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随着律令制时代公地公民制的瓦解，庄园制的发展，国家直接支配土地的急剧减少，严重影响了国家的财政收入。中央财政收入的减少，直接受到影响的是京官，他们的生活大不如前。与此相反，补任的以国司为中心的地方官吏，却经济丰实。朝廷为了稳定中央财政收入和缓解京官的经济拮据，推行了京官兼任国司职的措施。被委任为兼任国司的京官，最终出现了两种情况：一是被任命为兼任国司后，本人并不到任地去具体管理政务，仍然居住在京城，任地的事务则派遣代理人（目代）前去主管和处理。这种不亲自赴任地的兼任国司称为“遥任国司”，他们通过文书（厅宣）向目代和国衙官吏（在厅官人）传达指令。二是任命为国司的京官亲赴任地管理政务，称为“受领”。前一种形式，名义上“遥任国司”为一国之主，而实际权力掌握在目代和在厅官人手中。后一种形式，受领亲掌大权，“受领”者日后大多成为地方的实力派。
“遥任国司”和“受领”的出现是国司及地方官吏职责的质变。律令体制下的国司作为一国之首掌管一国的全面事务，包括管理祠社、户口、簿账、字养百姓、劝课农桑、纠察所部、贡举、孝义、田宅、良贱、诉讼、租调、仓廪、徭役、兵士等等，直接对朝廷负责。然而，现在的国司，与其说是朝廷任命的地方民政官吏，莫如说是国家赋税的承包人。他们对朝廷的责任，主要是每年缴纳一定的赋税。因此，他们所关心的不是如何平安民间、劝课农桑、百姓盈实，而是不择手段地搜刮民财，变公为私，成为地方豪富。试举两例：一是一个曾担任过美作、丹波、伊予、但马等地国守职，名叫源章任的人，据史籍记载，他“吏于四个国，家大豪富，财货盈藏，米谷敷地，庄园家地，布满天下”
。二是曾任大宰府大弍的藤原惟宪。他从大宰府返归京城时，其随身所带之物，据载，“珍宝不知其数”，“九国二岛物，扫底夺取。唐物又同”。大宰府是朝廷管理九州地区的官衙，既管理民政、兵役，又管理外交和贸易通商。大弍一职是协助大帅的二等官，正五位。其所掠财货除九州地区的珍贵宝物，尚有从中国输入的物品。“扫底夺取”四字，形象地刻画了地方官吏对民脂民膏的贪婪和劫掠。对此，当时就有人感叹曰：“已似忘耻，近代以富人为贤者。”
地方官吏不事政务，唯以掠财肥己为重之风，使地方政治急速质变。地方官吏以厚实的财富为基础，对朝廷阳奉阴违，逐渐形成了可以与中央贵族相抗衡的政治力量。在这一过程中，地方政治结构也发生变化，即权力向国司集中的同时，其他官员逐渐部属化，而且不像过去那样要求其具有优秀的行政能力，能否通过各种方式完成税收是“良吏”的标准，并成为破格录用及升迁的条件。另一方面，为防止部属与郡司、地方富豪相互勾结，告发或反抗自己，国司或者将自己的亲属、随从组成私人官吏集团，或者让领国内的富豪阶层从事收税等政务。与此同时，富豪们通过高利贷及土地经营将普通农民隶属化，不仅使他们承包了各种租税杂役，而且成为国司统治地方的社会基础，逐渐出现了“地域社会体制”或“在地领主体制”的雏形。
然而，朝野官吏的腐败，激化了阶层之间的矛盾，导致社会动荡不安。在10世纪至11世纪前叶，对以国司为首的地方官吏的违法乱纪行为，百姓频繁上京向朝廷直诉。如988年（永延二）十二月，尾张国八个郡的郡司、百姓集体到京都上诉，控告国司藤原元命的暴政。诉状所列罪名共有三十一条，主要是揭露藤原元命任职三年间，在法定的租税、进调之外，任意加征租税、庸调和利息，侵吞下级官吏俸禄，扣留百姓、僧尼救济费以及其所属子弟、郎从等胡作非为之事。
类似的直诉事件多达数十起，涉及地域包括越前、淡路、大和、因幡、近江、加贺、越中、伊势、长门、丹波、能登、备前、但马、和泉等地。
在百姓频繁直诉的同时，各地“盗贼”蜂起。所谓“盗贼”皆是因天灾、病疫以及遭受官吏剥削而失去生活条件的农民、渔民、流浪者等。陆地“盗贼”以关东地区最盛，据记载，895年（宽平七）二月，“坂东群盗发向，其内信乃（浓）、甲斐、武藏尤有其害”
