愚管抄》载：信西经过缜密的计划，从大寺大社、权门势家的所领庄园中筹集费用，命诸国受领实现再建。据载，当时无数账簿堆积在桌子周围，信西连日连夜地用算盘计算，打算盘的声音连高僧念陀罗尼经也有所不及。
信西用两年的时间，终于完成了皇居的重建。保元二年（1157）十月，后白河天皇迁入“新造大内”
。
第四，复兴宫中的种种仪式。由于皇权的衰弱、社会的动荡，有许多传统的礼仪长期荒废，信西努力为之复兴。复兴的宫中仪式主要是恢复宫中佛教礼仪，如保元二年（1157）二月六日供养“尊胜陀罗尼”，这是前所未有的“希代例也”；四月二十八日举行直讲式，“被问全经疑十条”；五月十四日，供养七宝塔并行“御忏法”等
；恢复停止一百二十一余年的宫内宴会。“被行内宴。长元七年（1034）以后历百廿三年，今被兴行。”
内宴时由妓女奏舞曲，记载说：“妓女奏舞曲，如阳台之窈窕，我朝胜事在此事。信西入道奉敕，令练习其曲。”
重兴内教坊舞姬。“览内教坊舞姬，近代断绝兴行之”
；另外还恢复相扑节，“相扑节，保安以来不被行，卅余年所兴行也。”
“保元之乱”后，藤原信西的“保元之治”所以得以实行，是因为上有后白河天皇、下有平清盛的支持，平清盛是藤原信西在军事上的依靠。平清盛出身于桓武系武士之家，父亲为著名武士平忠盛，母亲是朝廷的祇园女御。关于其实际父亲也有异说，有“白河上皇之子”说，也有人认为白河上皇赐给平忠盛为妻的女子不是祇园女御，而是祇园女御之妹，她也是应召入祇园，受宠怀了孕。总之，不论是祇园女御说，抑或是祇园女御妹妹说，都离不开白河上皇的关系。大概是由于这种血亲的因素，从少年时代起平清盛受到特殊的关照和升迁，1135年（保延元）18岁时，以随父征讨海贼有功之名，叙从四位下。有学者认为，实际上并未见清盛征讨海贼立功的资料，大概是一心想让清盛步入贵族社会，将自己的战功让给儿子的吧。
由于父亲颇受朝廷和院政的器重，平清盛利用这一有利条件，以武家栋梁和京都贵族之子的双重身份，构建进入中央政界的基础，树立自己的势力圈。据《十训抄》卷七记载，平清盛为人诚恳，善于与武士结交。他与人交谈，即使心情不好，也总是露着笑容；当部下犯有任何错误或失败，他从不粗暴地大声呵责；寒冬之时，总是用布袍盖在侍候自己的小侍身上，早晨总是悄悄地起来，不吵醒熟睡中的侍从；召唤下人，不论地位多么低微，总是召到自己的面前，以示对他们的尊重。正是这种平易近人的举动，博得了所有部下的信赖和诚服。
1153年（仁平三）正月，平忠盛亡故，平清盛自此开始统帅平氏武士团，当时正值36岁。三年后，即1156年（保元元）发生了前已叙及的“保元之乱”。乱后，平氏受到了比源氏更高的赏赐。后白河偏重平氏、轻慢源氏的决策，其实与藤原信西的策略密不可分。藤原信西从后白河天皇和自身的政治利益出发，在“保元之乱”中，不但要打倒崇德上皇方面的势力，而且也要一并削弱摄关藤原氏的权力。为达此目的，也必须抑制世代臣属藤原氏的源氏武士集团。所以，在保元之乱前后，藤原信西与平清盛结成了盟友。信西一直为平清盛树立战功创造机会。如，后白河天皇方面在军事计划中，原定平清盛的任务只是留守宫内守卫皇居，信西对此坚决反对，最终改变原计划，使平清盛成为奇袭敌方的主力之一。战胜崇德上皇方面之后，在惩处敌方主要成员时，信西通过天皇，以敕令的形式，命平清盛亲自斩首叔父平忠正，给人以大义灭亲的形象。乱后，平清盛在朝廷的地位的上升，引起了源义朝的极大不满。为了能够对抗平清盛，源义朝欲与藤原信西结成姻亲，要求将自己的女儿嫁给信西之子是宪，但信西以自己的儿子是文弱书生，不宜当武者之婿之由加以拒绝，却与平清盛结成婚戚，让其子成范成为清盛的女婿。这一婚戚的缔结无疑增强了彼此的政治联盟，同时也招致了源义朝等人的仇视。
1158年（保元三）八月，自以为一扫反对派、天下太平的后白河天皇宣布让位于皇子守仁亲王，自己开设院厅视政。新天皇称二条天皇，同时关白藤原忠通辞任，新任其子藤原基实为关白。后白河天皇让位不让权的行为很快招致新天皇近臣们的不满。在众朝臣眼中，后白河上皇其实是一位并无治国之才的“昏君”。《保元物语》第一“新院御谋叛思食立事”条说他是“古今未曾有的、日本中国无先例的愚天子”。崇德上皇也曾说过其是“既无文，又无武的”平凡之人，有人甚至以神托梦形式批评后白河的政治。当时，院政方面的近臣以藤原信西、藤原信赖为主，天皇方面的重臣以藤原经宗、藤原惟方等为主，双方形成院政派与天皇亲政派的对立。其实，在双方对立过程中，彼此的成员也时有变化、重新组合，最典型的事例就是院政派内的藤原信赖与藤原信西的反目。
