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自9世纪中叶至11世纪中叶，在藤原氏独揽朝政大权之下，历届天皇成为名副其实的傀儡。这一期间，各天皇具有如下特征：（1） 从淳和天皇至后冷泉天皇共18代，其中除宇多天皇外，大多与藤原氏有血缘关系，外戚大多或为重臣，或为摄政、关白；（2） 除光孝天皇55岁立为皇太子，同年登祚外，大多幼年立为皇太子，少年时成为天皇。14岁以内立为皇太子的有14人，有的仅几个月便被外戚立为皇太子。18岁以内继位的有9人；（3） 在位年限短。除醍醐天皇（898—930）在位33年，一条天皇（987—1011）在位25年，后冷泉天皇（1046—1068）在位23年，村上天皇（947—967）在位21年，后一条天皇（1017—1036）在位20年外，其他13位天皇在位都不足20年，最短的不足2年；（4） 皇位的废立，全凭外戚的政治需要。从各天皇退位的原因分析，因病死亡6人，因病4人，“退让”8人。因病死亡者中，除光孝天皇属正常死亡外，其余都是短命死亡。短命的原因是近亲结婚、早婚多妻、奢侈、糜烂的生活和意志消沉。8位“退让”者，都是年轻有为之年让位的，如淳和48岁，清和27岁，阳成17岁，宇多31岁，醍醐46岁，朱雀24岁，圆融26岁，花山19岁。有为之年便将皇位让给年幼的皇子，不难看出，其背后存在着藤原氏的强制操纵；（5） 藤原氏外戚所以能如此轻易废立天皇，关键是皇太子大多在外戚私邸养育成长，继位后又将实权委于外戚。因此，摄关家便是国家政治中心，天皇成了政治木偶。
在摄关政治下，诸天皇慑于外戚的威迫，表面上大多自甘傀儡地位，但日久天长，内心深处对外戚操权，也时时萌生叹息自己处境的酸楚和怨恨。至11世纪中叶以后，藤原氏专权日渐受到皇族以及国、郡、司官僚的批评。天皇中开始出现不甘于当儿皇帝的，其最典型的人物，就是后三条天皇（1069—1072）等人。
藤原氏在朝中地位巩固的基础就是通过嫁入内宫的本系女性产育皇子而得以维持。因此，藤原氏严格地控制天皇的婚姻权，即使天皇有自己宠爱的妃子，也大多受到压制。可是由于近亲婚姻，生育能力下降，藤原氏权威日益受到威胁。1036年（长元九）后朱雀天皇即位，次年立藤原赖通的养女嫄子为中宫，但1039年（长历三）嫄子在生产女婴时死亡。接着藤原赖通之弟教通之女生子入宫，1042年（长久三）教通之弟赖宗之女也送入宫中，此二人均未能生子。1045年（宽德二）后朱雀天皇让位于后冷泉天皇，1047年（永承二）藤原赖通之女欢子入内，不久虽怀了皇子，但是死产。1050年（永承五）赖通又让女儿宽子入内，最终也没有怀孕生子，1068年（治历四）后冷泉天皇死亡。在此背景下，藤原氏才不得已让非藤原氏血统的后朱雀天皇之子尊仁皇太子即位，是为后三条天皇。
后三条天皇是一百余年来与藤原氏没有直接血缘关系的天皇，父亲是后朱雀天皇，母亲是三条天皇之女祯子内亲王。后三条天皇因为是非藤原氏血统的皇太子，所以在1045年立为皇太子，至1068年继位的二十四年间，饱受藤原氏的凌辱，作为东宫太子标志的“壶切剑”，关白藤原赖通一直扣压不予移交，其理由就是后三条不是藤原氏血脉所生。这把象征性的标志物“壶切剑”，直至后三条继承皇位后，藤原赖通才呈交予他。在皇太子期间，后三条受到大学问家大江匡房的熏陶，增长了学问和治政才干，针对藤原氏的腐败，孕育了自己执政后采取的政策和措施。
后三条继承皇位后首先倾力加强皇权，推行排斥藤原氏的政策。例如在朝廷人事任用方面，虽然仍然任命藤原赖通为关白，但在自己的侧近，安排了源师房、大江匡房等非藤原氏官僚。同时推行凡事亲政之策，实行“御前定”制度，即在天皇主导之下，由少数公卿参加的秘密会议，藤原氏势力独揽朝政的权力受到了极大的限制。
