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1930年以后，丰子恺渐渐辞去了在上海的各种教职，1933年则辞去了立达学园的教职。1933年3月，丰子恺在浙江老家石门湾梅纱弄8号修建的“缘缘堂”落成，该年春天他回到了故乡桐乡石门缘缘堂，开始了他的著书立说生涯。1934年，丰子恺还在杭州皇亲巷6号租下了寓所，1936年又迁至田家园别寓。这期间，丰子恺有将近4年多的时间来往于杭州、上海，以及故乡石门湾之间，他的身份也由之前的教师、编辑转变成了一位自由撰稿人，真正成了一个自由知识分子。然而，世事难料，到了1937年，日本悍然发动侵华战争，抗战全面爆发，丰子恺写下了“宁当流浪汉，不做亡国奴”的誓言后，不得不离开家乡，中止了“悠然见南山”的写作生活，被迫走上了逃难之路。
1937年11月6日，这个日子我永远不会忘记。那一天，一个毫无设防的小镇——我们的故乡石门湾受到日机的狂轰滥炸，当场炸死数十人，伤无算。居民逃避一空，全镇顿成死市。我家缘缘堂位于小镇的西北，有一枚炸弹看来是对准了缘缘堂而丢下的，没有命中，落在后门口五六丈处。当晚，住在离镇四五里的小村南深浜的雪姑妈一家，得知石门湾被炸后，姑夫蒋茂春及其弟继春马上摇一只船出来，把我们全家接到乡下去避难。我们惊慌之余，匆匆上船，除了替换衣物、被褥和一些日用品外，什么也没有带。后来父亲和我曾在夜间去缘缘堂取了一些书物。谁知半月以后，日军进逼石门湾，多亏邻近乡亲划来一条大船，载了我们全家，仓皇出走，从此背井离乡，开始了艰难凶险的逃难生活。
从1937年11月6日开始，丰子恺一家老少十余人，从故乡出发开始逃难，辗转经过了杭州、桐庐、兰溪、上饶、南昌、宜春、萍乡、湘潭、长沙、汉口等地，于1938年6月24日来到了桂林，开始了他抗战期间音乐、艺术教学活动的第一站。
由于特殊的地理位置，抗战期间，尤其是1938—1944年间，先后有一大批作家、画家、戏剧家、音乐家到桂林开展抗日文化运动，如陶行知、巴金、郭沫若、茅盾、欧阳予倩、田汉、徐悲鸿、丰子恺、满谦子、陆华柏等人。一时间，桂林城内群贤毕至、精英荟萃，他们不但创造了桂林抗战文艺的辉煌历史，也成为近代中国文艺史上的一道独特风景。
1938年5月，著名画家徐悲鸿应广西方面的邀请来到桂林，准备在桂林美术学院举办广西全省的学校艺术教师暑期讲习班，经徐悲鸿推荐，桂林教育局致函丰子恺，邀请其为广西全省学校艺术教师暑期讲习班授课。此时，江浙一带沿海地区早已陷入日军的炮火之中，而在广西桂林这个内地城市，由于交通闭塞等原因，暂时处于相对安全的境地，所以还有机会开展正常的艺术教学活动。“暑期讲习班于当年7月25日开办，至8月22日结束。丰子恺在讲习班授课，结合亲身经历给学员讲授艺术，不仅驾轻就熟，还具有更强的说服力，深受学员欢迎。”
中断教学生涯四年有余，并没有使丰子恺授课生疏，经过四年多的著书立说和深入思考，他的艺术思想越加成熟，课堂讲授精彩不断，深受学员的欢迎。此外，初到桂林的丰子恺还为广西艺术师资训练班（业余夜校）作了艺术讲座。
近一个月的讲习班很快结束了，下一站又要到哪里去？毕竟还有一家老少的生活问题要解决，还有自己的艺术抱负要施展，就在此时，早已闻悉丰子恺艺术才能的桂林师范学校校长唐现之邀请丰子恺前往任教。桂林师范学校是一所有着悠久历史传统的学校（以下简称“桂林师范”），该校筹建于1937年，1938年正式招生，校长唐现之早年就读于南京高等师范学校，是教育家陶行知的学生，有着自己独立的教育见解和办学思想，在桂林师范办学初期就提出了“艺术兴学，礼乐治校”的办学宗旨。唐现之校长敬佩丰子恺先生的才学，表示十分需要像丰子恺先生这样的艺术人才来桂林师范践行艺术教育，应该说，桂林师范的办学宗旨与丰子恺的艺术教育理想一脉相承，所以丰子恺答应了唐现之校长的邀请，于1938年10月24日来到了桂林师范，从事桂林师范的艺术教育工作。不过，在桂林师范，丰子恺仅承担了国文和美术课程的教学工作，并没有直接从事音乐科目的教学工作，但丰子恺作为一个有着成熟艺术教育思想和丰富音乐教学经验的艺术家，他对桂林师范的音乐教学还是热情关注的，并提出了许多具体建议。1938年12月25日，丰子恺在桂林师范的仪式大会上发表了演讲，阐述了“艺术办学，礼乐治校”的理念，“艺术办学，礼乐治校”的理念自唐现之校长提出，丰子恺丰富了它的内涵，并成为桂林师范一直以来的办学传统。1939年3月辞别桂林师范前，丰子恺向唐现之校长提出了对音乐教学的特别建议：“音乐最好专聘一人，此艺术有关群众精神及民气，比美术更为重要，非专请一富有艺术修养之人掌教不可。抗战建国之时尤不可忽”