藤原信赖是关白藤原基实的义兄，于1158年（保元三）受后白河天皇的信任，成为参议，后白河院政开设后，进而成为院别当，与藤原信西并列为院厅的双雄。由于藤原信西握有院厅的施政实权，藤原信赖很是反感。加上信赖期望获得近卫大将一职的任命，也因信西认为缺乏强力性格和才能未予以支持，两人结怨更深。不和的“天魔入二人心”，以至不能共事，“触事不快”。信西将其比喻为唐朝的安禄山，认为是“危天下者，乱国家之人”，而信赖一见信西，则认为此人“是拒我结怨者”
，两人都在寻求机会以削弱对方势力。由于信西与平清盛的结盟，信赖自然转而与源义朝以及天皇亲政派接近。结果藤原信赖、源义朝和二条天皇近侧的藤原惟方、藤原成亲、藤原经宗（天皇的外舅）结成反藤原信西、平清盛的联合战线，并谋划除信西、倒清盛的政变。
对反对派的行动，首先引起警觉的是平清盛。他早已注意到源义朝不断地出入藤原信赖官邸，感觉到他们正在策划打倒自己的事，但又没有掌握实际证据。1159年（平治元）十二月，平清盛采取一项不寻常的举动，他率领以长子平重盛为首的一族眷属离开京都，前往熊野参拜神社。熊野距京都大约有288公里，平清盛一行约有七八百人，浩浩荡荡，往返需一个月时间。对于平清盛的离京，藤原信赖、源义朝认为这是久已等待的良机。尤其是信赖，更是兴奋不已，他怀着控制院政和朝廷大权的野心，很快与源义朝、藤原经宗、惟方等一起实施了政变计划。首先，他们率兵袭击后白河上皇所在的皇居东三条殿，并对后白河上皇、二条天皇实施软禁。与此同时，还袭击了藤原信西邸宅。信西因事先获知政变消息，匆忙逃出京都。京都形势剧变，使信西对前途感到绝望，便在逃亡途中自杀。尸体被发现，十七日其首级送回京都，被悬挂在西狱门前。朝廷、院政一时被藤原信赖控制。信赖自称大臣大将，服饰和行动如若天子。
平清盛在赴熊野的途中，听到京都的政变后，在纪伊武士汤浅宗重、熊野别当湛快的支持下，歼灭了追剿平氏的近百骑源义朝军，然后，清盛一行急速返回京都。为了稳住藤原信赖、源义朝，他首先向信赖呈报自己已回京都，以示“忠诚”。同时，着手调集兵力。他的策略颇为有效，信赖、义朝对他的“忠诚”信以为真，以至义朝之子要立即攻打平清盛所在的六波罗邸宅时，义朝予以制止而未能实行。这时，参与政变的藤原惟方、藤原经宗看到藤原信赖不但软禁后白河上皇，而且也软禁了二条天皇，把院厅、朝廷权力掌控在己手，开始后悔参与其中，便秘密与平清盛联络。在藤原信赖等失去警觉、敌方内部又有动摇者的情况下，平清盛策划了挽救上皇和天皇逃出宫中的计划。二十五日深夜，首先救出天皇及宫妃。二条天皇男扮女装，和中宫妹子内亲王乘牛车，逃离戒备森严的内宫，移住平清盛的六波罗邸宅；同夜，上皇也成功地摆脱软禁，逃入仁和寺。天皇和上皇的逃离，使藤原信赖、源义朝等失去了号令群臣、掌控权力的理由。二十六日，平清盛率3000兵力袭击藤原信赖等占据的内宫。源义朝以2000兵力抵抗。开战之初，平氏军不利，源氏军乘胜攻击六波罗，后因源义朝属下的多田源氏源赖政倒戈，战势急衰，最后在六条河原，两军决战，源氏军大败。源义朝率仅剩的20余骑逃向东国，途遇大雪，人员失散，同行的次男朝长、叔父义隆死于途中。源义朝逃至尾张国，其长子被捕斩首，三子源赖朝也被捕，后被流放至伊豆。政变祸首藤原信赖逃至仁和寺，当时后白河上皇在仁和寺，信赖逃入仁和寺是否为了得到上皇的宽恕，赦免其罪？虽然没有确切资料佐证，但也不能否认有这种动机的可能性。藤原信赖被平清盛之弟平经盛抓获，并于二十七日在京都六条河原斩首。源义朝虽逃至尾张国，但不久被当地武士杀死，其首级送回京都，“悬东狱门前树”
。
藤原信赖、源义朝的死标志着“平治之乱”的平定，但对政敌的打击、惩处并未结束。对政变者的惩处是极为严酷的，被处罪的公卿、武士多达70余人，凡公卿一律革职。1160年（永历元）年初开始，为了彻底削弱二条天皇的势力，后白河上皇命令平清盛对天皇亲政派的公卿、武士以谋叛罪予以严惩。二月，天皇亲政派的公卿、天皇外戚藤原经宗、藤原惟方等虽然对参与政变事后有所悔意，仍被处以流放罪。六月，天皇亲政派中的武士美浓源氏源光保、源光宗父子被流放，并在流放途中被杀。
