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丰臣秀吉继承并发展了织田信长的各项促进统一的政策。与织田信长不同的是，丰臣秀吉大大扩展了直辖领地，其领地多集中在近畿、信浓与尾张等经济最为发达的地方，而且，垄断着以佐渡、生野、石见金银矿山为首的当时最好的金银矿山，并直辖着京都、大阪、堺、博多、长崎及其他最重要的商业与对外贸易中心城市。堺的小西隆佐、博多的神谷宗湛、长崎的村山等安等富甲于大名的大商人既是秀吉的御用商人，也是他的经济顾问。特别是小西行长的父亲小西隆佐，可以说是秀吉事实上的财政部长。由于有这样的经济基础，丰臣秀吉才得以拥有足以压倒其他大名的直属军队。
丰臣秀吉还采取了各种措施促进商品经济发展，并努力将经济发展的成果控制在自己的手中。他在各地推行乐市制度，推动了城市的繁荣。京都市街在战乱中日趋荒废。丰臣秀吉命人在市街周围修建土墙，划定市区的范围。在征服九州的途中，他还筹划复兴已经化为焦土的博多市，允许自由通商，免除各种杂税。但是，正如堺与京都市民的一部分被丰臣秀吉强制移居于大阪这一典型事件所表明的，自治城市变成了被大名管制的城下町。
当时日本没有统一的计算里程的标准，同样说是一里路，实际距离却因地域不同而各不相同。为了明确表示里的长度，丰臣秀吉命令从备中到名护屋，每隔36町（1町约合109米）修建一座土台，确定了统一的里程标准。
丰臣秀吉为促进商业的发展，还设立“金座”“银座”，铸造称为“天正大判”“天正小判”的货币，还用银和铜铸造天正通宝和文禄通宝。他加强对金银矿山的管理和控制，不但直接控制了石见银矿、佐渡金矿等，还对其他诸侯所有的矿山收税。当时日本的金银产量很高，丰臣秀吉积蓄了大量金银。
和织田信长一样，丰臣秀吉也积极促进和统制对外贸易。他命人控制和管理贸易港口。外国船只载运来的物资，要由丰臣秀吉优先采购，剩下的才允许大名与商人购买。日本驶往海外的船只，丰臣秀吉虽未从法律上进行限制，但是在他的晚年却开始实施管制制度，即所有驶往海外的船只都必须持盖有丰臣秀吉字样朱红印章的特许证。
检地，即丈量土地，检地的主要目的是测量土地面积，决定土地等级，作为征收地租的依据。天正十九年（1591），丰臣秀吉将关白一职让给丰臣秀次，自称太阁。但是，习惯上将丰臣秀吉在1582年以后推行的检地，称为太阁检地。太阁检地推动日本走向近世化，历史意义极为重大。但是，如池上裕子等学者所指出的那样，丰臣秀吉的检地，与战国大名推行的检地政策有着一定的继承性，这一侧面也不可忽视。
兵农分离开始于织田信长，丰臣秀吉宣布要将其推广到全日本的土地。丰臣秀吉在取得山崎之战胜利后的次日，开始逐渐在其势力范围内进行检地。以后每当获得新领地，或者命令大名转封的时候，都要实施。在其去世的时候，检地基本上推行到了全日本。实际上，很多问题是搞不清楚的，很大程度上是要求主动申报。天正十五年（1587）颁布法令强调，所授予的知行所只是暂时的，将会不断变更其知行所。领地代代相传的传统私有观念被彻底否定。领主对领民的人身支配关系，在理念上遭到禁止。
经过一些变化和改进，到1589年的时候，检地的方式固定下来。太阁检地成熟期的检地账，可以文禄三年（1594）的摄津国天川村检地账为例
。检地账最上面一行记载着田、畠、屋敷等三种地目（土地种类）。检地账第二行是统计的土地面积。面积统计标准以前是1间=6尺，1反=360步，太阁检地时的单位面积有所减少，1间=6尺3寸，1反=300步。
