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李中梓治学主张淹通众家之长，不可不偏执于一家，这大概源自李氏对《内经》《伤寒论》等经典著作的究心研究，以及对张元素、李东垣、薛立斋、张景岳等医家学术精华的吸收。李氏的先后天论、古今元气不同论、水火论等应当就是他通达各家学说而取长补短的结果，若拘泥于一家之言，则“师仲景则偏于辛温，师河间则偏于苦寒，师东垣则偏于升补，师丹溪则偏于清降”，终无所成。
强调脾肾并重是李中梓先后天论的实质内容。李氏指出《内经》所说的治病必求其本，这个“本”字就是脾和肾。“世无有无源之流，无根之本。澄其源而流自清，灌其根而枝乃茂，自然之根也。”先天之本为肾，后天之本为脾，治病如能抓住脾和肾这两个先后天的根本，可以不治而自愈。
元气是人身最根本的物质，其元阴能润泽脏腑，元阳为脏气之源。故元气旺盛，则根本巩固；元气衰惫，则根本动摇。李氏认为人的元气，好像大自然中的气，当天地初开时，气化浓密，则气强。又认为人体“元气转薄必然之理”，在这种元气渐薄、今不如古的思想指导下，处处注意对元气的保养，也就突出了“补虚”的观念。
水为阴，火为阳，水火既济，阴阳互根，这是中医学的基本理论之一。这个观点在《内经》中已有详尽的论述，但历代医家从自己的实践经验中，又有新的理解和不同体会。李中梓十分重视阴阳水火的相互关系，认为阴阳水火是万物之本，而于人身之中即是气血；阴阳二者，阳于生命活动尤为重要，提出“气血俱要，而补气在补血之先；阴阳并需，而养阳在滋阴之上”，体现了李中梓阳重于阴的学术主张，实质上是继承了张景岳的“阴不能无阳，无气便不能成形”的论说。