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随着日美政府之间修改安保条约的谈判步伐加快，特别是政府在提交《警职法修正案》提交国会的第二天，岸信介首相对美国记者表示“现在是废除宪法第九条之时”，给国民造成的印象是修改安保条约是为恢复战前的警察国家，然后复活军国主义，因而反对修改条约的社会舆论逐渐高涨。推动反对《警职法修正案》的各个团体感到有必要共同斗争，因而在1949年3月28日，社会党、日本共产党、“总评”、“中立劳联”、“原水协”、“中日恢复邦交国民会议”等138个团体组成“阻止修改安保条约国民会议”（简称“国民会议”）。
“国民会议”在4月15日指导了第一次统一行动，当天正值“春斗”的第六次统一行动，两者结合起来，各地举行罢工、游行、集会等，要求提高工资，反对修改安保条约。5月下旬，藤山外务大臣表示新安保条约在7月签署后，“国民会议”感到紧迫性，因而在6月16日召开第一次全国代表者会议，迅速确立斗争姿态。每个月举行一次统一行动，同时结合其他的和平运动开展活动。例如第三次统一行动是在6月25日朝鲜战争爆发纪念日举行，第五次统一行动是8月6日广岛原子弹爆炸纪念日，又是每年一次的世界禁止原子弹氢弹世界大会。
9月16日，“国民会议”召开第二次全国代表会议，决定开始以工人罢工为中心的实力行动。另一方面，社会党的左倾化、“总评”的斗争化以及艺术家明确反对态度进一步推动了反对修改安保条约运动的发展。9月13日，在社会党大会上决定将公开发表“《日美安全保障条约》虽有不完善的地方但有利于我国安全”谈话的西尾末广提交统制委员会处理。10月15日，统制委员会给予西尾谴责处分。10天后西尾等33名议员退党，另组建社会俱乐部。11月25日，河上丈太郎派12人退党，另组建民社俱乐部。11月30日，社会俱乐部与民社俱乐部组成“民主社会主义新党筹备会”。
“总评”工会在三井三池煤矿反对合理化的劳资争议达到最激烈阶段，决定将支持三池煤矿斗争、秋季斗争、阻止修改安保条约三个斗争结合起来，在第八、第九次统一行动中采取“停止一切生产活动，实施总罢工”。与此同时，中岛健藏等著名作家、艺术家、文化人士在11月9日组成“批判安保之会”，拥有众多读者的这些人投身反对安保阵营使社会舆论进一步倾向批判政府。
为阻止政府在来年初签署新条约，“国民会议”在11月27日组织第八次统一行动，工会组织罢工，各地反对修改安保的团体纷纷举行集会、游行，呼吁沿途的国民参加。全日本有650个举行大规模的集会和游行，参加者达到300万人。在东京的国会请愿游行队伍将要求“停止修改安保条约谈判”的请愿签名书递交国会议员，政府动员5700名武警用装甲车和防暴警察用卡车封锁通往国会的道路。唐牛健太郎委员长指挥的“全学联”游行队伍突破封锁的国会正门进入院内，工会会员也随之进入。尽管两个小时后学生和工人均撤出国会大院，但政府及自民党指责其行为是“暴徒闯入国会事件”，提出对浅沼稻次郎三名国会议员进行惩罚，并制定禁止在国会周围地区游行的法案。其后两个星期内逮捕了18人，其中“全学联”7人、工会会员7人、农会会员2人、日本共产党区议会议员2人。
1960年1月6日，日美有关修改安保条约的谈判结束，岸信介首相为签署新日美安保条约准备在16日从羽田机场出发赴美国。“国民会议”14日在东京举行各地1000多名代表参加的“反对赴美签署、组成抗议团”大会，组成152人的抗议团前往首相官邸、美国大使馆进行抗议。尽管“国民会议”不主张在羽田机场进行阻止活动，但700名“全学联”成员在15日夜占领机场大厅，次日凌晨与警察发生冲突，有78人被捕。
1月19日，日美双方在华盛顿签署了新安保条约（全称为《日本国与美利坚合众国之间相互合作及安全保障条约》）和“地位协定”（全称为《基于日本国与美利坚合众国之间相互合作及安全保障条约第六条的设施与区域以及在日本国的合众国军队地位之协定》）。2月9日，新安保条约提交国会审议。社会党、日本共产党、“总评”、“国民会议”均发表了抗议签署新条约的声明，同时表示了阻止批准其条约的决心。
另一方面，民社党在1月24日举行成立大会，西尾末广担任委员长，曾弥益担任书记长，民社党有40名众院员和16名参院员。该党主张阶段性地废除安保条约，要求在批准新条约之前解散国会，但不参加“国民会议”的活动，另组织其他的运动，并与“全劳会议”工会组织一道行动。
