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1867年12月9日，由总裁、议定、参与等三级官员组成的“三职制”明治政府成立。其建政公告《王政复古大号令》宣布“实行王政复古”，“挽回国威”。新政府废除摄关、幕府，“暂设总裁、议定、参与三职，处置万机”；强调“圣意欲与天下休戚与共，故切望各自勉励，一扫旧来骄惰之陋习，以尽忠报国之诚意，努力奉公”。
明治维新，自此启动。
明治建政伊始的三职制，反映其政府机构相对简单。天皇之下，有栖川宫炽仁亲王任总裁；10名议定由仁和寺宫嘉彰亲王、中山忠能等皇族、公卿和岛津忠义、德川庆胜、山内容堂等雄藩藩主组成；20名参与中有大原重德、岩仓具视、大久保利通、西乡隆盛、广泽真臣、后藤象二郎、由利公正等中下级公卿、藩士。三职制沿用庆应官制改革的总裁制，复活了传统的天皇制，在公卿、大名和藩士之间的首次权力分配中，“复古”与“一新”两种思潮实现了互动。
1868年1月3日，鸟羽、伏见之战打响。来自越前藩的参与由利公正受命制定“大义所在的方针”，遂拟定《议事之体大意》五条：（1）“遂庶民之志，欲使人心不倦”；（2）“士民一心，盛行经纶”；（3）“求知识于世界，广振皇基”；（4）“贡士限期，以让贤才”；（5）“万机决于公论，勿论之以私”。
由利深受横井小楠平民主义的立场影响，将“遂庶民之志”列为首条，主张限制诸藩代表“贡士”的发言权；对外强调“求知识于世界”。
随后，来自土佐藩的参与福冈孝弟按照公议政体派的需要，将由利初稿改称《会盟》，顺序调整为：（1）“兴列侯会议，万机决于公论”；（2）“官武一途以至庶民，各遂其志，务使人心不倦”：（3）“上下一心，盛行经纶”；（4）“求知识于世界，大振皇基”；（5）“征士限期，以让贤才”。
为确保藩主的发言权，“兴列侯会议”位列首条；强调朝廷与诸藩联合执政的“官武一途”，限制由朝廷选拔的“征士”。尽管由利、福冈两稿中的政治立场有异，但一致主张“求知识与世界”，学习欧美先进制度和文化。保守派公卿对此十分敏感，攻击由利、福冈之两稿模仿外国体制而损害“神国之体”，遂将其束之高阁。
1月5日，官军在鸟羽、伏见首战告捷，明治政府的信心增强。10日，外国事务取调挂东久世通禧在兵库会见各国驻日公使，递交《通告各国国书》。其文称：“日本国天皇告各国帝王及其臣人，向者，德川庆喜请归政权，制允之。内外政事亲裁之，乃曰：从前条约虽用大君名称，自今而后当以天皇称。而各国交接之职，专命有司等。各国公使谅知斯旨。”
初登国际舞台的明治政权，强调自身为代表日本的正统政府。15日，政府发表《开国指示书》，内称“方今世态大变，势不可止”；对幕府缔结的条约要在“公议利害得失之后，加以修改。与外国交际，须以宇内之公法待之。”
借此表明维新政府继续对外开放的姿态。
1月17日，明治政府对官制进行第一次调整，新设神祇、内国、外国、陆海军、会计、刑法、制度等7个事务科，称“三职七科制”，初步划定了不同官署之间的职权范围。各科的长官称“总督”，由议定担任；副长官“事务挂”由参与担任。2月，三职制官制进行第二次调整，原先的“科”改称“局”，分置“督”、“辅”、“权辅”、“判事”、“权判事”等不同级别的官吏。因增设总裁局，七科变成了八局，称“三职八局制”。从七科到八局，政府部门的职权愈加明确，大名由主官降为副职，倒幕派藩士逐渐掌握枢要部门的权力，成为维新官僚。欧美国家的三权分立、代议制等新事物，进入制度建设的程序。
