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继承织田信长的统一事业的是丰臣秀吉（1536—1598），当时名为羽柴秀吉，出身于尾张国（今爱知县西部）中村（今名古屋），原姓木下。其父木下弥右卫门本是织田信长军的一个步兵。丰臣秀吉追随织田信长，转战各地，屡建功勋，得到了织田信长的赏识，成为近江国长浜城城主。后被命令经略日本的中国地区。在本能寺之变织田信长死后不久，丰臣秀吉成为掌握日本中央政权的所谓“天下人”。
织田信长在本能寺之变中被迫自杀的消息传到丰臣秀吉耳中时，他正在围攻备中的高松城的毛利氏势力。丰臣秀吉迅速与毛利氏和谈，率兵赶回京都，在京都西边的关隘山崎，打败了明智光秀的部队。丰臣秀吉充分利用杀死明智光秀、为织田信长报了仇的地位，积极谋求继承织田信长的权力。他反对柴田胜家等的不同意见，贯彻了自己主张，拥立年仅两岁的幼主三法师。柴田胜家支持织田信长的三子织田信孝，与丰臣秀吉对立。在天正十一年（1583）的“贱之越之战”中，丰臣秀吉军队打败柴田胜家，迫使其自杀。丰臣秀吉很快将畿内近国地区纳入自己的统治，并进一步染指北陆。不久，秀吉废掉三法师，自己正式继承织田信长的地位，前田利家等织田氏的部下转而向秀吉效忠。
天正十一年（1583），丰臣秀吉开始在曾经长期在畿内拥有很大势力的本愿寺的旧址，修建自己统治日本的据点大阪城。大阪城雄伟豪华，面积约两平方公里，每天数万劳力辛苦建造十几年才终于完成。如今人们能够看到的大阪城是德川氏在大阪之战后重新修建的，规模缩小很多。秀吉修建规模巨大的大阪城，让其属下的武士领主集中到城内居住，使其脱离自己的领地。秀吉还强制京都等地的大商人迁到大阪。这一切都象征着秀吉已经在本质上不同于传统的大名领主，而是日本统一权力的拥有者。
丰臣秀吉向北陆发展，德川家康则占据了今川氏和武田氏的领地，将骏河、远江、三河、甲州、信州等五国收入囊中。为了对抗丰臣秀吉，德川家康和织田信长的儿子织田信雄结成联盟。天正十二年（1584）三月，德川家康和织田信雄的联军在小牧山与丰臣秀吉对战。双方均深知对方力量不容小觑，为了保存实力，避免被其他势力渔翁得利，很明智地回避真正的决战。双方经过不断的秘密接触，终于握手言和。德川家康承认丰臣秀吉的领导地位，丰臣秀吉也承认德川家康的特殊地位。
丰臣秀吉解除后顾之忧，1585年征服古代残余势力高野山，完成了织田信长未能完成的任务。纪州的一向一揆也曾长期保持独立地位，但最终败于丰臣秀吉之手。秀吉为了实施长期作战，在战斗部队之外，设立了独立的兵粮补给部队，保证后勤供应。他命令军队修建了据说厚40米、高12米、长8公里的土堤
，引水淹没了一向一揆所困守的城池。从1585年到1586年，丰臣秀吉逐步征服了在小牧、长久手之战中支持德川家康的越中的佐佐成政、四国的长曾我部元亲等势力，以及中国的毛利氏、北陆的上杉氏等。1585年，丰臣秀吉命令畿内近国中央地带的直属家臣团，实施国分、国替。自从山崎之战以来，丰臣秀吉终于奠定了统一日本的军事基础。
与此同步，丰臣秀吉在朝廷所接受的官位也不断上升。诛杀明智光秀之后，他官拜从五位下左近卫少将。天正十三年（1585），升为内大臣。本来，天皇朝廷的关白一职，按照长期以来的惯例，均由藤原家族担任。丰臣秀吉便让自己成为近卫前久的养子，改姓藤原。天正十三年（1585）7月，秀吉任关白。1586年12月，任太政大臣，并被赐姓丰臣。丰臣秀吉借助传统的天皇权威，提高自己的身份地位，确立了对各地大名的稳固优势。在此基础上，他从1587年（天下十五年）到1590年，继续征伐各地尚未臣服的势力，依次征服九州的岛津氏、关东的后北条氏以及奥羽的各个大名，实现了日本的全国统一。
天正十五年（1587），丰臣秀吉进兵九州，首先进攻岛津氏。岛津氏自镰仓时代以来就是守护家，自觉出身高贵，有强烈的家格意识，拒绝服从只是出身于百姓的丰臣秀吉。丰臣秀吉此次出兵九州，动员了25万大军，可以说是轻而易举地就降伏了岛津氏。丰臣秀吉把九州各国分封给各路诸侯。但是，长期以来扎根在土地上的地方领主、土豪阶层，却并不那么容易服从。首先是在以肥后北部为中心的地方，在地领主所领导的一揆纷纷出现，并向丰前、肥前、筑前等地蔓延。九州是日本比较落后的地区，地方领主向来独立地支配着地方村落，连强大的地方大名权力都无法形成，更不愿接受丰臣秀吉政权所推行的彻底的兵农分离政策。但是双方实力悬殊，地方一揆很快就被镇压下去。此外，还从耶稣会手中收回了长崎。
在平定九州的过程中，丰臣秀吉充分利用天皇的权威，为自己的征服战争正名。天正十五年（1587），丰臣秀吉在京都的内野为自己建造了非常豪华的宅邸，叫聚乐第。天正十六年（1588）四月，他在聚乐第迎接前来行幸的后阳成天皇，召集各大名，举行了盛大的仪式。丰臣秀吉向天皇奉献7000余石的土地作为皇室领地（“御料地”），并让各大名宣誓不会抢夺“御料地”。诸大名宣誓要世世代代效忠于皇室，服从关白即丰臣秀吉的命令。
丰臣秀吉平定九州之后，便开始策划征服关东。丰臣秀吉本来希望能够避免战争，数次催促北条氏政、北条氏直父子到京都来表示臣服，均被拒绝。天正十八年（1590），丰臣秀吉打着敕命的旗号，将兵锋指向关东地方的豪族北条氏。各地大名奉命出征，进攻小田原的兵力号称有30万。攻击小田原城的时候，德川家康军队约3万人，担任先锋。丰臣秀吉采取了持久作战的方针，包围了北条家族的据点小田原城，断绝其粮道，同时攻打关东其他地方势力，翦除北条氏的羽翼。北条氏坚守小田原城三个月后，终于开城投降。最后剩下的是奥州，然而在攻击小田原的过程中，南奥羽的伊达正宗向丰臣秀吉表示臣服，平定奥州的任务已经非常简单。真正顽强抵抗的依然是地方领主领导的一揆，结局也是被丰臣秀吉的强权所镇压。在本能寺之变八年之后，丰臣秀吉基本完成了织田信长未能实现的统一日本的霸业。文禄二年（1593），丰臣秀吉又使统治北海道南端的松前氏臣服，松前庆广起誓忠于丰臣秀吉，被丰臣秀吉认可为虾夷地的领主。日后，丰臣秀吉辞世，德川家康掌权，他在1599年命令松前上交领土地图，并批准其为领主。松前家从此向德川氏效忠，成为与日本各地大名一样的地方大名。