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占领初期，盟军总部在禁止军国主义及国家主义宣传、允许批判天皇制的同时，也积极利用媒体说明战争的真实状况。例如盟军总部民间教育情报部将广播作为对日本人再教育的手段，在广播节目类型及内容、改进广播技术等方面进行指导的同时，也制作了实况广播连续剧的节目——《真相如此》。从1945年12月9日晚上8时开始播发，连续10次，每天30分钟，星期日首播，星期一、三重播，其内容是揭露从1931年9月18日日本军队占领中国东北地区到1945年8月15日日本战败投降的日本军国主义实际状态。
占领时期盟军总部对广岛、长崎原子弹爆炸及其影响的报道实施严格限制，不仅禁止有关的照片及电影，即使受害者的日记及其文学作品或绘画也受到限制。尽管如此，也出现了传播原子弹受害状态的动向，其中最为突出的是日本画家丸木位里及其妻西洋画家丸木俊夫妇的努力。丸木夫妇在原子弹爆炸后进入广岛，将其所见所闻用画笔记录下来，在1950年8月6日出版了《原子弹》一书，但遭到禁止发行的处分。同年，夫妇两人以三年之间创作的素描为基础完成共同的绘画作品，在第三届日本独立派展览会上展出。1950年底，这些作品开始巡回展览，两年之内在全日本100多个地方展览，参观的民众有数十万人，同时展出照片和资料，引起较大的轰动，影响到和平运动的兴起与发展。
1947年12月，东京大学的学生编辑出版了东京大学战死学生的遗稿文集《在遥远的山河那边》，该文集引起巨大反响。各个大学、高等专门学校积极收集战死学生的遗稿，结果从收集到的309名学生遗稿中选择75人的文章，书名也是在2000个建议中采用了“海神的声音”，1949年10月由东京大学战死学生笔记编辑委员会编辑、东京大学消费生活协同组合出版，成为销售200多万部的畅销书。采用的遗稿以1941年12月提前毕业与1943年后作为“学徒出阵”的学生兵遗留的笔记和书信为中心，其中包含许多战争末期特别攻击队员的遗稿。这些遗稿表现出许多优秀青年的苦恼，即对战争带有怀疑思想的同时以何种态度迎接即将到来的死亡，以及对家族、恋人、朋友的真情，对不得不放弃的学问的热情，打动了许多人的心。该书不断再版，其读者的世代也不断变化，对战后和平运动起到较大的影响。1950年，结合该书体现的心情、思想、故事，以缅甸战场的学生兵为舞台，关川秀雄将其导演成同名电影。
正是在上述社会氛围下，学术界、文艺界对战前及战时的政治、社会进行反思。首先复刊和创刊了许多杂志，为学术界的探讨与争论提供了舞台。1945年11月1日，《新生》杂志创刊，接着《中央公论》《改造》《世界》《展望》等综合杂志复刊和创刊。最初在这些杂志上发表文章的是被称为老一代自由主义者的学者及评论家，他们均在大正民主时代形成其思想，尽管具有自由主义的观点，但在军国主义时代没有发表言论的机会，因而战败后立即登上媒体。尽管这些人符合民主化的潮流，但很快失去民众的支持，因为在急速的民主化过程中，民众厌倦了招致军国主义抬头的脆弱民主主义，希望从根本上进行社会变革，能够满足这种要求的是马克思主义思想。
与此同时，日本社会主流价值观念从战前的天皇制专权统治、战争和贫困转化为战后的民主主义、和平和富裕，因而天皇与天皇制问题是战后首先讨论的问题。在这一当面，以马克思主义为指导思想的日本共产党，作为战时唯一反对侵略战争的政治势力，其领导人德田球一、志贺义雄等人在战败走出监狱后号召人民起来打倒天皇制。尽管没有提出具体的行动纲领、程序、手段来实现“废除天皇制”，但其与后来高野岩三郎的《被囚禁的民众》、羽仁五郎的《天皇制的剖析》都给当时的青年人和知识分子在思想上以极大的影响。
