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经过前三代将军的努力，幕藩体制终于确立下来。第四代将军德川家纲（1651—1680）时期采取了一系列新的统治政策，开启了所谓从江户前期的武断主义政治向文治主义政治的转变。幕府不再那么依赖武力和强权来统制大名，显示了幕藩制度的稳定化。从第四到第七代将军，即十七世纪后半期到十八世纪前期，德川政权逐步展开文治政治。幕府提倡文教文治，奖励学问。各藩也以此为指导确立藩政：促进小农的自立；整备藩政的机构；提倡儒教的教化主义。儒学以朱子学为主，阳明学也传入日本。水户藩德川光国在朱舜水的帮助下开始编撰《大日本史》。随着交通整备，商业和城市不断发展，农业也获得长足的进步，农民开始不断分化。
庆安四年（1651），德川家纲就任第四代将军，年方11岁的他无力行使权力，即位之初就发生了庆安事件。但在保科正之等重臣的辅佐下，逐步度过政治危机而安定下来，统治制度也更加完备了。
家纲政权之所以特别强调家族制度，与家纲年少继位关系很大，他不可能凭借个人能力树立统治权威，其统治的合法性在于德川家的血脉。于是，在家纲治下，政治形式发生了新的变化，主从关系从个人与个人的关系转变为家族与家族的关系。将军在很大程度上被视为名义上的权威，谱代门阀在其之下以合议的形式来运营幕政。与政治形式上的变化相适应，新的政治理念也形成了，以儒家的基本原则来强调所谓“家”“家中”的意识。
承应元年（1652），德川家纲命令御三家和谱代大名井伊直孝都常驻江户，以辅佐政事，第二年酒井忠清被任命为连署。酒井忠清逐渐成为家纲时期幕府政治的核心，有“下马将军”之称，作为谱代势力的代表，辅佐年幼的将军，掌握实际政治权力。门阀谱代势力占据了幕政中枢，政策上对谱代势力大为优待。谱代势力在掌握老中和若年寄等关键职务的基础上，又在宽文二年（1662）侵夺了年寄众的执掌。幕政大事和大名相关的事务由老中处理，幕政小事和旗本相关的事务由若年寄负责，进一步强化了谱代阶层以合议的形式来掌握幕政的体制。
幕府重视谱代大名作为“家族”的忠诚，反映了社会意识关注点从个人向家族的移动。中世以来，对于武士而言，家族（日语汉字写作“家”，假名为“いえ”，发音为“ie”）就具有特别重要的地位。但是，在社会变化剧烈的战国时代直到江户前期，对个人的重视比较突出。武士个人的军事政治能力是关注的重点。作为一个主君也很难仅凭其血统而保持地位，必须具有一定的军事政治才干才能够服众。为人臣子的武士也不能单纯依赖谱代关系，想要被重用就必须具有一定的军事或者政治上的才干。家光统治的时期，从长期追随的谱代家臣中选拔亲卫队的番士，有时还会要求通过武艺比试来决定人选。但是，随着和平秩序的长期持续，家族意识越来越得到强调。家纲时期亲卫队番士的选拔，已经形成了由家族出身自动决定谁能入选的制度。
从这一时期开始，谱代主导的政治对家格的重视日益加强。万治二年（1659）规定，与个人能力和意愿无关，父亲或者兄弟的地位直接决定武士入番所在的组。同年又规定了供职于幕府的谱代大名在进入江户城之后可以获得的座席位次，以后又规定了所有大名的座次，以此鲜明的形式来显示大名在家格上的差别。
幕府文治主义的表现之一是放松了对大名的压制。德川家纲统治时期大名被改易或转封的数量比前三代将军减少很多，这也同样体现了家纲政权对家族的重视。1651年，家纲政权放松了对于收养末期养子的限制。以前的将军基本不会允许濒死的大名临时收养养子作为继承人。这一政策显示了家纲政权对优先保证家族存续的认可。
