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在实际的组织设计过程中，我们一般不会只用一种模式来设计部门，职能制、团队制、事业部制和模拟事业部制很可能同时出现在一个企业中。
如果在企业不同的部门采用不同的部门设计模式，这是很容易兼容的，比如，业务部门采用事业部制，财务部门采用职能制，新产品开发采用团队制，这在企业中是非常普遍的。
矩阵制
还有一种特殊的情况，就是一个部门同时处于两种以上的部门化模式下，比如，一个部门既在职能制的模式下，也在事业部制或团队制的模式下，这样就形成了两种部门化模式的叠加结构，这就是矩阵制组织（如图2-7所示）。
最早出现矩阵制模式的场景，是企业有某些专项任务需要从不同的职能部门抽调人员，例如，公司准备开发一个新的大客户，会从市场部、技术部、财务部、人力资源部等部门抽调一些人，成立一个专项的大客户项目组。这些在大客户项目组的人集中精力开拓目标大客户，以团队制部门的方式运行，而他们的基本工作关系还是在各自的部门里面。当大客户开发工作顺利完成之后，这个项目组可能就解散了，项目组的成员各自回到原来的部门中去，这就是一个临时性的矩阵组织；如果这个大客户是要持续维护的，那么这种矩阵组织就会持续存在。
图2-7 矩阵制组织示意图
矩阵制模式下，一个业务部门同时叠加了两种甚至更多种的部门化模式，这种叠加产生了很多的交叉点，每一个交叉点都是一个矩阵内部部门，而每一个交叉点上的部门既要受到横向部门系统的管理，又要受到纵向部门系统的管理，甚至还可能有第三个、第四个或更多个维度部门系统的管理，这样就有可能出现混乱，特别是不同维度的上级意见不一致的时候，交叉点上的部门就会面临两难困境。这种情况，就像是一个小孩子，面对爸爸和妈妈不一样的要求时，不知道如何是好的状况。
矩阵制模式下，组织的统一指挥原则受到挑战，出现多头领导的风险。因此，很长一段时间，矩阵制模式都被视为只能用于临时性工作，不适合作为长期组织的部门化策略。随着IBM、杜邦、ABB等优秀企业的成功实践，大家开始了解到矩阵制组织的优势，也摸索出很多让统一指挥原则得以维护的矩阵制组织运行机制，大幅度降低了多头管理的混乱，例如，现在华为公司成功运转的职能、地域、客户、产品四维度的复杂矩阵制组织。
矩阵制组织模式并没有在基础的部门化模式上有创新，只是叠加使用了前面四种基础部门化模式（不含网络制）。这种叠加在早期的组织设计逻辑中是不能接受的，因为它带来了结构上的混乱。矩阵制结构的成功运转，非常依赖具有软件属性的组织运作机制，这些机制将原来不可能的部门化模式变得非常有竞争力，成为很多大型企业首选的组织结构模式。