“平治之乱”的结果是：“平治之乱以前政治舞台上的信西一门，院政（派）、亲政派已不复存在，乱后的胜利成果，事实上被清盛独占了。”
“平治之乱”之后，平清盛成为后白河上皇的心腹和军事、政治上的支柱，平清盛及其一族也乘势在朝中扩张权势。一人得道，鸡犬升天。随着平清盛的威势日隆，平氏一族也得以荣升、发迹。“嫡子重盛做了内大臣兼左大将，次男宗盛任中纳言兼右大将，三子知盛任三位中将，嫡孙维盛则是四位少将，总计平氏一门公卿十六人，殿上人三十余人，还有各国的国守，以及在卫府和各省司担任官职的，一共六十余人，似乎政界里没有别的人了。”
日本亦称秋津岛，共分六十六国，其中归平家管领的凡三十余国，已经超过国土的一半了。
如此独揽全国的军政大权，实属少见。“恣心升进，过分荣幸，冠绝古今者欤。”
难怪平清盛的内弟平时忠（时任大纳言）傲慢地说：非此一门的人，皆属贱类。
平氏的男子得平清盛之势，占据了朝野的军政重任。平氏的女子，也被作为平清盛势力打入内宫和深入中央权贵阶层的工具。平清盛自己很清楚，作为武士，很难跻身上层贵族行列，即使进入也屡受批评、指责和冷眼，为了能够名副其实地成为上层贵族的一员，通过联姻是一条捷径。平清盛有八个女儿，其中四个分别嫁给关白藤原基实、大纳言藤原隆房、关白藤原基通、修理大夫藤原信隆。与藤原氏联姻，使平清盛与京都贵族中最有权势的摄关家结成政治联盟，有益已有地位的巩固和发展。与皇室的联姻，首先于1160年（永历元），平清盛的妻妹滋子入后白河院，成为后白河上皇的女御，生宽仁亲王（后为六条天皇），次年滋子升为中宫（建春门院）。1171年（承安元），其女德子入宫为高仓天皇女御，次年升为中宫（建礼门院），生言仁亲王（后为安德天皇）。与皇族联姻，终使平清盛以上皇和天皇的外戚身份，名正言顺地进入上层贵族行列。
在权势不断扩展的同时，平清盛一族还不断地增强财富实力。首先是利用高官高位扩大私有领地，估计其一族拥有500余处的庄园。有些领地是祖上积累下来的，但有不少是利用不当手段获取的。例如1166（仁安元）关白藤原基实死亡，平清盛之女盛子继承了摄关家领有的庄园等财产，实际的支配实权掌握在平清盛之手。平氏积聚财富的另一手段，是控制对外贸易，特别是与宋朝商人的贸易。当时北部九州和濑户内海沿岸是宋朝商人经常出入之地，保元之乱后，平清盛曾被任命为大宰大弍，管理大宰府内外事务。虽然被任命后平清盛并未亲自赴任地主持政务，但一直亲自遥控在厅官人。后其弟平赖盛继任大宰大弍职，亲自赴任，精心经营。平清盛还在濑户内海沿岸的福原建造别馆，控制濑户内海沿岸及九州至京都的航线。正是对与宋商贸易的控制，平氏一族积聚了巨大的财富。
积聚雄厚财力和军力的平清盛，与后白河上皇的关系更趋紧密，尤其在皇位继承者的决定上，后白河上皇必须得到平清盛的支持，而平清盛为了实现皇族外戚的地位，也离不开后白河上皇的首肯。
1165年（永万元）七月，二条天皇病亡，在摄政藤原基实的坚持下，后白河上皇同意二条天皇的2岁次子继位，是为六条天皇。前述1160年平清盛妻妹滋子入后白河院成为女御，并生宪仁亲王。后白河上皇有心让宪仁亲王接替皇位，二条天皇死后，召见平清盛商议此事。十月在宫中举行了立皇太子仪式，5岁的宪仁亲王成了2岁的六条天皇的皇太子，可见平清盛在后白河上皇心目中的地位。1168年（仁安三）后白河让六条天皇退位，立8岁的宪仁继位，是为高仓天皇。因为高仓系平氏血脉的天皇，平清盛自然乐助其成，并不失时机地将女儿德子作为后白河上皇的养女，送入宫内，后成为高仓天皇的女御，生言仁亲王。平清盛对德子怀孕、诞生新皇子之事极为关心，据说德子怀孕后清盛一直祈求神灵，盼望能生一个皇子。临产时，把德子接到平氏的六波罗邸宅。当德子生下言仁亲王时，平清盛“过于高兴，哭出声来”。言仁亲王1岁未满就被平清盛强行立为太子，并命三子宗盛为春宫大夫、五子重衡为春宫亮、孙子维盛为权亮。
