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1876—1877年，曾跟随岩仓使节团访问欧美的文部大辅田中不二麿考察了美国各州的教育制度，回国后起草了报告书《美国教育法》。驻美代理公使森有礼聘请来日本担任文部省学监督的美国人穆尔莱（David Murray）也在1877年提出建议书《学监考案：日本教育法》，主张调整《学制》，改行美国式的自由主义教育。田中随即组成专门班子，参照穆尔莱的建议，制定《日本教育令》，对文部卿职权、学校分类、建校方式、课程、学制、学龄、学费、学龄、教师等项作出78条规定。
1878年11月，文部省将《日本教育令》奏报天皇睦仁，获得批准。
1879年9月，太政官公布了将《日本教育令》的条文简化为47条的《教育令》。与《学制》相比较，《教育令》取消全国划一的学区制，每个町村或数个町村可以因地制宜地创办公立小学，町村选举的学务委员府知事、县令监督下，负责儿童就学、维护学校设施等事务。《教育令》规定小学学制一般为8年，也可根据当地情况，缩短为4年以上；6岁至14岁为学龄，儿童须在学龄期间接受至少16个月的普通教育；中学讲授高等普通学科；大学讲授法学、理学、医学、文学等专门诸科；师范学校培养教员；专门学校讲授一门专科。《教育令》规定小学教师无男女区别，但须年满18周岁以上；公立小学教师应取得师范学校毕业证书，无此证书但具备相应学力者也可担任小学教师；中学以上不得男女同校，听课费的收取可自行决定，不得体罚学生等。
由于《教育令》强调适当放权、因地制宜办教育，因此也被称为“自由教育令”。
1880年6月，文部卿河野敏镰与文部大书记官岛田三郎前往京都府、山梨县、长野县、三重县、岐阜县和爱知县等地考察《教育令》实施效果。河野等发现“人民误解了教育令的宗旨”，“政府将学事放手交给人民，不加督促、干涉”，造成“轻视学事”、“随意变更教则”、学区委员空缺、压缩师范学校的经费等问题，
自由放任的乱象丛生。在长野县，北部地区的学校管理混乱，南部地区的学校则因地方官员“勤勉于学政”而秩序井然；三重县“学校萧条、教育慵懒、学生散乱、教则不整”，原因“全在地方官是否重视学事并加以督导鼓励而已”。河野等注意到小学教师收入微薄，社会地位在郡区村吏之下，不受当地居民的尊重；仍有仅具有初等小学教育学历的少年担任教师或助教，师资力量堪忧；修身课的设置和效果差强人意；文部省下发的年度小学补助金数量少，最低者不过23元；小学校舍往往借用旧寺庙或民居，教室狭窄、使用不便；等等。针对上述问题，河野等提出加强领导，增加对教育的投入、奖励学事，强调“教育的进路依然在于政府实施干涉主义”等应对之策。
河野的考察报告引起政府的重视，8月，设置了修改《教育令》的机构“临时学务取调挂”，着手调整。
1880年12月9日，河野敏镰向天皇呈报《教育令改造案建议》，认为颁行《教育令》后，存在着“急于清除学制的庞杂和过度限制”，“将不可放任之处也加以放任”等问题，
要求政府加强对教育的管理。为此，河野等提出《改正教育令方案》，主张：（1）统一规定读书、习字、算术、地理、历史、修身等6门课程为基础课程。（2）在各自区域内设置的公立、私立小学，均须得到府知事或县令的批准；学区委员改称学务委员，人数多寡、薪金高低均由区町村评议决定，并最终须经府县报文部省批准；府县应就就学督责制定规则，但须经文部卿批准。（3）统一规定小学的学制为3—8年；每个学年的授课时间为32周以上，每日授课时间为3—6学时。（4）对学龄儿童无法入学或无财力设置小学之处，派出教员巡回授课、普及教育。（5）公立学校、幼儿园、图书馆的设置或撤销等事宜，均须经各级政府的批准，报文部卿认可；文部卿通过府知事、县令，向各地公立小学、师范学校发放补助金。
1880年12月29日，太政官正式公布经天皇和元老院批准的《改正教育令》。较之《教育令》，《改正教育令》的特点是：（1）突出传统道德教育。规定小学初等学科的课程为，“修身、读书、习字、算数、地理、历史等”，修身课排在各课之首；规定“品行不正者不得为教员”，贯彻《教学大旨》关于“教学之要”在于“明仁义忠孝，究知识才艺，以尽人道”。（2）恢复了学制式的政府对教育的管控。各町村设立小学校需要“根据府知事、县令的指示”；学务委员由居民推荐，再由府知事、县令任命；监督就学的规则，以及各级公立与私立学校、幼儿园、图书馆的设置或撤销须经文部卿、府知事、县令的认可，文部卿的权限大为增强。（3）统一规定学校的种类，计有小学、中学、大学、师范学校、专门学校、农业学校、商业学校、职工学校等；其中，农业学校设农耕专业、商学校设商买专业、职工学校讲授百工技艺等。