后三条天皇推行的诸新政中，最重要且对后世有很大影响的是整顿庄园，史称“延久庄园整理”。此举的目的在于明确区分私有庄园和公有领地，以确保国家的财源。在“延久庄园整理”中，受到打击最重的是藤原氏势力。长期以来，藤原氏操弄朝政，各地权势之家为攀附权贵，纷纷将自己的庄园寄进藤原氏门下。这些寄进庄园，大多只是彼此口头约定，并未办理正当手续，因此没有正式的文书契约，必然受到清理。对此，关白藤原赖通也不得不上书后三条天皇，承认自家的庄园，领主皆以口头形式提出寄进，故无任何文书。虽然没有资料表明藤原氏在这次清理中被收回的非法庄园数，但让其交出所属庄园文书，并公开承认寄进庄园的非合法，这是长期以来不曾有过的事，不啻是对藤原氏的沉重一击。
在推行庄园清理的同时，后三条天皇为强化朝廷财政和确保皇室经济，还推行了“御稻田”制。所谓“御稻田”制就是在畿内各国，每一国设置一至五、六段御稻田，由专人负责将收获粮食贡纳给皇室。除外还进行多项改革，如规定《沽价法》和计量具的统一。关于计量具，在律令制时代，律令规定了“枡”的标准，然而进入庄园时代，开始出现各庄园自己制定的私枡，诸国国衙施用的国枡也是各式各样，大小不一。量具的混乱，使地方上缴中央贡物难以保证足量。为此，1072年9月，朝廷制定了“宣旨枡”（亦称“宣旨斗”），作赋课计量的统一标准。
后三条天皇的政治、经济措施，虽然取得了明显的成效，天皇的权威性也有一定程度的提高，但尚不能改变长期形成的摄关政治基本格局。藤原氏的暂时退让，只是为了等待重新以外戚身份执掌朝政的机会。后三条即位的第二年，立贞仁皇子为皇太子。贞仁皇子是后三条与藤原赖通的侄女所生，藤原氏视其为重振外戚势力的机会。1069年（延久元），藤原赖通将侄孙女道子送入宫内，成为皇太子妃。1071年（延久三），又将孙女贤子送入东宫。只要道子和贤子中任何一人生下皇太孙，藤原氏就有望恢复外戚地位。这种情况的存在对后三条天皇来说，是埋在脚下的定时炸弹，随时面临着被废危机。为了防止这一危机的爆发，1072年（延久四）底，即在其在位的第四年，决然宣布让位于贞仁亲王（白河天皇），自己以太上天皇的身份辅政。让位的同时，还指定年仅2岁的实仁皇子为皇太子。实仁皇子是后三条与源基子所生，与藤原氏无血缘关系。后三条的举措，显然是对抗藤原氏的政治策略，意图在太上皇的位置上，控制国家政治大权。
满怀雄心壮志的后三条，让位后准备以太上皇院厅为中心施展权威时，却身患病疾，半年后亡故，重兴皇威的重任便落在白河天皇的肩上。白河天皇虽然与藤原氏有血缘关系，但在政治上自有心计，表面上仍然倚仗藤原氏，内心反对藤原氏操纵朝政，誓欲从摄政、关白手中夺回权力。根据《中右记》的记载，白河天皇执政五十七年，在天皇位十四年，退位四十三年。“威满四海，天下归服，秉幼主三代之政（指堀河、鸟羽、崇德三代天皇），成斋王六人之亲。”自桓武天皇以来，绝无先例。白河天皇在位的第十四年，即1086年（应德三）决然将皇位让与年仅8岁的亲子善仁亲王（堀河天皇），时年34岁。白河天皇决定让位的动机主要有四个：一是唯有自己让位，身为上皇亲自辅佐天皇，实际实行朝政，才能够保证自己的子孙延续天皇之位；其二，白河天皇是藤原道长之子能信的外孙，但能信已于1065年去世，因此让位成为上皇，已无外戚势力的干扰；其三，堀河天皇母亲藤原贤子虽然出身于关白藤原赖通家，但她是以源师实的养女入内的。从这一意义上说，堀河天皇的外戚藤原氏因素相对要弱；其四，从根本上说，就是要通过让位，摆脱藤原氏的控制，依据自己的意志操纵朝政。让位以后，他便在自己的宫邸内建立院厅，开始“执天下政”，这就是“院政”的开始。
所谓“院政”，实际上是为摆脱摄关政治、重振皇权威信的一种新的政权形态。实质上它是古代天皇制的一种变形。在摄政关白时代，“摄政即天子”，天皇只不过是摄政、关白的傀儡。但是在院政时代，虽然是天皇、太上天皇并存的双重政治形态，“世间之事分两处之政”
