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中国文明的起源是一个很复杂的问题，在过去的100多年当中，国内外学术界对此有很多分歧和争议。100多年前，中国的知识人普遍接受“中国文明西来说”，其中包括梁启超、章太炎这样的一流学者。
直到今天，仍然有一部分研究者笃信“中国文明西来说”，强调中国文明来自巴比伦，来自中东及中亚地区。
有英国科学家提出过这样的假说：人类的第一个女性祖先产生在大约15万年前的非洲。近些年来又有学者通过对南方基因组的研究，得出人类祖先都是从非洲走出来的这样的结论，这种说法和中国古代传说以及基督教神学表达是很相似的。
人类的起源可能是多元性的，并不是说上帝先造了一男一女，再扔出去让他们两个繁殖。真实的情况很可能是这样的，人类和其他生物一样，在适宜产生的地方自然产生了。文明的起源遍地开花。在这个漫长的形成过程当中，本来人们可以各自为政，但人们需要应对各种环境的变化，为了抵御猛兽的侵袭和其他族群的进攻，人们开始聚集在一起，慢慢开始形成小的村落。若干个联系紧密的村落形成了城邦，之后若干个联系紧密的城邦又形成了小的族群，这样就构成了中国文明的起源。由此也可以解释人类文明发生的普遍性。
关于三皇五帝，我们知道的非常有限，司马迁在2000多年前就已经有这种感受了。《史记·五帝本纪》说：“学者多称五帝，尚矣。然《尚书》独载尧以来；而百家言黄帝，其文不雅驯，荐绅先生难言之。”在孔子的表达当中也有“亲闻”“亲见”“亲历”“传闻”的区分。我们今天讲中国的古史，讲到三皇五帝，就已经（说）是一个传说时代。我们后人管没法讲清楚的事情叫“传说”，但对当时的人来说那是个真实的世界。比如有没有大禹这个人，20世纪疑古风气最盛的时候，鲁迅批评顾颉刚，说顾颉刚认为大禹不是一个人，而是一条虫。顾颉刚后来抱怨说，你把我的意思概括错了。
其实顾颉刚想表达的是什么呢？他认为大禹是一个“箭垛式”的人物，夏商时期的很多故事，都是后人不断添加上去的，就像不停地朝箭垛射箭一样，是层累的增加，不断的丰满。后世学者较前辈学者讲得更细致、更圆融，这其中就有后世学者添加的东西。顾颉刚对历史形成现象的这个发现，对于我们理解古史形成甚至理解晚近的历史，都极具启发意义。我们今天不能把三皇五帝“做实”，司马迁的《史记·五帝本纪》已经在解读中国远古时期的历史，描述出了一个大致情况，但是讲得很含糊。从周朝开始，司马迁的描述才开始比较清晰，因为周朝留下来的文字记录，或其他可资参考的东西比较多了。
司马迁应该没有看到过殷墟的甲骨，因此《史记》对商朝的历史描述得很模糊。1899年甲骨文被发现，学者们经过100多年的研究，终于可以把商朝的历史描述地比较清晰了。其中贡献比较大的有王国维、罗振玉、刘鹗，他们对甲骨文的释读，解决了商朝的帝王传承问题。王国维有一篇著名的作品《殷卜辞中所见先公先王考》，在《史记·殷本纪》的基础上，把商朝的帝系、谱系更清晰地呈现给世人。
我们现在都说自己是炎黄子孙，但是炎黄子孙真正成为一个政治化的概念，是最近30年的事情。这个概念提出来的时候，我已经在学界干了好多年了，我个人是不太认同它的。我，马勇，我自己所属的这一支是清朝中期从甘肃到安徽来的。在当年，我祖先所处的地区属于周边地区。你说你是炎黄子孙，那我们不就成了非炎黄子孙吗？但是我们的概念说，炎黄是中国文明的起源，是中国族群的源头，我觉得讲这个东西的人可能不理解学术史。
甲午战争后，梁启超提出“中华民族”的概念。20世纪初，孙中山搞排满革命，提出的口号是“驱除鞑虏，恢复中华”，把满洲看成了异族。孙中山最初的理想不过是像当年的朱元璋一样，重建一个汉人的天下。
但是等到1912年清帝退位之后，我们形成的族群概念是：满、汉、蒙、回、藏，五族共和，我们是一个国家，一个族群。为什么“满”在前呢？因为满人是清朝的领导力量、领导族群；“汉”是主流族群，之后就衍生出了“炎黄”概念。这些都是学术史上的概念，没有任何政治意思。
在中国古史的叙事当中，我们讲炎帝部落和黄帝部落互相之间争战，就是在争地盘。为什么要争地盘呢？是因为你侵扰了我的安宁，侵犯了我的利益，那我就要去争。中国历史上一个族群和另一个族群的冲突，其实是一个利益集团和另一个利益集团的冲突，部众只不过是族群领导者的财富。我并不是在诬蔑中国的古史，在中国近代民族国家形成之前，人民就是利益集团的财富。