1881年5月，依据《改正教育令》，文部省颁发《小学校教则纲领》。其中规定，小学分为初等、中等、高等三级，修身、读书、习字及算术课程为必修课；小学学制统一规定为8年，初等和中等小学各为3年，高等小学2年；每天授课5小时；初等科的修身课要求讲授“简易的格言”和事实，中等科和高等科主要讲授“稍高尚的格言”和事实，以“涵养儿童的德性”；中等科的历史课讲授神武天皇即位以来的“建国体制”，直至复古维新的梗概，“务使学生了解沿革的原因结果，特别养成尊王爱国的志气”；等等。
1885年8月，太政官公布了将条文进一步简化为31条的《再次改正教育令》，坚持政府干涉教育的方针。12月，政府机构由太政官制改为内阁制，首任文部大臣森有礼着手推行国家主义的教育改革。很快，国家主义的教育方针得到最高领导人的认可。1886年3月，天皇睦仁发布第3号敕令，公布了《帝国大学令》。4月，睦仁发布了第13—16号敕令，公布了《师范学校令》《小学校令》《中学校令》和《诸学校通则》，以上学校的法规总称为《学校令》，贯彻国家主义的《学校令》体制出台。
《帝国大学令》的第1条规定“帝国大学以依据国家的需要，讲授学术、技艺以及钻研其底蕴为目的”；在文部大臣的指导下，大学成为国家高级官僚的培养机构。
据此，1886年东京大学改称东京帝国大学，1897年设立京都帝国大学，1907年设立东北帝国大学，1911年设立九州帝国大学，基本完成明治时代帝国大学的布局。《中学校令》规定中学分为普通（寻常）中学和高等中学，高中也为国家官吏的培养机构。据此，作为东京帝大预备学校第一高等中学校、大阪的第三高等中学校和东京高等师范学校并称为高中的名校。《小学校令》规定小学分为普通（寻常）小学和高等小学两类；赋予府知事、县令决定校址、就学规则、家长承担学费额度、捐赠支出的方法、教师薪俸数额、学校资产管理规则，以及听取学校财务收支报告、批准私立学校从事普通教育等多种权力；规定文部大臣掌握小学的学科设置、教科书的审定权。
由此形成文部省审定教科书的制度。5月，文部省发布《小学学科及其程度》，在全国范围内统一小学课程和教学要求。1886年5月，文部省还发布《教科用图书检定条例》。1887年5月，发布《教科用图书检定规则》，将教科书的国家审定制度进一步条例化。《学校令》取代《教育令》，结束了自《学制》颁布以来、从模仿欧美式教育体制到建立日本式教育体制的探索，确立天皇制教育方针的时机已经成熟。
1890年2月，地方官会议就教育方针问题发声。会议指责“当今学校教育偏重智育，弊病严重”，特别是“教师偏执于各自之私人学说，却不懂道德之本源和忠孝之道”；强调“确立道德之大本以统一民心，乃当务之急”。
山县有朋内阁对此表示高度重视，立即责成文相芳川显正邀集天皇的洋学侍讲、东京帝大教授、贵族院议员中村正直，与枢密顾问官元田永孚、井上毅，着手拟定新的教育方针，并以敕语的方式发布。元田、中村、井上儒学造诣深厚，与皇权关系密切，均为“忠君爱国”理念的倡导者，中村和井上有过留洋经历。中村最先拟定了不乏神道色彩的功利主义的敕语草案，山县看后并不满意，转送井上毅征询意见。井上认为教育敕语与其他敕语有所不同，主张兼采“为之君、为之师”的“支那旧说”，以及“遵照今日立宪政体的主义，君主不干涉臣民良心的自由”的新说，
6月，重新加以起草。在此基础上，元田的儒学国教论与井上的立宪君主论相互妥协，《教育敕语》定稿。
1890年10月30日，《教育敕语》隆重发布。其文曰：“朕惟我皇祖皇宗，肇国宏远，树德深厚。我臣民克忠克孝，亿兆一心，世济厥美。此乃我国体之精华，而教育之渊源亦实在于此。我臣民孝于父母、友于兄弟，夫妇相和、朋友相信，恭俭持己、博爱及众，修学习业以启发智能，成就德器。进而扩大公益、开展世务，常重国宪、尊国法。一旦有缓急，则义勇奉公，以辅佐天壤无穷之皇运。如是，不仅为朕之忠良臣民，亦足以彰显尔先祖之遗风。斯道也，实为我皇祖皇宗之遗训，子孙臣民俱应遵守，通于古今而不谬，施于内外而不悖。朕希望与尔臣民俱拳拳服膺，庶几咸一其德。”
《教育敕语》将“皇祖皇宗，肇国宏远”和“我臣民克忠克孝”说成是教育的源头，“国体论”构成教育方针的核心。传统的儒学五伦意识与近代的公益、宪法、法制观念相交织，并在臣民“辅佐天壤无穷之皇运”的终极点上实现了融合。《教育敕语》的颁布，标志着教育方针最终转向天皇制意识形态，形成国家主义的教育体制。此一方针的短期效果显著，培养了一代代“忠君爱国”的“忠良臣民”。从长期效果看，明治维新在器物和制度层次的近代化取得进展，但终究因意识形态出现重大偏差和倒退，埋下军国癫狂一朝败之的祸根。