，他还建议桂林师范增加音乐课的授课时间，每周两小时为宜，并以浙江省立第一师范学校完备的音乐教学设施、教师全面的音乐素养、高尚的师德，从而养成学生全面音乐艺术素养，乃至造就全面发展人才的生动例子赠言唐现之校长，以养成桂林师范注重音乐之校风，实现唐校长“艺术办学、礼乐治校”的宗旨。丰子恺很重视音乐艺术在鼓动民众奋起抗战中的作用，认为桂林师范“艺术兴学、礼乐治校”的办学宗旨甚至比抗战建国更为高远，人的成长需要全般素养，尤其需要艺术素养的养成，虽然抗战期间人们的注意力必然转移到救国救民的时代主题上，但抗战必胜、日本必败的理念深植于丰子恺内心，将来建国立业，还是需要教育、需要美育，即使是在抗战期间，艺术教育也万万不可丢弃。
丰子恺在桂林暑期讲习班的授课内容以及在桂林师范从事艺术教学过程中的讲话、文稿，后来被整理成《桂林艺术讲话之一》《桂林艺术讲话之二》《桂林艺术讲话之三》《艺术必能建国》等，成为人们研究丰子恺艺术教育思想的重要材料。1939年2月，丰子恺结束了在桂林师范一个学期短暂的教学工作，但却给桂林师范留下了弥足珍贵的艺术教育思想，甚至可以说，桂林师范此后延续下来的“艺术兴学”的办学传统，跟丰子恺的艺术教育思想有着很深的联系。
1939年2月28日，有感于丰子恺在桂林师范任教期间的贡献与影响，桂林师范举行了欢送丰子恺的特别宴会，而后丰子恺正式赴广西宜山的浙江大学
任教。其实，1938年底丰子恺还在桂林师范任教期间，丰子恺老友、时任浙江大学教务长的郑晓沧
就通过马一浮
转告丰子恺，竺可桢校长诚邀丰子恺去浙大任教，而早在该年秋，郑晓沧曾在桂林拜访过丰子恺，已经表示了浙江大学意欲聘请一事，但当时丰子恺先生刚刚受聘桂林师范，也就不便答应浙江大学的邀请。二次诚恳相邀，足见浙江大学求贤若渴，所以，丰子恺在担任了短短一学期桂林师范的教职后就请辞了，于1939年4月正式赴浙大任教，承担教育系“艺术教育”，以及中文系“艺术欣赏”两门课程的教学工作，并担任浙江大学艺术指导、讲师职务，由此开始了他在高等学校的审美教育实践，为我国普通学校艺术审美教育由中小学基础教育向高等教育延伸做出了示范和引领，浙江大学也因此成为我国近代较早开展大学生艺术、音乐审美教育的高校之一。在浙江大学期间，由于正值战时，办学条件极为艰苦，虽然浙江大学颇为重视艺术教育，在颠沛流离的办学条件下依然聘请丰子恺担任艺术教学工作，但丰子恺承担的“艺术教育”“艺术欣赏”两门课程基本上只能凭借课堂理论讲授为教学手段，以传授艺术理论、审美知识为目标。但得益于丰子恺渊博的学识、丰富的艺术涵养，所授课程依然受到了广大学子们的青睐。“艺术教育”的课堂“共约百余人，后排无座位，均站立，如看戏然。吾犹演独脚戏，颇感周章”。
“艺术欣赏”课“教室仅容二三十人，而听者有百余人，皆溢出门外，嗷嗷待坐。急赴注册课，托为设法，因暂用饭厅为讲堂……因念如此讲艺术欣赏，恐为古今所未。”
丰子恺在浙江大学讲授的“艺术教育”“艺术欣赏”两门课程编有油印本的两册讲稿，之前在1992年出版的《丰子恺文集》中并未见到这些材料，丰子恺女儿丰一吟则收藏有上述资料。在《丰子恺全集》筹划出版的过程中，编著人员收集到了上述讲稿，并且于2015年由海豚出版社以《艺术教育》的书名单独出版，这些以前未曾公开发表的内容也得以面世。《艺术教育》（油印本一）共16讲，在油印的讲义原稿上标有“廿八年四月在宜山用”的字样，但新近收集到的原稿材料中缺失了第三讲和第四讲，书稿中有关音乐的内容有“尼采与托翁之音乐观”“乐以教和”等。《艺术欣赏》共10讲，讲稿的内容大多涉及绘画方面，其中有关音乐的内容仅有“关于抗战歌曲”一讲。《艺术教育》（油印本二）共有26讲，部分内容跟《艺术欣赏》《艺术教育》（油印本一）有若干相同之处，收录与音乐相关的内容有“精神的粮食”“音乐教育序说”“音乐教学法”等内容。从两门课讲稿的安排来看，该课程类似于现今高等学校的选修课性质。1939年4月至1942年11月丰子恺在浙江大学工作期间，由于日寇将战火燃及广西，为躲避战火，丰子恺曾两次随校西迁，由广西宜山至贵州都匀，再由都匀迁至遵义，他克服种种困难，为高等学校的艺术审美教育辛勤耕耘，1941年秋天，丰子恺升任浙江大学副教授。