每一份土地，根据其生产能力，确定大致的等级。如检地账第一行所示，天川村的情形是，田、畠各分上中下三等。无论是否种植水稻，所有土地的收获量都换算成米的收获量，即石高。计算收获量的枡，以前随着地域、阶层的不同而各异，现在被统一为京枡。上中下三等田、畠，以米为基准换算出每一反的收获量，以斗计数，称为石盛。检地账第三行的数值，与田地等级相应的米的基准收获量，乘土地面积，得出的结果便是每一块土地的米的基准收获量，即石高。丰臣秀吉命令将收获量的三分之二交给领主，推行年贡米纳制，即以缴纳实物为原则，但是旱地的贡赋许可缴纳货币。“上”田1段的平常年景的标准地税额为稻谷1石6斗（大米为8斗）以下，各级依次减2斗。
在检地账最下面的一行，登记了每一块土地的名请人的名字，这一点涉及对农民阶层的编成。丰臣秀吉既要保证小农的自立，同时也要反对一揆，反对农民、在地领主或下级武士的自治，强化对其直接掌握。他推行一地一作人制，将耕作者的身份固定下来，将其紧紧地束缚在土地上，从而确保年贡的负担者。被登记的人原则上是实际从事耕种的人，目的是使该耕种者直接对领主负责。这样可以排除中间剥削，对直接耕作者有一定的好处。地主出租土地收地租以及以前的庄官和村长使役与剥削一般自耕农的行为也都被禁止了。他将家父长制的大家族改变为单婚小家族为主，从而建立起由领主直接统治与掠夺农民的原则。他规定每户农民都要独立，父子与亲属不得作为两个家族同时居住在一起。在“检地册”上被规定为耕作者的人，不能随便离开村子，丧失了职业自由，必须安守农民本分，不能自由买卖或者典押自己的土地。丰臣秀吉的政策就是要把在先进的近畿地方成长起来的典型的封建小自耕农，推广到所有自己掌控的土地上。
丰臣秀吉也重新统一整顿行政区划，把庄、乡、保、里等旧行政区划都废除了，简化为国、郡、村。村高是征收年贡的依据。村意味着小自耕农的生活劳动区域。负责日常管理的是村吏，从村民中选择任命。在不同地区会有庄屋、名主或乙名等不同称呼。大名统一派出地方行政官负责管理村吏和村民。农民如果弃农经商或者用其他方式挣钱谋生，不但要惩罚其本人，同村的全体村民都会受到牵连。
当然，石高制、兵农分离以及身份制等各原则，并不能一举消灭所有的在地土豪或者地方武士即所谓“地侍”。在生产力比较落后的地区，许多地方武士即大地主依然维持家长制大家族，掌握了大量附属性的劳动力。相对独立的小农也往往无法彻底摆脱附属性，遭到他们的剥削。有时候，尽管村子范围广大，在“检地册”上登记的承担贡赋的耕作者却很少，甚至仅有一人，这说明当地大量劳动者其实是依附性的身份。有的地方甚至直接允许不必在检地册上登记所有实际耕作的劳动力，只需要登记负责缴纳实物贡赋和领主课役的所谓“役家百姓”。他们也维持了大家族的形式，掌握着一定的附属劳动力。虽然有各种特殊例外，但是太阁检地的基本原则，是符合当时日本农村经济发展和社会进步的要求的。
