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除政策性改革之外，盟军总部还在日本进行了许多制度性改革，其中最重要的是修改宪法。早在1945年10月，麦克阿瑟就对东久迩内阁的近卫文麿国务大臣提出修改旧宪法的要求，并指出修改时必须充分加进自由主义的要素，必须扩大选举权，承认妇女的参政权和工人的权利，同时鼓励近卫提出修改宪法草案。
币原喜重郎内阁成立后，麦克阿瑟再次要求探讨修改宪法。币原首相任命近卫为内大臣御用挂（顾问），进行修宪的调查研究。同时在内阁中设置宪法问题调查委员会，由松本蒸治任委员长。
1946年1月4日，松本委员长提出个人的《宪法修改要纲》，即“松本甲案”，在有关天皇部分，只是将“天皇神圣不可侵犯”改为“天皇至尊不可侵犯”。由于遭到委员会委员的质疑，所以又制定了修改内容较多的“松本乙案”。但从1月30日内阁会议开始讨论两个修改宪法方案时，有关天皇部分仍然没有进行大幅度修改。2月1日，《每日新闻》发表快讯，公布了宪法问题调查委员会制定的7章77条《宪法草案》，并指出：“在宪法核心的天皇统治权方面，与明治宪法完全相同。”
战后组建的各个政党也提出了自己的宪法草案。日本共产党在1945年11月的第一次全国协议会上发表《新宪法框架》，其内容主要包括：主权在民，18岁以上男女具有选举权及被选举权，人民具有政治、经济、社会、监督及批判政府的自由，具有生活、劳动受教育等权利。1946年6月，日本共产党正式发表《日本人民共和国宪法草案》，明确主张废除天皇制、建立共和国；1945年1月21日，自由党发表其宪法草案，在天皇制方面，声称天皇万世一系，作为国家元首总揽统治权，废除紧急敕令、独立命令制定大权、官员任免大权、统帅大权、编制大权等，在人权方面，国民享有法律范围内的思想、言论、信教、学术、艺术等自由。社会党在同年2月23日发表宪法草案，主张主权在国家——包括天皇在内的国民共同体，分割统治权，主要部分在议会，一部分归属天皇，限制天皇的统治权，将其非政治化。该宪法草案的特色是“国民的生存权”，即“国民具有生存权，其老年生活得到国家保护”，“国民具有劳动的义务，劳动力受到国家特别保护”等。进步党也在同年3月14日发表了修改宪法方针，维护天皇制，“天皇在臣民的辅助下行使统治权，立法依靠帝国议会的协助，行政由内阁辅助，司法委托法院……废除统帅大权、编制大权、非常大权、独立命令制定大权，其他天皇大权有议会议之。”
除政府和政党的宪法草案外，还有六个民间的宪法草案，分别为宪法研究会的《宪法草案要纲》、高野岩三郎的《日本共和国宪法私案要纲》、日本律师联合会的《宪法修改草案》、里见岸雄提出的《宪法修改草案》、宪法恳谈会的《日本国宪法草案》及布施辰治的《宪法修改私案》等。
《每日新闻》发表松本宪法草案后，民政局立即加以分析后提出报告，认为该修改草案具有极其保守的性质，对天皇的地位没有实质性变更。天皇完全具有统治权。从这一点来看不会得到媒体或社会舆论的积极评价，更不会为远东委员会所接受。为防止远东委员会参与甚至起草宪法而使问题复杂化，必须在远东委员会正式成立之前完成明治宪法的修改工作。对日本政府感到失望的麦克阿瑟决定由盟军总部民政局制定宪法草案，并亲自提出了“制宪三原则”：第一，天皇处于国家元首地位。皇位世袭。天皇的职能与权限基于宪法行使，顺应宪法体现的国民之基本意志。第二，废除国权发动的战争。日本放弃作为解决纷争手段的战争，甚至作为保护自己安全手段的战争。日本将其防卫与保护委托目前推动世界的崇高理念。将来既不授予日本具有陆海空军权力，也不授予日本军队交战权。第三，废除日本的封建制度。贵族的权利，除皇族外，不再给予现在生存者一代以上。华族的地位，今后不伴随任何国民的或市民的政治权力。预算的模式仿照英国制度。
1946年2月4日，民政局开始起草新宪法，2月12日完成，第二天提交日本政府。2月19日，内阁会议讨论盟军总部宪法草案，松本等人强烈反对。21日，币原首相访问麦克阿瑟，后者再次强调为保留天皇制必须接受主权在民和放弃战争的条款。在22日召开的内阁会议上，虽然松本国务大臣以翻译时间不足、贵族院不会同意、外来宪法会引起混乱等为由反对接受，但最后的结论是在接受盟军总部方案基础上，尽可能加入日本方面的意见。内阁会议后，币原首相到宫中禀报，天皇赞成像英国那样的“象征”君主。
