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“道奇路线”带来的通货紧缩以及经济危机迫使企业采取“合理化”措施，最主要的手段就是大量裁减人员，降低工资，结果引起工人的强烈不满，导致工人运动激化。斗争首先在大同制钢、日本电气、冲电气、东芝等大企业展开，其中以1949年2月的爱知县丰和工业斗争以及著名左翼作家德永直的作品《静静的群山》描述的1949年3月的东芝川岸工厂斗争最为典型。
如同前述，1949年的大选，日本共产党众议院的席位从4个猛增到35个，得票率从3.7%上升到9.7%。而且该党在“产别会议”“国劳”“官公厅”等工会组织中具有较大的影响。尽管“产别会议”在1948年2月为右派的“产别民主化同盟”掌握主导权，但1949年4月左派重新占据优势，并在同年6月举行的中央委员会上决定以“包括罢工在内的实力行动”反对政府的“合理化”计划。美国政府和盟军总部认为日本共产党及其影响下的工人运动是共产主义在日本的渗透，甚至将其看作“间接侵略”，指令日本政府给予抑制乃至镇压。因此，吉田内阁在严格执行“道奇路线”的同时，采取多种形式对包括日本共产党在内的左翼组织及其影响下的工人运动、社会运动进行压制，支持企业进行裁减人员等的“合理化”措施。
为压制左翼政党和团体，吉田内阁首先强化司法机构，将法务厅升级为法务府，将特别调查室升级为特别调查局。然后在1949年4月以政令的形式颁布了《团体等限制令》，规定要取缔那些“反抗和反对占领军或者反抗和反对日本政府基于盟国最高司令官的要求所发出的命令”，“或者助长和承认暴力主义倾向，或者倾向于承认它”的政党及团体。
该法令禁止所有政党及社会团体的秘密活动，要求各政党和社会团体登记其办公地点和刊物，提供其领导人和成员的名单。
1949年5月底，吉田内阁颁布《行政机关职员定员法》，计划裁减24万公务员。同年6月，吉田内阁修改《工会法》和《劳动关系调整法》，规定工会只能提出改善劳动条件、提高工资的经济要求，不能进行政治活动，在调解劳资纠纷时不能进行罢工，取消对资本家以工人参加罢工为借口随意解雇工人的限制。日本共产党影响下的“产别会议”联合包括“总同盟”在内的其他工会组成“全国工会法规政策协议会”，发动162个团体约38万人参加反对修改《工会法》《劳动关系调整法》的斗争
，最后迫使吉田内阁放弃了全面修改两法的企图，保护了工人的基本权利。
1949年7月4日，国营铁路当局宣布第一次裁减3.07万员工，第二天国营铁路总裁下山定则突然失踪，7月6日清晨在常盘线绫濑站附近发现其被辗压的尸体（下山事件）。内阁大臣未经调查就发布是他杀的谈话，吉田首相也向记者发表了类似倾向性的意见，结果各大媒体刊登是日本共产党所为的消息。为此国营铁路工会难以组织有效的罢工，第一次裁减员工强行实施。国营铁路当局在7月12日发表第二次裁员6.2万人的计划，工会准备组织大规模的斗争。15日深夜无人驾驶的电车在三鹰站闯入民房，死亡6人，受伤者12人（三鹰事件）。各大报纸再次报道是日本共产党所为，警察逮捕已经解雇的工会成员，铁路当局趁机解雇了工会领导机构的共产党员和大量的工人。8月17日，在福岛县松川站附近列车脱轨倾覆，造成3名乘务员死亡（松川事件）。铁轨有被撬过的痕迹，附近的东芝工厂因解雇人员劳资斗争十分激烈，国营铁路工会和东芝工厂工会的成员作为嫌疑者遭到逮捕。
另一方面，为消除日本共产党在学生运动的影响，麦克阿瑟将盟军总部民间情报教育局顾问易尔兹派往日本各大学，7月19日在新潟大学进行首次演讲，呼吁将红色教员和罢课学生赶出校园。同年9月，盟军总部指令日本政府在教育界驱逐日本共产党成员，结果有1700名教员被解职。正是在保守政府的压制下，1949年12月，“产别会议”分裂，部分成员分离出去组成“全国产业别工会联合”（新产别）。