在丰臣秀吉逐步统一全国的过程中，领主们或反抗，或服从，或结盟，丰臣秀吉也分别对其采取各种不同的领地政策，或铲除之，或维持之，或更换之。有功者赏，有过者罚。长期追随丰臣的加藤清正、福岛正则、石田三成、小西行长等著名的武将，出身虽然各不相同，但是都为丰臣政权立下了汗马功劳，他们所获得的封地也不断增加。值得信赖的大名或者丰臣氏亲属被配置军事要地，负责监视较为疏远的大名。无法获得信任的大名，经常被找借口消减或者改变领地，迁移到偏远之地。命令大名改变领地也是让其充分感受丰臣秀吉的力量和权威的一种手段。最令丰臣秀吉担心的德川家康，在北条氏灭亡之后，便被命令离开三河、远江、骏河、甲斐和信浓等旧有领地，移居江户。名义上这是赏赐有功之臣，德川氏的领地面积扩大很多，以前领有的五国之地，增加到八国。实际上这是为了让德川家康远离丰臣秀吉的权力中心。
织田信长的检地账中还登记领主，到丰臣秀吉的检地账中就没有了。太阁检地彻底废除了中世以来的庄园制的土地所有制，兵农分离基础上的大名知行制最终确立。每一次政治变动和军事进展，都会带来领主和领地的变动。丰臣家臣每一次转移领地，都是带着部下将士整体迁移，武士团与土地的紧密联系不复存在。与兵农分离体制一起确立的，还有一地一领主的原则。土地所有权和收益权交错重叠、极其复杂的庄园制，直到战国时代依然是主流，即便是织田信长统治时期，也没有从根本上解决这个问题。太阁检地在土地领有权上确立了一块土地属于某一领主的新原则。丰臣氏的家臣掌握了一元化的年贡收纳权，战国时代的在地领主不再直接支配领地，逐步转变为定居于城市的幕藩制领主。
在丰臣秀吉治下，公家领主的性质也在转变，成为幕藩制领主的一部分。在战国时代，公家领主在地方领主（在地领主）、土豪阶层以及农民反抗的威胁之下，陷入了生死存亡的危机。织田信长在掌握权力之后，采取了救助公家阶层的政策。丰臣秀吉继承了这一政策的基本方向，他虽然否定了公家的当知行，但同时也分配给公家相应的领地，保障其收益。
丰臣政权下领主所支配的土地规模，用“石高”来表示，即石高知行制。与战国大名政权下实行的贯高知行制相同的是，用计算土地生产能力的单位，来表示知行地的规模。不同的是，贯高制下表示土地生产能力的单位是钱高，而石高制下是米的产量。
石高知行制是丰臣秀吉政权征发军役的基础。为了促进兵农分离，防止发生一揆，丰臣秀吉推行刀狩令，即收缴武器，禁止农民、僧侣和町人拥有刀、枪、弓箭、火枪等各种武器。最早实施这一措施，是织田信长消灭越前国“一向一揆”之后，领有该国的柴田胜家实施过。天正十三年（1585），丰臣秀吉征服高野山时，在山内就实施刀狩。天正十六年（1588），开始在全国实施。没收来的武器，熔铸为铁钉等，用于修建东山大佛。刀狩令消除了民间潜在的战斗力，强化了封建领主的统治秩序。
1591年，丰臣秀吉发布身份统制令，主要内容有三条，即禁止武家奉公人（包括类似仆人的为主家服务的各级武士）成为百姓町人；禁止百姓放弃耕地；禁止武家收留逃亡的奉公人。其主旨在于确保武家奉公人和年贡，也有为侵略朝鲜做准备的意图。
太阁检地、刀狩令和身份统制令，反映了支配者使战国时代以来随着社会流动性的增强而不断变化的身份固定下来的意志。民众在“下克上”的时代所获得的各种自由权力，随着丰臣秀吉一统天下，从制度上都被剥夺一空。士、农、工、商的身份、职业与居住地的区别被固定下来。农民居住在农村，武士脱离农村居于城下町，由此确立了兵农分离的原则。
天正十五年（1587），丰臣秀吉为攻打九州而来到博多。在得知长崎已经成为教会领地之后，他宣布禁止传播基督教，命令驱逐传教士出境。这是日本最早的禁止基督教的命令。尾藤正英认为：“国家统一受到侵害的危机感是发布该令的主要动机。”