。又据《扶桑略记》宽平元年四月条载：“东国强盗首物部氏永等发起，追捕之间，已及昌泰。”宽平元年为西历889年，昌泰年间为898—901年间。这就是说，以物部氏永为首的反抗斗争，持续了十余年之久。“群盗”活动，不仅广及各地方，而且也渗入京都。他们打富济贫，使京中官僚贵族颇为惊恐。据载，923年（延长元）三月四日，因为入京“盗贼”射杀前安艺守伴忠行，京中大臣等官吏，集议“搜捕京中群盗之事”。进入京都的民众甚至还火烧皇宫、摄关家、遥任国司等官僚贵族的邸宅。
在海上，则以濑户内海的渔民和沿岸民众为主体，展开了阻塞海路、劫掠官物的反抗活动。据文献载：“南海道贼船千余艘，浮于海上，强取官物，杀害人命，仍上下往来人物不通。”
领导千余艘“贼船”的是小野氏彦、纪秋茂、津时成等人。从表面上看，海陆的反抗运动，是各自孤立、分散的，相互之间似乎没有联系，但实际上是相互呼应、相互支持的。据载，10世纪初，在关东地区的上野、相模等地还活跃着名为“僦马之党”的反抗群体：“右得上野国解称，此国顷年强盗蜂起，侵害尤甚。静寻由绪，皆出僦马之党也。何者，坂东诸国富豪之辈，啻以驮运物。其驮所出，皆缘掠夺。盗山道之驮以就海道，掠海道之马以赴山道。爰依一匹之驽，害百姓之命，遂结群党，既成凶贼。”
“僦马”即为“雇马”之意，“僦马之党”即是以运输为生的劳动群体。在现实生活中，他们一边受雇运输“富豪之辈”搜刮的财物，一边却看到广大百姓的民不聊生。出于对腐败官吏的痛恨，他们利用自己的职业特点，“遂结群党”，劫掠“诸国富豪之辈”装满货物的马匹。“盗山道之驮以就海道，掠海道之马以赴山道”，表明海上和陆上反抗活动相互联系。“僦马之党”活跃的地方正是连通朝廷与关东八国的交通要道，即东山道和东海道的运输线。而“海贼”活跃的地区是朝廷与西部诸国联系的要道——濑户内海。
在强盗队伍中，除庶民百姓外，有不少人是“坂东诸国富豪之辈”。因为国司经常对部署、郡司、富豪提出无理要求，引起他们的仇恨并起而反抗，例如883年（元庆七）筑后守都御酉被射杀。
又据《政事要略》记载，10世纪中叶在九州大宰府范围内也有武装的“党类”存在：“而今如闻者，游荡放纵之辈，不必国司子弟，妄假威权，多成党类练兵器，聚养人马，或托言田猎，或寄事负债，威却郡司，压略民庶，凌辱妻子，夺掠牛马，以彼产业为己利润。昨为徒步单衣之辈，今率肥马轻裘之身。是养暴狂，称聚勇敢，蔑侮官吏，侵渔细民，时俗染化，稍为土风，田亩荒芜，赋税虚耗，国敝民亡，莫不由斯。”
对于各地日渐壮大的民众反抗，朝廷甚为焦虑不安，不断地发布敕令，责令各地加强防范和镇压。933年（承平三）十二月，因“西国海贼”不屈服，向各国派遣警固使。934年（承平四）五月，遣使山阳南海地区十国的十七处神社，敬奉币帛，祈求镇压“海贼”。七月，派兵库允在原相安，“率诸家兵士并武藏兵士等，发向追捕海贼之所。”
朝廷的所有镇压手段，并未能平息民众的反抗，而且形势更趋严重。936年（承平六）六月，朝廷任命纪朝臣淑人为伊予国大介，兼行追捕“海贼”事。朝廷企望纪朝臣淑人以伊予国为基点，一并平息濑户内海的民众反抗活动。纪朝臣淑人到任后，实行怀柔政策。首先招安了“海贼”首小野氏彦、纪秋茂等三十余人，并应诺凡降伏者均给予衣食，“班给田畴，下行种子，就耕教农”，怀柔政策收到了一时的效果，“民烟渐静，郡国兴复”
。被招安的“海贼”，虽在陆地上得到政府颁赐的田畴、种子，并受到耕种技术的传授，政府也可以收到一时的效果，但谁能保证惯于海上生活的渔民能安于陆上生活呢？更何况即使他们安于农耕生活，仍不能逃出繁重的赋税、徭役的牢笼。事实表明，此后的“海贼”活动并未停息，依然不断。
社会不稳除民众反抗不断增加的苛捐杂税，也存在其他几个因素。首先是庄园武装的出现。随着庄园的发展，庄园的矛盾也日渐增多。为了不断扩大领地，庄园主常常派自己的庄民武装侵犯邻近的其他庄园。被侵犯者为了保卫自己的领地，也以武装庄民进行抵制，双方因此争斗不断。开始时，被武装的庄民以农为主，以武为辅，平时从农，战时从戎。后来逐渐地以武为主，完全脱离农业，成为庄园武装力量。
