下载掌阅APP，畅读海量书库
立即打开
1868年1月2日，老中格大河内正质、若年寄冢原义昌指挥由5000名幕府兵、3000名会津藩兵、1500名桑名藩兵构成的主力，约1.5万人的幕府军自大坂城出动，进入京都西南郊的淀城布阵。2日夜晚，幕府军舰“开阳丸”、“蟠龙丸”开炮轰击兵库近海的萨摩藩轮船“平运丸”。
3日，幕府军向2000名萨摩藩兵驻守的鸟羽和1800名长州藩兵、300名土佐藩兵驻守的伏见发起进攻，打响了戊辰战争。幕府军虽然在人数上占绝对优势，但内部编成庞杂，士气低落，武器装备相对落后。倒幕军虽人数较少，但装备了美国新研制的斯宾塞式步枪，火力优于幕府军，又拥有“官军”名号的正统性并得了当地居民的粮草水酒供应，士气高昂。据守伏见的长州军击败前来进攻的幕府军，随即侧击鸟羽，迫使其退往富森。双方激战到5日，仁和寺宫嘉彰亲王在马上手执天皇“锦旗”，驰骋于阵前，萨长土三藩士兵紧随其后，攻击前进。幕府军唯恐向“锦旗”射击而沦为“朝敌”，纷纷弃阵南逃淀城。慌乱中，淀藩倒戈，幕府军人心动摇。6日，驻守山崎的津藩士兵临阵倒戈，幕府军全线崩溃。
1月3日，在兵库海面的海战中，从荷兰留学归来的榎本武扬指挥排水量达2817吨、配置18门加农炮的战舰“开阳丸”主动发起攻击，炮轰萨摩藩吨位为1269吨的军舰“春日丸”，迫使运输舰“翔凤丸”抢滩自焚。然而，幕府海军取得的胜利于大局无补。8日夜，德川庆喜登上“开阳丸”，观望数日后，12日逃归江户。由萨长土等倒幕雄藩组成的官军取得了鸟羽、伏见之战的初战胜利。
1月7日，明治政府发布《庆喜追讨令》，号令天下讨伐“大逆不道”的“朝敌”德川庆喜。10日，明治政府以天皇的名义，告知各国驻日公使“向者将军德川庆喜请归政权，制允之，内外政事亲裁之。乃曰，从前条约用大君名称，自今而后，当换以天皇称，而各国交接之职，专命有司等。”
首次向国际社会宣示新政府的合法性和正统性，为东征预作外交准备。15日，以天皇的名义发布《开国命令书》，强调“大大充实兵力，欲耀国威于海外万国，以面对祖宗先帝之神灵”；同时宣布“迄今幕府缔结的条约内有弊害条款，利害得失在共议之后可予以修改。国际交际当以宇内公法来处理”
。首次表明了日本维新政府雄飞世界、修改不平等条约的诉求。1月25日，英、美、法、意、荷、普等六国公使发表“局外中立”的声明，但实际上仍以各种方式干涉日本内战。2月28日，明治天皇发布《亲征幕府诏书》，为“内以安抚列藩万姓，外以耀国威于海外”，“断然亲征”，讨伐“图谋不轨”，致使“万民陷入涂炭之苦”的德川庆喜，命令诸藩出兵勤王，奋发为国。
明治政府任命公卿西园寺公望为镇抚总督，前往尚具民心基础的山阴道、四国、九州、中国等地，迅速平定了西南日本。
2月9日，炽仁亲王出任东征大总督，与参谋西乡隆盛、广泽真臣等指挥东征军，直趋江户城。在陆路，东征军以萨长土三雄藩的联军为主力，沿途诸藩陆续加入，总兵力约为12万人，沿东海、东山、北陆三道推进。在海路，嘉彰亲王为总督，大原俊实为参谋，指挥萨摩藩的“丰瑞丸”、佐贺藩的“孟春丸”和久留米藩的“雄飞丸”等3艘舰，运载着三藩的士兵从大坂出发，直指横滨。