3月初，东征军包围江户城。为昭告天下、争取民心，副总裁三条实美、议定岩仓具视和大久保利通责成总裁局顾问木户孝允起草建政总方针。木户是个皇权主义者，热衷于建立天皇首位的“一君万民”体制。经其对福冈稿的删改，《会盟》改为天皇率群臣向神明盟誓的《誓文》，对外方针增补“破旧来之陋习，服从宇内之通义”一条。再经岩仓润色，将服从宇内之通义”改为“基于天地之公道”，最终形成维新总方针《五条誓文》。其内容为：（1）“广兴会议，万机决于公论”；（2）“上下一心，盛行经纶”；（3）“官武一途以至庶民，各遂其志，务使人心不倦”；（4）“破旧来之陋习，基于天地之公道”；（5）“求知识于世界，大振皇基”。
誓文的前三条为建立“一君万民”体制的内政方针；后两条为对外方针，强调遵循“天地公道”即国际法、学习欧美先进文化。
3月14日，明治天皇睦仁率领群臣祭拜天地神祇、列祖列宗，公布了《五条誓文》。同日，睦仁又颁发了《宣扬国威宸翰》（《安抚亿兆宸翰》），强调伴随“各国竞相雄飞四方”的“世界形势”，实施维新。宸翰追忆往昔历代天皇“亲理万机”，“征伐不臣”而“君臣相亲”而“耀国威于海外”，表示天皇要“亲自经营四方，安抚汝亿兆，遂开拓万里波涛，宣布国威于四方，置天下于富岳之安稳”；要求臣民“助朕之业，保全神州”。
宸翰重申对外开放政策，宣示了安内竞外、雄飞海外的建政方针。
翌日，太政官公示以庶民和藩士为对象的政府告示牌《五榜揭示》。其中，三块长期公示的告示牌“定札”分别载明：第一札，“应正五伦之道”、“不得做杀人烧家盗财等坏事”；第二札，严禁聚众滋事、强诉和逃散；第三札，禁止天主教和邪教。两块经常更新的告示牌“觉札”分别规定；第四札，“王政一新”之际，“全国人民应拥戴睿旨”，“以万国公法来履行条约”，不得“恣意杀害外国人或胡作非为而违反朝命，酿成国难”，违者“削除士籍，处以至当之刑罚”；第五札，严禁士民脱离本藩本乡，否则惩罚其主家。
在《五榜揭示》中，除遵法守约的开明性条款之外，余者重申了幕府时代统治庶民和禁教政策，显示了维新政府的保守性。
闰4月21日，担任参与之职的副岛种臣、福冈孝弟参照《联邦志略》《西洋事情》《令义解》《美国宪法》，编成《政体书》，27日予以公布。《政体书》强调“以实施《五条誓文》为目的，制订国策、建立规章制度”，撤销三职制，改行太政官制，“天下之权力皆归太政官”，对官制实施重大调整。中央政府由议政、行政、神祇、会计、军务、外国、刑法官等七官署与上下二局组成，史称“七官二局”制。
太政官制仿照欧美三权分立原则，将“太政官之权力分为立法、行政、司法三权”，分设议政官、行政官和刑法官，立法官与行政官不得兼任；诸官任期4年，由“用公选投票”选出；设征士、贡士，“建立议事之制，为实行舆论公议”。还规定“为官者不得私自在家中与他人议论政事”等官场纪律，
迈出了制度建设的重要一步。由于维新官僚对欧美政治体制不甚明了，《政体书》对欧美三权分立、代议制的模仿不得要领。因议会、内阁、最高法院尚未建立，三权分立有理念而无载体；各官厅长官由选举产生，上下二局的下局议员却由地方推荐产生。
太政官体制建立后，大久保利通、木户孝允、西乡隆盛、板垣退助等藩士参与们同大名、公卿的议定们平起平坐，同为上局成员，参与国政。在议政官的8名议定中，仅保留公议政体派大名松平庆永1人；在9名参与中，大久保等藩士出身的维新功臣占6名。1869年3月，设置公议所，遴选诸藩的执政、参政为公议人，权且充任议员。5月，举行空前绝后的三等官互选。结果，在议政官上院3名议定的选举中，公议政体派大名全部落选；在9名参与的选举中，大久保、木户、板垣、副岛种臣等藩士当选，大久保和木户的所得票数遥遥领先。