其次是寺院僧兵的活跃。10世纪末，随着寺院庄园的扩展，以延历寺、园城寺、天福寺、东大寺为代表的寺院势力极为强盛。一般情况下，这些寺院都养有数千僧侣和俗人。为保护散于全国的寺领庄园的利益，出现以下级僧侣为主的武装化。这些武装化了的僧侣，专事寺领防卫，故称之为僧兵。他们不但在寺院之间的争斗中，冲锋陷阵，互相袭击，焚烧寺院，而且常常抬着神舆、神木，武装上京告状，迫使中央应允他们的种种要求。至11世纪中叶，僧兵以南都的兴福寺、北岭的延历寺最强。兴福、延历两寺，由于教理不合（兴福寺为法相宗，延历寺为天台宗）不断发生武装格斗。据《石清水文书》记载：“顷年以来，神人以滥恶为先，缁侣以贪婪为本，或押领公私田地，或掠取上下财物，不论京畿，不嫌边陲，结党成群，填城溢郭，不啻灭亡人民。（中略）方今兴福、延历等两所，互成诉讼，趋涉纵横，物无禁止，不畏皇宪，各施威猛，只企战斗。”
两寺最严重的一次大规模冲突发生在1113年（永久元）的闰三月至五月间，白河院政任命天台宗出身的圆势和尚为兴福寺属下的清水寺的别当。兴福寺为首的南都众僧认为任命不当，集体上京请愿，要求撤销对圆势的任命。中央接受请求，撤销圆势和尚的别当职，并重新任命兴福寺高僧永缘和尚为清水寺别当。获胜的南都众僧喜形于色，在返回奈良的途中毁人家，欺路人，凌辱祇园神社人员，暴行诸多。延历寺僧众极为不满，蜂拥至清水寺，毁清水寺堂舍、僧房，进而抬着祇园、北野神社的神舆上京到白河上皇的住所，诉说兴福寺的暴行。兴福寺也上诉中央，指责捣毁清水寺堂舍、僧房者，要求惩办凶手，并扬言要征集南都七大寺僧众，准备与延历寺会战。听此消息的延历寺系统，也准备集3000僧兵上京。朝廷对僧侣轻视朝廷之威的行动，十分不安，遂向兴福、延历两寺宣敕禁止上京。僧徒不听，四月底，延历寺僧兵进入京都，集于祇园，同时兴福寺僧兵也向京都进发。朝廷紧急命令检非违使平正盛等率官兵在中途阻止兴福寺僧兵进入京都。五月一日，延历寺僧兵见兴福寺僧兵被官兵所退，也撤回北岭。一场血腥的械斗也得以避免。白河院政虽然对于僧兵采取强硬政策，但是僧兵势力一直不衰。在日后平氏势力与院政势力对立时，南都北岭的僧徒还曾巧妙地利用院政与武士的对立，企图左右政治。
从语义上讲，大约10世纪以后，以作战为职业的“兵（つわもの）”、以武力服务官衙的“武士（もののふ）”、保护达官贵人的“侍（さむらい）”逐渐合流，成为后来的武士阶层。“武士”一词最早出现在《续日本纪》养老五年（721）正月二十七日条，“诏曰文人武士国家之重”。尽管这里的“武士”是与文官相对的武官，同时也是指近畿地区的豪族成员成为朝廷武官，以武艺为贵族提供服务；“兵”大多是地方庄园武装势力，擅长骑马射箭，以家族为单位相互作战，有时也反抗国司的统治，是最初的基层武士团；“侍”大多是平将门及藤原纯友叛乱后，朝廷与贵族看到地方武士的实力，纷纷将其聘用为护卫。
准确地讲，武士是随着中央集权的律令体制的瓦解而产生的职业军人。律令体制下军制的核心为军团制，地方每三到四个郡设一个军团，全日本大约有140个，每个军团约1000人规模，服兵役民众分属各个军团。接受训练的士兵到京城卫府做卫士一年，担任宫城和京城的警备，到九州大宰府做防人三年，担任九州沿海地区的防卫。由于律令农民的贫穷化，战斗力渐趋低下，加上军团首领、国司怠于训练，而且外来压力也逐渐减弱，致使征兵式的军团制在8世纪末陷于解体之境。作为地方军团的替代，朝廷于792年（延历十一）六月发布太政官符：“奉敕，今诸国兵士，除边要地之外，皆从停废，其兵库、铃藏及国府等类，宜差健儿以充守卫，宜简差郡司子弟作番令守。”
在所谓的健儿制下，健儿的人数根据地域的大小规定，大国200人，中国约100—150人，小国在100人以下，或50人，或30人等，均为郡司或富裕的子弟，善于骑射，担任国衙的警备，维护地方治安。国衙设立健儿所加以管理，专设健儿田以提供财政。同时在九州组织1320人的选士，在东北地方组织2000人的健士，作为国防的军事力量。但因建造宫殿及征夷等的巨额费用，健儿制等军制均未取得较好效果。
