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朱懋杰、朱懋嘉、朱懋伟是阮仪三的表舅（外祖父弟弟的孩子），他们有个可贵的共同目标，就是抗日。当时只有19岁的朱懋杰，已经成为共产党在扬州地下工委的负责人，曾在敌伪占领时期主编过《荒原》，发表了许多著名文人在陕北根据地的消息。弟弟朱懋嘉在小学教书，受哥哥的影响，一直想参加抗日斗争。朱懋伟年龄最小，从13岁开始，这个机灵的小孩就投身党的抗日地下活动，做了很多大人难以替代的工作。
1941年1月6日，蒋介石发动皖南事变。在苏北的新四军遭到反动派的围剿，许多志士被枪杀逮捕，有部分人员分散逃亡。当年，阮仪三在苏州的家里，就逃来了几位志士，朱氏三兄弟就在其中。
因为阮仪三的父亲是苏州发电厂总工程师，在苏州有一定声望，他们就跑来避风头。除了朱氏三兄弟，还有一些地下党员也躲到阮家避险。当然，这些人都是一批批先后到阮家去的。阮昕善于助人，同情革命志士，就帮他们一把。有段时间，同时7个大男人躲进阮家。没地方睡觉？就睡地板。每顿饭要开三个灶！
这么多人吃饭，家里储存的米和油很快告罄，得赶快采购补给。阮昕把孩子们叫来，给大家分派买米买油的任务。这个孩子买2斤，那个买3斤，分头去买。阮仪三对父亲说：“我力气大，一次能提10斤油，一个人就能完成！”
父亲轻轻摇头：“嗯，我知道。不过，你想一想，如果一下子买这么多，恐怕人家要怀疑。一家人哪能吃那么多的油？现在白色恐怖笼罩着苏州，稍有大意就会进监狱。”
阮仪三明白了，他和姐姐们机智地躲避着敌人的暗哨，出色地完成了任务。朱家的三个舅舅都很有文化，在阮家那段时间，没事儿就教阮仪三下棋、拉胡琴。可惜时间太短，半个多月之后，还没等阮仪三学会，在阮昕的安排下，这些躲在阮家的地下党员就陆续地被转到了山东解放区。
后来，阮仪三的这三个表舅都成为杰出人才。朱懋杰（宋原放）曾任上海市出版局局长，是第一版《辞海》总编；朱懋嘉（韦名）曾担任总政歌舞团副团长；朱懋伟，作为扬州市城建局局长、市建设局总工程师，为古城扬州的城市建设立下了汗马功劳。
1946年，阮仪三小学毕业，就读于苏州中学初中部。这是一所非常好的学校，老师们都很了不得，后来全是著名的大师级人物。比如美术老师，是最早留日的美术家胡粹中；音乐老师陆修堂，后来担任上海音乐学院的民乐系主任；史地老师单树模，后来是南京师范大学的著名教授、国家教委中小学教材审查委员会委员；语文老师沈荣先是后来的南京大学国文系教授。还有很多老师，都很有水平、非常优秀。所以阮仪三那时候学到的知识都是实打实的。名师出高徒嘛！阮仪三作文写得很好，如果老师给一个精彩的评语，他受到激励还会再写一篇。
受祖辈们的影响，阮仪三从小就和各类书籍打交道。他从初中开始流连于苏州的大街小巷，淘书是他的一大乐趣。
阮仪三家里楼上住人，楼下有间书房，平常父亲在那里接待客人，看看书。后来父亲说：“楼下也有人睡比较安全一点，仪三，要不你就去睡书房吧。”
这个建议正合阮仪三的心意。他把床放在书房里，晚上没事了就翻书。那些名著如《三国演义》《红楼梦》《水浒传》《古文观止》等，成为滋养他的最美好的精神食粮。
他在书房角落发现一摞小册子，比普通的书要小，纸张也很有质感，竟是商务印书馆排印的《万有文库》。这套丛书由王云五先生策划整理，内容涉及国学、世界名著、史地、工学、农学、商学、算学、医学、体育等计1721种，包括古今中外各门学科。对阮仪三而言，此书好比《四库全书》，涵盖了当时各门学科的知识。他读得津津有味，极大地拓宽了知识面。父母看他喜欢，只要在市面上发现这类书，就会给他买回来。《万有文库》全套共有千余本，他读了很多，这极大地丰富了他的知识。
那时，他读书上了瘾，有时甚至忘记睡觉。母亲半夜起来，经常看到书房的灯还亮着，就在窗外呵斥他：“仪三，仪三，关灯睡觉了！”
阮仪三先把灯熄灭，过一会儿，再偷偷打开，继续读书。起初他只是胡乱地看，后来却渐渐地对读书产生了兴趣。此期间，他看了不少诸子百家的著作，当然也有不懂的地方。而真正对古书籍有了研究兴趣，还是从事专业之后的事。说起来，就是初中那段时间他读书最多，差不多把课外书都看完了，积累了大量的知识。阮昕要求长子承担起看守书房的职责，这或许是刻意安排。后来回忆起年少时期，阮仪三格外感激父亲的这个决定。