。治政大权却操纵在太上天皇之手。太上天皇是以“天皇之父”之身份而“行天下之政”。“太上天皇就是正帝”，“如今世间之事，皆看太上天皇脸色”
。“天下（指天皇）如春宫（皇太子）”
。
自白河上皇建立院政为始，至1156年（保元元）历经堀河、鸟羽、崇德、近卫、后白河五代天皇，共60年是为院政前期；自1158年（保元三）后白河上皇继续执掌院政时，历二条、六条、高仓、安德、后鸟羽五代天皇，共34年为院政后期。虽然在幕府政治时期院政时有出现，但并无实权。在摄关时代，藤原氏实行外戚专政，置天皇于掌心之间，如前所述，天皇大多幼年立为太子，少年扶为天皇，青年时或被废，被迫退位。而院政时代，太上天皇对天皇的掌控手法，实质上与藤原氏无异，从太上天皇与天皇的关系可看出，天皇的退立年龄大致也是少年即位，青年退位。即位年龄，除后白河天皇29岁、二条天皇16岁继位外，其他八位均在8岁以内，最小的只有2岁；退位年龄，除后白河33岁、堀河29岁退位外，其中23~20岁者5人，20岁以下者4位。退位原因除病亡2人、淹死1人外，皆是让位，大多数让位是听任太上天皇喜恶而实行的。
院政的事务所是院厅，在太上皇的宫邸原设有院司，主要处理生活方面的事务。然而自后三条天皇退位开始则赋予政治内涵，即院司人数增加，机构调整，职能扩大，既处理生活方面事务，又处理政务。院政的职务设有别当、年预、判官代、主典代、北面武士等职。别当统辖院厅事务，年预主管杂务，判官代管理院厅内部事务，主典代掌文书、记录，北面武士负责安全保卫。担任上述院厅职责者，大体上是两类人，一是与太上天皇间有乳母关系的人。在日本历史上，皇子、皇女与乳母关系一直很深。在平安时代初，皇子、皇女有取乳母姓名的习惯，如孝谦天皇的名“安倍”就是取自乳母阿倍朝臣石井的姓，平城天皇的名“小殿”，取自乳母阿倍小殿朝臣堺的姓，嵯峨天皇的名“神野”，取自乳母神野某的姓。后来取名之风虽然被停止了，但是乳母依然被尊重，她们的地位不亚于皇子、皇女的生母。院政成立后，上皇或皇子、皇女的乳母的夫、兄弟、子孙等得到重视，成为院的近臣。例如白河院近臣六条显季，其母就是白河上皇的乳母，显季与白河之间是乳兄弟的关系。白河上皇与乳母子之间“近习无双，恩似戴山”。白河上皇重用的近臣中出身乳母系的人还有藤原长实、藤原为房、叶室显隆、藤原国明、藤原经忠等；二是历任地方国司的受领层中有人多年任职国司职，在地方上培植了自己的势力，积累了巨富，拥有深厚的政治实力。如上述六条显季既出身于乳母系，又曾先后在赞岐、丹波、尾张、伊予、播磨、美作等国任国守职。还有高阶为章，先后担任过越后、但马、加贺、丹波等国的国守。大江匡房担任过备中、美作、备前、周防、越前等国的权守，以及大宰府权帅等职。
受领层虽然在地方上积累了财富，树立了政治实力，但由于朝中藤原氏外戚擅权，他们难以在经济实力的基础上，获得更广阔的拓展势力的机会，而院政却为他们提供了机会。同样，院政方面为对抗摄政、关白势力，也急需有经济、政治实力的地方官僚们的支持。两者各怀已得利益，终于结合在一起了。
院政的乳母系近臣和受领层近臣大多是中下级贵族，其阶位除少部分正二位、从二位者外，以三位以下至四、五位者居多。院厅近臣与上皇过往甚密，有的成为“宠臣”或者“腹心”，例如近臣叶室显隆常在夜间到白河上皇处议论天下大事。当时，贵族间称他为“夜关白”，说“天下之政在此人一言也。威震一天，富满四海，世间贵贱，无不倾首”
。上皇在日常的政治活动中，受到了这些中下层贵族的护卫。