进入9世纪后，边要之地的兵士也因贫穷和国司等将兵士作为役夫，难以胜任边境的防卫。826年（天长三），朝廷接受大宰府建议，发布太政官符，宣布废兵士、停军役，选拔“弓马之士”防卫边要。“得大宰府奏状称：兵士名备防御，实是役夫，其穷困之体令人忧烦，屡下严敕禁制他役，时代既久，曾无遵行。（中略）臣等商量解却兵士，停废军役，更择富饶游手之儿，名曰选士。（中略）此间民俗甚远弓马。但丰后国大野，直入西郡，出骑猎之儿，于兵为要。（中略）。然则田园归耒耜之夫，城府来弓马之士。”
另一方面，由于健儿人数有限，健儿所经常组织地方武士参与治安甚至军事活动。在律令体制下，追捕逃亡或盗窃的罪犯通常由国司、郡司报告太政官后命令“人夫”（非武装人员）进行，如果罪犯逃到其他国，则由太政官颁发“太政官符”给逃往对象各国加以追捕；如果是军事性镇压的“盗匪”“叛乱”，则需上书天皇获得“发兵敕符”，发动武装追捕人员进行镇压，但发兵人数有严格限制。这种在9世纪出现的“临时发兵制”已经超越军团制和健儿制的权限范畴，而且在这一过程中，国司军事权力逐渐扩大。首先是可以积极扩大发兵的对象并成为忠诚于自己的武装力量，因为当地富豪阶层中的武士或者降服的虾夷俘虏成为兵员可以免除课税徭役且有报酬；其次国司可以获得判断是“逃亡”还是“叛乱”的裁决权，由此扩大解释镇压的对象而获得派兵权；另外还可以增加专门的职位强化武装力量，例如“讨贼使”“押领使”“追捕使”等。
与此同时，律令体制下京城警备组织有令外官的左右近卫府、令制官的左右卫士府（811年改为左右卫门府）及左右兵卫府，大约有2800人的兵力。810年“药子之变”后，在左右卫门府内设置“检非违使”，担当京城警备、防盗、追捕违法者等警察职能。824年，该机构独立，职权增强，活动范围也逐渐扩大到救济、地方追捕等领域，从而吸收地方武士为成员。作为令外官，“检非违使”由天皇直接任命，既是武士十分向往的职位，又为武士参与中央政治提供了途径。
9世纪末10世纪初，包括税制改革在内的地方制度改革大大加强了受领的权力，因而引起各种势力的激烈反抗，各地均爆发了大规模的骚乱。例如889年（宽平元）爆发了前所未有的横跨信浓、上野、甲斐和武藏等地的盗匪骚乱，虽然匪首在900年（昌泰三）被捕，但骚乱仍然持续，并发展为901年（延喜元）“延喜东国之乱”。在镇压这些骚乱的过程中，虽然中央政府很少颁发“发兵敕符”，多为“追捕官符”，但“受领”获得军事镇压权力和发兵裁量权，不仅将家族成员也纳入受领支配体制，同时动员众多当地的武士担任“押领使”等重要军事职务参与平息骚乱，从而形成了“国衙军制”。在平息931年（承平元）到936年（承平六）的“承平南海盗匪”过程中，西日本也采取了类似的军制改革，武士作为一个群体登上历史舞台。特别是在平息史称“天庆之乱”的平将门、藤原纯友叛乱过程中，担任“押领使”等职位的高级武士及其指挥下的地方武士作为政府军发挥了重要作用，平息骚乱后得到朝廷的很高奖赏，不仅获得五位（本来应为六位）贵族等级爵位，而且获得的检非违使、押领使、追捕使、受领等也成为常设官职，在成为贵族式武士的同时，以“在厅官人”身份进入国衙机构，从而成为武士阶层的重要成员。同时武士也成为职业军人，按照血缘主从关系结成武士团，即按照族长、儿子、家人、下人、随从的顺序组成军事组织。族长为武士团的首领，儿子、家人是武士，下人、随从是侍奉武士的农民。
在上述背景下，在厅官吏也逐渐武士化。国司是文官，不是武官，所以他们的从者不是兵士，原则上也不允许带剑。但由于地方治安状况的恶劣，在厅官吏到各地巡行检查时，常常会受到对抗和袭击。地方“恶”势力“或拒悍公事，或忽结私怨，往往所侵也”，甚至杀害在厅官吏。为国衙全领域的安定以及自身的安全，在厅官吏要求朝廷允许他们带剑，“勘纠奸犯之辈，不带弓箭，无便追捕”
。10世纪中叶，朝廷开始允许东部地区诸国国司、郡司带剑。允许带剑只是防身的武器，尚未达到在厅官吏武官化。因而在950年（天历四）二月，下总国国司藤原朝臣曾给中央上书，请求朝廷准其兼任押领使，并给随兵。其上书的主要内容为：“右谨检案内，当国邻国司等，带押领使并给随兵，勤行公事，其例尤多。（中略）凡坂东诸国，不善之辈，横行所部、道路之间，取物害人，如此物总，日夜不绝，非施公威，何肃国土。望请天恩因准先例，不费官物，国回方略，渐以宛行。然则若有凶党之辈，且以追捕，且以言上。”