在陆路进军途中，东征军以相乐总三为首的“赤报队”等先遣部队到处张贴维新政府承诺“租税减半”的布告，受到各地农民、小商人的热烈欢迎，他们纷纷担当向导，提供情报和粮草，或组成农兵队随军作战。东征军三路兵马进展顺利，仅在东山道遭遇轻微抵抗，幕府军一触即溃。3月初，东征军合围江户城。随着东征军逼近江户，后方补给线越来越长，极易被拦腰切断，致使首尾不能相顾。法国公使罗修向将军庆喜建议出动军舰攻击东海道，切断东征军的粮草、弹药供应，挫败东征军。德川庆喜认为幕府依赖法国，萨、长诸雄藩势必投靠英国，双方凭借外国的支持而互动干戈，中国、印度的发生的惨剧将在日本重演；而且日本有自身的国情和尊王名分论，谢绝了罗修的建议。
为防止列强干涉日本内政，德川庆喜遵从民族大义，彻底恭顺朝廷。
江户城被围后，东征军参谋西乡与幕府陆军总裁胜海舟围绕战和问题举行谈判。胜海舟基于排除外国介入的考虑，认为“目前对外关系日益复杂，为防止外国干涉，国内实现和平尤其重要”，
遂接受了明治政府的条件，开城投降。3月14日，即东征军发起总攻击的前一天，双方达成协议。在朝廷赦免德川庆喜的死罪、令其隐居江户、幕府缴械投降的条件下，东征军停止攻城。4月11日，东征军进占江户城。至此，幕府灭亡，但其残部仍在顽抗。
东征开始后，欧美列强密切关注着局势的发展。东征期间，在神户、琾等地，接连发生备前藩与土佐藩士兵杀伤法国士兵的流血事件；在京都，发生了袭击英国驻日公使巴夏礼的恐怖事件。欧美列强反应强烈：英、法、美三国海军陆战队占领并接管了神户，实行交通管制；巴夏礼扬言，如果对神户事件得不到令人满意的解释，列强将对日本开战；横滨的《中外新闻》鼓吹实施“报复”的战争舆论，公开威胁说“如果日本人顽固不化，就把日本变成第二个印度”。
4月，在江户开城投降的谈判时，巴夏礼又以“人道主义”为理由，主张宽容德川家族，并向东征军的谈判代表西乡隆盛施加压力，干涉日本的内政。
5月，东征军击溃盘踞在江户上野一带的幕府残余势力彰义队，恢复了城内秩序。7月，天皇下诏，将江户改称为东京。东征军进击东北地区，与奥羽越列藩同盟33个藩的联军展开拉锯式的激战。在东北会战中，奥羽越列藩同盟拥立出家为僧的北白川宫能久亲王为“东武皇帝”，用来对抗京都朝廷，举起效忠新皇的名分论旗号，将军事行动正统化。5月，长冈藩家老河井继之助指挥拥有2000支法式新制步枪和2门大炮的藩军，与政府军激战，长冈城两度易手，双方伤亡惨重。此战结束后，官军阵亡者被隆重入殓，立碑祭祀；藩军的战死者却作为“贼军”，就地埋进乱葬岗子。可见，“人亡成神”的文化特色不过是个传说，关键还是如何选边站队。
至7月，政府军占领长冈藩，集中打击在佐幕最坚决的亲藩会津藩。藩主松平容保调集举藩之力，迎击以萨长土肥四雄藩为主力的政府军。为集结兵力，松平容保打破身份制和性别的限制，按照年龄将藩内所有能够投入战斗的男女老少编成“青龙”、“白虎”诸队，决心顽抗到底。8月，政府军闪击若松城，重创会津藩的士气。9月，松平容保率军向政府军指挥官板垣退助投降，战败者受到严酷处分。与会津藩结盟的庄内、米泽、仙台等佐幕诸藩眼见大势已去，也先后投降。“东武皇帝”被俘，押解至京都软禁。官军付出重大伤亡的代价，取得东北会战的胜利，进占本州岛。在东北战争期间，英、法、普等国的领事前往新潟观察战况，英国公使馆的医生深入战区搜集情报，荷兰军火商乘机大发战争财。英国舆论已经在预测俄国如果同东北佐幕诸藩合作，欧洲其他国家就应该支持京都天皇政府，阻止俄国南下。东北会战结束后，列强重新对战争形势作出判断和选择。12月28日，六国公使宣布解除中立，承认即将统一日本的明治政府。
