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战国时代社会生产力的提高，尤其是农业生产力的发展和农业经营主体的变化，超出了庄园制和守护领国制的制约，工商业等社会分工也日益深化，形成了战国大名的领国经济。到16世纪后半期至17世纪初，织田信长、丰臣秀吉等斩断了战国时代的国人领主阶层的支配，推行兵农分离政策，将工商业者移居到都市，并通过检地来掌握农民的生产力，致力于把经济发展的成果控制在自己手中。
大体来说，室町时代商品流通的特点是速水融等学者所主张的一种“向心性流通”，即以从地方庄园向京都、奈良等中央城市输送产品为主。京都、奈良等重要的古代都市，在进入中世纪后仍有很多公家贵族以及寺院神社的庄园领主在此居住。为了满足他们的需要，发展了高度的手工业，商业、金融业也有显著发展。不仅仅是年贡品，粮食、原料、初级加工品等各种商品也同样从地方庄园向处于中心地位的这两个城市流入。进入室町时代后，幕府设在京都，常驻武士人数大大增加，工商业者也逐利而来。日明和日朝贸易也取得了长足的发展。15世纪末的京都人口已达15万—18万，其中工商业者约10万人。尤其是高级丝织品、金属加工、工艺美术等部门发展极为迅速，以京都为中心的畿内地区的工业生产建立了无可替代的优势地位。
随着社会经济条件的不同，各个地区的城镇分布有疏有密，但三斋市、六斋市等定期集市在全国各地以城镇为据点而成立，尤其是在经济发达的畿内、尾张等地区，工商业者与农民在市场上进行频繁的交易。15世纪末至16世纪，畿内地区遍布很多小城市，例如大津、坂本、枚方、富田林、富林、贝琢、伊丹、池田、芥川、西宫等等，其周围都形成了拥有一定辐射半径的市场圈；尾张地区也有大约20个城镇，间隔大约5公里左右。
16世纪京都的手工业有了很大的发展，产品质量提高，产量增加，且形成了自己的地域性特色，其代表性产品有以进口生丝即唐丝为原料的高级丝织品，武器等战争器械以及种类繁多的工艺品，以及金银铜矿山的开发和金银铜的精炼和加工等。宽永十五年（1638）松江重赖做成俳句书《毛吹草》，其中记载了全日本68个藩国的1807种特产。研究者认为此书能够反映出16世纪日本各地商品生产的大体状况，因为这些产品并不是在进入17世纪后才出现的。《毛吹草》所记载的各种产品以手工业品为主，其中四成都是出自畿内的京都、奈良、大阪和堺等地。畿内手工业的优势地位非常明显，尤其是生产了大部分的高级针织品、军械和工艺品。其他一般性的手工业制品的产地则遍布日本各地。
丝和棉作为日本人日常生活离不开的两大纤维制品，是非常重要的商品作物。日本古代本是畿内以西地区以养蚕制丝以及丝织品的生产闻名，但是在《毛吹草》中，畿内以西地区的蚕丝业已经销声匿迹。16世纪末到17世纪初，生丝、丝织物产区大致完成了自西向东的转移。到江户时代，近畿以东的山丘地区成为生丝、丝织品的主要产地。
15世纪末16世纪初，棉布传入日本，迅速取代了传统的纤维衣料。到江户时代，棉花和棉制品的产地主要在畿内以东以及九州地区的筑前、丰前、丰后、肥前、肥后等五个藩。东日本的三河、远江、骏河、甲斐、武藏、安房、伊势、尾张、美浓等藩，以及筑前、丰前、丰后、江、骏河、安房等藩，依然是棉花、棉织品的重要产地。但在江户时代作为棉花、棉织品的主要产地可以与畿内媲美的濑户内沿岸地区，当时还没有发展起来。
生产历史悠久的金、银、铜等的产量在16世纪后半期开始急剧提高，这得益于当时对金银铜矿山的迅速开发。16和17世纪之交的五十年间，是日本金、银、铜生产最为繁盛的时期。在此基础上，对外贸易也繁荣起来。江户时代之所以能够确立金、银、铜构成的“三币制度”，离开当时金、银、铜产量的迅速提高是不可想象的。根据《毛吹草》的记载，日本许多地方的金、银、铜生产非常活跃：松前、陆奥和佐渡等藩是金的重要产地；出羽、佐渡、飞弹、但马、长门、石见等藩是银的重要产地；下野、飞弹和长门三藩则以铜的出产著称。而京都、大阪则以金银铜的精炼加工著名，各地原料源源不断地运送而至。
