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苏高中参干的80名海军学员，被编入安庆海军联合学校第三分校。
设在南京和安庆的华东军区海军学校，是第二个成立的海军学校，由海军直接管理，曾经培养过大批海军急需的专业技术人才。
1951年1月，包括阮仪三在内的海军联合学校的第一批新学员入校了。大家兴奋地换上新军装，是带毛领的海军蓝双排扣列宁装，再戴上帽徽、胸章，别提多神气。当时很多新兵头发较长，部队讲究军容仪表，必须剃头，标准大约是三毫米。为节约时间，大家就互相理发。碰到手艺不好的战友，理出一个凹凸不平的平头也是常事。等大家都剪完，发现彼此就像换了一个人，已经初具军人气质。
新兵们先读预科学习文化，5个月后转入本科学习专业。除了日常的体能和武器操作训练，每天早上起床还要拔筋，就是做体操，防止游泳抽筋。防晕船训练也挺有意思。训练场上有一个圆形器械，教员告诉大家，在上面转晕几次，上船就不会晕了。
经过3个月的军事训练后，阮仪三开始学习通信专业。当时海校相当简陋，仅有几部电台，几个信号灯、信号旗。教员来自国民党海军最大的巡洋舰“重庆号”上的起义人员。老师双手拿着红黄相间的两面小旗，上下左右翻飞舞动；或是抱着信号灯，噼里啪啦地打出闪烁的光点。那种信息的传递方式，让新生觉得既有趣又神秘。
阮仪三学得特别认真，把灯光信号和旗语背得滚瓜烂熟，花了一年时间，从预科到本科，逐步掌握了军事技术。一年后新生毕业，被分配到驻扎在上海的华东海军（后改名东海舰队）。阮仪三上了军舰，成了一名真正的水兵。
刚上舰他情绪很高，成百上千的海鸟在周围飞翔，清新的海风轻轻吹过脸庞，那种感觉特别棒。当舰艇劈开水波时，海水从船体的两边散开，形成长长的泛着蓝宝石色彩的波纹，美丽极了。当然，他也遭遇过怒号的狂风和凶暴的大海。眼见着海水迅速集聚，海面不断升高，吐着泡沫冲向舰艇，然后劈头砸下，令他见识了大海的威力。英姿勃勃的阮仪三，一派热情洋溢，脸上透出一丝坚毅。他的睿智、善谈让他颇受欢迎。他也很快从战友那里学到一些实用的小技巧。
因为战斗和巡逻，军舰常年在海上行驶，后勤物资时常短缺。有一次，老舰长看到阮仪三端着半茶杯的淡水，立即拿出自己的茶缸，把阮仪三的杯子倒满，还笑呵呵地说：“小鬼，多喝点，我有这些就足够了。”这让年轻的阮仪三倍感温暖。
虽然未上朝鲜战场，阮仪三也多次经历战火。那时，美、日、国民党、韩国四股力量把中国所有的海港口封锁起来。我军的海防力量还很薄弱，一开始用木船打军舰，后来把江南造船厂里国民党遗留的军舰修好后，组成了华东海军。当时的吴淞口、长江口外，常有国民党残余力量和日本、韩国海匪活动。渔民不能正常出海捕鱼，上海到山东青岛、辽宁大连、浙江、福建沿海的航运尚未开通，海军的护渔、护航、开辟航道、肃清海匪的任务很重，常常与敌人发生战斗。
出海的第一天，阮仪三所在的战舰就遭遇敌情，几艘海盗船悄无声息地从远处驶来。“战斗警报！战斗警报！”舰艇广播里传出舰长的喊声，大家立即进入战斗状态。阮仪三既紧张又有些兴奋，他镇定地坚守在战位上。经过一番惊心动魄的激战，海盗近乎被全歼。
海上战争格外的残酷。这支新组建的海军，大多是新兵，很多人没有战斗经验，穷途末路的国民党残军和海盗却异常凶狠。作战中，很多士兵献出了宝贵的生命。眼睁睁地看着战友离自己而去，阮仪三悲痛与激愤交加。消沉了几日，他更加积极地投入到预防海盗袭击、做好航行应变和实弹演练中。直至今日，他常去上海宝山烈士陵园祭奠战友，表达缅怀之情。
在解放被国民党占据的东南沿海一带岛屿时，阮仪三参加过许多次海战。几年枪林弹雨的军旅生活中，他经历了很多，主要在古田军舰上任信号兵，经常出海执行任务，跟国民党、韩国还有海匪都打过海仗。
信号兵承担着对海对空的观察任务，被称为战舰的眼睛。上舰之初，阮仪三就苦练读码基本功，不久就能快速、准确地收发报文。部队也特别注意培养这个好苗子。1953年春，他被派往青岛海校，学习了大半年的无线电检修技术。
阮仪三的学习方法很好，几次很重要的、新的条令和技术内容传达下来，都领会得特别透彻，全面掌握了军舰舱面上的所有技术，成为突出的技术能手。因为在部队表现英勇，他荣立过三次三等功，还受到共青团的通报表扬，被评为全国的优秀共青团员。