白河上皇不但在政治上依靠受领层贵族的护卫，而且在经济上双方也存在着密不可分的关系。《中右记》一书记载了白河上皇生前曾经所做的八件事，即“十五日里书云，法皇御时初出来事：受领功万石万疋进上事；十余岁人成受领事；三十余国定任事；始自我身至子三、四人同时成受领事；神社佛事封家纳、诸国吏全不可弁济事；天下过差，逐日倍增，金银锦绣；成下女装束事；御出家后无御受戒事。”
上述八件事中，后三件是有关上皇个人生活中的事情，而前五件与受领层有着直接关系，特别是前四件反映了上皇与受领者间经济、政治的密切联系。第一件“受领功万石万疋进上事”，是说受领为成功地新任、重任、延任国司职，就给院方上供万石米、万疋绢；第二件“十余岁人成受领事”，是指才十几岁的人也被委任为地方国司职，如院判官代藤原基隆之子藤原守隆10岁被任为丹波守，近臣源国能、藤原显赖二人，都是在14岁时分别委任为越后守和出云守的。这些少年被任命为地方官吏的背后，显然有这些年轻人的父辈与上皇之间的政治、经济利益的交易；第三件“三十余国定任事”，也是指地方官吏任命的事。12世纪初，日本全国共有66国，其由院政直接控制的国，约达50%。为了这些领地的统治稳固，自然要有上皇的亲信者去治理，三十余国国司人选的确定成为白河上皇的重要政事；第四件事也是任命地方官吏的事，指的是上皇的贴身近臣不但自己被重任、延任为国司职，而且他的子弟多人被任命为国司。如“宠臣”高阶为章不但本人频任越后、但马、加贺、丹波等大国国守，而且他的儿子仲章、宗章、雅章、时章四人分别被任命为大国的藏人职。
受领者们为了博得上皇的信任和重用，常常会应上皇的所好、所求，从经济上予以支持和响应。白河上皇生活奢侈，又笃信佛法，常常动议建筑宫室和寺院堂塔，受领层就积极地出资响应。
院政与摄政、关白相比，本质上并无根本的区别。不同的则是控制天皇的人，已不是外戚，而是太上天皇，即“政出睿虑，全不依相门”
。过去摄关家政所是国家政治中心，现在却转到太上天皇的政所——院厅。过去摄关家政所所发布的“政所下文”“御教书”“长者宣”似同圣旨，而现在则是院厅的“院下文”“院宣”具有最高的权威性。在院与朝廷并存的情况下，摄关虽然权力旁落，但并不甘心权力的完全丧失，因此，摄关与院政方面争权夺利之事始终不断。据《愚管抄》记载，堀河天皇成人之后，虽然有能力处理政事，但白河太上天皇和关白藤原师实都对天皇施加影响。
在院政的干预下，首先在天皇周边削弱摄关藤原氏势力。据载，1093年（宽治七）十二月和1102年（康和四），朝廷重臣的人选有重大改变，即源氏出身者多人进入公卿行列。“大纳言五人之中，三人已源氏，六卫府督五人已源氏，七辨之中四人也。”
“近代公卿廿四人，源氏之人过半欤”。对于源氏势力在朝廷中的急剧增长，使藤原氏甚为害怕（“为藤氏甚有惧之故欤”）。
院政与摄关斗争的最核心焦点是皇位继嗣的决定，摄关时代，皇位的存续决定大权在外戚藤原氏手中。院政成立后，太上天皇则主导天皇的去留及继嗣的人选。堀河天皇没有子嗣，因此，其后的继位人选，成为摄关和院政双方关心的重点。堀河天皇身患重病时，关白和朝臣为防不测，赶忙商定继位者人选。此时，已削发为僧的白河上皇获知朝廷重臣们的动向，立即明确宣布说：自己虽出家为僧，但并未受戒和取得法名，假若天皇有不讳之事，自己将再度即位。白河上皇的这一表态给关白和朝廷重臣们当头一棒喝。
除皇位和继嗣外，院政方面对朝廷和摄关进行多方面的抑制，两者的对立日趋严重。1094年（嘉保元）三月，僧侣庆增曾经公开预言，“近则三个月，远则三年，天下将有谋反，或有剥夺皇后位者。”
同年（宽治八）八月，发生亲天皇的三河守源惟清一诅咒太上天皇事件。1100年（康和二）五月，发生天皇乳母系的女官、武士遭受院政方面取缔事件。堀河天皇为此郁闷、愤恨多日。1095年（嘉保二），延历寺僧侣“行五坛法，奉咒诅国家（指天皇）”