16世纪的日本展开了显著的城市化进程，商品生产和流通也同步获得了长足的发展，棉花和棉织品、生丝和丝织品产量的提高、生产的集中和产地的转移所带来的生产结构的变化，尤其是金、银、铜产量的迅速提高，为城市化和商品经济的发展提供了必要的支撑。织田信长和丰臣秀吉之所以最终能够从畿内近国出发，走上统一全国之路，无疑也在很大程度上受益于这一先进地区为其提供的实现统一的经济基础。当然，与此同时，畿内近国地区的社会经济构造也在很大程度上制约和影响了织丰政权的发展模式。
到了中世末期，畿内及其周边地区的商品交换和货币流通显著活跃，逐渐形成市场，吸引着逐利而来的商人，积极开展各种经营活动，包括土地买卖以及农村金融。虽然旧的统治权力依然存在，许多商人、手工业者和农民也在尽可能地摆脱旧有束缚，发挥自己的力量。胁田晴子、网野善彦等学者的研究表明，中世的都市与古代的都市已经有了本质区别，不再是公家贵族聚居地，而是工商业者汇集的地方，反映了社会分工的进展。
总之，战国时代生产力的发展加强了日本民众的经济、社会和政治力量，尤其是活跃在京都、堺等重要城市里的工商业者，掌握了相当大的经济力量和社会影响力。京都本来是古代发展起来的王朝政治中心城市，公家、寺社等大的庄园领主世世代代居住在这里。在王朝末期的室町时代，新兴武士集团初次登上中央政治的舞台，在京都建立幕府作为政权所在地，发展成为新的领主集团。作为日本长期的政治中心，京都也成为全国的文化中心以及经济中心。15、16世纪，又逐渐发展为工商业者聚集的城市，繁荣之极。16世纪末，京都的町人们结成了自治集团，即所谓町众。一部分住在北区的上京，一部分住在南区的下京，其下各自分为四五个“组”，“组”下为“町”。所谓町，就是指商业街，小商人和手工业者经营和居住的地方叫町屋，分布在街道的两侧。这些工商业者的组织有时候能够获得一定的自治权，自行维持秩序和解决纠纷，只要完成规定的赋税义务等，政府便不会直接介入其内部事务。
工商业者为了维护自己的利益，在向统治政权争取一定政治独立性的同时，也积极向领主集团展开经济斗争。工商业者经营中所使用的土地往往并不拥有所有权，需要向其拥有者即领主或地主支付地租即所谓地子钱。工商经济的发展使得建筑用地成为重要经济资源，公家和寺社领主通过掌握建筑用地的控制权，逐步演变为收取地租的地主。16世纪逐渐展开的拒交地子钱的运动，促进了町人自治组织的建立和发展。在町人自我组织的起步过程中，日莲宗即法华宗的信仰和组织形式，起到了很大的作用。日莲宗在京都的町人中间有着很广泛的渗透，在和净土宗等佛教其他宗派的宗教纷争过程中，发展了自己的势力，在一定时期内甚至获得了包括警察权在内的一些自治权，也支持了町众抵制向地主交地租的斗争。
另一方面，随着经济的发展，工商业经济和资本主义萌芽和农业经济之间的分化也会带来新的矛盾，町人的自治组织也成为与土一揆、德政一揆等农民自治组织发生利益冲突时的行动基础。与此同时，町人内部也逐渐开始出现贫富分化。有的入不敷出，被迫卖掉房屋成为租客即所谓“借家人”；有的则不断积累财富，购买房屋成为不动产持有人即所谓“家持”。从16世纪开始的这种在城市中的贫富分化的历史进程，要到18世纪才基本完成。
当然，武家领主在强化自身政治权力的同时，也致力于将社会经济发展所带来的利益留在自己手中，不断加强对民众的控制。总之，町人自治的政治主体性，既有反对王朝势力残余和新兴武士政权的政治控制和经济榨取的一面，同时也有与农民的经济诉求相对抗的一面。
手工业者原本对公家贵族以及大寺社等“权门”有着人身依附的关系，或者受到地方政府即“国衙”的控制而不得自由。“座”是手工业者建立的同业组织，为庄园领主或官方机构提供劳动和产品。随着商品经济的发展，手工业产品逐渐成为在市场上出售的商品，农产品也越来越多地作为商品而流通。15世纪以后，手工业者逐渐发展为以商品化的生产和销售为主，在人身和生产上独立于庄园领主，相应地，“座”也逐渐转变为排他性生产销售的垄断性经营组织。特定的座会在一定范围内独占特定的商品。还出现了像京都的四府驾舆丁座那样下辖数个座的复杂组织。
转变为经营组织之后，座的内部结构的组织原理也不再是以前那种平等合作，而是逐渐分化为不同的阶层，技术水平和经营能力的差距导致了座员地位的升降。座员资格即“株”，被视为一种财产性的特权。生产销售的权力也不再被认为是座全体共有的，而是变成不同的特权即“职”。不仅座内部地位比较高、能力比较强的人，即使并不属于座的有钱人，也可以购买这种特权以积聚座的经营收益，形成了介于座与领主之间的中间阶层，经济结构更加复杂化了。