平清盛在1167年（仁安二）叙从一位，任太政大臣一职。任命后不久以病为由，请辞太政大臣职。第二年受戒出家，但仍掌握政治实权。平清盛专权以及一族的傲慢、横暴等行为引起朝廷公卿贵族们的强烈不满和反感，反映这种不满和反感的事例很多，1170年（嘉应二）大纳言平重盛与摄政藤原基房间发生纠葛最为典型。当年七月三日，摄政藤原基房乘车前往法胜寺参拜，途中与平重盛的嫡男平资盛所乘的车相遇。基房手下的舍人等不知是平氏的车，便找茬砸了。发生此事后，才知是平重盛家的车，摄政感到不安，回家后便派人并带着犯事者去平重盛家道歉，并请平氏任意处置肇事者，遭平重盛拒绝。此事在京都城内闹得沸沸扬扬，摄政为平息平氏之怒，将肇事下人送交检非违使惩办，这样仍未能得到平氏的谅解，平氏等待报复的机会。十五日，藤原基房欲往法成寺参拜，可是得知“二条京极边，武士群集，伺殿下御出”的信息，不得不中止行动。十月二十一日有御前会议（“议定”），诸大臣均需参加，但藤原基房不能来，原因是“摄政参给之间，于大炊御门堀河边，武勇者数多出来，前驱等悉引落自马了”
。在参加御前会议途中遭到袭击，御前会议也因此延期。当时摄政藤原基房是从一位，平重盛是正二位权大纳言，无论位爵与官位，皆低于基房。重盛显然不得民心，公卿贵族们感叹道：“末代之滥吹，言语不及。悲哉，生乱世，见闻如此之事”，“只恨生五浊之世，悲哉悲哉。”
平重盛被认为是平氏一族中通达事理的人，连他都如此蛮横，平氏一族中其他人的行为便可想而知了。
公卿贵族们表面上慑于平氏的威武，大多不敢流露怒色，但内心或背地里都在指责平氏的专横。公卿贵族对平氏的态度，后白河法皇也有所见闻。其实，长期以来他对平清盛的态度，也是表里并不一致。他需要平氏武力、财物的支持，但并不希望平氏利用他赐予的权力拓展平氏的天地，以影响院政统治的确立。自高仓天皇即位以来，后白河的专制色彩日渐浓厚，院与平氏之间的关系开始变化。两者之间围绕政权矛盾激化。以后白河法皇的宠臣藤原师光、藤原成亲为中心，形成了反平氏专权小集团，成员主要有院近臣僧西光、检非违使平康赖、源成雅、法胜寺执行俊宽等，多次在京都东山的鹿谷秘密商议讨平计划。
1177年（治承元）四月，延历寺众僧抬着神舆入京都，强诉院近臣僧西光之子藤原师高。师高在其任国司的加贺国因毁坏延历寺所属白山宫神社，众僧情绪激昂，冲入宫禁。不久发生大火，危及内宫、贵族邸宅和不少民宅，京都陷于混乱之中。对于京都的乱象，平氏未积极采取对应措施，加之僧西光父子在法皇面前谗言，后白河法皇震怒万分。延历寺天台座主明云，被认为是赴京强诉的祸首，被处以流放罪。但在前往流放地伊豆的途中，延历寺众僧又从押解差役手中夺回明云座主。法皇得知，便于五月末命令平清盛攻击延历寺。未及行动，反平氏集团出现了告密者，平清盛从告密者中得到了鹿谷密谋的详细情报。告密者是院政的北面武士多田行纲，他是鹿谷密谋的主谋之一藤原成亲的亲信，成亲把反平氏的计划重托给他实行。但多田行纲觉得平氏不是一时可以轻易灭亡，此事不会有好结果，“万一泄露出去，会给自己带来横祸，莫如趁别人尚未说出的时候，先行倒戈，以求活命。”
于是五月二十九日深夜，多田行纲到平清盛府邸。
听完密告，平清盛立即集合平氏子孙及所属武士，共召集六七千骑。六月一日，又派人至后白河法皇处，转达有人要灭平氏，将进行惩罚，请不要干涉之意。其后相继将鹿谷密谋的相关人员藤原成亲、俊宽、康赖、基兼等人捕获，僧西光听到平氏到处抓人，便前往后白河法皇所在的法住寺，但在半途被平氏抓获。由于被捕者也都承认鹿谷之谋是后白河法皇的旨意，因此，平清盛愤法皇之叛，欲马上集兵攻打法住寺。因长子平重盛的力谏，最终没有出兵。参加鹿谷密谋者，僧西光及其一族被斩首，其余藤原成亲、俊宽等皆被流放。
1179年（治承三）六月，平清盛长子平重盛去世，在后白河法皇和平清盛之间，唯一能够平衡彼此矛盾的人物骤然消失，双方对立的深化不可避免。平重盛死后不久，平盛子（原关白藤原基实之妻）也病亡。平重盛死后，后白河法皇任命藤原基房之子、年仅8岁的藤原师家为中纳言，并没收了重盛在越前国的领地。平盛子死后，其继承亡夫藤原基实所拥有的摄关家庄园领地也被没收，收归院领地。盛子继承的摄关家庄园领地乃是平氏的重要经济基础，其被没收无疑使平氏的经济基础面临着严重的危机。
面对后白河上皇的种种轻慢平氏作为以及经济方面的危机，身在福原的平清盛决意以武力发动政变，是为“治承三年政变”。十一月十四日，平清盛率数千骑武士进京，京中充满不安。十五日，后白河法皇派静贤法印为使者面晤平清盛，平清盛指责后白河法皇四大过错。一是内大臣平重盛死后，不能如历代君王对臣下之死表示哀悼，依旧行幸作乐，这一行为表明“似乎父子二人都不合法皇心意，这使我们很失脸面”；二是越前国是赐给平重盛的领地，本来约定为世代承袭，永不变更，何故重盛故去之后立即被收回；三是中纳言空缺，理应叙二位的藤原基通递补，也曾多次推荐，终未答应，却将关白的儿子藤原师家递补上去，事不合理；四是“新大纳言成亲等私会鹿谷，阴谋造反，完全不是他们个人的事，都是法皇指使的”。