1946年3月6日，日本政府正式发表《宪法修正草案要纲》，社会各界表示赞成，首先媒体多给予积极评价。《朝日新闻》的社论《划时期的和平宪法》，认为国民大众也能理解修改宪法所具有民主革命的意义，反映了人民的意志；《每日新闻》连续四天发表社论，其中在《民主宪法与新道德》一文中指出：“新宪法将挽救因战败处在崩溃状态的日本，赋予国民巨大的勇气和希望”；《读卖报知新闻》的社论《彻底的和平主义》，高度评价新宪法是进步的、革命的宪法。在政党方面，自由党和进步党“原则赞成”，特别是自由党认为“新宪法与我们自由党提出的宪法修正案原则完全一致”；社会党认为新宪法忠实地履行了《波茨坦公告》和充分体现了民主主义政治，但天皇权力依然较多；日本共产党明确表示反对，认为应废除天皇制、具体阐述劳动人民的权利等。新宪法的基本理念得到日本国民的支持，《每日新闻》的舆论调查表明，85%的人支持象征天皇制，13%的人反对，不表态的人占2%；70%的人认为有必要放弃战争，28%的人认为不必要。
众议院审议完毕后，宪法草案转到由14名各党议员组成的“帝国宪法修改案委员小委员会”，委员长是芦田均。从7月25日到8月20日，共进行了13次审议。除增加生存权及延长义务教育的修正外，该小委员会对宪法最大的修正是有关放弃战争的第九条。宪法草案的原文是“永久废除以国家主权发动的战争及以武力威胁或行使武力作为解决与他国之间纠纷的手段。不保持陆海空及其他战争力量，不承认国家的交战权”。芦田均提出修正案，第九条的内容改为：“日本国民真诚希求基于正义与秩序的国际和平，永久放弃以国家主权发动的战争及以武力威胁或行使武力作为解决与他国之间纠纷的手段。为达前项目的，不保持陆海空及其他战争力量，不承认国家的交战权。”这样一来，日本有可能重新军备。正如芦田均指出的那样，“我担心第九条第二款原封不动，就会出现剥夺我国防卫力的结果……由于加入‘为达前项目的’这样的词句，原案中无条件地不保持战争力量就变成在一定条件下不保持战争力量”
。
与此同时，远东委员会也就宪法的基本原则进行讨论。7月2日，远东委员会制定了《新日本国宪法的基本原则》，主要内容为：“日本国宪法必须明确主权属于国民，日本国的最终统治形态应由自由表明的日本国民意志而确立，但天皇制以现行宪法形态存在并不符合前述一般目的。因此，应鼓励日本国民朝废除天皇制或更为民主化的方向改革天皇制。”
“芦田修正”在远东委员会引起较大争议，负责宪法问题的第三委员会认为“第九条修改成日本有可能保持陆海空及其他战争力量”，因而要求负责“废除日本军备”的第七委员会对此加以注意。在远东委员会的压力下，宪法草案不仅明确了“主权在民”的原则，又另外增加第66条第二款：“内阁总理大臣及其他国务大臣须为文职人员。”至此，名义上为修改宪法，实质上是制定宪法的过程结束。1946年11月3日，《日本国宪法》颁布，1947年5月3日起正式实施。
新宪法第八章专门规定了“地方自治”，其中第93条规定“地方公共团体首长、其议会议员及制定法律的其他官员由其公共团体的居民直接选举”。地方制度改革在强化地方议会权限的同时，也确立了都府县知事以及市町村长直接选举的制度。1947年4月17日，颁布了将有关都制、府县制、町村制等法律合而为一的《地方自治法》。1947年12月，战前权力极大的内务省被解散，设置“全国选举管理委员会”“地方财政委员会”“国家公安委员会”承担其事务。1950年4月15日，颁布将有关国会众参两院议员、都道府县知事、市町村长、地方议员等选举法律合而为一的《公职选举法》。根据美国财政专家提出的建议，实施以国税和地方税分离、都道府县税与市町村税分离为目标的税制改革，并引进“地方财政平衡交付金制度”。另外，1948年7月制定了《教育委员会法》，在都道府县、市区町村建立公选的教育委员会。在警察方面，根据1948年3月制定的《警察法》，在市和5000人以上的街区町村设置自治体警察。
新宪法第24条规定：“婚姻仅以两性的意愿为基础而成立，以夫妇平权为根本，应共同努力予以维持。关于选择配偶、财产权、继承、选择居所、离婚以及关于婚姻和家族的其他事项，须立足于个人尊严与两性真正平等制定法律。”为此，首先在1947年5月3日宪法实施之日通过《应急法》对1896年颁布的《民法》进行了修改，其后在1948年1月实施修改过的《民法》，否定了嫡系长子优先的户主继承制度和“户主权”，婚姻自由与男女平等得到保障。在1947年11月实施的《刑法修正案》废除了将批判天皇视为犯罪的不敬罪和已婚女性发生婚外关系的通奸罪。
根据新宪法精神，1947年3月31日帝国议会众议院解散以前，国会两院又先后制定和通过了由国民投票选举的《参议院议员选举法》、详细规定国会两院组织形式与功能的《国会法》、规定最高行政机构权限的《内阁法》，以及《法院法》《检察厅法》《财政法》《皇室典范》《皇室经济法》等制度性法规，从而形成了战后政治制度。