1950年1月7日，共产党及工人党情报局发表文章《关于日本形势》，全面批评日本共产党主流派的斗争路线。认为美国对日本实施的是殖民统治，而且准备在远东地区发动新的战争，因此，“和平革命”完全是一种幻想。日本共产党中央委员会发表《政治局所感》进行反驳，但其内部并不统一，以宫本显治为首的主张接受批评者被称为“国际派”，以德田球一为首的反对批评者被称为“所感派”。1950年2月，占主流的“所感派”转而接受共产党及工人党情报局的批评，两派对立激化。6月6日，麦克阿瑟剥夺日本共产党24名中央委员的公职，德田等主流派转入地下，党发生分裂。
以整理“过剩雇佣”和压缩固定费用为中心的民间企业“合理化”措施也得到实施。据统计，从1949年2月到1950年6月，民间企业裁减人员的具体数额为：机械器具产业15.2万人，化学产业6.4万人，金属产业4.2万人，煤炭产业3.7万人，纺织产业3.2万人，包括其他产业超过40万人，涉及企业1万多家。另一方面，政府通过预算减少雇佣人员，包括公共企业在内的政府机构共减少28.5万人，地方公共团体职员13.4万人，两者合计41.9万人。结果造成失业者大量增加，政府统计的完全失业者从1948年9月的15万人增加到1949年9月的46万人，领取失业保险者从1948年11月的2.6万人增加到1949年的32.3万人，增长了近12倍，失业保险支出金额也从1948年的157亿日元增加到1949年的568亿日元。
但在此基础上，工业劳动生产率得到较大提高。1949年，矿业、金属工业的劳动生产率提高60%以上，化学、纺织、食品工业的劳动生产率提高40%以上。1948年每个煤矿工人每月产量为6.1吨，1949年则增加到7.4吨。
吉田内阁为加强政府对产业及贸易的控制，在1949年5月设置策划、实施通商政策及产业政策的通商产业省（简称“通产省”，MTIT），由商工省及贸易厅改组而成。另外，从1950年开始实施“集中生产方式”，即资金、原材料等集中供给劳动生产率、劳动利用率及产品质量较高的优秀企业。同时将优先发展产业的顺序从“倾斜生产方式”时的煤炭、钢铁、电力、化工、机械、纤维改为电力、海运、钢铁、煤炭，并对这四大产业优先发放长期贷款。另外，大力推动对外贸易的发展，将经济建设的重点从基础生产资料的生产转移到以对外贸易为中心的生产。为积极引进外国先进技术，实施重要机械进口免税制度和企业设备的特别折旧制度。
与此同时，政府在1949年6月18日修改《禁止垄断法》，其主要内容为：取消有关禁止交换科学技术知识情报的规定，国际合作协定从认可制改为事后报告制；除企业之间具有竞争关系或带来交易限制或垄断之外，全面取消企业之间持有股票的限制；取消企业持有自己债券不得超过该企业资本金25%的规定；除具有竞争关系的企业之外，取消企业干部兼任其他企业职务的限制；企业合并或转让等均由许可制改为事前报告制等。
当时的政局对吉田政权较为有利。日本共产党在内外打击下影响急剧减弱，社会党内部左右两派也因1949年1月大选失败而矛盾激化，甚至在1950年1月分别召开了社会党的第五次大会。虽然其3个月后又统一起来，但相互之间的矛盾依然存在。1950年3月，民主党以保利茂为中心的联合派（拥有23个众议院席位和5个参议院席位）与民自党合并，组成自由党，吉田茂任总裁。同年4月，民主党在野派与国民协同党合并，组成国民民主党，最高委员长为苫米地义三，拥有67个众议院席位和43个参议院席位。同年6月举行战后第二次参议院议员选举，自由党的议席有大幅度增加，进一步稳固了吉田政权。