。1102年（康和四）十月在朝中发现一份“落书”（诽谤之类的文书，或传单），其内容有“佛法以火灭，王位以军止”的内容。尽管朝廷对此进行紧急的调查和搜索，但终无结果。
院政对朝廷的控制和打压，引起了朝廷方面官僚贵族的愤恨，以至关白藤原师通声言：“完全没有必要到已退位的天皇（指太上天皇）的宫邸去请安”
，指斥白河上皇“任意执天下之政五十七年，不拘法而行叙位、任官”
。
在院政与摄关之间的争斗中，大约11世纪末叶，摄关势力一度衰落，即1099年（康和元）正适壮年的关白藤原师通突然离世，紧接着在1102年，师通之父关白藤原师实也溘然亡故。此时能继承摄关位的藤原师通之子忠实才21岁，白河上皇利用藤原师通死后的七年间摄关职空位这一有利形势，完全控制朝政。日常政务等“小事”由天皇施行，而重要的“国家大事”则由上皇掌控。1107年（嘉承二）堀河天皇急逝，鸟羽天皇即位。特别值得注意的是，鸟羽天皇即位不是采取前天皇让位的形式，而是以上皇诏书的形式加以实现。与鸟羽天皇即位同时，藤原忠实也受上皇诏书之命，担任摄政。用忠实自己的话说，“摄政者天子（指太上天皇）所授”
。这种受制于院政担任摄政职，藤原忠实并不是心甘情愿的，因此对太上皇的指使，常常采取对抗态度。白河上皇曾要求藤原忠实的女儿泰子入鸟羽天皇的后宫，忠实拒绝，为此受到太上皇的呵斥，被停止内览，忠实近侧的法胜寺僧、律师经贤等四人也因此被解僧职，最终只得辞去关白职，退隐宇治。
其实，拒绝泰子入鸟羽天皇的后宫，并不是藤原忠实的真实心意，只不过是出于对白河上皇的反抗而已。白河上皇也深知藤原忠实的真实心意，因此在弥留之际，遗言禁止泰子入内。然而，白河上皇死后，鸟羽天皇让位开设院政，重用藤原忠实之子忠通为关白，并为院厅文书内览。忠实之女泰子以院女御入院后宫，以太上皇夫人身份册立为后妃。藤原氏摄关势力因此而重振。严格意义上说，鸟羽院政是院政与摄关家的结合体，藤原氏一族既是朝廷的摄关，又是院的近臣。继藤原忠通受到重用后，其弟藤原赖长也受到院厅的宠用，在日本中世初期政治舞台上活跃一时。
鸟羽院政启用藤原氏，根源还在于院政与朝廷之间矛盾的延续。1107年（嘉承二）七月堀河天皇死亡，堀河天皇5岁儿子宗仁继位，是为鸟羽天皇。鸟羽虽是白河上皇之孙，但处于院政与朝廷权力争夺的旋涡中心，仍不能摆脱院厅近臣们的藐视和抑制。1108年（天仁元）鸟羽即位的第二年底，初次访问院的御所，其时院的近臣六条显季等人怠慢天皇，不予供奉。1110年（天永元）七月，据史籍记载，僧侣静实等被处以流放罪，其罪名是“奉咒诅公家（指天皇），埋压物于藤杜社之故也。修理大夫显季卿亭有落书掘出之”
。在院厅近臣六条显季、亭掘出、僧静实等人的诅咒天皇的“落书”，说明此事与院厅方面有关。只是由于实物为证，僧静实等人承罪远流。1113年（永久元），在院御所又发现高僧仁宽等人的“落书”，“欲危国家”（指天皇），仁宽等人被处以流放罪。
对院厅方面屡屡藐视朝廷的行为，引发鸟羽为核心的朝廷朝臣们的抱怨，1110年（天永元）三月大雪，寒风酷甚，朝臣们皆说这是院政“苛政甚之故也”
。
鸟羽天皇除受到院方的藐视、排挤之外，还与白河上皇之间有过夺爱之恨。白河上皇好色是有名的，在其晚年艳爱多位女性，其中之一就是待贤门院璋子。璋子是大纳言藤原公实与堀河、鸟羽两天皇的乳母藤原光子最小的女儿，自小被白河上皇收为养女。璋子长大成为美少女。白河上皇并不满足璋子仅作为养女，是作为女儿、爱人百倍钟爱，璋子也以父亲、爱人来钦慕上皇，两人之间形成了独特的爱情关系。鸟羽天皇即位后，1117年（永久五）璋子以女御身份入鸟羽天皇后宫，不久立为中宫，鸟羽天皇对中宫也非常宠爱。可是，璋子与白河上皇原有的暧昧关系并未停止，她经常到上皇住所滞留不归。不久，璋子怀孕，生下皇子显仁亲王。显仁亲王名为鸟羽天皇的长子，实际上是白河上皇之子，所以鸟羽天皇说他是“叔父子”。为尽早扶植显仁亲王，白河上皇于1123年（保安四）命令鸟羽天皇让位，年仅5岁的显仁亲王继位，是为崇德天皇。出于对白河院政的怨恨，鸟羽院政不可能重用白河院的近臣，自然会寻求白河院政以外的政治力量，藤原氏被重新启用的根由就在于此。在藤原氏的影响下，鸟羽院政的政策显然异于后三条、白河两院政时期的政策，尤其是庄园政策采取了截然相反的举措。
