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引起亚健康的因素较多，主要包括以下几个方面：
高脂肪、高蛋白、高热量的饮食结构，过饥过饱的饮食不均衡状态，酗酒的生活习惯等，易造成消化系统功能的损害，日积月累导致亚健康状态。
现代社会竞争比较激烈，工作节奏快、时间长、强度大，熬夜睡眠时间短等现象已经成为都市生活的主旋律，导致身体长期处于不能正常休息和放松的状态。睡眠不足则使人的体力、脑力下降，反应迟钝，注意力不能集中；长期的身体和精神上的疲乏使工作、学习能力逐渐下降，进而影响机体的正常功能，导致亚健康状态的出现。
许多人在现实生活中面临诸多如学业、择偶、工作、社交、情感等理想与现实的矛盾，身上都不同程度地存在着抑郁心理、嫉妒心理、虚荣心理、求全心理、矛盾心理等。当不良的精神因素打乱了心理平衡状态或超越了自身可调节的范围，则造成亚健康或病理状态。
适当的运动可促进全身的新陈代谢，去腐生新，增强体质。但如果长时间缺乏运动，则易影响气血的正常运行，长此以往会出现亚健康状态。