在戊辰战争期间，政府在官军占领的大坂、江户、京都等大都市设府，在各占领地设县，开始建立中央集权体制的日程。1868年2月，木户孝允率先建议版籍奉还，一扫藩国分立的“七百年的积弊”，诸侯将版图（领地）和户籍（领民）归还朝廷。萨长土肥四藩的维新功臣大久保利通、板垣退助、大隈重信等赞成木户的建议，分头游说各自的藩主。1869年1月，萨长土肥四藩主联名向朝廷递交了《版籍奉还上表文》，内称“天祖肇临开国立基以来，皇统一系，万世无穷。普天率土，无不为其所有，无不为其臣子，此即大体。”
为此，他们愿将领有的版图户籍（即土地人口）奉还朝廷。一经萨长土肥四雄藩带头，其余200多家藩主也纷纷仿效，版籍奉还。至6月，版籍奉还的过程基本结束。262个大名变成由明治政府任免的地方官“知藩事”，政权中央集权化迈出重要的一步。
1869年7月8日，太政官制实施调整，改行“二官六省制”，复古思潮反弹。新颁布的《职员令》规定主管神道祭祀的神祇官居于主管国政的太政官之上；太政官设左大臣、右大臣、大纳言、参议四等官，下辖民部、大藏、兵部、刑部、宫内、外务省等六省，各省设卿、辅、大辅、少辅担任四等官；还设置了监察机构弹正台和集议院。新设的省厅名称多取自1 200年前律令制时代官署称谓，突出神权，与《政体书》的三权分立原则渐行渐远。在维新官僚的努力下，1870年闰10月，新设主管近代产业开发的工部省。1871年7月，将刑部省与弹正台合并为司法省，增设文部省。
版籍奉还后，藩主与家臣分离，人心涣散，藩财政负债累累。至废藩前，诸藩负债总额达1.25亿元，负债额是诸藩平均岁入的3.6倍，
知藩事们狼狈不堪，急欲进京享受华族待遇。因此，早在1869年7月，丹波国的龙冈藩、上总国的菊间藩、河内国的狭山藩等小藩的知藩事已上书政府，请求废藩。12月，政府接受其请求，撤藩置县。
诸藩走向没落，中央政府的力量日益增强，介入藩政的力度随之加大。1870年3月，政府制定《常备队规则》，统一规定了诸藩士兵服役的年龄为18岁至37岁；兵额为每万石可养兵1小队等，剥夺诸藩的军队编制权。9月，政府发布《藩制改革令》，指令诸藩按照统一的官制任命官吏；规定诸藩岁入的1/10为知藩事的家禄，余额的1/2上缴政府；诸藩士族俸禄的增减，须经政府批准，知藩事不得自作主张，诸藩财政由政府控制。
明治政府之所以加强对诸藩的控制，在经济上是因为随着国家会计制度的建立，急需把地方的财政统一于中央财政。在政治上，戊辰战争结束后明治政府拥有完整的外交权，但内政权却不完整，不利于巩固政府统绐。诸藩的农民暴动与士族的骚乱此起彼伏，也需用强制手段，结束混乱局面。1868年11月，兵库县知事伊藤博文提出了废藩置县的建议，强调“全国政治归一”是国家独立和文明开化的前提。
1870年10月，大久保利通、岩仓具视在《建国体制原则》的14条改革方案中列入了废藩置县。至此，维新官僚就建立中央集权体制的问题达成共识。
1871年6月，太政官实行第二次调整，对中央各职能部门长官的人事安排加以变动。增补西乡隆盛为参议，其他所有参议除木户孝允留任以外，全部辞职并转任行政部门的长官：大久保利通取代宇和岛藩主伊达宗城，出任大藏卿，山县有朋由兵部少辅提升为大辅，岩仓具视出任外务卿3个月后、交由肥前藩的副岛种臣继任，大木乔任则由民部大辅提升为文部卿。通过这次调整，政府要害部门的实权由出身于萨长土肥四藩的维新功臣掌握，废藩的时机逐渐成熟。