院政期间的重要治政之策之一，就是对庄园的整顿和管理。庄园是在律令制时代的公田公民土地制度衰弱之后，获得发展的私有大土地制度。8世纪时主要在畿内及其周边地区获得发展，但9世纪后，由于中央贵族与地方豪强的结合，地方豪强进入了庄园的管理，庄园便以全国性的规模拓展。不论是开垦地、购买兼并地，抑或寄进地等构成的庄园，一般每年都要向国库输纳年贡，所以，虽然公田公民瓦解了，但朝廷的财政收入依然有保障。初期具有不纳租税特权的庄园仅限寺田、神田。但随着庄园的扩大和发展，王公、贵族利用自己的地位和权力，以各种借口请求朝廷给予他们的庄园以不纳租的特权。这种要求被承认后，由太政官发给“太政官符”，由民部省发给“民部省符”，确认其庄园可以不输租税或者免除杂役。这种正式官符批准手续，被称为“立券庄号”，其庄园称为“官省符庄”。
“官省符庄”可以免除的租税和杂役，只限于官省符发布当时的庄园已耕地，并不包括此后扩展的新垦耕地，为了新垦地也变为不输租地，有必要取得其合法性证明。平安中期以后，由于中央政府对地方控制的衰弱，地方国司权力却日趋增大，因此，地方上的庄园主不得不与国司勾结，从国衙那里取得新垦地不输租的特权。由国衙发出承认不输租特权的文书，称为“国司免判”或“国判”。9世纪中叶至10世纪间，不输租庄园迅速增加。
后来，庄园除不输租特权外，还拥有拒绝国家派遣的检田使、国衙官吏等进入庄园，排除国家行政机关对庄园事务干预的“不入权”。拥有不输租和“不入权”的庄园，统称为“不输不入权庄园”。这种庄园的发展给中央政府的直接影响是多方面的，其中最严重的影响就是国家财政收入的减少，每当“收纳之时，蓄谷私宅，不运官仓”，致使“赋税难济”
。当时庄园迅速发展的主要方式之一，就是大批地方豪族拥有的私有土地寄进中央权门势家、寺院、神社名下，名义上土地归属中央权门势家和寺社，实际自己作为“代理人”，依然掌握土地经营实权。进入11世纪后，庄园遍布全国，其数之多，达到“诸国庄园溢满”“被立无隙”的程度。
朝廷面对庄园迅猛发展及其危及国家财政收入的威胁深为不安，惊叹“八埏之地有限，百王之运无穷，若削有限之壤，常奉无穷之运，则后代百姓可得而耕乎”。
为抑制非法庄园，自10世纪初，朝廷就开始对庄园进行整顿。首次整顿是醍醐天皇时实行的，史称“延喜（庄园）整理”。朝廷于延喜二年（902）三月十二日发布了“庄园整理令”，宣布除内膳司领有的“御厨”外，其他的“厨”，不论是朝廷的还是王公贵族私有的，一律取消。次日又发布整理令，主要内容有三：第一，禁止诸院、诸宫及王公家占有山川薮泽和私占公私田地，其所占田地归还原主。第二，禁止百姓“以田地舍宅卖寄权贵”，违法者不论身份高低，处以鞭杖六十。第三，禁止购买百姓田宅，并侵占闲地荒田，不许谋取百姓私宅，擅立庄园，不从此令者，按违敕罪论处。在严禁新庄园建立的同时，政府还同时申明：“原来相传为庄家，券契分明，无妨国务者，不在此限。”
继“延喜（庄园）整理令”之后的第二次庄园整顿，是在宽德二年（1045）朝廷颁官符于五畿七道诸国，进一步明确规定：凡前任国司任期中建立的新庄园及其后建立的新庄园，一律停止。如不实行，国司革除现职，永不叙用，百姓则处以重罪。由官符内容可知，此次禁令是针对当时“盛行依据国判而成立新庄园的状态”，政府企图通过整顿，“防止那种由国司自由裁断而形成的不合法的新立庄园”
。