平清盛对法皇并无追究，却以天皇诏书和院宣命的形式，对院的近臣和亲院政的公卿进行处分：解除藤原基房的关白职、藤原师家（基房之子）的权中纳言职；太政大臣藤原师长（保元之乱后被流放土佐国，长宽二年召回，官复权中纳言，仁安元年为内大臣，次年为太政大臣）以下39人解除官职，其中，藤原师长、权大纳言源资贤等人被逐出京都，流放他地，藤原基房左迁九州，降任大宰权帅。与此同时，任命藤原基通为关白、内大臣、氏长者，恢复延历寺僧明云的天台座主地位。在十五日夜，平清盛曾召中宫和皇太子到自己的邸宅，表示向西国迁居的意志。法皇闻知此事，又派静贤法印去见平清盛，表示“今后不干涉一切政治”之意。结果，平清盛于二十一日软禁了后白河法皇，除了二三人可以出入被软禁的鸟羽北殿外，其他一律不能入内，“闭门户，不通人，武士奉守护之”
，一切院政政务被停止。接着，调查院领目录、摄关家的所有文书，并将院、公卿的庄园收归己有。
排除一切敌手之后，平清盛独揽大权，实行军事独裁政治。为镇压反对者和批评者，在京都之内散布300名称为“秃童”的密探。1180年（治承四）二月，在平清盛操纵下，高仓天皇让位，开高仓院政，3岁的言仁亲王继位，是为安德天皇。实现了上皇与天皇、院近臣、朝廷大臣皆出自平氏血脉的局面。至此，名副其实地确立了平氏政权。
平氏挟三皇而令天下的作为引起朝野愤慨，长期以来的寺院间争斗不断，现在也开始捐弃前嫌，呼吁合作挽救后白河法皇和高仓上皇。在群情怨怒之时，出现了一位名叫源赖政的人，是“平治之乱”源义朝的堂兄弟，曾官至三位，因不满朝政，出家为僧。一天夜里，他及其子伊豆守源仲纲悄悄地拜访了后白河法皇的第二皇子以仁亲王。以仁亲王才学出众，本应继承皇位，但由于建春门院的压制而不能如愿，一直静心索居。当时，源赖政年已70，以仁亲王年30。拜访中，源赖政谈及政局说：“当今时势，不过是表面上服从平氏，内里心怀怨恨的大有人在”，怂恿以仁亲王“你可起兵举事，剿灭平家”，“如能下定决心，只要发出令旨，甘心效命的源氏着实不少”，“假如你有决心，发出旨令，彼等（指各地源氏）定会昼夜兼程奔集而来，消灭平家指日可待的事。”
1180年（治承四）四月九日，以仁亲王宣布继承皇位，发布了声讨平氏的“以仁王令旨”。
“以仁王令旨”除了揭示平氏罪孽，着重点有二：一是呼吁“源家之人”“藤氏之人”奋起，合力追讨平氏。因为源氏在历史上为国讨伐“朝政”有功勋，却被认为是“朝敌”，名誉受到极大损害，如今奋起举兵，既是向平氏复仇，也是为了恢复名誉；二是唤起全国武士觉醒，在平氏专政之下，各地武士受到平氏代理人的欺压，早就心怀不满，令旨成为群起讨伐平氏的动员令。当时陆奥的源义盛正在京都，传达“以仁王令旨”的事就交其执行，为防机密泄漏和外人怀疑，源义盛改名行家，以八条院
藏人的身份进行活动。
与行家前往东国传达“令旨”的同时，以仁王、源赖政联络了南都北岑的寺院武装及京都周边的反平氏武士，以园城寺为据点，正式举兵声讨平氏。但由于寺院的上层僧侣中有与平氏相通者，所以源赖政的计划泄露。平氏立即对园城寺进行围攻，要求寺院方交出以仁亲王。园城寺向延历寺、兴福寺求援，未等支援僧众到达，在以仁亲王、源赖政、源仲纲的指挥下，一千余僧众进行抵抗，并突围赴奈良，以求与南都僧众汇合。行至宇治平等院又遭围堵，最终失败。源赖政及长子仲纲自杀，以仁亲王趁乱逃出，但在逃往奈良途中，中箭落马被杀。
东国的诸源氏已从京都来的人中获知“以仁王令旨”及源赖政举兵等情况，纷纷决定举兵响应。在全国声讨平氏的情势下，平清盛为避免南都北岑的僧兵和东国武士的夹击，决定迁都。关于新都地点，最先定在轮田，但因该地地理条件“山谷相交”难以为京，次定播磨国的印南野为新都选地，又因“无水”而作罢，最后定在福原。六月二日，平清盛挟三皇及贵族上下出京都，迁至福原，此举招致更大的民愤，京都、奈良的僧侣掀起了促进返回京都运动。十一月二十六日，都城从福原迁回京都。