1663年，家纲带领大名们参拜日光神社，同时发布了改订《武家诸法度》二十一条，增加禁止基督教的条文，还特别强调：“如有不孝之辈，当治其罪。”同时发布的《诸士法度》也要求武士“不可荒废家业，须勤勉”。同时宣布禁止殉死。关系密切的从者在主君死后自杀殉死的风俗，是战国时代以来的武士作为战斗者的特有惯习。但是随着主从关系从个人之间的感情，逐渐转化为家族之间的效忠关系，殉死失去了其发生时期的社会条件。无故伤害性命的做法被认为有伤天和，遭到了幕府以儒家思想为支撑的否定。这些政策上的变化都体现了家纲政权要把儒学观念作为统治伦理的意向。1664年，家纲向所有大名都授予了领知宛行状。1665年，家纲还发布了要求全部寺院与僧侣都遵守的统一的诸宗寺院法度，以及要求全部神社与神职人员都要遵守的统一的诸社祢宜神主法度。
这一时期各藩涌现出多位以好学著称的“明君”，他们都是尊奉儒家道德，推行“仁政”。他们强调以忠诚之心侍奉将军，承认领地的获得乃是将军的恩赐，管理好自己的领地和领民，确保秩序安定，是对将军的义务，也是在需要时为将军服军役的基础。以此为前提，大名努力在藩内整备统治机构，强化自身权力和权威。大名家臣的俸禄多数都以藏米知行制取代了地方知行制。家臣与以前的知行地完全脱离关系，只是领取大名发放的俸禄米生活。大名派代官去管理领内的全部土地和人民。工商业者也被集中到城下町居住或至少纳入统一的管理体制。
可以说，到四代将军统治时期，幕藩体制得以最终稳定下来。幕府或者大名的家臣团都不再可能像战国时代那样依靠军事实力发展自己的家族。三代将军家光曾经去京都觐见天皇，四代开始直到幕末乱世重来，德川将军长期不曾上洛。江户政权对天皇权威的依赖大大减少了。新的时代形成了新的价值标准，家族是最优先的价值，最重要的事情是确保自己的身份地位，以谋求家族的安宁和繁荣。这不仅是将军之家臣的核心考量，也是各个大名家的核心关切之所在。
德川官僚制与家格制度的密切结合，导致家族意识的强化和家格的固化。这种价值观从武士阶层渗透到社会全体。著名的日本政治思想史家丸山真男曾如此描述德川日本社会的特点：出身和家世等要素“在其社会关系中承担着决定性的功能，而且这些要素无论哪一种都带有不会因为人们的实际行为而改变的意味。……一般来说，当时的人们不会认为，大名和武士是通过为农民和商人提供某种服务而获得对他们的统治权。通行的观念是，因为他们是大名，是武士，基于这种身份‘属性’，而理所当然地——天然地——进行统治。所谓世代追随的臣从、特权行会、某种技艺流派的宗家的当代家主等等，都符合此种意义上的‘是’之价值，而不会被认为是基于某种具体的贡献或服务才得以证明的价值”
。在这里，以家族为核心的身份意识是决定个人价值以及行为规范的首要因素：“一个人是大名，或者是名主，这种身份就自然地决定了其应该如何行动的规范。因此，在这种社会当中，为了使人际交往顺利展开，第一要件就是能从外表来识别对方是什么人，即其究竟是武士，是农民，还是工商业者。这是因为，如果不能通过服装、装饰、用语等，一眼便明了对方的身份，就不知道该以怎样的礼节来与对方相处。”
1680年，将军家纲去世，他没有孩子，其弟德川纲吉继任新的将军。五代将军纲吉统治的时期（1680—1709），幕府体制又发生了新的演变。元禄文化标志着幕藩制社会繁荣的巅峰，同时也孕育了体制的危机。纲吉政权的统治形式中最重要的一点是侧用人政治发达。纲吉不是长子，没有宗家继承权，他曾经离开本家，到上州馆林藩成为大名。只是因为其兄家纲没有孩子，于是以家纲养子的身份，成为新的将军。重回德川家的纲吉带来了其做馆林藩主时期所培养的一批亲信家臣，让他们作为自己的近习而成为幕臣。这些人成为纲吉重要的统治班底，进入幕阁后成为维护纲吉独裁权力的政治理想。负责沟通将军和幕阁意志的侧用人，前有牧野成贞，后有柳泽吉保，尤其是后者因其特殊的位置而掌握了巨大的权力。1684年在江户城内发生的大老堀田正俊被刺事件，成为将军住所与老中工作场所拉开距离的契机，老中面见将军的次数变少了，负责沟通联络的御用人的权力增大了。纲吉的近习阶层发展成为与一直以来的谱代门阀相对抗的势力，其实两者在政治原理上都体现了忠诚优先于能力的原则。