东北会战尚在激烈进行时，1868年8月19日，幕府海军副总裁榎本武扬在法国军事教官团的陪同下，指挥“开阳丸”“回天丸”“蟠龙丸”“千代田形丸”“咸临丸”等8艘军舰北上，在松岛湾与东北之战的幕府败将陆军奉行大鸟圭介、“新撰组”副队长土方岁三等会合，率部卒2800人，携带从大坂取得的18万两白银，直奔幕府的直辖领地虾夷地，继续顽抗。
东北会战捷报频传，京都朝廷加紧张扬皇权。8月26日，太政官宣布将天皇的生日作为“天长节”，官民一体庆贺。27日，按照岩仓具视等“王政复古之际，重新采用与皇国相符的仪式”的构想，举行明治天皇的即位大典。当天，在紫宸殿南庭插上杆头悬挂镜、剑、玉等“三件神器”的“币旗”，天皇弃用唐制礼服，改穿黄栌染色的束带装，端坐于殿内的宝座之上，接受群臣的朝贺。在神祇官知事代天皇敬献奉币，向天地神祇禀告即位后，宣命使宣布天皇继承神武天皇创业，
大典礼成。随后，岩仓具视等谋划改元，采自《易经·说卦传》的“圣人南面而听天下，向明而治”句，定年号明治。
9月8日，天皇发布《改元诏书》，内称“欲与海内亿兆更始一新，其改庆应四年为明治元年。自今以后，革易旧制，一世一元，以为永式。”
10月，榎本军在虾夷地登陆，占领军事要塞五陵郭、箱馆，控制全岛。在攻打倒向政府的松前藩的战斗中，战舰“开阳丸”和军舰“神速丸”等被风暴损毁。12月，经士官投票选举，榎本武扬当选“虾夷地共和国”的“总裁”。在写给明治天皇的《请愿书》中，榎本将占地自立解释为守卫北方国土，给旧幕臣提供谋生之道，并非反叛朝廷。关注战局的列强虽宣布局外中立，英、法公使还代为榎本政权出面，与明治政府斡旋停战。榎本政权自行与普鲁士人戈尔特那尔订立《七重村开垦条约》，创办模范农场，屯兵备战，渐成割据之势。
1869年1月，明治政府终于从美国购得主炮口径25厘米、副炮口径16厘米、排水量1358吨、1200马力的冲角装甲舰“铁甲号”，
渡海作战的能力大为增强。3月，榎本武扬派出3艘军舰偷袭停泊在宫古湾的政府舰队，企图掳走“铁甲号”。结果，损失1艘军舰，政府军舰队掌握了制海权。5月，以“铁甲号”为旗舰的政府军6艘军舰在箱馆湾海战中，击沉榎本军“回天丸”等3艘军舰。政府军随即大举渡过津轻海峡，攻入北海道。当地的农民游击队趁风雨之夜，潜入五棱郭炮台，破坏大炮的炮栓。大势已去，困守箱馆五棱郭的榎本将从荷兰带回国的《海律全书》赠送政府军攻城总指挥黑田清隆，率残部800余人投降。8月，虾夷地改称北海道，设置了相当于省卿的开拓长官。
从鸟羽、伏见打响，至五棱郭开城投降，双方投入的总兵力约20万，8 200余人战死，5 200余人受伤。
幕府统治在这场日本近代史上规模最大的内战过程中彻底崩溃。因主要的战斗发生在农历戊辰年的1868年，史称“戊辰战争”。这场历时一年有半的内战是倒幕与维新两大运动交汇时期矛盾总爆发的产物，构成日本近代史的重大拐点。