国司兼任押领使、追捕使后，中央政府给予的随兵名额是三十人。实际上，他们属下武士人数多在三十人以上。如尾张国国司藤原元命，其手下“郎从之徒，如云散满部内；屠脍之类，如蜂移住府边。”
又如常陆国的佐竹氏，也是“权威及境外，郎从满中”
。
进入11世纪以后，随着庄园势力的不断增强，国衙控制的公领受到蚕食，担任军事职务的武士作为调解者参与到其纠纷中，逐渐掌握乡司、郡司乃至国司等行政机构，而且也将庄园、公领纳入自己的控制之下，成为地方领主。与此同时，较有实力的武士以担任国司的重要职位为基础，通过婚姻扩大家族势力，将领国内的武士纳入自己主导的主从关系中，从而成为统率领国武士团的“一国栋梁”。
在武士及武士团不断扩大的过程中，中央贵族地方武士化或中央军事贵族起到关键性作用。在平安时代早期，贵族们为获得官职和领地，积极嫁女给天皇，于是皇子皇孙成群。为维持生计，赐姓降为臣籍，发放地方做官。任期届满也不回京城，开垦或圈占土地，除自己演练武艺外，更是养兵自重，后来成为地方武士团的核心力量。后面详细论述的桓武天皇曾孙高望王获姓平氏，作为上总介（今千叶县中部，介为国的副职）赴任关东，其子孙遍及关东，形成诸多小武士团，称为“坂东八平氏”。与此同时，清和天皇第六子贞纯亲王之子基经王获姓源氏，在939年作为武藏介（今埼玉县和东京都）赴任关东。
《类聚三代格》所载“顷年京贯人庶，王臣子孙，或就婚姻，或遂农商，居住外国，业同土民”
，就是揭示一部分京城贵族地方化的途径。由于有中央皇族、权贵的背景，这些人到了地方以后，聚党敛财，成为对抗地方政府的“恶”势力。891年（宽平三）九月曾发布太政官符，指责“京户子弟”在地方上的不法作为，并敕令加强对他们行为的督察：“顷年京贯人庶，王臣子孙，（中略）居住外国，业同土民。既而凶党相招，横行村里，对悍宰吏，威胁细民，非唯妨国务，抑亦伤风教。左大臣宣：奉敕，宜加下知严令督察，来年七月以前言上其去留状。若顽佷之徒，犹犯不改，则不论荫赎，移配远处。”
实际上，最初的武士且高级武士来自中央军事贵族，因为地区治安恶化或对应东北地区的少数民族，天皇政府将他们派到关东地区，例如后述的源氏、平氏等均是在9世纪末10世纪初到该地区任国司等官职，不仅负责镇压民众叛乱，而且保护物资输送和庄园经营。由于其中央贵族的身份，不仅在地方具有较高地位，对中央政府也具有较大政治影响力，在某种程度上成为院政政治的基础。例如1068年继位的后三条天皇与摄关家没有血缘关系，于是通过整顿庄园打击藤原氏，实现天皇亲政。为保证法令顺利实施，自己退位作为上皇，另辟院厅处理政务，开院政政治先河。后面的几位天皇照葫芦画瓢，亲自执政，其力量基础就是设置北面武士和武者所等机构，任命源、平武士团为护卫。
除平息大规模叛乱之外，即使在追捕杀害政府官员的“凶党”过程中立有功劳的武士也会得到奖赏，不仅得到爵位和官职，也可以获得被没收的“凶党”集团成员的土地，同时获得开垦土地的权利，其土地上形成的庄园在得到国司甚至天皇的认可后变成私人领地。但在11世纪末12世纪初，围绕私人领地的所有权经常爆发领主之间的战事。例如1079年（承历三）相模权大夫为季与押领使景平之间发生战事，两人均是早期的开发领主；1106年（嘉承元）新罗伞郎义光、常陆平氏的平重干等与获得下野领地的源义国之间发生纠纷，称为“常陆国会战”的该战事至少持续了五年；1117年（永久五）下总守源仲政率数百兵士攻击雇用源义亲的常陆国领主，到仲政之子赖政时组织了自己的武士团，其起源是原追随仲政的武士团，等等。由于涉及私人领地上乡村实力者较多，因而战事规模较大，而且过去那种“国衙军制”也难以对应领主之间的纠纷，需要一种地域社会的新军事力量集结模式。
