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1616年德川家康去世，德川秀忠主导下的幕府对外政策，与家康时期有着根本的转变。德川家康尝试回复对明关系的努力没有取得成功，德川秀忠也依然受挫，最终逐渐确立所谓锁国制度。目前学界质疑锁国制度的观点比较有力。关于近世日本对外关系体制形成了所谓“四个窗口”的说法，指幕府以长崎为中心，同时保留了包括松前、对马、萨摩在内的四个窗口。日本学者荒野泰典认为，负责管理这些对外交往窗口的大名，一方面是延续了中世以来的传统权利和职能，另一方面也被纳入幕藩国家体制之中，成为重要的一环。尽管在政治上被排除在朝贡体制之外，日本和中国之间经济关系的基本结构并未改变，依然要用白银换取中国的生丝等制品。以下主要参考前注木村直树的研究成果，介绍二代、三代将军的对外政策。
秀忠政权下对外政策的方向性，在家康去世4个月后的元和二年8月8日送往各大名处的年寄奉书中得到如实的体现。该奉书的主要内容是要求彻底禁止天主教，但同时也要求不仅信奉天主教的葡萄牙和西班牙，包括信奉新教的英国、荷兰，也只允许他们在长崎和平户进行交易。由此可以看出，在天主教禁令政策的延长线上，还加强了对外国船只的管理。贸易管理体制强化的重要表现之一是宽永八年（1631）对中国船只运来的生丝采用丝割符制度。
秀忠政权对外政策的主要特征并不是贸易总量缩小了，而是体现于对与国外的交往方向上具有更多的限定性。秀忠政权时期发出的外交文书，与家康时期相比大幅减少，而且没有建立新的外交关系，原来的关系也逐渐缩小。相应的，以将军秀忠的名义发出的国书也减少了。外交文书的数量，以及以将军自身名义发出的国书都减少了，这也意味着，不再能够看到以在外交文书中体现的神国观为基调的华夷意识的表露。秀忠政权时期显现出来的国际问题，主要是在日本近海爆发的纠纷以及日本人在海外卷入的纠纷。当时有两个重要事件对日本的对外关系产生了巨大的影响。一个是女真族在中国东北的活动，另一个是在日本周边欧洲势力之间的对立激化。
秀忠时代是女真族在中国大陆非常活跃的时期，他们不久后建立了清王朝。1616年努尔哈赤统一了女真部，自立为可汗，建立后金，开始进攻明王朝。1619年明和朝鲜的联合军队，在萨尔浒战役中被后金打败，很多朝鲜军队的官兵投降后金。另一方面朝鲜在1623年爆发了武装政变，提出反后金外交政策的仁祖即位。对此，后金在1627年进攻朝鲜，朝鲜被迫和谈。幕府要求对马确认朝鲜的情况。对马于宽永六年（1629）派出了以对马以酊庵的外交僧侣规伯玄方为正使的使节。这是在日本近世史上鲜有的一次，破例前往汉城，打探朝鲜的情况。对马藩还在未得到幕府许可的情况下，向朝鲜出口武器。
秀忠政权时期也是此前来到日本的欧洲势力间冲突激化的时期。英国与荷兰在1618年前后，围绕摩鹿加群岛的摩擦尖锐起来，发生了作为战利品的英国船只被拖到平户的事件。其后荷兰东印度公司与英国东印度公司在欧洲本土于1619年签订协定，划定了在摩鹿加群岛的势力范围。当时荷兰、英国两家东印度公司未能开拓出由中国进口生丝的稳定路线，而葡萄牙仍然担任着日本主要的生丝供应者的角色，荷英两国协议的结果是，他们以平户为据点组成联合舰队，把由澳门驶向日本的葡萄牙船只和驶向日本的中国船只作为目标，不断进行劫掠。葡萄牙船只为与之对抗，把原来的大型帆船换成便捷的小型船只，并通过增加船只的入港数来维持贸易量。
