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德川家康以武威为前提建立德川氏对日本全国的统治，二代将军德川秀忠、三代将军德川家光延续初代以来“武断政治”的传统，逐步建立了比较稳定的幕藩制统治秩序。德川秀忠在1605年之后就担任了将军职务，但是实权依然在德川家康手中。1616年德川家康去世，德川秀忠才正式掌握权力。1623年，德川秀忠模仿家康，把将军职让给长子家光，自己作为“大御所”居住在江户城，继续掌握政权。这种二元政治延续到1632年秀忠辞世。德川家康开创的这种权力继承方式，很好地发挥了培养继承人的作用，对于德川政权的稳定化，发挥了重要的作用。
德川秀忠继续加强对地方大名以及朝廷寺社的控制，在1615年颁布了《武家诸法度》《禁中并公家诸法度》以及《诸宗诸本山诸法度》。他以各种理由废掉了39个大名，强化了德川家康的禁教政策，宁可牺牲外贸收益，也要禁止英国、荷兰在平户、长崎以外开展贸易，最终导致英国选择关闭在日本的商馆。
德川家光在1632年掌握政权之后，没有再采取二元政治的方式，而是担任将军直至1651年病逝。家光统治的时期，被认为是幕府制国家得以最终确立的时期。家光命令林罗山负责修订增补《武家诸法度》，重新予以颁布。参觐交代制度进一步强化，规定外样大名也必须承担此义务。大名们将妻子留在江户作为人质，以此向将军表示忠诚。以前的将军对大名比较尊重，有时甚至亲自迎接外样大名。家光之后不再有此行为，将军的权威性得到进一步的强调。大名们按规定需要一年在江户居住，一年在本藩居住，每年四月的时候轮替。来回交通费用，自然由大名们自己负担。大名们必须按照规定，维持符合各自身份的大名行列即随行的仪仗队等。这对大名而言，名义上是彰显其身份地位的机会，同时也导致了沉重的财政负担。为让大名进行参觐交代，幕府下令整理全国通往江户的交通，非常有利于日本国内人与物的流动，为日本全国统一市场的发育提供了良好的基础设施。大名及其随行人员在往返途中的消费需求，也为商品经济的发展提供了极好的刺激。各地武士聚集在江户，不但能够享受到日本最高级别的文化，也得以彼此交流，有助于共同意识的成长。
家康和秀忠的治下，战国时代以来武家重视侧近政治的传统依然存在，三河时代以来的德川氏家臣中的门阀往往受到重用。所谓下克上的风气也依然有着浓厚的残留，比较强大的大名保留着一定的独立性。人们心中对于乱世是否真的已经结束还缺乏信心，有种不知何时最高权力者又会更迭的潜在预期。家光为了强化将军权力，致力于整备官僚制度，重视谱代大名，完善监察机关。为了防止权力集中，推行合议制、月番制。德川家光还派遣巡视使监察西国诸大名，加强对日本全国的统治权。家光比秀忠时期更加严酷地迫害基督教徒，1624至1641年，颁布了一系列所谓“锁国”的法令。1636到1637年，残酷镇压了基督教徒为中心的岛原之乱。1649年颁布《庆安御触书》，加强对农民的统治，进行非常细密的管理。在家光的治下，德川政权作为日本新的中央权力最终得以稳定，曾经被认为能够与德川家平起平坐的大名，成为完全效忠于德川氏的家臣。一般武士都脱离土地，离开农村，到城市集中居住，靠主君发放的知行米来生活消费，处于离开主君就失去收入来源的状态，丧失了对主君的独立性。
家光还进一步推动了神化德川家康的进程，以强化德川家独立于天皇朝廷之外的神性权威。祭祀德川家康的东照社进行了大规模重建，琉球和朝鲜的使节也前来参拜。德川家康被奉为“东照大权现”，不仅是德川氏的守护神，也被认为是日本国家的守护神。1645年，东照社被朝廷升格为东照宫，与伊势神宫和石清水八幡宫并列。朝廷也于次年开始，每年都往日光东照宫派遣例币使。对东照大权现的信仰也逐渐渗透到一般市民阶层，非常有利于幕府对一般民众的统治。人们不但追求现世利益，也渴望死后平安，这种宗教性的欲求，不仅能够在寺社系统中得到满足，现在也能够由德川氏神祖予以满足。德川家的政治权力由此而披上了一层宗教性的外衣，实在是一种巧妙之极的设计。幕藩制国家确立了新的身份秩序，为了减少对天皇家权威的依赖，突出德川家自己对日本民众的权威，东照宫的功能是无可替代的
。