宽德庄园整顿是从1045年（宽德二）开始的，宣布停止新立庄园。这次整顿虽然成果不多，但是，以此为始的11世纪40年代成为地方行政、征税体系重要的转折期。由于新开发领域的确认，新开田以“别符”“保”的名称，编入国衙统治范围，改变了传统的单一的郡、乡制称谓。为了抑制国司们的恣意掠夺，中央制定了每段土地交纳三斗为基本的“官物率法”。由于“官物率法”的实施，一直施用的租、调名称渐次消失，新称之为“官物”，同时，用“杂公事”“杂事”称谓代替“临时杂役”之称。上述一系列的变化，地方豪族等在地领主的支配得到公认，他们或与权势结托，或与国司勾结，竞相开垦荒废田，新立庄园更进一步增加。
面对庄园的新发展，朝廷又于天喜三年（1055）再次命令五畿七道诸国，宣布“禁止宽德二年以后新立庄园”，若有好立庄园者，则勘录详情，召进其身；国司如果忘却禁令，无心勘行，则解除现职，永不叙用。值得注意的是，这次禁令把禁止新立庄园的时间规定在“宽德二年以后”，这就是说，实际上是对延喜二年以来长达一百五十三年间新立庄园的承认。
新的庄园整理运动，是延久元年（1069）由后三条天皇推行的。关于后三条天皇的“延久（庄园）整理令”发布的具体时间有二说：一说是延久元年的二月二十三日，其根据是《扶桑略记》《百炼抄》的记载；一说是同年三月二十三日，根据是《东南院文书》中闰十月十一日“伊贺国司厅宣”的内容所载。
从禁令内容看，虽然基本内容相同，但具体文句却略有不同，因此，似可以认识朝廷为强调此次庄园整理的决心，先后由二月、三月两次发布了整理令。禁令一再强调的内容，即庄园整理的对象一是宽德二年（1045）以后建立的新庄园；二是宽德二年以前的庄园，凡券契不明、有妨国务者也在严禁之列；三是庄园拥有者应尽速将庄园的有效公验文件（太政官符、民部省符、国判）交于政府审查，“不可延怠”。在发布庄园整理令的同时，宣布在中央设置专事审查各庄园券契的“记录庄园券契所”（简称“记录所”）。记录所由上卿、弁、寄人等官吏构成，大多是天皇近侧的大臣，如任“上卿”一职的是源经长、源隆俊，任“弁”职的是大江匡房。后三条天皇通过近臣，掌握了庄园整理大权。
庄园清理的程序基本上是庄园主上交有关券契资料，由记录所审理券契资料（“延久记录所者，被下庄园券契，勘文书伪许也”）
，做出合法和非合法的书面审理意见，上奏后三条天皇，并在“御定前”会议上经公卿议定，由后三条天皇最终裁定。如此严格的程序，非法庄园，即“券契不明”“有妨国务”的庄园很难侥幸过关。严格的审查抑制了大寺院、大神社和权门势家非法兼并土地、滥立庄园的行为。如大神社石清水八幡神宫向“记录所”提供了三十四处庄园文书，结果裁定合法的只有二十一处，不合法的为十三处。
后三条天皇设置“记录所”是吸取延喜、宽德、天喜三次庄园整顿的经验而建立。在上述三次庄园清理过程中，清理事务主要是依靠各地的国司进行的。国司在任职初期，比较积极地推行整顿政策，通过没收非法庄园，可以壮大自己的经济实力。所以，很多时候，不等中央发布禁止新立庄园令下达，地方国司就积极主动地上书中央，要求下达给予停止设置庄园权的官符，如1065年（治历元）越中国国司、1087年（宽治元）美浓国国司、1119年（元永二）伊贺国国司、1127年（大治二）淡路国国司等都提出这样的要求。但当国司任职的中、后期，大多国司已积聚了相当的实力，他们希望任期满后，能继续留在任地，成为该地有势力的庄园主。因此，他们觉得与其积极推行庄园整顿而招致权门势家的反目，不如迎合权门势家更为有利。于是当初那种取缔非法庄园的积极性消失，而且违背朝廷命令，私自重新承认那些已被取缔的庄园，发给“国判”，历次庄园整顿收效甚微的原因就在于此。