元和六年（1620）发生了平山常陈事件。荷兰、英国的舰队捕获了由马尼拉驶出的贸易商人平山常陈的船，向幕府告发其帮助葡萄牙传教士进入日本。秀忠政权于元和七年，考虑到荷兰、英国舰队的活动，颁布命令禁止向海外武器输出，以及在日本近海的海盗行为。其结果是，英国东印度公司由于无法提高对日贸易当中的利润，于元和九年主动关闭了商馆。
1624年荷兰在台湾南部建热兰遮城。1626年西班牙在台湾北部，现在的基隆、淡水相继修建了要塞。由于航线的关系，由国外驶向日本的船只和由日本驶往东南亚的船只，其中大多数会航行到这些要塞附近，给船只的安全带来了很大的影响。其结果是1628年在台湾发生了台湾事件，长崎的商人末次平藏的朱印船船长滨田弥兵卫，因为交易上的纠纷，在当地拘禁了台湾长官诺依兹，并把他的儿子们作为人质强行带到日本。此后日荷关系断绝，直至1632年。通过平山常陈事件和台湾事件可以清楚地知道，即使是持有将军朱印状的船只，也会在海外被卷入冲突。由于和西班牙断交，1628年在泰国大城府还发生了高木作右卫门派出的朱印船被西班牙船击沉的事件。
在国外的日本人不断卷入各种当地的纠纷。1623年在摩鹿加群岛荷兰攻陷英国的安汶岛事件当中，日本的雇佣兵也卷入很深。此外，在暹罗的山田长政，因为当地政权内部的权力斗争，于1630年被毒死，随之而来发生了1632年大城府的日本人村遭火攻的事件。这与日本人在当地居住地规模的扩大有关，随着势力的增长，自然也容易参与到各种纠纷争斗之中。
日本和西班牙的正式关系自元和元年（1615）以来一直处于断绝状态。元和九年，西班牙使节来到日本萨摩，但被秀忠政权拒绝。宽永二年，西班牙的私人贸易船遭到驱逐。但在宽永七年和九年，朱印船还曾经到达西班牙统治下的吕宋岛。
在国际形势不稳定的情况下，秀忠政权必须制定政策以便回避海外纠纷，不堕将军威望。元和年间以将军的名义发出的国书，发出数量、对象国数量都比家康时期显著减少。在宽永八年，幕府设立奉书船制度，以家康以来的朱印状再加上老中奉书为条件，限制从日本派遣出去的船只。
从实施这种奉书船制度之前开始，驶向亚洲的朱印船的航行目的地和航行次数整体上就已经减少了，集中驶往特定地区的倾向非常显著。从家康去世第二年的元和三年（1617）开始，到禁止日本人出海的宽永十二年（1635），在这19年间共派出朱印船161次，其目的地只有7处，分别是高砂（台湾）、东京（安南王国首都越南北部）、交趾支那（交趾、越南南部）、占婆（占城、越南中部）、柬埔寨、暹罗（泰国）、吕宋（菲律宾），其中驶往占婆只有一次，其他6处少的20次，多的不到40次，大概可以说是定期驶往特定地区。
家康时代自庆长九年（1604）到元和二年（1616）的13年间共有195次，年平均15次，目的地也有19处，其差异非常明显。由此可知秀忠政权时期朱印船贸易是更受限制的。
在日本北方也可以看到日本对外政策方面的变化。元和四年松前公广对到访松前的耶稣会教士安杰利斯说“松前不是日本”（安杰利斯《北方探险记》），允许其布道。这表明松前氏自身也认为松前在某种程度上是位于日本之外。但由于禁止天主教的政策的渗透，松前也逐渐被包含在日本本土国策之内，日本的国内统治贯彻到了松前。
宽永九年（1632）正月德川秀忠去世，三代将军德川家光亲自掌握了政权。家光在对外政策方面，最初是继承了秀忠的路线，以强化贸易管理体制为基调，但也逐渐对近世日本的对外关系进行了新的调整。秀忠去世前不久，丝割符制度不仅适用于葡萄牙船只，也适用于中国船只。但是秀忠政权时期未能实现要求中国船只集中驶向长崎的命令，终于在宽永十二年得以实行。