1634年，家光命令老中负责大名、寺社、幕领、代官等相关工作，六人众负责旗本等相关工作。他将老中的权力进行分割，寺社奉行负责关于寺社等相关事务，勘定头负责管理幕领、代官等相关事务。他还推行月番制，以避免权力固化。1638年，老中负责统一管理寺社奉行、江户町奉行、大目付、勘定头与上方郡代、大阪町奉行、骏府町奉行、堺政所等。各大名也颁布了管理藩内武士和民众的法令，采用类似幕府各种法度的原则进行统治。长州藩等外样大名也同样如此。德川幕府的统治体系源于三河时代以来的传统，只是将其进一步扩张到日本全国范围，原则上是把战争时期的组织方式直接运用于和平时期的统治，而一旦发生战争，日常统治机构可以直接变为军事机构。
德川幕府的官职体系比较简单素朴，立法、司法和行政三权尚未分化。其中最重要的是一名大老、四名老中和四名若年寄。大老并非常设职务，只是在必要时负责率领幕阁。老中是常设职务，全面主持幕府事务，以合议的形式决定重要政策，每月轮流负责具体执行。若年寄在老中之下，负责管理幕臣。德川幕府的监察机构特别发达，有四到五名“大目付”负责监察各地大名，直接受老中领导，另有十六名“目付”由若年寄领导，负责监察幕臣。老中之下设有三奉行，即寺社奉行、江户奉行和勘定奉行，分别负责管理寺社、江户和幕府财政。主要由三奉行以及其他相关官员组成的评定所，是德川幕府的最高司法机构，负责审理裁决重大案件。此外，在地方上的重要官职有：负责监视天皇以及西国大名的京都所司代，负责管理骏府和大阪的城代等。京都和大阪作为幕府直辖的城市，也设有奉行。幕府领地还设有郡代或代官，负责各地的行政管理和法律诉讼等。幕府最重要的官职如老中、若年寄、奉行、所司代、城代等，由最受幕府信任的谱代大名担任，旗本担任较为低级的官职，外样大名禁止参与幕府统治事务。
江户时代俗称三百大名，其实在17世纪末有240个藩，有的大藩逐渐分化出小藩，到19世纪初期共有255个藩。大名在各藩的统治机构，虽然名称和具体安排往往各有特色，但是基本原则与德川幕府是一致的，只是相应的缩小版本。也分别设置了负责管理家臣团、管理大名直辖地，以及负责财政、军事等不同任务的官职。各藩的谱代家臣垄断家老、年寄等核心职位。各藩的武士和幕臣一样，失去直接管理土地和劳动力的权力，靠领取稻米作为俸禄生活，在大名的城下町集中居住。即使拥有俸禄地的少数高等武士，也只是形式上的领有，并不直接统治其俸禄地上生活的民众。
在幕藩体制下，将军是全日本最大的领主，以此为经济基础确立对天皇家、公家、寺社以及各大名的最高统治权。但在某种程度上，德川家是作为诸多同位者之中“权势最大的一个”而存在，并未能够截然高出一等。但是，在将军和大名之下的武士阶层基本上脱离土地，组成家臣团，完全依附于将军或大名的权力而存在。对农民和工商业者的管理，另有将军和大名政权委派的民政官员负责。幕藩体制采取各种精心设计的制度维护将军的权力和领主阶层对民众的统治，加强监视，鼓励告密，严格执行连坐制度，异常关心秩序的稳定和存续。这一滴水不漏的统治体制在日本历史上是史无前例的
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在兵农分离的基础上，借用中国传统上所谓“士农工商”的说法，确立了四民身份制。士与其他三民之间在身份地位上判若云泥：前者是统治阶级，后者是被统治阶级。士即武士，是享有各种政治经济特权的统治者，尤其是垄断了合法的暴力，以此超经济强制为前提，享受农民缴纳的实物地租，即所谓年贡。与此同时，作为统治精英，武士也承担起作为道德楷模、安全警察和提供公共服务的责任。四民身份制的等级差别和职能划分的原理是近世日本社会最根本的人际关系原理。模仿武士阶层内部的主从关系，庶民阶层中也有嫡系和旁系的差别，町人中有主人也有雇工，农村有地主也有佃户，城里人有房东和租户，不同的身份拥有不同的权利地位，同时也意味着不同的社会责任和不同的行为规范。近世日本的幕藩体制以农业和自然经济为基础，所以会不断强调“以农为本”，所谓“本百姓”便是指直接的土地耕作者。但是，这一体系的存续同时也离不开商品经济。尤其是兵农分离的原则，使得完全脱离农业和土地的武士，必须依靠商品交换才能够生活。幕府推行的参觐交代制度等也离不开工商业者的服务，否则根本无法维持。