7月14日，明治天皇颁布《废藩置县诏书》，宣布为“保安亿兆而与各国对峙”，宜“名实相副，政令归一”；强调“今日废藩为县，是务必除冗就简，去有名无实之弊，无政令多歧之忧。”
。府县藩三治制被撤销，在全国设东京、大阪、京都3府及302县；所有藩知事的家禄数额、华族身份不变，一律辞职、举家迁居东京；诸藩租税征收权和所有债务均由政府负担；所有府知事和县令均由中央政府派遣。通过废藩置县，彻底清算了幕藩体制，理顺了中央和地方的关系，形成政令归一的中央集权体制。
7月29日，太政官官制再次调整，采用由正院、左院和右院构成的三院制。正院为最高权力机构，置太政大臣1名、左大臣2名、右大臣1名，参议15名；下设神祇、外务、大藏、兵部、文部、工部、司法、宫内省等8省和北海道开拓使。左院为立法机构，但必须接受正院的指导，议长由参议兼任，议员由正院任命。右院为审议、咨询机构，成员为各省的长官、次官。此次官制调整，将神祇官降低为正院下辖的一个省，淡化复古色彩，但对欧美式的三权分立原则依然不得要领。三院制体制之下，行政权不受立法、司法权力的制约，行政机构大权在握，适应了推行激进改革的需要。
通过此次太政官体制调整，锐意改革的维新官僚控制了权力要枢。太政官三大臣中，三条实美继任太政大臣，岩仓具视为右大臣，有栖川宫炽仁亲王和岛津久光并列为左大臣；三名内阁顾问分别为岛津、木户孝允和黑田清隆，藩士出身者居多；12名参议中，除胜海舟为留用的旧幕臣，其余11名参议中的为木户孝允、西乡隆盛、大久保利通、板垣退助、大隈重信、伊藤博文等人，均为倒幕维新功臣。宫内省之外的其余7省的主官，也由藩士出身的维新功臣担任。1872年2月，太政官撤销兵部省，改设陆军省、海军省。山县有朋任陆军大辅，翌年6月升职陆军卿；胜海舟任海军大辅，翌年10月，升任海军卿。1873年11月，增设内务省，大久保出任首届省卿。在维新官僚中，来自萨长土肥四雄藩的官僚控制了内政、外交、军事、司法、教育等部门的大权，形成藩阀势力。其中，萨长藩阀位高权重，构成明治初期政治文化的一大特色。
从明治建政之初的三职制，至废藩置县、建立中央集权体制，是创建推进近代化政策前提的“政令归一”过程。政府内部的革新与保守两派，既对立又合作。弹正尹久迩宫朝彦亲王、公卿外山光辅、左大臣岛津久光、近侍天皇的国学者玉松操、儒学者元田永孚等构成保守派，以神祇官和刑部的弹正台为据点，热衷于王政复古、政祭一致，重建古代律令制体制，举凡神佛分离、设立纪元节、突出神祇官的地位等复古举措，多出于此辈之手。下级公卿三条实美、岩仓具视和中下级武士大久保利通、木户孝允、西乡隆盛、伊藤博文、大隈重信、板垣退助等组成革新派，践行《五条誓文》的精神，实行全方位的改革，在政治斗争和权力分配中，逐渐占据了主流地位，成为推动日本近代化进程的主导力量。保守、革新两派虽有政见分歧，却并非势同水火。“复古”与“一新”并行不悖，日本文化的包容性、暧昧性被用诸国家政治的运营，致使日本近代化从起步开始，即身穿复古主义的外衣，独步全面革新之路，在东亚脱颖而出。面对发展资本主义和恢复国家主权的两大历史课题，维新官僚秉承开港后幕末改革的思路，提出了相应的近代化基本国策。概括起来，主要包括：
（1）最高目标为“与万国对峙”。自幕末至明治初期，“与万国对峙”是政治领域中最常见的一个词语：1867年10月，德川庆喜在《大政奉还上奏文》中，用“保护皇国，必可与万国并立”为交出兵马统帅权辩护；