源赖朝出生于1147年（久安三），父亲是“平治之乱”中被斩首的武士源义朝。“平治之乱”后，源赖朝随父东逃，中途遇大雪，父子失散，在关原附近赖朝被捕，押回京都。本在被斩首者之列，但因平清盛的继母池禅尼认为源赖朝的容貌与死去的儿子平家盛相似，力说不要斩杀，于是改为流刑，1160年（永历元）被流放到伊豆的蛭岛。流放蛭岛后，源赖朝成为伊豆豪族北条时政的女婿，时政之女北条政子给源赖朝带来了命运的转机。由于赖朝之父义朝在东国颇有盛名，深受东国武士崇敬，所以赖朝一直受到保护，结识了不少知交，如三善康信、安达盛长等。三善康信是赖朝乳母的外甥，在朝中任官，他每月三次派使者向赖朝报告京都的情况。因此，赖朝虽身处荒岛，却及时掌握当时的形势。源赖朝四月二十七日得到“以仁王令旨”，五月得到以仁亲王、源赖政举兵失败的消息。
以仁亲王、源赖政举兵被镇压后，平清盛立即策划秘密讨伐各地源氏。六月十九日，三善康信派使者将平氏征讨源氏的信息送达伊豆，并告知源氏嫡系源赖朝是主要征讨对象，要赖朝及早安排，到奥州去躲避。这时，相模武士大庭景亲带着平清盛追讨逃到东国的源赖政子孙的命令，回到东国。社会上盛传源赖朝与以仁亲王举兵有关的流言，在如此紧迫的形势下，源赖朝终于在北条时政的支持下，宣布起兵声讨平氏。据《平家物语》记载，源赖朝起兵前，一个名叫文觉的和尚，从伊豆出发，潜入福原，通过秘密渠道，得到后白河法皇给源赖朝的讨平院宣
，院宣签署日期是“治承四年七月十四日”。上述后白河法皇给源赖朝的院宣是否可靠，难以确认。但从日后讨平氏过程中源赖朝曾与后白河法皇有过秘密接触的情况来看，文觉和尚带回后白河法皇的令旨也不是不可能的事。
源赖朝正式宣布声讨平氏是1180年（治承四）八月十七日，该日夜晚，首先袭击并杀死了平氏在伊豆的代理官山木兼隆，成功地掌握了伊豆国衙的实权。接着，赖朝率300余骑武士进攻相模国，在石桥山与相模武士大庭景亲的3000余骑遭遇，终因兵力不足失败。赖朝只身逃到安房国，以源氏嫡系的身份，广泛联络东国与其父义朝有过联系的各地武士团，很快得到安房国安西景益、千叶常胤、上总国平广常及武藏、上野、下野、甲斐等国武士团的响应，纷纷率军投奔而来，军力迅速扩大到2.7万骑。源赖朝举兵的消息九月初传到京都，朝中公卿们把赖朝举兵视同平将门之乱那样严重，“彼义朝子，大略企谋叛欤，宛如将门”
。
1180年（治承四）九月五日，朝廷召开评议会，决定派遣追讨军，以平维盛为大将军，任命平忠度、平知度为副将军。不久传来在石桥山会战中源赖朝被打败的情报，十一日，宣布以安德天皇之名拟定的征讨源赖朝的宣旨。
二十二日，平维盛率3万余骑，从京都出发东征，源赖朝则于十月六日进驻镰仓。镰仓位于三浦半岛的根部，南临相模湾，东、西、北有丘陵环绕，是进可攻、退可守的战略重地，又因土地肥沃，是鱼米之乡，无粮草的后顾之忧。
朝廷除派遣平维盛为首的征讨军外，还呼吁甲斐国的武田信义、常陆国的佐竹义政、陆奥国的藤原秀衡配合平维盛，围剿源赖朝。经过源赖朝的策反，武田信义倒戈，成为赖朝的盟军。十月二十日，平维盛军与源赖朝军于富士川对阵激战，武田信义军担任包抄平氏军敌后的任务。平维盛阵地后面是一片沼泽地，是水鸟栖息地，当武田军抄略平氏军后路时，惊动水鸟，群鸟惊恐而飞，其拍翅之声，犹如千军万马，平氏陷入一片恐慌，不战而溃散。平维盛逃回京都，失败原因归于敌方人数多于自己，“贼徒其数千万，依不可敌对”
。二十一日，源赖朝欲穷追平氏军，直捣京都。此时，千叶常胤、上总广常、三浦义澄等人向赖朝进谏，力说不能贸然西上，宜因坚守镰仓，统一关东，消除腹背之敌后，再图西上。源赖朝接受谏言，率兵返回镰仓，专心建设镰仓根据地。
富士川一战，使源氏士气大振，各处源氏和反平氏势力纷纷起兵。十一月十七日美浓国源氏攻占美浓、尾张两国，二十一日，近江国被反平氏势力占据，截断了京都与北部地区的联系，“凡北陆道运上物，悉以点取。”
此起彼伏的各地源氏举兵，使平氏不得不将都城从福原迁回京都。返京后迅速做出几个决定：一是派兵讨伐近江源氏，以解北陆道的畅通；二是严惩一直与平氏对抗的以园城寺为首的京都僧侣，十二月烧毁园城寺，为平息烧毁园城寺后出现的社会不满，解除对后白河法皇的软禁；三是对南都奈良城的7000余反平氏僧侣进行镇压。十二月二十八日，以数万兵骑讨伐并放火烧毁兴福寺、东大寺等奈良诸寺院。据史书记载：“东大寺、兴福寺堂舍僧房，不残一宇，悉以烧拂，佛法之灭亡，偏在此时。”