远古时代，各个大族群、大部落一再的重新组合，最后形成了夏商周三个大的政治体，中国历史终于进入了可叙述状态。
今天考古学发掘的一个重点是寻找夏文明，比如长期致力于先秦史研究的李学勤先生，他认为以郑州为中心的一个大概区域是夏文明的主要活动范围。还有主持二里头考古发掘的许宏老师，他也是在寻找夏文明的晚期痕迹。商朝的叙事因甲骨文的发现而变得清晰，如果能够通过考古学找出夏文明的脉络，弄清楚夏王的谱系，那夏朝历史也就可以叙述了。我们在解读夏商周三代历史的时候，一定要注意到一点：夏商周并不是先后出现的。不是夏结束之后商出现，商结束以后周出现。我们要注意夏商周的共时性、同步性和重叠性。
周秦之变，周朝结束，秦朝崛起，并不是周天子把传国玉玺交给秦王，说我退位了，剩下的交给你了，不是这样子的。周、秦有一个漫长的重叠期，共存在一个体制内。夏商周不仅是时间上的重叠，还有空间上的重叠。我们的古史几乎都在讲，夏商主要在东方，周起于西戎，起于西方。我个人认为不能把夏商周的空间绝对化，三者在空间上具有重叠性，因为它们在时间上具有重叠性。夏商之间的边界不可能十分清晰，在夏商几百年的重叠过程中，双方的边民“逐水草而居”，今年河东岸适合居住，我就到东岸，明年可能就去西岸了，我可不管这是夏的地盘还是商的地盘。因此，大家一定要注意到夏商周的共时性、历史性和区域性的重叠。
最后一个主题，我们要知道东方文明的特征——它是一个治水文化。千百年来，一代又一代中国人最大的梦想，就是能驯服黄河和长江。今天中国有一个机构叫水利部，“水利”，意思是要化害为利。其实中国人自古以来的目标是治水患，根本没想到把“水患”转化为“水利”。我们去读《明实录》《清实录》，黄河几乎每年都要泛滥，有时一年还不止一次。
中国历朝历代都把治水作为一个重要的目标，为什么？因为黄河流域曾经是中国的经济重心，如果黄河泛滥得不到及时有效的治理，很可能会导致王朝政治体制的崩溃，因此治水是中国历朝历代一个最基本的政治诉求。从这个逻辑（出发）才能回答下面的问题，为什么中国的共同体从万国林立逐步合并成小邦，之后再不断地整合，最后形成统一的王朝。周朝建立的时候，分封了七八十个同姓异姓诸侯国，之后还有不断的分裂与重组。通常情况下，周朝应该有上百个诸侯国，孔子、墨子都号称读过三百个国家的历史书。（要）理解周朝诸侯国的情形，必须有一个动态的观察。经过春秋几百年的争霸，逐渐有五霸凸显。而从历史研究的实际情形看，五霸也是一个动态的状况，并不是有五个诸侯国一直担任周朝的“五大常任诸侯国”。进入战国时期，又逐渐演化为七雄。七雄的情形与春秋时的五霸一样，也处于变动不居的状态，分化重组，不断发生。后来秦国崛起，逐渐灭掉了六国，废黜周朝，重建了自己的天下。
回到大禹治水这个话题，我要讲的意思是什么呢？中国走向统一，其中一个驱动力就是治水的需要。因为大江大河的水患不是某一个小国家可以治理的，必须走上一个大规模的联合，整个流域的联合，这样才可以调动更多的资源来治理水患。
根据可记录的历史，在今天河南开封的地下，已经沉下去好几座城市了。人们也很执着，你说黄河决口把开封给淹了，咱们大不了一走了之，不再回来了。但是等水患过去之后，那些人又回来了，叠加再建。有一次我到开封讲课，我说开封不应该发展更多的工业，应该专门发展旅游业。怎么发展旅游业？切一个平面出来，让参观者可以看到从宋朝到现在开封是怎么叠加的，把这个过程立体地呈现出来。
民国时期的黄河泛滥也是很厉害的，1938年还主动放过一次水，形成了黄泛区。我的老家就属于黄泛区，在我小的时候，春秋两季都是黄沙迷漫，没有办法。后来我们学焦裕禄，焦裕禄的主要贡献是种植固沙的泡桐，为的就是解决黄泛区的黄沙问题。
说句实在话，到了当代，我们才真正解决了黄河的水患问题。现在你到开封去，根本感受不到黄河曾经泛滥过，我们今天已经把黄河驯服到什么程度呢？你想让它往哪儿走，它就必须往那儿走。
有很多人对古史中大禹治水这件事的真实性有争议，我认为大禹治水是真实的，但是大禹不是一个人，而是很多治水英雄的事迹叠加堆积起来的。治水，特别是治理黄河水患，是中国古史形成当中一个非常重要的主题，甚至可以说是中国文明的母题。
大禹治水之后，中国的水患没有得到彻底解决，但是中国的政治架构发生了变化，那就是推荐贤能的禅让制度终止了，我们走到了另外一种政治传承的方式。