另外，庆长元年（1596），西班牙船只圣菲利浦号漂流到四国土佐，西班牙人在当地传播基督教，并说西班牙将会派军队占领日本的土地。这一事件发生之后，丰臣秀吉命令抓捕在日本的传教士，押送到长崎，处以死刑。这就是基督教徒所称的“二十六圣人殉教”。尾藤正英认为：“那不是因为宗教内容，而是因为国政上的原因而发生的事件。”
丰臣秀吉虽然开始禁止基督教，但出于经济利益的考虑，依然允许“黑船”贸易，因此在禁止基督教上做得并不彻底。
当然，丰臣秀吉禁止基督教的重要目的之一也是为了进行思想上的统治。宗教对他而言，要么是统治的对象，要么是统治的工具。在他的观念里，固然不存在什么信仰自由的权利，但与此同时，他也并不关心具体个人的思想内在，只是要求服从他的统治权威。佛教势力的重镇延历寺、高野山以及本愿寺，被迫放弃自己作为封建领主的权利和地位之后，只要愿意为其统治服务，丰臣秀吉非但不会打击，反而会加以保护。他恢复了延历寺并给予一定的领地，比睿山、高野山也因其支持而得以复兴。反过来，胆敢触犯丰臣秀吉逆鳞的某些佛教宗派则会被无情镇压。1595年，丰臣秀吉在京都方广寺为其亡父亡母举行法事，命令僧人们无论属于什么宗派，都要参加。然而，僧人日奥根据法华宗不受不施派的原则，拒不参加，结果遭到丰臣秀吉的驱逐，被迫离开京都。丰臣秀吉强调，虽然僧人应该遵守师祖的规定，但是公仪的命令是高于佛法的权威。而天主教认为天主是至高无上的权威，自然也难以见容于丰臣政权，最后被镇压可以说是顺理成章的结局。以下主要根据平石直昭的研究
，具体介绍其禁止基督教的思想逻辑。
结束九州征讨回到博多的丰臣秀吉，在天正十五年（1587）六月十八、十九连续两天，发布了两份关于基督教的文书。一份是六月十九日的以驱逐外国传教士为主要内容的（定），另一份是六月十八日面向国内应该称之为信仰限制令的（觉或朱印状）。在前者即“定”中，其第一条宣称“日本乃神国，由天主教国传来邪法，是不可行的”，在第二、三条中陈述了迄今日本国允其布教的理由以及因对方的背叛而不得不将其从日本驱逐的理由。又在第四、五条中说，贸易另当别论，凡不妨碍佛法者，即使是“商人”以外的人也可往来于日本。
根据平石直昭的分析，自第一条至第三条的内容表明，秀吉的主张由两方面组成。一方面即所谓的思想自由竞争、自由市场的观点，据此，“伴天连”即传教士通过正常的传教活动，与其他宗教竞争，凭“其智慧之法”获得“施舍”是没有问题的。但是，他们与由秀吉分封“国郡”等领地的大名们联合，并利用大名的权力，破坏各领地内的“神社佛阁”，这便是破坏“禁令”的违法之事，是绝对不能允许的。丰臣秀吉强调，各“国郡”等领地是秀吉作为“暂时之物”分发给各领主的，并非他们的固有财产。以全国统一为目标的秀吉要切断大名与他们的根据地联系，并想随心所欲地操纵他们，所以严厉禁止各领主在领地内强制推行自己的宗教。
秀吉的这一态度，在同时发布的“觉”中，也是一以贯之的。在“觉”中，严禁因扶持“国郡在所”而接受基督教的“给人”强制让领地内的“寺庵百姓”成为“伴天连门徒”。关于武士，则把上级武士和下级武士分开，上级武士的信仰要得到丰臣秀吉的许可，下级武士则保留了有限度的信仰自由。至于“平民”，则凭其意愿可以成为基督教徒。