随着幕藩体制的稳定，从第五代将军开始，德川幕府施政的重点从大名统治转变为领国经营，包括天领、谱代大名和旗本领等。纲吉政权领国经营的特点是强化将军作为公仪的权力，弱化家臣团的权力；整顿天领代官，取消其包税特权。尤其是谱代家臣团受到很大的压制，被以各种理由大量减封甚至改易，自恃有长期追随的功劳的谱代门阀被冷遇，家纲时代大权在握的大老酒井忠清被免职。德川权力原有的将军家与谱代大名联合执政的色彩减退了，其作为专制王权的一面增强了。纲吉为了掌握超越谱代门阀的将军绝对权力，拔擢得到信赖的宠臣以强化独裁政治，如堀田正俊奉命掌管财政和民政，成为纲吉统治初期的权力核心。堀田正俊出身为将军臣下堀田家，在拥立纲吉做将军的过程中厥功甚伟，得到了纲吉的深厚信赖，而酒井忠清则为了维护谱代门阀的权势，在家纲死去之后，主张迎立皇家子嗣作为宫将军，最后被新将军免职也不令人意外。
1688年（元禄元年），纲吉设立侧用人制度，以确保实行将军亲政。侧用人不属于幕府政治体系中正式的权力机构，其权势依赖于将军的个人信任，没有制度保障，缺乏权力基础，恰好可以任将军予取予求。其代表者是纲吉统治初期的另外一个宠臣，叫牧野成贞，他在纲吉还是馆林藩主的时候，就已经深受重用。但他出身低微，没有资格担任最高级别的官职老中和大老。纲吉新设官职侧用人，其役高，官位等于老中，就是为了让宠臣有机会担任实质上的最高职务，压过谱代门阀阶层。牧野成贞从一介藩士得以成为大名，在天和元年（1681）成为侧用人。纲吉统治后期最有名的侧用人叫柳泽吉保，也是从馆林藩藩士荣升大名，有15万石领地，作为侧用人，高于老中。纲吉用人不拘一格，还从下级幕臣，甚至外样大名中选择和提拔自己认为值得信赖的人，巩固自己的统治权力。前者如喜多见重政，从俸禄大约1000石的下级武士，升格为2万石的大名，担任侧用人。后者如外样大名锅岛元武也受到纲吉赏识和提拔。
纲吉也重视文治，对儒教和佛教都非常感兴趣。他在这方面非常舍得花钱，下令建造了宽永寺。元禄三年（1690），任命林信笃担任大学头，将朱子学定官学，开设昌平簧，还修建汤岛圣堂，并让林家私塾迁到汤岛。天和三年（1683）纲吉发布了更新的《武家诸法度》，第一条就是“励文武忠孝，正礼义”。而前代五次发布武家诸法度，其第一条均强调文武并重。如1615年《武家诸法度》第一条：“应专心于文武弓马之道。”“左文右武，古之法也，不可不兼备矣。弓马者，武家之要枢也，兵号为凶器，不得已而用之。治不忘乱，何不勤励修炼乎？”纲吉此后还多次立法推动从“弓马之道”向“礼义”的转变，往往被视为幕府从武断政治向文治政治转换的重要标志。然而需要注意的是，纲吉的文治并非对“武”的放弃，而是在暴力统治的基础之上，以实定法规定伦理要求，这其实意味着权力对私人领域的干涉加深了。无论如何，儒学观念被确认为政治统治的理念，将军和大名的主从关系被表述为“忠”。家的观念也扎下根来。纲吉的《武家诸法度》明确许可收养末期养子来保证家业的存续，明文禁止殉死。