被大火烧死的僧侣共有3500余人，在抵抗中战死的僧侣达1000余人。
对僧侣的残忍杀戮和焚烧古都寺院使人对平氏更加憎恨，反平氏的风浪愈益凶猛，“东海、西海、北陆（道）以下至五畿内。所有谋反之闻。”
为确保统治以及号令全国兵力动员和兵粮米征集，在正月高仓上皇去世时，平清盛声称高仓上皇遗诏，强行设置“总官”一职，由平宗盛担任。在全国纷乱中艰难度日的平清盛，突然在二月末患重病，卧床不起。由于“天下走骚，日来有所恼，身热如火”
，终因“动热闷绝”，于闰二月四日病亡。在临死前，曾派使面晤后白河法皇，提出死后的人事安排。可见，平清盛死前念念不忘的还是死后平氏的处境，不希望外有各国源氏的举兵（“东国之寇”），内又发生京畿及其周边地区的动乱（“中夏之乱”）。平清盛的死亡，标志着平氏势力急速由强走向衰弱。
平清盛死后的第三日，即闰二月六日，平宗盛向后白河法皇奏请三事：一是今后万事按院宣实行；二是依据平清盛的遗言，向西海、北海、北陆地方诸国征收兵粮米，继续追讨源氏；三是宽容赖朝，决定与其和解。关于宽容赖朝一事，后白河院和公卿们有意接受，但当决定发布宽容源赖朝宣旨时，平宗盛却态度一变，反而要求发布派遣平重衡为追讨使，呼吁东国武士背叛赖朝，投奔平重衡的院旨。从这一事件可知，在平清盛死后，平氏内部存在着对源氏采取温和和强硬的两种不同主张。
1181（养和元）—1182（寿永元）年间，连续两年的大旱和瘟疫，加上征战、兵粮米的征收，酿成严重的饥荒，“婴儿弃道路，死骸满街衢，夜夜强盗，所所放火”，“诸院藏人之辈，多以饿死，其以下不知数，饥馑超前代”
。连“诸院藏人之辈”都饿死了，可知民间惨相更重，直接影响了兵粮的征收，源、平之间的战争也被迫暂时停止。就在停战期间，即1181年七月，源赖朝秘密派使者与后白河法皇会谈，申述源氏举兵目的并非反对法皇，而是讨伐法皇宿敌，维护法皇的权威，并提出具体的和解方案：（1） 若平氏不亡，法皇应恢复旧例，相并重用源氏、平氏；（2） 关东地区由源氏支配，海西地区（指关西）仍由平氏管辖；（3） 全国国司任命权在院厅；（4） 若有违抗国家的叛逆者，应由源、平两氏共同讨伐。显然，源赖朝这一方案的核心，就是要与平氏两分天下，然后再伺机消灭平氏。后白河法皇将源赖朝的和解方案转告平宗盛。宗盛以父曾遗言将源赖朝之首挂于墓前为由，断然拒绝和解。多年的战乱，公卿贵族大多盼望和解、和平，平氏坚持战争，拒绝和平，自然不得人心，但他们也惧怕打倒平氏政权之后，会出现新的源氏政权，所以采取了暧昧的中立之策。通过派使密谈和提出和解方案一事，可以窥知源赖朝的策略，显然把平氏、安德天皇和后白河法皇及不满平氏的公卿区分开来，原则上是否定前者，肯定后者。京都和镰仓以这种策略上的微妙变化为日后双方再次密谈作了铺垫。
在关东地区源平战争暂时处于休止期间，在北陆道一带，反平氏的战争却始终没有停止过，其主力是源义仲（也称木曾义仲）。源义仲是源赖朝的堂兄弟，1180年继赖朝之后，举兵讨平氏，转战北陆地区。1182年（寿永元）拥护从京都逃出来的以仁王之子北陆宫，与在京的叔父源行家、源广义等人联系，组织北陆道武士，推动进京。1183年（寿永二），以平维盛为首，总兵力十万余骑攻击义仲等北陆源氏。平维盛以七万骑攻击义仲军，在越中砺波山（又称俱利伽罗山），平氏军陷入4万源义仲军的埋伏，前后夹击，4万义仲军的吼声震天撼地，使平氏军惊慌失措，慌不择路，纷纷坠入峡谷。逃脱者仅平维盛、通盛等2000余骑。五月廿一日，源义仲军追击平氏军至篠原，双方交战，平氏军又遭惨败。据《平家物语》载，平氏军四月出发时10余万骑，五月下旬回京时，所剩不过2万余骑，伤亡惨重，“国无远近，莫不哀声叹息。京城之中，但见家家关门闭户，念佛泣诉之声不绝于耳。”
源义仲军乘胜追击，直指京都。从近江国进攻京都必经比叡山，为了取得山门僧侣的支持，六月十日，义仲向比叡山延历寺僧众送去一封信。七月二日，僧众送回信函一封，对源义仲反平氏大加赞扬：“兹者，麾下生于累世武将之家，得膺统领貔貅之选，筹运奇谋，顿举义兵，忘万死之命，建一战之功。出师未及两年，声名达于四海；我山僧众，闻之莫不雀跃。”并说：“山门三千僧众，暂停研修赞仰之学业，援助讨伐凶顽之官军”
，表示支持源义仲军过比叡山境。七月，源义仲军进入近江。
