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明治建政前10年，日本国内的动荡和混乱持续不断。据青木虹二的统计，1868—1877年的10年之间，农民骚动、暴动508次，其中67.5%集中在前5年，高达343次，这里面，针对政府新政的就有177次，为总数的51.6%。
在1868—1872年明治政府以建立中央集权体制为中心的改革时期，农民骚动、暴动平均每年为94次，每月平均近8次。农民骚动、暴动频繁，目的却不尽相同。1869年1月，越后国（今新潟县）1.5万农民群起请愿，要求年贡减半；10月，越中国（今富山县）2万农民骚动，焚烧土地账簿、驱赶村吏并自行夺取地主的土地。1876年12月，三重县饭野郡农民抗议政府的地租率过高，举行暴动。上述反抗行动具有反封建、反剥削的色彩，有其进步意义。
1871年8月废藩置县后，广岛县旧藩主奉命入住东京，县民群起阻止，和平请愿迅速演变为长达一个半月的骚乱。10月，播磨国（今兵库县）农民反对取消“秽多”的贱民身份而举行暴动，击杀县知事。1872年1月，备中国（今冈山县境内）千余自称“旧民”的农民反对贱民列入平民籍，冲击中津井村阵屋，夺取大炮、弹药，炮击“新平民”，并烧毁其住屋，四处放火。政府出动军队，予以镇压。
政府采用国际公历、征兵制和小学校给农民造成的负担，以及农民对电线杆、电线的嗡嗡作响的不理解乃至产生恐怖感，往往酿成集体打砸事件。城里的市民也因币制改革、物价高涨和治安秩序不稳而怨声载道，张贴反政府的传单。上述针对新政改革的群体事件，反映了社会转型时期的底层民众不满现实，对未来充满不安和彷徨的心态。
较之缺乏组织和领导且分散的农民暴动，士族的暴动和叛乱，比农民的反抗更令政府头痛。40万家臣武士被抛进维新改革的实验场，特权地位的丧失、对社会新角色的不适应以及心理失衡，每每滋生失落、痛苦和愤怒的情绪，积累着对新政的不满和仇恨。于是，在明治初期的日本 社会出现危险的反政府群体，即“不平士族”。由于士族热衷政治斗争，掌握军事手段，集团行动的组织力、爆发力俱强，对政府的冲击力远远大于农民暴动或骚乱，构成新政权维稳的真正威胁。
不平士族的反政府行动，起初多采用个人恐怖手段。1869年1月，担任政府参与之职的横井小楠被指“私通洋夷”、“散播洋教”，遭暗杀。9月，主张武士脱刀、实行征兵制的兵部大辅大村益次郎被暗杀。1871年1月，支持“版籍奉还”的民部大辅、参议广泽真臣遇刺。维新政府的三位高官接连被刺杀，震惊了整个日本社会。在政府内部，守旧派官僚岛津久光等同情甚至包庇凶手，助长了不平士族的嚣张气焰。
1869年11月至1870年2月，在戊辰战争中立下战功的长州藩诸队千余名官兵举行暴动，反对散发脱刀、撤销藩兵，对新政展开集团性的武力对抗。1874年2月，在“征韩论”政争后黯然返乡的前参议、前司法卿江藤新平同当地的“征韩党”沆瀣一气，与前秋田县权令、“忧国党”首领岛义勇等合伙，利用米价暴涨、天花流行和福冈县出现骚乱的时机，发动佐贺叛乱。近1.2万士族卷入其中，叛军攻占县厅，宣称启动第二次维新。在“佐贺之乱”中，失意官僚与不平士族联合行动，震惊了明治政府。内务卿大久保利通坐镇福冈，调集熊本、广岛、大阪三镇台之兵，全力镇压。3月，政府军夺回佐贺城，叛军阵亡170余名。4月，江藤等13名为首者被斩杀，400余名叛乱士族被判刑。
1876年10月24日至28日，4天之内，九州、本州地区的士族叛乱此起彼伏。10月24日，前熊本藩百余名不平士族反对发布《废刀令》，要求攘夷、复古。在太田黑伴带领下，突袭熊本镇台，杀死司令官种田政明，引发“神风连之乱”。10月27日，宫崎车之助率领福冈县前秋月藩的不平士族群起响应“神风连之乱”，发动“秋月之乱”。10月28日，前参议、兵部大辅前原一诚在山口县发动“萩之乱”，予以策应。10月29日，本州岛青森县前斗南藩的不平士族在勇冈久茂的策划下，试图袭击千叶县县厅，以呼应前原在山口县发动的“萩之乱”。明治政府出动军队，将上述叛乱悉数加以镇压。
1877年，不平士族叛乱达到最高潮。2月，前参议、陆军大将西乡隆盛在鹿儿岛县发动了以“敬天爱民”、“新政厚德”为旗号的最大规模叛乱。各地不平士族或举行暴动予以呼应，或赶来投奔，叛军人数迅速增加为4万余人，兵围熊本城。明治政府尽全力应对西乡叛乱。天皇睦仁发布诏书下令讨逆，有栖川宫炽仁亲王出任征讨总督，内务卿大久保利通多方调度，紧急出动了80%以上的常备军，投入战斗。继戊辰战争之后，第二次最大规模的内战，即“西南战争”爆发。政府出动6万余陆军和11艘战舰，紧急调往九州战区，围攻西乡叛军。9月，西乡隆盛兵败，逃回鹿尔岛，在城山的洞窟中自杀身亡。西南战争长达7个月，政府军阵亡6278人，受伤9523人；西乡军伤亡2万余人。