在浙江大学任教期间，丰子恺虽身处“象牙塔”内，但他依然关注普通学校国民音乐教育的现状与发展，积极为国民音乐教育的健康发展建言献策。1939年5月，浙大师范学院送来国民政府教育部关于初、高中课程设置安排的讨论稿，嘱丰子恺先生就艺术科目设置的相关情况发表意见，丰子恺提出：
音乐亲和力最大，最善于统制群众感情，团结民族精神。抗战建国之时，犹不可忽。故宜增为始终二小时。且在事实上，较长较深之乐曲，一小时不能教完，若半途停止，过一星期再教，则学生都已忘却，重温颇为费力。一星期二次则易于教成……
在征询包括丰子恺在内的艺术教育专家意见基础上，国民政府教育部于1940年2月公布了修正后的《中学课程标准》，规定初中阶段三年音乐课每周授课2课时，高中阶段一、二年级则每周音乐授课1课时。
1942年11月，应国立艺术专科学校校长陈之佛的邀请，丰子恺赴重庆担任国立艺术专科学校教授、教务主任，而在重庆国立艺专期间，丰子恺已不再从事音乐科目的教学工作。1943年5月，丰子恺在重庆沙坪坝租地自建了竹壁小屋，自命为“沙坝小屋”，在国立艺术专科学校任教务主任一年后，丰子恺就辞去了教职，之后，丰子恺基本结束了教学生涯，专门从事绘画、音乐书籍的写作，出版了大量的音乐理论书籍，通过音乐理论著述的形式，更广泛地影响和促进学校音乐教育和社会音乐事业的发展，为音乐知识的社会普及和西方音乐理论的中国化实践做出了很大贡献。
然而，丰子恺“躲进小楼成一统，管他冬夏与春秋”的出世风格，毕竟与时代风潮格格不入。20世纪30年代中期以来，虽然他也关于文艺大众化的讨论发表了一些进步的意见和看法，并且创作了一些表现进步意义的歌曲和漫画，但游玩、写随笔、画漫画、谈音乐，过着悠闲舒适的生活，跟时代的潮流以及左翼文艺界保持了相当距离。但丰子恺毕竟是一个有良知的知识分子，他何尝不感到家国破碎的痛苦和凄凉？何尝不希望民族、国家的繁荣与进步？1945年抗战胜利后，丰子恺欣喜若狂，写下了“盛年不重来，一日难再晨，及时当勉励，岁月不待人”的诗句，勉励自己只争朝夕，要为国家与民族的艺术事业和音乐教育发展续写新的篇章。虽然在重庆生活了几年，然而丰子恺仍然想念家乡、想念江南的生活，1946年4月，丰子恺卖掉了“沙坝小屋”，结束了长达四年的山城生活，启程离开重庆回到江南。
新中国成立后，丰子恺定居上海，历任上海文史馆馆员、中国美术家协会上海分会副主席、上海中国画院院长、中国美术家协会常务理事、上海市对外文化协会副会长、上海市文联副主席、全国政协委员等职。1949年新中国成立以后，社会发生了天翻地覆的变化，作为从旧中国一路走来的一位文化名人，如何为新中国的文化艺术事业发展服务，如何为国家贡献自己的才智，是包括丰子恺在内的文艺界人士思考最多的问题。在担任众多的社会工作、行政职务的同时，丰子恺仍然热爱艺术事业，依然不忘自己的音乐审美理想和抱负，虽然不再直接从事音乐艺术的审美教育工作，但用另一种方式即通过著书立说来为社会音乐知识的普及和学校音乐教育的发展贡献智慧和力量，先后出版了《音乐知识十八讲》（上海万叶书店1950年出版）、《近世西洋十大音乐家故事》（杭州东海文艺出版社1957年11月出版）、《李叔同歌曲集》（北京音乐出版社1958年1月出版）、《日本的音乐》（音乐出版社1961年出版）等众多出版物。此外，他坚持自学俄文，翻译出版了一批苏联的音乐教育著作，有《苏联音乐青年》《音乐的基本知识》《幼儿园音乐教学法》《小学音乐教学法》《唱歌课的教育工作》《唱歌和音乐》等，他所翻译出版的俄文音乐著作的主题大都是关于学校儿童音乐教育方面的，这也是他一生矢志不渝的目标。正是因为在外国音乐理论翻译方面的卓越贡献，1958年，丰子恺被聘为《音乐译文》杂志的顾问。1966年，“文化大革命”爆发后，丰子恺在音乐理论及音乐实践方面的工作基本停止，而这恐怕也是后人较少了解丰子恺对中国近代音乐发展贡献的一个重要原因。1975年9月15日，丰子恺因病在上海逝世。