在源义仲军逼近京都的形势下，平氏秘密决定挟安德天皇和后白河法皇西逃。关白藤原基通得知信息，急速向后白河法皇报告。后白河为摆脱平氏的挟持，紧急潜逃至比叡山延历寺，与源义仲会合。二十五日，平氏挟安德天皇，携三件神器，撤离京都西逃，并放火烧毁六波罗一带平氏邸宅。七月二十八日，后白河法皇在源义仲护卫下返回京都。八月十日，后白河法皇任命源义仲为佐马头兼伊予守，源行家为备前守。十六日，宣布平氏一百六十余人免除官职，没收所领。被没收的平氏所领的庄园500处，其中140处赐予源义仲，90处赐予源行家。为及早解决天皇空位（安德天皇被平氏挟持在逃），重建朝政，八月二十日，后白河院扶高仓上皇的第四子尊成亲王继位，是为后鸟羽天皇。
平氏撤出京都后，于八月十七日到达九州的大宰府。但由于得不到地方势力的支持，很快撤出大宰府，最后重又东归，以赞岐屋岛为据点，先后收复山阳道八国（播磨、美作、备前、备中、备后、安艺、周防、长门）和南海道诸国（纪伊、淡路、阿波、赞岐、伊予、土佐）。九月，源义仲受命征讨。闰十月初，义仲军在备中国水岛与平氏军遭遇，结果源氏军大败，源义仲返归京都。当初源义仲进入京都时，正值京都战乱、天灾，同时陷入极度饥馑时期，源义仲军乘危作乱、抢掠，无恶不作，大失民心。因此，义仲军重返京都，自然得不到民众的欢迎，而后白河法皇在义仲西征时，主动与镰仓的源赖朝联络。曾于九月末，赖朝使者再次与后白河院密谈，提出两个要求：（1） 平氏占据的神社、佛寺庄园悉归原主；（2） 平氏占据的院、宫、公卿贵族的庄园也应归还原主。获得院方的赞同，并于十月十四日，发布院宣，宣布东海、东山、北陆等地的神社、寺院及王臣家领有的庄园，一律归还原主。若有抗拒者，听任源赖朝处置。对此，源义仲甚为不满，认为这是后白河对自己的蔑视，遂于十一月十九日率兵骑拘捕了后白河法皇，解除院厅近50人的官职，并自称“法皇厩舍别当”。1184年（寿永三）正月，又胁迫法皇授其“征夷大将军”称号。
源义仲在京都的专横行为，使镰仓的源赖朝非常恼怒，遂派遣兄弟源范赖、源义经进京声讨。讨伐军分兵两路从尾张国出发，范赖率军经近江国从北面进攻京都，义经军取道伊贺国从南面进攻京都。源义仲军拆毁宇治、势田两座大桥，进行顽抗，但范赖、义经军攻势凶猛，势不可挡，义仲军大败。义仲退至粟津，终被战死。
义仲战死后，后白河重开院政，自正月二十六日至二月十九日间，先后向源赖朝发布了三道院宣：正月二十六日《追讨前内大臣平朝臣以下党类事》、正月二十九日《召进源义仲余党事》、二月十九日《停止武勇辈押妨神社佛事并院宫诸司及人领等事》。二月初，源氏军以范赖、义经为首，率军9万西征平氏。当时，平氏已从赞岐国的屋岛，返回难波海岸的福原。二月七日，源氏军与平氏军会战于一谷要地。一谷之地北有鹎越山天险，南临海，海岸峻峭，进口狭窄，谷内则宽阔，平氏据险筑垒以防来侵之敌。源氏军采用迂回战术，以轻装武士攀越鹎越山，从背后奇袭，致使平氏军“失商量败走，或策马出一谷之馆，或棹船赴四国之地”
。平氏军大败，损伤惨重，平通盛、忠度、敦盛等平氏新一代战将战死，平重衡被俘，残余兵卒退据屋岛。
一谷之战后，源平两军短暂休整。尤其是源氏不擅长水战，更需作充分准备。其间平氏曾派使抵京，提出“和亲”之事，主要是要求相并重用源氏、平氏。然而，“此条赖朝不可承诺”，予以拒绝。
1184年（元历元）九月，战事再开，源氏军由范赖率领进山阴道，入长门，渡海至九州，因补给困难，武士思乡，战斗陷于困难，赖朝遂命令在京都待命的义经出兵。1185年（文治元）二月，义经从渡部津（今大阪市）出海，在阿波登陆，从背后奇袭屋岛，平氏乘船潜逃入海。平氏军受到源氏的东西夹击，决定在门司与赤间（今下关）两处关隘与源氏军进行决战。平氏军500余艘（《平家物语》载，平氏1000艘兵船），源氏800余艘（《平家物语》为3000艘兵船），展开海上激战。当时门司、赤间、澶浦三处正值潮水翻腾，风高浪大。战斗中，平氏军中的“四国、九州的军兵，悉数背离平家，归顺源氏。过去依附门下的人，如今对主公弓矢相向，拔刀以对”
。由此，平氏军惨败，或沉大海，或被俘获。被俘者包括平宗盛、平时宗、平清宗等战将38人，女官及眷族43人，刚刚8岁的安德天皇与平清盛之妻时子一起在混战中葬身海底。战后，平宗盛、平重衡等被斩首，平时忠等被流放。至此，荣耀一时的平氏和平氏政权终至灭亡。