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战争结束时日本本土军队约有219万人，到同年11月5日复员约215万人，复员率为98%，进展较为顺利。在这一期间，陆续废除了军事机构及有关军事法令。例如9月13日废除统率日本军队的大本营，10月15日解散元帅府、陆军参谋本部、海军军令部、教育总监部，11月30日解散军事参议院、陆军省和海军省。与此同时，盟军总部先后指令日本政府废除了《兵役法》《义勇兵役法》《国防保安法》《军机保护法》等一系列军事法令，然后又废除了《国家总动员法》《战时紧急措施法》等有关战时体制的法令。另外，盟军总部下令禁止日本生产武器、弹药、军舰、飞机和军需物资，限制可用于武器和军需物资生产的原材料生产，禁止研究原子能和航空技术，解散东京大学航空研究所等与军事工业有关的研究机构。
1946年1月4日，盟军总部颁布《剥夺公职令》，包括“关于剥夺不适合从事公务者之公职”的备忘录以及附属文件“应罢免及解除的种类”，规定七种人为不适合从事公务者并剥夺其公职：（1）战争罪犯；（2）职业军人、宪兵队员、情报机关人员等；（3）极端国家主义团体及暴力主义团体的主要成员，并解散其团体；（4）大政翼赞会、翼赞政治会等团体的骨干成员；（5）中日全面战争后在殖民地、占领区的金融机构干部；（6）殖民地、占领区的行政长官；（7）利用言论、行动、暴力等手段压制反军国主义者并支持战争者。被新闻界称为“无血革命”的剥夺公职行动的基本原因是清除军国主义分子，直接原因是为战后第一次众议院议员选举（简称“大选”）审查候选人的资格。
同年8月，盟军总部要求将剥夺公职者扩大到地方公务员、经济界及言论界人士等，为此在1947年1月4日全面修改《剥夺公职令》。根据该项法令被剥夺公职者近20万人，其中80%为军人，行政官僚和经济界人士较少。另一方面，战争结束时日本在海外的军队达368万人，到1946年6月复员191万人，复员率为52%，其主要原因是日本海运力量在战争中丧失殆尽，海外人员迟迟不能回国，这种状况直到美国大量贷给船只后才有所改变。
除军队外，海外的日本人还有军属及平民，总计660万人。大量平民的遣返回国事宜无法律可循，完全是依赖各国的人道主义措施。战争结束时日本原有的殖民地、占领区划分为五大军管区，分别委托美国、英国及荷兰、澳大利亚、中国、苏联等国管理。具体地说，中部太平洋诸岛、菲律宾、南朝鲜等地区由美国管理，缅甸、泰国、马来西亚、越南南部、西部新几内亚、爪哇岛等地区由英国及荷兰管理，澳大利亚本土、东部新几内亚、文莱等地区由澳大利亚管理，中国本土、中国台湾，及越南北部等地区由中国管理，中国东北、朝鲜半岛北部、库页岛及千岛群岛等地区由苏联管理。
在美国军管区约有90万日本人，到1947年6月基本较为顺利地遣返回国。在英国及荷兰军管区约有75万日本人，到1948年1月基本遣返完毕，其中有13万人作为俘虏从事一年的土木工程建设。在澳大利亚军管区约有14万日本人，到1948年3月遣返完毕。在中国军管区约有300万日本人，到1949年3月遣返272万日本人，其中包括中国东北地区的105万日本人，约有5万人在中华人民共和国成立后仍然滞留在中国。从1953年3月到1958年7月，分为21次，共有3万日本人从中国大陆回到日本，另外还有经过中国教育、感化的日本战犯。
在苏联军管区扣留的日本人约有58万人，并被带往西伯利亚，因过度劳累和营养不良死亡4万多人。对在苏联军管区的日本人，根据1946年的美苏协议开始遣返，但1950年4月终止，1953年11月再次开始遣返，1956年《日苏共同宣言》发表后得到全部遣返，共有47万余日本人回国。在苏联占领的库页岛、千岛群岛上约有37万日本人，其中数万人战争结束时回到北海道，其他人到1958年全部回到日本。从朝鲜半岛北部回国的日本人有32万余人，其中30万余人通过北纬三八线到韩国后回国，其他人在1956年4月遣返回国。
整个遣返过程较为顺利，从1945年10月1日到1946年12月31日，超过510万日本人回到日本，另外100万日本人也在1947年回到日本。但他们在返回日本途中也经历了苦难和死亡，在中国东北地区，约有18万日本平民和7万日本军人在投降条约签订后的混乱和严冬中死亡。
从该地区仓皇离去的日本人通常尽己所能携带财产和食物，途中仍然不得不将最小的子女留给当地的中国农民，另外在回国途中遭遇霍乱、伤寒、天花等流行病而死亡的人也不在少数。即使踏上日本的土地，也仍然存在失去生命的危险。
亦有相反的回国者，也就是遣返战争中滞留日本的外国人。首先是盟国的战俘，当时在100多个集中营中关押着数万盟军战俘，他们大多营养不良，身患疾病，到1945年10月31日，总共有3万多名美国战俘获释并经由马尼拉回国，在途中有187人转入医院治疗。在日外国人最多的是朝鲜人，战争结束时约有240万人，另外还有10万包括台湾人在内的中国人。这些朝鲜人和中国人大多是战时移居日本者，其中有72万朝鲜人和4万中国人是被日本军队强制带到日本的劳工，战争结束后他们提出尽快回到自己的国家、对战时奴隶性待遇给予补偿、保障在日期间生活等要求。为实现回国的目的，外籍劳工不断发起抗议活动，特别是在外籍劳工超过全部煤矿工人45%的北海道，从1945年8月15日到11月28日，共出现31次“暴动”。
尽管外籍劳工遭到非人的对待，但他们在战争结束后没有得到任何补偿就回到自己的国家。例如新兴财阀昭和电工下属的日本冶金工业股份公司，从1940年开始在京都大江山矿山正式生产镍金属。中国河南省的200名农民在1944年被强制送到这个矿山从事生产，因恶劣的劳动条件及严重的粮食不足，到战争结束时死亡12人，许多人受伤或营养不良。他们既没有得到工资，也没有得到任何补偿就被遣返回中国。
为维护日本社会的秩序，占领当局鼓励在日外籍劳工回国，并向日本政府提出具体的送还计划。到1946年12月，大多数中国劳工得以回国，三分之二的在日朝鲜人也回到朝鲜半岛，但仍有50万以上的朝鲜人滞留日本。在日朝鲜人组成“在日朝鲜人联盟”“朝鲜建国促进青年同盟”“在日朝鲜居留民团”等组织。“在日朝鲜人联盟”不仅参加了在首尔召开的朝鲜民主主义民族战线结成大会，而且积极参加日本共产党的组织与活动。
战争结束时，日本全国还有超过60万战争寡妇和12万战争孤儿。这些战争时期受到公众舆论敬仰并得到财政补助的战争寡妇在战争结束后不仅遭到邻居的歧视，还失去了经济来源，生活艰难。失去父母的战争孤儿和那些因生活困难离家出走的儿童构成庞大的流浪儿童群体，他们住在火车站及高架桥、铁路桥下，以擦皮鞋、卖报纸、乞讨、偷盗、卖淫等手段生存，成为犯罪的根源。