另一方面，马克思主义历史学在当时盛行一时，尤其是战败及其改革证实了战前讲座派马克思主义历史学对日本资本主义分析的准确性，同时也是打破战时以天皇为中心的皇国史观的有力武器。因而以马克思主义理论为研究方法的一批日本史研究专家为中心，形成了战后历史学，这些专家包括古代史的藤间生大、中世史的石母田正、近代史的井上清及远山茂树等人。这一学派批判侵略战争、天皇制和封建残余，主张建设民主主义的日本，最终在日本实现社会主义。主导战后历史学的历史学研究会在1949年以“世界史的基本法则”、1950年以“国家权力的诸阶段”为大会主题，阐述了从世界历史与历史规律的立场把握历史研究的方法，呈现出战后历史学的黄金时代。例如石母田正在1946年6月出版的《中世世界的形成》，以日本从古代到中世纪社会形态的转换、过渡过程为主题，在运用客观构造分析法的同时，还运用了生动描述人类活动的历史叙述方法，超出了历史学界，在其他相关学科的各个领域以及读者中引起较大反响，
其他学者也对近代以来日本的发展道路提出批判，例如研究以荻生徂徕及福泽谕吉为中心的政治思想史的丸山真男在1946年第5号《世界》杂志上发表《超国家主义的逻辑与心理》一文，深刻地剖析了将政治权利和精神权威集于一体的天皇制，同时阐述了支持这种天皇制的日本国民的精神结构；研究西方经济史的大塚久雄在1946年4月11号的《大学新闻》上发表《创造近代类型的人》一文，通过与欧洲国家特别是英国的比较，指出近代日本的前近代性，因而为实现民主化必须确立政治的主体，日本重视外表的体面，不重视内心的尊严，这种伦理型的人没有成熟，应创造近代类型的人；法社会学家川岛武宜在1946年6月号《中央公论》上发表《日本社会的家族构成》一文，指出作为日本社会的特征，不是法秩序和权力，而是家族制度具有通过权威使人们服从的功能。这三位学者的共同之处不是从经济上分析战争的原因，将其作为一部分军人和政治家的责任，而是直接探索日本近代应走之路。特别值得注意的是，他们不仅强调制度和组织的问题，而且深入人的主体性问题加以论述，从而为社会科学研究提供了新的平台。这种研究以欧美先进国家为典型，因而这些学者也被称为“近代主义”。与上述学者不同，中国文学研究家竹内好发表了《日本的近代与中国的近代》（载《东洋文化讲座》第三卷，1948年11月）一文，他通过对鲁迅的研究分析中国的近代化发展之路，试图发现与日本欧美式近代化乃至欧美近代化不同的道路，打破了“日本进步，中国落后”的传统概念。
实际上，在日本学术界引起较大争议的是美国文化人类学者鲁思·本尼迪克特在1946年出版、1948年翻译成日文的《菊花与刀》。该书作者运用文化人类学研究方法对日本民族精神、文化基础、社会制度和日本人性格特征等及其对日本政治、军事、文化和生活等方面历史发展和现实表现的重要作用进行了深入分析，同时提出了日本文化是相对西方“罪恶文化”的“耻辱文化”。尽管该书对占领政策，特别是在保留天皇制方面发挥了作用，其文化人类学的分析视角及罪与耻的概念对日本学术界产生较大影响，但也引起了争论。
1946年，都留重人、鹤见和子、鹤见俊辅、丸山真男、武田清子、武谷三男、渡边慧等七人创办杂志《思想的科学》，提倡新的思想研究方法，即过去大学的研究以西方思想家的理论研究为基础解释社会现象，但这些学者主张从阐明事实的立场出发，特别要深入探讨民众的心理，从中找出社会思想的主流。另一方面，这些学者不是将自己关闭在象牙塔之内，不仅研究者之间跨学科相互交流和讨论，而且在综合杂志上发表启蒙性文章，经常显露出未能阻止战争的自责之情。
1948年7月柏林封锁引发东西方对立，联合国教科文组织发表了八位科学家呼吁和平的共同声明。在日本，岩波书店的吉野原三郎对声明颇有同感，积极组织安倍能成、和辻哲郎、田中耕一郎、高木八尺、蜡山政道等老一代自由主义者以及大内兵卫、有泽广巳、胁村义太郎、矢原内忠雄、丸山真男、中野好夫、都留重人等年轻一代研究者组成“和平问题谈话会”，以《世界》杂志为阵地宣扬和平主义、民主主义。同年12月，和平问题谈话会内部的59名日本科学家发表《科学家关于战争与和平的声明》，针对以美苏为中心的两个世界紧张对立和战争危机阐明了和平共存的条件。