长崎奉行竹中重义滥用职权，钻奉书船制度的空子，派发伪造的奉书。家光政权初，肥后的加藤忠广被改易。负责接收肥后的幕府官员，在九州当地收集各种信息的过程中，发现了竹中的问题。他这一行为的暴露，迫使幕府从根本上重新认识奉书船制度。处罚了竹中之后，幕府自江户派遣旗本到长崎，监督贸易外交。从这一派遣和幕府发布的唐船集中令可以看出一种方向性，政府权力向九州渗透，九州大名基于中世以来的传统，一直保持独立分散的外交、贸易的做法被逐渐废止。
宽永十二年，幕府禁止在国外的日本人回国，十三年驱逐日本与欧洲的混血儿及其家人离开日本。宽永十一年开始建造出岛，十三年把葡萄牙人隔离在此。这些政策都具有防止日本人接触天主教的意图。但在另一方面，日本依赖葡萄牙船只经由澳门采购中国产生丝的贸易结构，并没有发生改变。
迫使家光政权从根本上改变对外政策的是岛原天草一揆。岛原天草一揆爆发于宽永十四年（1637）10月，估计有3万7千余人在原城固守，到第二年2月底陷落，镇压一共花费了4个多月，动用的幕府军队人数保守估计也超过了12万人。经过这样一件事，家光政权自宽永十五年之后，强化了国内的天主教禁止政策。要贯彻这一禁教方针，就必须考虑是否允许与天主教关系密切的葡萄牙船只驶入的问题。由于幕府认为岛原天草一揆的军队当初期待葡萄牙援军自长崎来支援，所以认为断绝同葡萄牙的往来从禁止天主教的观点出发是一项必要的措施。但是，一旦把葡萄牙船只驱离，那么依赖澳门供给的生丝进口，就必须找到替代者来维持，因此幕府踌躇不决。在宽永十六年春天，荷兰商馆的馆长到江户来拜见将军，承诺荷兰船只可以筹办到葡萄牙船只能够供应的数量，于是幕府最终决定驱离葡萄牙船只，派遣上使太田资宗到长崎向葡萄牙进行通报。
很多在澳门的葡萄牙人，在经济利润上依赖对日贸易，为了寻求得以和日本重新通商，他们在宽永十七年派遣了使节团。虽然前一年接到通告，但葡萄牙使节团还是驶入了港口。家光政权认为此事非常严重，派出了上使加加爪忠澄和野野山正纲，采取了强硬的手段，把葡萄牙使节团的成员，除一部分之外，都在长崎处以极刑。由于担心遭到葡萄牙报复，所以幕府命令各地大名，特别是领地内有沿海地区的大名戒备外国船只的到来。
事实上，虽然没有遭到葡萄牙船只的报复性攻击，但宽永十九年在萨摩甑岛，宽永二十年在筑前大岛，都有自吕宋岛出发的传教士相继尝试秘密进入日本而遭到逮捕。另外宽永二十年在奥州南部藩领山田浦还发生了一个事件，荷兰东印度公司的船只进港，在当地被误以为是天主教势力而遭到逮捕。正保元年（1644）在萨摩藩领七岛也有荷兰船员遭到误抓，这体现出在未能确认船只国籍和到来目的的时候，应对外国船只的困难。
因为葡萄牙遭到驱逐，在出岛出现了空置房屋，宽永十八年荷兰商馆自平户迁到这里，平户藩结束了自战国以来对欧洲贸易的窗口作用，幕府确立起在长崎管理与荷兰东印度公司以及中国船只贸易的体制。幕府所担心的贸易问题，尤其是生丝问题，在长崎驱逐葡萄牙船只以后，生丝的贸易量由荷兰船只和中国船只补足。此外幕府还希望通过对马和琉球，来确保全日本生丝的需要。
正保四年（1647）葡萄牙以和西班牙的合并在1640年已经解体为由，再次派来使节团。江户幕府已经通过荷兰东印度公司提供的信息，事先估计到葡萄牙船会来，于实际到来之前的正保二年2月12日的老中奉书中指示了各地大名在外国船只到来之时的基本方针。在该奉书中，幕府推断葡萄牙船到日本来，并非为了报复，因此稳健的应对为第一选择。幕府的目的是防止对那些未必是敌对势力的船只进行错误的攻击。当时九州各地的大名向长崎输送了相当数量的军队，认为可能发生战斗。但是葡萄牙船在和平氛围中驶离了长崎。通过这一事件，与葡萄牙之间的紧张关系得到解决。在琉球，自宽永十八年（1641）以来，萨摩藩的武士就驻屯在八重山诸岛，庆安元年（1648）解除了驻屯。