西乡败亡后，不平士族彻底放弃了武力反抗。
在明治初年，流言或谣传引发动乱、暴动的情况也屡有发生。1868年3月，明治政府陆续出台了诸如《神佛分离令》等政令，禁止僧侣从事神社事务，不许把佛像当成神体来礼敬，并拆除神社中的佛像、佛具，进而取消僧位僧官，命令僧侣还俗，鼓动废佛毁释。佛教、佛寺曾经是幕府实行思想统治和人身支配的工具，享有多种特权而招致不满和嫉恨。政府的废佛毁释举措被无限夸大和利用。藩主借打击佛教之机，夺占寺院的土地；神官要独尊神道；农民要摆脱佛寺的剥削。一经政府发动，在西南日本掀起废佛毁释狂潮。随着戊辰战争期间政府统治区的扩大，废佛毁释风潮席卷列岛，爆发了大规模的毁灭佛教文化的群体行动。
在萨摩藩、富山藩、松本藩、津和野藩等地，废佛毁释风潮最为激烈。骚动过后，佛寺荡然无存，僧尼流离失所。在京都、奈良、镰仓等佛教圣地，堪称国宝级的佛像、佛具、佛经被打砸或被付之一炬。全国约半数的佛教寺院惨遭毁坏，僧侣被迫还俗。直到1871年7月，明治政府担心彻底摧毁佛教会引起天主教的盛行，才逐渐放缓了对佛教几近毁灭性的打击。1872年4月，太政官发布解禁令，允许僧侣蓄发、食肉、娶妻和穿用常服，促其平民化；通告保护佛教各宗派，信佛自由。废佛毁释风潮并非反政府运动，却加剧社会动荡不安的氛围。
1872年11月，太政官发布《征兵告谕》，宣布“凡天地之间，一事一物，无不以纳税充实国内。凡为人者节不可不尽心竭力以求报国，西人称之为血税，谓其以鲜血报国也。”
告谕的本意是动员国民应征当兵，以生命和鲜血报效国家。但“血税”两字被讹传为政府要把应征的青年倒悬起来，抽血供洋人饮用，还说横滨洋人的红葡萄酒、使用的红地毯、红色军服等都是日本男儿的鲜血染红的。谣言不胫而走，反征兵的“血税”暴动频频发生。
1873年6月，在香川县，征兵令发布后，农民对“血税”疑惧不安，议论纷纷。西郡村民与户长发生激烈争吵，对新政和村吏横行早已不满的农民集体行动，焚毁户长住宅。消息迅速传开，区内2000余名农民一哄而起，放火焚烧正副户长家屋、村事务所、仓库和小学校，骚乱波及丰田、三野、多度、那珂、阿野、香川等7郡，万数农民卷入。至7月初，被焚毁的派出所、事务所、村吏住宅、小学校等共599处，波及130个村庄、34个区。政府急调军队和警察，赶来镇压，大批农民被捕，处死7人，判刑者49人，杖责者103人，鞭打者26人，被处罚款者16416人。
流言引发大规模群体事件的真正原因，在于明治维新涉及社会角色的再定位、社会利益的再调整和社会资源的再分配，不同社会阶级对维新举措的理解和感受并不相同。由于征发农民的次子、三子当兵，青壮劳动力被抽走，自然引起反感与焦灼，导致群起反征兵。但暴动与“血税”发生联系，则同社会传言、流言引起的恐慌、心理不无关系。
针对复杂局面，明治政府兼用两手政策，既借助武力镇压，也加强舆论导向和社会教化。1869年2月，明治政府发布《新闻印行条例》，禁止批评新政新法。同时，通过大力宣扬崇皇敬神、“万世一系”的国体意识，统一并稳定民众的思想。1870年1月，天皇睦仁发布《大教宣布诏》，内称：“朕恭惟，天神天祖立极垂统，列祖相承，继之述之。祭政一致，亿兆同心，治教明于上，风俗美于下。而中世以降，时有污隆，道有显晦矣。今也天运循环，百度维新。宜明治教，以宣扬惟神之道也，因新命宣教使布教天下。”
在“惟神大道”的名义，发起统一民众思想的尊皇敬神运动。
1871年7月，太政官发布《大教旨要》，强调“大教之旨要，在敬神明，明人伦，使亿兆正其心，尽心尽职，以侍奉朝廷”；若“其心不能正，政不能治，职不能尽责”。
政府向各地派出宣教使，安排与庶民关系最密切的神官、僧侣、讲谈师、落语演员，在各处宣讲“大教”神道。1872年9月，在东京设置大教院，府县设置中教院，各区设置小教院，设置正权大教、中教、少教、大讲、中讲、少讲、训导等14级宣教师，开展宣讲活动。1873年5月，大教院发布《三章教宪》（亦称《三条教则》），统一规定宣教师必须恪守的三条教宪是：“必须体会敬神爱国的宗旨”；“必须明确天地人道”；“必须拥戴天皇，尊奉朝旨”，
将尊皇敬神意识贯彻到市町村。除此之外，明治政府还以文明开化、破除迷信为理由，把来自中国，已沿袭千余年的上巳、端午、七夕、重阳等国家传统节庆日降格或取消，将明治天皇的诞辰、神武天皇的登基日，分别规定为天长节、纪元节等国家节庆日，把崇皇敬神的意识长时期地固定下来。