在媾和形势逐渐明朗化之时，和平问题谈话会在1950年1月发表《关于媾和问题的声明》，明确主张全面媾和、经济自立、中立不可侵犯、反对提供军事基地。声明并表示“反省战争开始时放弃了决定自己命运的机会，现在要以自己的手决定自己的命运”，“有责任推动下述困难的事业，即从偿还过去战争责任的意义上通过媾和使东西方两个世界接近乃至协调”。
同年12月，和平问题谈话会发表《三论和平》的文章，批判战争，指出日本放弃战争和非武装才是现实之路，希望美苏两国能够认清世界趋势。
在中小学教育界，朝鲜战争爆发后两个月，“日教组”第16届中央委员会发表《和平声明书》，批判以吉田茂内阁为首的反动势力主动提倡单独媾和，不仅准备放弃中立政策，而且试图介入朝鲜半岛事务，必将日本再次引向战争。1951年1月，“日教组”明确提出“全面媾和、坚持中立、反对提供军事基地、反对重新军备”和平四原则，同时也提出“不送学生再次上战场”的口号。“日教组”基层组织在各地开展保卫和平的群众运动，并利用举办讲演会、展览会、街头签名等形式，大力宣传“不送学生再次上战场”的主张，引起多数民众的共鸣。
在文学领域，年轻作家组成的“近代文学”与无产阶级作家组成的“新日本文学”围绕政治与文学的关系展开激烈争论。战后登上文坛的作家从战前左翼和战争两个政治体验描述战争与军队的非人性，例如野间宏的《昏暗的绘画》（1947年）描述了黑暗的学生时代知识性经历、《真空地带》（1952年）描述了非人性的军队生活经历，石川达三的《风中摇动的芦苇》（1950年）描述了战前军国主义的高压政治，壶井荣的《二十四颗眼珠》（1952年）描述了海岛小学女教师教过的学生陆续在战争中战死。另外还有埴谷雄高的《死灵》、梅崎春生的《樱岛》、永井隆的《长崎的钟》、太田洋子的《横尸遍野的城市》、大冈升平的《俘虏记》、大佛次郎的《归乡》等战争反思文学。另一方面，日本共产党成员的笔记及小说给读者带来另一种异样的感受，例如野坂参三的《亡命十六年》、德田秋一和志贺义雄的《狱中十八年》（1947年）、宫本显治和宫本百合子的《十二年的书信》（1950年）以及宫本百合子的《播州平原》《风知草》等小说。
在小说方面，还有谷崎润一郎描写大阪船场旧式家庭四姐妹命运的《细雪》上卷（1946年）、太宰治描绘占领时期传统贵族没落的《斜阳》（1947年）、梅崎春生描述战争结束前夕在异国他乡遭遇的《樱岛》（1948年）、三岛由纪夫描述少年独特一生的《假面的告白》（1949年）等。
除《海神的声音》改编为电影外，还有山本萨夫导演的《真空地带》（1952年）以及黑泽明导演、描述京都大学“泷川事件”影响的《我们的青春无悔》（1946年），木下惠介导演、描述旧军人卑劣的《大曾根家的早上》（1946年），今井正导演、描述战时青年人爱情的《待到重逢日》（1950年），新藤兼人导演、描述广岛原子弹爆炸后遗症的《原子弹爆炸之子》（1952年）等反思战争电影。另外有今井正导演、描述新时代青年的《绿色山脉》（1949年）以及黑泽明导演、描述日本平安时代末期围绕一起杀人事件四名当事人各持己见的《罗生门》（1950年）等。
即使在社会混乱、生活苦难的占领时期，日本也出现了世界性的文化、体育成就，其中最突出的是游泳运动员古桥广之进在1947—1949年三年之间连续23次打破自由泳世界记录，1949年11月汤川秀树因1934年发表的“中间子论”获得诺贝尔物理奖，黑泽明的《罗生门》1951年获得威尼斯国际电影节金狮子奖、1952年获得美国电影学会最优秀外国电影奖等。