“国民会议”在1月28日召开全国代表会议，决定统一行动计划。即国会内斗争与国会外斗争相结合、发动町村居民参与斗争、在国会审议关键时刻组成以大规模罢工为核心的社会各阶层奋起体制等。在该行动计划的指导下，各地的反对活动迅速增长，根据3月18日全国代表会议的报告，各地参加游行的人数达到1000万，请愿署名者超过400万，地方共同斗争组织从1月底的700个增加到1200个。
在2月9日的众议院全体会议上，藤山外务大臣阐述了新条约的变化之处，即明确了与联合国的关系以及美国防卫日本的义务、在日美军重要配置和装备变更时进行事前协议、日美安保体制建立在广泛的政治经济基础上、设置了有效期为10年的规定等。在国会审议过程中，有关“远东地区”“事前协议”“日美共同作战”等的争议引起国民的强烈关注。特别是有关日美军作战范围的“远东地区”，政府统一见解为“菲律宾以北及其周边地区”，具体范围仍然模糊不清，而且在答辩中自相矛盾，社会舆论担心如果美军在东南亚进行战争日本也会卷入进去。
与此同时，中国与苏联均对新条约进行的严厉批判增加了日本国民的担心，另外韩国学生及市民运动推翻李承晚政权的消息使日本反对运动的高涨。此时正值第十五次统一行动时期，从4月20日开始为“国民全体奋起周”，开展大规模国会请愿活动。26日举行“10万人规模大众性国会请愿”活动，当天国会收到14万封、133万人署名的请愿书，参加请愿活动者达到6万人。
自民党加快了国会审议、表决的步伐，在社会党的抵抗下国会出现混乱，更多的民众参加了从5月9日开始的第十六次统一行动。在该次行动中，中小工商业者参加进来，大学教授和文化人也组成了单独的请愿活动，学生游行队伍中也出现了许多高中生的身影。“国民会议”在14日举办了“阻止批准安保条约、打倒岸内阁、要求解散国会的国民大会”，并通过“非常事态宣言”和“对岸内阁的抗议书”。
为在美国总统艾森豪威尔6月19日访日之前批准新条约，岸内阁采取极端措施。5月19日晚10时25分，众议院安保条约特别委员会强行中止质疑，10时50分，500名警察进入众议院，将坐在议长席前的社会党议员及其秘书强行架走，11时49分，举行只有自民党议员的众议院全体会议，通过延长国会会期50天的决议，20日零时6分，单独表决通过了新安保条约、新地位协定及安保相关法令整理法案。三木武夫、松村谦三、石桥湛山、宇都宫德马、河野一郎等人没有参加全体会议，26名自民党议员放弃表决。按照宪法的有关规定，众议院通过的条约案送交参议院30天后，即使参议院没有表决亦自动生效。
在野党均发表通过无效的声明，并抵制国会审议。媒体也齐声批判政府，各地举行抗议活动，10万人在国会附近游行，“全学联”成员闯入首相官邸。5月26日，“国民会议”举行第十六次统一行动，17万人参加国会请愿游行。6月4日，举行第十七次统一行动，有560万人参加了罢工、游行。6月10日，为艾森豪威尔访日做准备，总统新闻秘书哈格蒂到达日本。1.5万名工会会员和“全学联”成员集中在羽田机场周围，将哈格蒂乘坐的汽车包围在机场出口，其一个小时后才被美军的直升飞机救走。6月15日，“国民会议”举行第十八次统一行动，“总评”“中立劳联”的111个工会、580万人举行罢工，东京举行10万人的集会。学生游行队伍在国会附近与右翼团体发生冲突，许多学生负伤。学生在试图进入国会大院举行集会时又与警察发生冲突，导致东京大学文学部女学生桦美智子死亡，受伤者超过千人。
在接到警视厅无法承担美国总统安全任务的报告后，岸信介首相询问防卫厅长官赤城宗德能否出动自卫队。赤城认为因动用自卫队而出现死者的话将会导致全国性革命，所以不赞成出动自卫队。在16日早的内阁会议上，岸首相发言说美国总统访问日本延期。17日，朝日、每日、读卖、产经等七家大报在当天报纸的头版发表题为《废除暴力、严守议会主义》的共同声明，将指责的对象从自民党的强行表决转向“全学联”的游行。18日，参加国会请愿游行者达到33万人，并在国会前静坐，与在首相官邸的岸信介首相一起等待午夜新条约自然生效。22日，600万工人、学生、工商业者、学者参加了第十九次统一行动。23日，在外务大臣官邸日美双方交换了批准书，条约生效，岸首相表示辞职。7月15日，岸信介内阁集体辞职。7月21日，举行第二十一次统一行动，安保斗争结束。