在“觉”的第六、七、八条中认为，“伴天连门徒”正如曾经的本愿寺教团一样。本愿寺教团曾经通过“净土真宗”的教义结合起来，在大名的领地内建立了自治性的“寺内”，不向领主缴纳年贡。在加贺国，还流放了领主富樫并让“一向宗住持”来统治。伊势、长岛、越前、杂贺、大阪本愿寺等地的一向一揆，顽强抵抗织田信长直至最后，曾几度令其陷入危险境地。这给丰臣秀吉留下了深刻的印象。丰臣秀吉不承认脱离权力控制的“寺内”町。至于原本是武士的大名们变成了“伴天连门徒”，并强制性地让他们的“家臣们”也改宗，这比以前的本愿寺的“寺内”还要恶劣，因为它不久将成为“天下统一的阻碍”，所以更是绝对不能被允许的。
天正十五年的这两份文书表明，比起作为单纯的宗教性共同体，更令丰臣秀吉担心的是，以基督教为纽带把领主与领民联合起来，成为对统一政权的政治性反抗的核心。传教士弗罗伊斯介绍说，在文书发布的第二天，秀吉召集诸大名，并做了说明，在其宗旨说明中很好地表明了这一点。但在另一方面，和当时对本愿寺的态度一样，“平民”成为伴天连门徒是自由的。对武士政权而言，宗教就应该与政治无关，仅仅停留在精神世界。统治者只关心保持政治权力，并没有主动干涉人民精神世界的意愿。
丰臣秀吉为了与基督教国家的神圣性相对抗，在禁止基督教的“定”中强调日本是所谓 “神国”。日本神国论，自《日本书纪》之时就有类似观念；在中世，蒙古侵袭及南北朝内乱等使得这一观念不断发展。特别著名的是北畠亲房的《神皇正统记》，通过与印度、中国比较，宣称只有日本是由唯一皇统统治的，并强调天照大神的誓言是一个崭新的历史阶段开始的证据，叙述了“神国”的由来。但丰臣秀吉对传统的日本神国论进行了改造，他强调日本是“神国”，针对的是“基督教”，但不仅仅是放在作为宗教的“基督教”的对立面上，而且是放在“基督教国家”的对立面上。西方的基督教国家被看作是一种以基督教为纽带的政教合一的政体。当时欧洲各国还没有确立政教分离的原则，尤其是旧教国是处在中世纪以来的“基督教国家”理念之下的。因此，基督教被当作国家联合的纽带，传教也被当作国家的一项重要活动。这一“基督教国家”的理念据说是葡印总督介绍给大名大友氏的。丰臣秀吉的日本“神国”观，有着与这种政教合一的“基督教国”相对抗的意味。
既然规定日本是神国，就有必要确立与其相应的教义，此即“定”中所强调的“日本国的佛法”。这一点在日后被更加详细地理论化。十年后丰臣秀吉给西属吕宋岛总督的文书中，也强调日本乃“神国”，其道为“神道”，指出对方也不希望日本人在其国民中传播“神道”、改易风俗，以此拒绝了对方准许基督教传教的要求。另外，在该文书中，与“神国”规定相适宜的“神道”说也较之以前更加体系化了。日月的运行、四季的变化、天气现象、动植物的生长与运动以及人类社会的各种秩序等等，都依据“神理”做了统一的说明。出于与“基督教国家”对抗的需要，丰臣秀吉的日本“神国论”也更加精致化、体系化了。
但是，上述理论主要是对外使用的言说。丰臣秀吉并不是要把日本传统的“神道”观念，作为教义灌输给日本民众。在日本国内，秀吉使自己权力正统化的主要战略，是重视通过施行大规模的仪式与祭礼来收揽民心，并通过做关白、太政大臣等来利用传统的天皇权威。晚年的秀吉还想让死后的自己作为“新八幡”即新的战争之神而被祭祀。儒家经典《礼记》认为，对国家有大功的人，死后应该作为神来祭祀。对皇室而言，“八幡”是应神天皇的化身，石清水八幡宫是与伊势神宫并列的“二所宗庙”之一，享有特别待遇。秀吉谋求成为“新八幡”神，表明他希望在继承传统的同时，进一步把自己提升为神的再现，并使自己与皇室紧密相连，从而让自己永远活在人们的记忆里。丰臣秀吉通过把自己编入日本传统的神佛秩序之中来保持权威，并不打算费力制造新的意识形态言说。