后三条天皇的“延久庄园整顿”，从总体上看，是历次庄园整顿运动中最有成效的一次。经过整顿，首先没收了一批非合法庄园。其次确认必须具备以下条件之一者才被认定为“合法庄园”：一是有官省符者。二是有可取代官省符的国司、郡司“免判”者。三是原在宫、寺领域的四至范围内，作为惯例而承认其不输租者。对符合上述条件之一者，朝廷重新赐予太政官符，并注明庄园的四至，树立标界。
“延久庄园整顿”在一定程度上理清了现有庄园合法与非合法的界限，另一方面将非合法庄园收公，作为敕旨田纳入皇室领地。在延久整顿中特别值得注意的事，就是对地方国司、郡司出具的庄园文书，即“免判”（国判、郡判）予以认可，承认具有与太政官符、民部省符同等法律效力。正是由于国司的“免判”（国判、郡判）作用的提高，促使国司的不法行为的加剧，助长了根据国司免判而新立庄园纷纷出现的倾向。
在“延久庄园整顿”过程中，也受到权贵势家为首的庄园领主们的抵制和反对。藤原赖通公然为券契不明、手续不正当辩护，力图说明自己拥有的所有庄园是合理的。东大寺的态度也十分强硬，虽然政府一再催促其上交文书，但一再拖延提交庄园资料。权贵势家、大神社、大寺院的不配合态度，给整顿政策的执行造成诸多困难。后来，朝廷也不得不屈服于权贵势家，专门下文，规定关白藤原赖通的庄园可免交券契文书。对国司“免判”的认可和对权贵势家庄园的让步，都为日后新庄园的继续建立造成了深刻的影响。
前已叙及，1086年开始的白河院政，是以受领层为社会基础的，因此，作为受领层关心的庄园问题，必然成为院政的重要举措。白河院政的庄园政策，严格地说是后三条天皇政策的继续。白河天皇继位后的第三年，即1075年（承保二）闰四月二十三日，宣旨五畿七道诸国，停止宽德二年以后的新立庄园。这一禁令是否予以实行，没有资料可证。从白河院政建立后，宽治年间（1087—1093）“庄园事，被立无隙”“诸国庄园溢满”的情况看，显然白河的“承保庄园整顿”未能很好地执行。关于“庄园溢满”的具体情况，可以纪伊国为例，1106年（嘉承元）时，“当国者管七个郡也。所谓伊都、那河（贺）、名草、海郡（部）、在（有）田、日高、牟娄等是也。至于牟娄、日高、海郡、在田、伊都、那河六个郡者，每郡十分之八九已为庄领，公田不几，仅所残只名草一郡许也。”
白河院政对庄园整顿一事，其心情是十分矛盾的。这种矛盾的心境来自延久庄园整顿以来，新成立的庄园，除了权贵势家、大神社、大寺院大量扩展，还有相当数目的庄园是国司们利用权力私自建立的。关白藤原赖通在谈及院宣所说的“诸国庄园溢满”的原因时曾一针见血地指出：“其事如何？国司密密皆实所被立也，嘲弄无极。”
也就是说，以广大受领层（以国司为主体）为政治基础的白河院政，提出停止新立庄园这一政策本身就陷入了自我矛盾的境地。虽然，白河院政对于国司们“密密”建立的庄园不能忍痛进行清理，但对于神社、佛寺、院宫诸家的非法庄园的清理，态度则是相当坚决的。典型的事例是1119年（元永二）二月，白河上皇派遣庄园记录所的上卿中御门宗忠到关白藤原忠实家，让忠实停止在上野国领有的五千町步面积的庄园。藤原忠实通过上野国国司呈文解释说，关白在上野国内设置的庄园，原是供奉斋院禊祭料红花的土地，并非不合法庄园。对此，院政认为虽然原是斋院禊祭料红花的供给地，但一国之内，庄园面积达到五千町步也是甚为不宜的，最后藤原忠实只得“遵从院意”停止了上野国的庄园。白河院政对受领层庄园的偏袒，以及对藤原氏为代表的权贵势家庄园严格要求，引起权贵势家的不满可以想象。1129年（大治四）七月，白河上皇亡故，长期受到白河院政压制的鸟羽院政立即在摄关藤原氏的支持下，采取与白河院政不同的政治、经济政策。首先，鸟羽院政重用藤原氏，使摄关与院政之间的关系从对立转为融洽。其次在经济方面，采取放弃庄园整顿政策，不但发放大量的“院厅牒”，恢复和扶植大神社、大寺院及权贵势家的庄园扩展，而且也积极地积聚院自身的庄园，最终成为最大的庄园领主。