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中国早期的洋学堂，都是传教士创办的。创办各级各类学校，是传教士普遍重视的传教手段，英美基督教传教士于此用力尤多。早在道光十五年（1835年），基督教英美传教士联合寓华西人创立“马礼逊教育会”，旨在推动中国兴办新式学堂，使中国青年接受西式教育，了解西方各种学问，阅读《圣经》与基督教著作。在华最早的教会学校是道光十九年（1839年）于澳门创立的马礼逊学校，其教育宗旨是培养体质、智力、道德全面发展的新人。这是中国第一所采用西式教育，并明确提出“体、智、德”全面发展的现代化小学校。
第一阶段从道光二十年（1840年）鸦片战争到咸丰十年（1860年）《北京条约》签订。
这个阶段传教士主要在开放的五口与香港开办一些附设于教堂里的洋学堂，规模很小，程度都属于小学。免收学费，其他一切膳宿生活甚至路费全部由学校供给，招生对象都是贫苦教徒子弟或无家可归的乞丐。学堂约50所，学生约1000人。
这一阶段开设的洋学堂主要有：
道光二十三年（1843年）从马六甲迁到香港的英华书院，是伦敦会马礼逊创办，由英国传教士、后来成为著名汉学家的理雅各负责校务。道光二十四年（1844年），英国“东方女子教育会”派遣阿尔德赛女士在宁波开办女子学塾，这是外国传教士在中国开办的第一所女子学校。其后又有11所女子学校先后在五口与香港开设。同年，伦敦会还在厦门开设英华男塾。道光二十五年（1845年），美国长老会也在宁波开设一所男塾。道光二十六年（1846年），美国圣公会文惠廉在上海开设一所男塾。道光二十八年（1848年），美国美以美会在福州开设一所男童学塾。
道光三十年（1850年），天主教耶稣会在上海创办徐汇公学，后来改称圣依纳爵公学。这是天主教在中国开办的最早的洋学堂之一。同年英国圣公会在上海开设英国书塾，美国北长老会在上海开设清心书院，其他差会亦于同年分别在广州、厦门、鼓浪屿开设学校。咸丰三年（1853年），美国公理会在福州开设格致书院，同年又在福州开设文山女塾；天主教亦于同年在天津开设法汉学堂、诚正小学及淑贞女子小学。咸丰八年（1858年），归正会在厦门开设真道学校。咸丰九年（1859年），美以美会又在福州开办一所女校。
第二阶段从咸丰十年（1860年）到光绪元年（1875年）。
这个阶段，洋务派设立了几所洋学堂。为了与传教士开办的学校相区别，一般称传教士开设的学校为教会学校，而洋务派设立洋学堂则是与科举制的学塾或私塾相区别。
这一阶段教会学校总数约800所，学生约2万人。其中基督教传教士开办的约350所，学生6000人；天主教传教士开办的约450所，学生1.4万人。仍以小学为主，但已有少量中学出现，约占总数的7%，女子学校也有所增加。
这个阶段比较著名的教会学校有：
同治二年（1863年）天主教开办的上海圣芳济书院。同治三年（1864年）美国长老会在山东登州（今山东蓬莱市）开设的蒙养学堂。
同治四年（1865年）美国传教士在北京开办的崇实馆；同年美国圣公会在上海开办的培雅学堂。同治五年（1866年）天主教在天津开办的宪真中学堂；同年基督教在上海开办的度恩学堂。同治六年（1867年）天主教在上海开办的崇德女校；同年基督教在杭州开办的育英义塾等。同治九年（1870年）监理会在苏州开设的存养书院。同治十年（1871年）美国圣公会在武昌开办的文惠廉纪念学堂等。
第三阶段从光绪元年（1875年）到光绪二十五年（1899年）。
这个阶段教会学校总数约2000所，学生总数在4万名以上。中学约占10%。开始出现大学，实际上都是在中学基础上添加的大学班级，大学生总数不到200名。天主教仍以小学教育为主，设有少数中学；基督教中学明显增加，大学也在逐渐形成之中。其中较著名的有光绪五年（1879年）由培雅学堂和度恩学堂合并的上海圣约翰书院，后来形成上海圣约翰大学。光绪七年（1881年）林乐知在上海开办的中西书院，后来形成东吴大学。光绪十五年（1889年）在广州开设的格致书院，后来形成岭南大学。
这一阶段的显著特点是招生对象的变化，特别是在沿海通商口岸，多数教会学校已不再免费招收穷苦孩子入学，而是尽力吸收富家子弟入学，并且收取较高的学费。
第四阶段光绪二十六年（1900年）以后。
这个阶段的教会学校猛增到1.3万所。其中大学有14所。中小学比例是：中学约占15%，小学约占85%。学生总数35万名，其中天主教会学校学生约15万名，基督教会学校学生约20万名，大学生1000名。
据光绪三十一年（1905年）统计，在华从事教会教育的美国人与英国人的比例为7.7∶2.3，基督教会开设的学校美国占压倒优势，大学教育尤其明显。
岭南大学。美国基督教会开办的大学。其前身为光绪十四年（1888年）成立的格致书院，校址在广州。改为岭南大学。
震旦大学。光绪二十九年（1903年）天主教耶稣会在上海徐家汇设立。初名震旦学院，后改大学。
湘雅医学院。前身是光绪三十二年（1906年）由美国雅礼协会在长沙开办的雅礼医院。宣统三年（1911年）又开办护病学校。
协和医学院。前身是协和医学校，光绪三十二年（1906年）由美、英两国六个教会团体合办，校址在北京。