进入12世纪以后，为抑制关东地区领主之间的战事，在京都的高级武士，特别是源氏以天皇及摄关家族为后盾，积极调停其纠纷。1104年（长治元），追随源义家并立有战功的镰仓权五郎景正（平景正）将家族相传领地——相模国大庭御厨寄进伊势神宫，其家族招募流浪者进一步开垦，1116年（永久四）成为国守认可的庄园，但国守更替时出现混乱，1141年（永治元）成为天皇认可的特权庄园，并有确认边界的石碑，景正的子孙也担任历代的御厨司。但在1144年（天养元），与在厅官人田所目代等携手的源义朝部下联合三浦氏、中村氏、和田氏的军队侵入大庭御厨，袭击大庭景宗的住宅。实际上，该领地西部是景宗及其子景义的武士团，东部是以景亲为中心的武士团，属于同室操戈的性质，也是景亲借助在京武士源义朝势力袭击竞争者景宗的事件，但在11年后的保元之乱中，大庭景亲和大庭景义均作为源义朝的部将在京城作战。再如在下总国相马寄进庄园纠纷中，上总常澄与千叶常重争夺领有权，支持常澄的源义朝迫使常重写下认罪书，剥夺了他的领有权，但在平治之乱后的1161年（永历二）常澄与常重之子千叶常胤均被称为义朝的“长年随从”。实际上，在调解纠纷过程中，源义朝发挥了超越个别武士团利益的地域公共权力，即通过扩大庄园领地并将其分割以保障争执双方的领有权，不仅平息了领主之间的战事，而且也将双方编入自己的军事组织，从而形成了全国性的源氏武士团。
11世纪初期以后，武士势力进一步发展，无数分散的武士，逐渐地集聚在同一地区势力最强的豪族、贵族旗纛之下，形成地域性武士集团。在众多地域性武士团的首领中，势力最强者就是源氏和平氏，最终形成了源氏、平氏两大武士集团。在这一过程中，是“国衙军制”的局限性以及“追讨使”的出现。
进入11世纪以后，由于特权大神社寺院的反对，国衙基于“追捕官符”进行的追捕活动被迫撤回，甚至国司亦因追捕而获罪。“追讨使”是中央政府在“追讨宣旨”基础上派往地方镇压“盗匪”的使节，过去大多从卫府官员中选任，但1030年（长元三）源赖信被任命为镇压平忠常叛乱时不是卫府官员，是贵族武士首次担任此职，并通过镇压叛乱与当地武士结成主从关系。因为“追讨使”拥有的军事指挥权也包括“战功赏”推荐权，因而对地方武士具有很强的吸引力，例如后述源赖义在“前九年之役”使20名部将获得恩赏。但源氏军事势力过强时，院政没有认可源义家“后三年之役”的“追讨官符”请求，更没有给予恩赏，试图削弱源氏实力。与此同时，不仅平正盛被提拔为“源义亲追讨使”，而且与平忠盛连续担任“海盗追讨使”，结果形成了以平氏为首、与源氏东日本武士集团相对峙的西日本武士集团。
源氏始于814年（弘仁五），嵯峨天皇向诸皇子赐“源朝臣”氏姓。此后的天皇，即淳和、仁明、文德、清和、阳成、光孝、宇多、醍醐、朱雀、村上、冷泉、圆融、花山、三条14代也相继给自己的皇子赐源氏之姓。受赐源氏的皇子一般都离京，在自己的领地内生活、发展。在众多源氏皇子中以武家著称的是清和天皇系皇子和村上天皇系皇子。清和天皇系统的源姓皇子中以源经基一族最盛，大多为地方豪族、武士栋梁；村上天皇系统的源姓皇子中以源师房一族最盛，任朝中大臣和大将者不少。
源经基是清河天皇之孙，其父亲是清和天皇的第六皇子，所以他有“六孙王”之称。经基及其子孙，依仗皇族的身份，结托地方势力，聚势集财，成为濑户内海一带和关东地区众多武士集团中的强者。源经基历任上总介、兵部少辅、左马头及武藏、筑前、但马、伊予等国国守；其子源满仲历任武藏、摄津、越前、伊势、陆奥等国国守和镇守府将军；满仲有三子，即赖光、赖亲、赖信。赖光历任摄津、伊予、美浓等国国守；赖信历任河内、美浓、陆奥、上野、甲斐等国国守；赖亲则任大和等国国守。源赖信之子赖义曾任陆奥守和镇守府将军。