发生于元禄十四年（1701）的赤穗事件，在日本特别有名，事件发生的过程和后续的各方反应，非常集中地体现了当时社会上对武士伦理的认知。不知何故，赤穗藩主浅野长矩在江户城松之廊下拔刀砍伤了负责幕府典礼仪式的吉良义央，随后被幕府判罚切腹，浅野家领地被没收。浅野家遗臣46人（一说47人），以家老大石良雄为首，在元禄十五年12月袭击吉良家宅邸，杀死吉良义央。他们行动的名义是为死去的主君复仇，事后向幕府自首，被命令切腹。当时，切腹是一种名誉刑，保全了其作为武士的尊严。这一事件特别充分地显示了江户武士的伦理感觉。当时日本社会围绕此事产生了热烈的讨论和激烈的争论，荻生徂徕等学者坚持认为赤穗浪士的行为是用自己的私意破坏公法的不正当行为，也有人如《叶隐》的作者山本常朝认为赤穗浪士不应该拖了很久才去复仇，而且复仇成功之后应该主动剖腹，去向幕府自首是心存侥幸的行为，暗中希望能够得到幕府的原谅。但是，当时主要社会舆论是同情赤穗义士的，著名儒学者室鸠巢就赞美这是忠义行为，不仅不应该惩罚，而且应该褒奖。幕府命令犯禁的武士剖腹，就是考虑到了社会上的这种情绪，而且后来取消了撤销赤穗藩的决定，也是对浅野家武士的一种褒奖。18世纪中期的净琉璃作品《假名手本忠臣藏》，充分肯定了赤穗武士们的行为，长期受到日本人的欢迎。幕末的吉田松阴就认为事件的主角充分体现了山鹿素行关于武士道的教导：“赤穗遗臣复亡君仇之始末处置，见之可知大石良雄从先师（指山鹿素行）所得。”
实际上，赤穗事件也集中体现了幕藩体制下对武士的道德要求和律法规定之间的矛盾。虽然人们往往认为这是武士社会推崇的“仇讨（即复仇）”行为，但是并非吉良杀了浅野，而是幕府命令浅野自杀，如果要复仇的话，对象应该是幕府而不是吉良义央。而且，虽然不清楚起因，至少是浅野先动手攻击吉良。浅野是因为在殿中拔刀违背了法律规定才被命切腹自尽的。田原嗣郎通过对赤穗事件以及因此而引发的论争的研究，提出了“‘御家’的思想”对“‘仁政’的思想”的分析框架，细致地刻画了江户时代武士生存方式和伦理中的矛盾性和复杂性
。石井紫郎以赤穗事件为素材分析了近世“公的义理”和“私的义理”的关系以及敌讨、喧哗两成败法等具体问题
。学者们倾向于认为赤穗浪士的行动其实体现了当时社会一般公认的原则即“喧哗两成败”。所谓“喧哗两成败”，就是冲突双方都应该受到惩罚，这并不是幕府法律，而是当时人们的通行理念，源于中世末期的武士自治生活中形成的惯例。武士团内部强调和，反对冲突，所以会对生事双方都追究责任，从而平息纠纷。浅野家的武士杀死吉良义央的动机就是要把纠纷彻底解决，不能接受自己的主君死亡而对方安然无恙。这可以理解为幕府基于法令的判决与武家社会惯习之间产生龃龉，意味着“公共性”的事务和“个人”的事务的分裂。
纲吉政权对道德的提倡，对礼仪的重视，也表现为社会统制的强化。1682年的法令规定：“励忠孝，睦夫妇兄弟诸亲类，加怜悯至召使者。若有不孝不忠者，可为重罪。”武士政权对忠孝道德的重视，不但表现为对思想教化的重视，更表现为对言论、出版的统制，以及惩罚的强化。犯上作乱杀死自己的主人，即便自杀，尸体也要施以桀刑，并且将其父母、兄弟和子女一律斩首示众。批判幕府政治固然绝不允许，描写男女情爱的“春本”的作者也会被流放或处死。纲吉的“仁政”还受到佛教的很大影响，1685年发布《生类怜悯令》，禁止杀生。据说是因为纲吉没有孩子，侧近僧人隆光说这是他前世杀生遭到的报应。纲吉因为自己属狗，对狗便格外关心，先是表示将军出行，不必特别驱逐狗，后来就要求对所有生物都必须怜悯，甚至破坏庄稼乃至威胁人命的野猪、狼等害兽也不能伤害。他不仅命人收留照料大量野狗，还以死刑惩罚丢弃和伤害狗的人，以至于得到一个“犬公方”（即“狗将军”）的外号。纲吉建立的个人独裁权力，是其可以如此肆意妄为、无人能够反对的体制保证，直到1709年纲吉死后，其荒唐法令才得以废除。