12月，明治政府颁发《王政复古大号令》，宣布“实行王政复古，树立挽回国威之基”。
1868年3月，公布《宣扬国威宸翰》，宣称要“开拓万里波涛，宣布国威于四方”
11月，伊藤博文在《废藩建议书》中，称废藩为“抵御外辱，伸张皇威于海外”，“与万国并立”、走向文明开化的条件。
12月，木户孝允提出振兴教育的建议，主张“内施人民平等之政，外与世界富强各国对峙”。
1869年1月，萨摩、长州、土佐、肥前四藩的藩主联名提交《版籍奉还上奏文》，内称只有奉还版籍，以“名实相得，始可与海外各国并立”；
1871年7月的《废藩置县诏书》强调“政令归一”，“保安亿兆，得以与各国对峙”等。
“对峙”，具有“对抗”、“抗衡”、“并立”等多重含义。“与万国对峙”的国策目标之所以被频繁强调，导因于民族矛盾的客观存在、“国体论”观念的精神支撑和武士阶级对外扩张的狂热。此一国策目标具有两重性：一方面，以欧美强国为标杆，建立主权独立的富强国家，因而不乏正当性；另一方面，以日本为本位，光耀“皇威”，“威慑”万国，显示了对外扩张的强烈愿望。在日本武力崛起的过程中，“与万国对峙”的国策目标成为军国主义侵略战争和追求霸权的内驱力。
（2）以富国强兵为核心国策。在幕末改革中，幕藩领主竞相实行富国强兵政策。在明治初年，该政策无须作过多的强调，故出现频率不高。1870年12月，参议广泽真臣致信木户孝允建议废藩置县，由萨长诸藩带头，“建立真正划一的体制，奠定富国强兵的基础”，“与海外强大国家形成真正的对等”。
1874年5月，大久保利通在《殖产兴业建议书》中，把富民富国提高到基本国策的高度，认为“人民殷实富足，国家随之富强乃必然之势”，如此则“与各强国并驾齐驱亦非难事”。
与幕藩封建领主在各自领地内开源节流、制造洋式武器、操练新式军队等自救性的富国强兵不同，明治政府的富国强兵政策以国家为本位，瓦解封建经济体制、导入资本主义的生产方式和运营制度，实施四民平等、举国皆兵的征兵制，组建划一的近代化陆海军，力图成为“与万国对峙”的军事强国。
（3）殖产兴业。明治初年，百废待兴。当务之急是维持政权的稳定，政府对如何发展经济并无定见。1874年，访问欧美归来的内务卿大久保利通提出《殖产兴业建议书》，首次完整地阐释了相应的政策方针，即“依赖政府官员诱导奖励之力”，推行政府主导下的资本主义产业开发政策。为此，要求政府官员要“深思熟虑”，“制订办法”；官员在工业物产、水陆运输等人民参与的事业中，扮演“既已建成者保护之，尚未就绪者诱导之”的角色。同时，主张以英国为榜样，“据岛屿之地，得港湾之便，并富于场矿”等天然之利，“补充之，修建之，使臻于盛大，以此为最大之急务”，实现“扩充财用，巩固国家之根抵”的最终目的。
（4）文明开化。明治初年，“文明开化”为朝野所魂牵梦绕。1867年12月，明治政府的《王政复古大号令》，宣布“一扫历来矫情之陋习”，咸与维新；1868年3月发布的《五条誓文》的第四条，即“破旧来之陋习，基于天地之公道”。
12月，参议木户孝允在《建议书》中强调“文明诸国奖励并期待一般人民的知识进步，以文明开化为国家富强之途径”。
明治政府的《国是纲目》号召“全国人民掌握世界万国学问，扩充天地之间的知识”，“勿失如欧洲各国文明开化之千载良机”。
总之，在1871年废藩置县前后，维新派官僚在推行“政令归一”的政权建设过程中，制定了以“与万国对峙”为最高目标，以“富国强兵”为政策主体，以“殖产兴业”、“文明开化”为辅翼的近代化基本国策，开始了急行军式的维新进程。