由于清和源氏雄踞地方，实力雄厚，备受上层贵族特别是摄关藤原氏的倚重。清和源氏与藤原氏的结合始于10世纪60年代，969年（安和二），藤原氏为排斥异己势力制造了“安和之变”疑案。当时，朝中核心官吏，太政大臣是藤原实赖，左大臣是源高明，右大臣是藤原实赖之侄藤原师尹。源高明是醍醐天皇的皇子，920年（延喜二十）降为臣籍，赐姓源氏，历任朝中高官，颇有势力，其女为村上天皇次子为平亲王之妃。村上天皇死后，继位者理所当然是皇太子、为平亲王之兄宪平亲王（即冷泉天皇），然而在立皇太弟问题上，藤原氏欲立为平亲王之弟守平亲王（后为圆融天皇）。藤原氏深知要实现守平亲王为皇太弟，最大的障碍是源高明和为平亲王。因此，为了计谋的实现，清除源高明、为平亲王势力乃是当务之急。就在这一背景下，发生了所谓的“安和之变”。事件的发端是藤原师尹、左马助源满仲（清河源氏）等密告中务少辅源连、橘繁延等企图谋反，拥护为平亲王。藤原师尹等以谋反罪，遣检非违使逮捕了橘繁延、僧莲茂、前相模国介藤原千晴父子，并发官符于五畿七道诸国，追讨源连、平贞节等人。源高明受牵连，最终被排挤出中央，左迁筑紫。源满仲在这件事中的作用，使清和源氏与藤原氏的关系得以巩固，为清和源氏的进一步发展奠定了基础。
清和源氏另一件扬名上层贵族的事是平息原上总国国介平忠常之乱。“平将门之乱”之后，平氏在关东发展势力，平忠常是平良文之孙，在上总、下总地区颇有势力。1028年（长元元）起兵叛乱（原因不详），首先攻入安房国，“虏领彼国”，烧死了安房守惟忠。朝廷获悉，急派追讨使平直方、中原成道率兵征讨，历经两年毫无结果，追讨使平直方、中原成道被解任。1030年（长元三）九月，朝廷委任时任甲斐国守的源赖信及“坂东诸国司”追讨平忠常。
如前所述，源赖信是源满仲之子，与兄赖光、赖亲同为侍奉摄关藤原道长的武士。源赖信被任命之后，平忠常慑于源氏的威势，不战而降。平忠常所以迅速投降，是因为在起兵叛乱以前，他与源赖信曾有过主从关系。投降后的平忠常被囚于美浓国厚见郡。五月二十八日平忠常突然“受身病”，六月六日死去。据源赖信呈中央的解文称，平忠常死后由美浓国司“实检”，验证身份，然后“斩其首”。六月十六日，“赖信朝臣枭平忠常首入京”
。源赖信因此声威大增。据《陆奥话记》载：“赖信朝臣为追讨平忠常并嫡子，在军旅间，勇决拔群，才气被世，坂东武士多乐属者。”
在追讨平忠常叛乱中，源赖信之子源赖义表现出色，名声随父的声威而广为传播。贵族和武士中，皆知赖义“性沉毅，多武略，最为将帅之器”，平忠常之乱平息后，被任命为相模国国守。“赖义朝臣威风大行，拒悍之类，皆如奴仆。而爱士好使，会坂（今滋贺县大津市）以东弓马之士，大半为门客”，势力颇盛。
11世纪中叶，陆奥地区豪强安倍忠赖、安倍赖良（又称赖时）横行陆奥之郡，“数十年之间，六个郡之内，不从国务，如忘皇威”
。“不输赋贡，无勤徭役”
。朝廷多次派军兵征讨，均无成果。永承年间（1046—1053），朝廷先派太守藤原登任、秋田城介平重成率数千兵士讨伐，但讨伐军受到安倍氏军的阻击，死者甚多，太守军大败。在征讨失败后，朝廷众臣商议继续征讨事宜，结果“众议所归，独在源朝臣赖义”，一致推举赖义为追讨将军。朝廷于1051年（永承六）任命赖义为陆奥国守，授命征讨安倍氏。1053年（天喜元）又让他兼任镇守府将军。赖义赴任，正适朝廷大赦天下，安倍赖良因此获赦，“委身归服，境内两清”。源赖义就在这样的平静安稳中渡过任期。但1056年（天喜四）安倍氏再度叛乱。同年十二月，赖义重任陆奥守，并对安倍氏实行军力征伐，由此开始有名的“前九年之役”。1057年（天喜五）七月，安倍赖良在鸟海栅战死，其子贞任继续反抗官军。在河崎栅一战中，源赖义所率官军因“风雪甚励，道路艰难，官军无食，人马共疲”而大败，战事持久。1061年（康平四），源赖义再次任满。朝廷任高阶经重为陆奥守，由于陆奥地区民众慕源赖义之威，不听高阶经重之命，不久经重归京，源赖义再次被任命为陆奥守。战事最后以安倍氏军覆灭告终，当安倍贞任、重任、经清三人首级送入京都时，全城一片欢腾，“京都为壮观，车击毂，人摩肩”
。朝廷嘉奖源赖义及其子，授赖义为正四位下伊予守，长子义家为从五位下出羽守，次子义纲为左卫门尉，源氏声誉更盛。