所谓近世日本的“锁国令”，包括一系列的命令。1616年，幕府在命令禁止天主教的同时，规定外国船只能进入平户与长崎，中国船不受此限制。1623年禁止日本船驶往菲律宾，也禁止西班牙船从菲律宾来日本。1631年，规定驶往外国的朱印船还必须持有老中的奉书。1633年，禁止日本船外航，除非有老中的奉书。同时宣布，在外国居住超过5年的日本人，因为可能已经成为天主教徒，禁止回国。1635年，规定所有日本船和日本人都不许出国，所有出国的日本人不许再回国，违禁者处死，终于完成了所谓“锁国”制度。幕府在长崎建设了一个人工岛，叫“出岛”，葡萄牙人限定在此居住，日本人只有一些商人、医生和妓女允许进入。
幕府推行寺请制，要求四民都必须与某个寺院建立施主与檀家的关系，需要的时候，由寺院出具证明，证明某人不是天主教徒。幕府还推行“踏绘”，强迫人们踩踏耶稣基督或者圣母的绘像，以证明自己不是天主教徒，先是在长崎施行，1635年后推广到全国范围。
幕府禁教手段极其暴虐，数十万坚持天主教信仰的日本人被残酷地杀死。九州深受天主教渗透，甚至有信仰天主教的大名。岛原有不肯弃教的人被官员命令用竹锯把头锯掉。天草岛也曾经是天主教大名的领地，迫害也极为残酷。1637年（宽永十四年），岛原和天草发生暴动，37000人参加，还有一些浪人也加入。起义者无处可逃，也无援军，最终弹尽粮绝，全部战死，或者城陷后被杀。幕府军队不论妇幼老弱，尽数杀死。
经此战乱，幕府愈发恐惧天主教和日本民众的结合，严密搜捕天主教徒，施以极刑。幕府将寺院作为户口管理和思想监视的末端行政机构，规定所有的日本人都必须将宗教信仰，以及出生、死亡、结婚、迁移等个人信息，申报到寺院，由寺院负责登记制作“宗旨人别账”。佛教得到幕府政治权力的大力扶持，同时也积极配合，虽然从思想上丧失了创造性，却也成为某种意义上的日本国民宗教，广泛渗透于民间社会。熊泽蕃山（1619—1691）认为：“由寺院证明不是天主教徒，这使不义无道之僧跋扈，佛法之实已亡。”
幕府在岛原之乱之后，于1639年（宽永十六年）禁止葡萄牙人来日，在西方国家中，只允许荷兰人从事对日贸易。荷兰人日后也被迁移到出岛集中居住和管理。幕府还限制荷兰和中国船只来日的数量与贸易额度。到1688年（元禄元年），中国人也被要求与一般日本人隔离开来，不再能够自由接触，要在长崎市郊建造的所谓“唐人屋敷”中集中居住。外国书籍进口也遭到禁止，只允许医药与航海相关的书籍流入日本。这一切都是以禁止基督教的名义进行的。荷兰与中国都不是天主教国家，被认为较少传入思想污染的风险，只是从事贸易，获得利益，同时满足幕府对生丝等海外产品的需要。这两个国家即近世日本所谓“通商之国”。与此相对，朝鲜和琉球被称为“通信之国”，两地国王在将军更迭之际，都会派遣使节前来祝贺。虽然对马藩与朝鲜有贸易往来，但是那被认为与幕府无关。此外还存在萨摩藩通过琉球国进行的海外走私贸易。
幕府也要求各地大名执行幕府的禁教政策，与之相伴随的历史现象是幕府权力向各藩内部的渗透。元和二年（1616）德川秀忠命令加贺藩对基督教严加取缔，当时还是以将军与大名的主从关系为根据，个别发布奉书传达幕府政策，大名自行决定如何执行。岛原之乱后，幕府向全国各地大名发布统一的命令，要求奖励举报揭发传教士和天主教徒。对于在江户参勤的大名，由老中召集其家老统一传达命令；旗本由六人众负责传达。各藩接到幕府法令，直接在自己的领地上发布，不再另行颁布法令。万治二年（1659），德川家纲命令老中召集各大名家臣口头传达强化禁教的要求，并直接发放统一的文书。