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“守土有责”的地理区域化应急管理体制，有利于明晰区域之间的风险防控和应急职责，提高管理效率。这种组织模式背后的假定前提是突发事件仅仅发生在一个区域，影响一个区域。这种假定面对重大突发事件风险时往往不能成立，重大突发事件需要多个区域之间协同防控和应对。
近年来发生的重大突发事件在地理区域上呈现风险外溢性和跨区域性特征，有的重大突发事件的影响甚至波及全国和全球。松花江漏油、太湖蓝藻、南方冰雪灾害、甲型H1N1流感、黄浦江死猪、北方雾霾空气污染、新冠疫情等事件均呈现出跨地域性特征。
无论是突发事件发生地的跨地域性，还是突发事件发生后影响范围的跨地域性，都决定了需要多个区域协同应对突发事件。面对跨域的复合型灾害，应急管理应多区域协同应对，而其所需的资源却分布于不同层级和领域的政府部门，分布于不同区域、不同社会主体中，形成了典型的“碎片化”现象。面对复合型的灾害场景和跨域突发事件，如何建立整体性的治理体系是中国应急管理面临的重要挑战
。此外，重大公共卫生事件的影响还超过国界，成为全球治理的重要挑战，也是全球公共管理的重要主题。
在突发事件发生前，各级地方在机制建设中开始重视跨区域协同，但目前仍然处于“看上去很美”的阶段，协同形式多、联动实质少，在实践中仍然是各想各的、各干各的。国务院应急办经过调研发现，近年来跨区域应急管理合作机制发展迅速，取得了成效；但一些已成立的应急管理合作机制仅停留于签订合作协议、召开联席会议层面，对编制应急预案、开展联合演练、共享应急资源等没有实质性推进
。
2012年12月31日，山西长治市一化工企业发生苯胺泄漏事故，当地政府及环保部门未及时通报下游地区开展联合处置，造成河南、河北部分河流严重污染，导致自来水厂停水和居民抢购瓶装水事件，引发社会强烈反响
。新冠疫情前期，武汉市抱有侥幸心理，对外强调“内紧外松”，与周边的黄冈等地区缺乏风险信息沟通，这也在一定程度上导致疫情暴发后，黄冈等周边县市毫无准备，相继沦陷，医疗资源进入严重紧张状态。
被访者——某市机关工作人员： 在公共突发事件风险防控和应对中，区域政府之间协同的难点有：针对公共突发事件区域政府之间缺乏协调、合作，无法对公共突发事件的风险防控和应对做出统一安排。可以优化的方面是：县级人民政府对本行政区域内突发事件的应对工作负责，涉及两个以上行政区域的，由相关行政区域共同的上一级人民政府负责，或者由各个有关行政区域的上一级人民政府共同负责。
在事发阶段，跨区域协同主要依靠上级的行政推动，区域之间主动自发、自为的跨区域联动较少。重庆公交车坠江事件发生后，当地因缺乏适用起吊装备，导致救援受困，最终依靠应急管理部牵头的部际联合工作组从上海调运适用装备，才最终将公交车打捞出水
。
在突发事件应急过程中，也会发生区域之间应急不协调的现象。比如，在新冠疫情防控中，2020年2月2日，本该发送重庆的应急物资被云南大理征用。这批物资是重庆市政府防控疫情指定企业采购的紧急应急物资。2月24日，经云南省委批准，云南省纪委省监委对大理市违法扣押征用途经大理的外省（市）防疫口罩问题进行了立案调查，并对8名责任人进行问责处理；其中，大理市委书记被免职。
仍以新冠疫情防控为例。进入复工复产阶段后，人员和物资如何从原来的区域隔离到实现区域协同，难度较大。
被访者——某企业负责人：
对复工的企业，疫情防控指挥部已有了统一复工生产的要求，比如量体温、戴口罩、勤消毒等，但不同行业部门和不同地区有的也下发了复工生产要求，与指挥部的要求不尽相同，这种做法既增加了基层干部的负担，也让企业无所适从
。
厦门市中小企业人力资源部门反映，厦门市的文件通知显示省内其他地区来厦务工人员，只要有在当地的居家隔离和相关健康证明，来厦门后可以不用再重复隔离。但是一些区和街道自行加码，最后变成只要是外来人员都要进行隔离，导致企业开工率严重不足，想开工也有心无力。