“后三年之役”是“前九年之役”结束后，在陆奥地区发生的又一次战乱。“前九年之役”后，清原氏一族受到朝廷的器重，委以重任，由此清原武则势力大振。1083年（永保三）武则之孙真衡与异母兄弟家衡及异母先夫之子清衡矛盾，以致武力相斗。这一年秋，源赖义之子源义家被任命为陆奥守。他到任之后，清原真衡以厚礼相迎，博得源义家的欢心，也得到了源义家的支援。后清原真衡病故，清原氏矛盾虽一时平息，但不久家衡与清衡间发生对立，互相攻伐。家衡袭击清衡的馆邸，并杀其妻眷属。清衡向源义家申诉，源义家率数千骑声援清衡，进攻家衡所在的沼栅。源义家所率官军虽包围沼栅数月，但因“遇大雪，官军失斗利及饥寒，军兵多寒死饥死”，受到重创。此时，清原家衡得到伯父清原武衡的支援，突出沼栅，退守金泽城。获知陆奥战事状况的源义家之弟义光，毅然辞官到陆奥。得到义光支援的源义家，于1087年（宽治元）十一月攻陷金泽城。武衡、家衡被斩杀，其主要郎从等48人被枭。
“后三年之役”胜利之后，源义家向朝廷请功行赏，但朝廷以此战是“私合战”“非公战”为由拒绝行赏。为此，源义家以自己的资财奖赏有功之士，更加博得众多武士之心，源氏确立了作为武士栋梁的地位，源氏武士团的组织渐趋巩固。
平氏是平安时代一部分降为臣籍的皇族的氏姓。平氏之姓始于825年（天长二），恒武天皇之孙高栋王受平朝臣之姓，889年（宽平元），桓武天皇又赐平朝臣姓予曾孙高望王。给皇族授平氏姓的天皇，尚有仁明、文德、光孝三天皇。在诸平氏的皇族中，以桓武天皇曾孙高望王一族最盛，以武士著称。
高望王受赐平氏姓之后，被任命为上总介，成为地方贵族，其子孙也在东部地区积聚力量，以开发领主、在厅官吏和庄官身份发展势力。其中以下总千叶氏、上总介平氏、相模三浦氏世袭三国国介一职，实力雄厚。如前所述，平将门叛乱之后平氏一族仍然占据关东地区，1028年（长元元）发动叛乱的平忠常臣服源氏，因此，直到11世纪末，东部地区的清和源氏经过“前九年之役”“后三年之役”势力大振，平氏仰源氏为栋梁，后来成为镰仓幕府的有力御家人。与此同时，在伊贺、伊势地区发展的伊势平氏开始接近院政，日渐受到白河上皇的器重。具体说来，平氏接近白河院是从平正盛开始的，他向白河上皇爱女媞子内亲王修建六条院佛堂，寄进伊贺国鞆田庄，时间是在1097年（承德元）。
桓武平氏在武力方面一举与清河源氏齐名是在平正盛受命镇压源义亲之后。源义亲是源义家之子，是声誉很高的武将。因随父征讨有功，封为对马守。但在任期间“杀害人民，推取公物”“滥恶千万”。大江匡房任大宰大弍时，将其恶事上告中央。中央派官使追讨，义亲之父源义家也派郎党召其回京都，但义亲拒绝，并杀死官使。1100年（康和二），中央将其配流隐岐国。义亲拒往隐岐，转至出云国。在出云国又行恶事，“杀国司家保目代，夺取官物”。中央派官使与源义家的郎党资通一起前往出云国劝召义亲，结果郎党资通叛变，与义亲一起杀死官使。1106年（嘉承元）源义家死亡，于是中央任命平正盛为追讨武将。1108（天仁元）正月，源义亲被灭，平正盛携义亲首入京，京都全城“上下车马夹道，（略）男女盈满道路，人人如狂”，义亲首级悬于狱门之前。
因平息源义亲恶行有功，平正盛迁任但马守。依《延喜式》载，国有大小，分大、上、中、下等级，但马国是上国，所以这一任命被视为“被任第一国，依殊宠者欤”
。此后，平正盛一族成为院政的武力支柱。京都治安危急之时，大多仰仗于平氏处理。12世纪初，京都不安，内有“强盗每夜不断”，外有南都北岭僧兵相斗，不时上京武装上诉。对上述问题的处置，平氏都作出了贡献。如1113年（永久元）三月名为“夏烧大夫”的盗贼潜入宫中内里御仓，盗走众多御用财物，震动皇族、宫妃。此案由平正盛之子平忠盛破获。又如同年四月，南都兴福寺僧兵与北岭延历寺僧兵相斗时，兴福寺僧兵上京。为保证京都的安全、平稳，中央派遣平正盛及“天下武者源氏、平氏辈”防御兴福寺僧兵进入京城，于宇治川一战中，平正盛及其子忠盛等表现突出。
平氏武士集团势力在12世纪30年代，在平定山阳道、南海道、濑户内海地区海贼中拓展了自己在西部日本的势力范围。平氏在西部日本的声誉早在1119年（元永二）平正盛受命追捕恶淫满贯的肥前国藤津庄庄司平直澄时已树立武勇的形象。因此，当濑户内海海贼重又盛行时，在朝廷、院政议论由谁胜任讨贼使命时，虽然有提出源氏可以担任此任，但多数人认为“忠盛西海有势之闻，被发遣尤有便欤”
。最后，鸟羽上皇、关白藤原忠通裁定由平忠盛胜任。平忠盛出色地平定了海贼，不但显示了武威，而且为日后政治上的伸展奠定了基础。