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“改革开放是前无古人的崭新事业，必须坚持正确的方法论，在不断实践探索中推进。”
习近平长期重视方法论的研究和阐述，尤其是党的十八大以来，他以马克思主义为指导，结合新时期改革形势和任务的新历史特点，在实践中摸索总结出一套行之有效的改革方法，形成了全面深化改革的方法论体系。全面深化改革方法论，就是在坚持对新时期改革重大基本问题的根本研判和认知基础上，阐明怎样将改革的设计和安排转化为现实并保证改革成效和质量的问题，它为全面深化改革奠定方法论基础，为实现中国梦保驾护航。
改革方法的唯物论向度主要体现在三个方面。首先是解放思想与实事求是的统一。习近平多次强调，解放思想、实事求是的思想路线，是改革开放取得胜利的重要思想政治保证，也是全面深化改革的根本指导思想。解放思想与实事求是是辩证统一的：一方面，不解放思想，不充分发挥主观能动性，就无法真正做到实事求是，就不敢涉“深水区”，就不可能直面问题啃“硬骨头”，就迈不开步子、打不开局面，只有坚持解放思想，才能破除束缚科学发展的各种体制机制，大胆地推进理论创新和实践创新；另一方面，解放思想不是闭门造车的主观想象、一意孤行，也不是脱离国情的异想天开、天马行空，更不是毫无章法的莽撞蛮干、非理性冒险，否则，改革之路就可能走空、走偏、走急、走乱。改革从何处着手？轻重缓急如何安排？改革的力度、速度、程度怎样确定？这些问题必须坚持实事求是，必须经过充分的调查研究、深刻认识当下的国情，并以此为基础加以谋划和部署，既急不得，也慢不得，更乱不得，唯有如此，才能做出符合实际的科学决策，才能更好实现改革的力度、发展的速度和社会可承受程度的统一，改革大业才能顺利推进。
其次是问题倒逼改革的唯物主义理念。辩证唯物主义认为，世界是物质的世界，物质世界是运动、变化、发展的，这就要求人们的思想必须跟上不断变化的实际，抓住时代的真问题，而不能“设定”问题，“与风车作战”。在浙江工作时，习近平就提到，“每个时代总有属于它自己的问题，只要科学地认识、准确地把握、正确地解决这些问题，就能够把我们的社会不断推向前进”
。进入新时代以后，改革形势已今非昔比，改革的进程、阻力等方面都发生了重大变化。习近平从上述重大变化的信号中听到了全面深化改革的新时代声音，更加强调全面深化改革的问题意识和重大问题在改革中的导向性。“改革是由问题倒逼而产生，又在不断解决问题中得以深化。”
新时代的改革也是因问题而提出改革任务，把解决问题作为改革目标。哪个领域有问题，就在哪个领域进行改革；哪个环节问题严重，就向哪个环节重拳出击。不同层次和领域存在不同的问题，改革不能平均用力。事关全局的重要、紧迫问题，需率先、着力解决，其他问题要与重大、紧迫问题的解决相配合。“问题倒逼改革”体现了辩证唯物主义理念，要求我们在全面深化改革进程中树立求实思维、问题导向，“不失时机深化重要领域改革”，只有这样，才能避免主观主义和教条主义。
最后是重在落实的实干精神。“一分部署，九分落实”，改革能否取得实效，关键在于落实。习近平在对全国党委秘书长会议做批示时指出：“如果不沉下心来抓落实，再好的目标，再好的蓝图，也只是镜中花、水中月。”
在福建和浙江工作期间，他就大力倡导求真务实的作风，在《浙江日报》发表多篇文章，深刻论述了为什么要狠抓落实及怎样狠抓落实。2011 年他在中央党校春学期开学典礼上专门作“关键在于落实”的讲话，从五个方面对“关键在于落实”做了详尽阐释。
在习近平看来，行动始终比宣言更重要，全面深化改革要发扬钉子精神，以抓铁有痕、踏石留印的劲头，坚持不懈地抓下去，务必抓出成效。习近平特别重视领导干部在抓改革落实中的“关键”作用，要求“不仅亲自抓、带头干，还要勇于挑最重的担子、啃最硬的骨头，做到重要改革亲自部署、重大方案亲自把关、关键环节亲自协调、落实情况亲自督察，扑下身子，狠抓落实”
。习近平更是身体力行，讲实干、兴实务、重落实。他担任全面深化改革领导小组组长，并强调领导小组的责任“就是要把党的十八届三中全会提出的各项改革举措落实到位”
。重在落实的实干精神，是中国共产党人的求实传统在习近平新时代全面深化改革论中的体现，是他求真务实作风的生动注脚。
辩证思维和底线思维是全面深化改革方法论辩证法向度的两个方面。辩证思维体现了全面深化改革方法论的“灵活”一面。在全面深化改革时期，不论是改革的广度、深度、力度，还是改革的上下联动、左右协调、前后相继，均要以辩证思维加以精准的拿捏，尤其是要处理好如下几对辩证关系。
第一是处理好顶层设计与摸着石头过河的关系。新时代改革要将摸着石头过河同加强顶层设计统一起来：通过摸着石头过河，为顶层设计提供基层经验和一手材料，使顶层设计更加符合客观实际，更具可行性；通过加强顶层设计，把基层实践理论化，以加强宏观指导，提前预判，防控风险，减少盲目性，少走弯路，更好、更安全地完成“过河”任务。第二是处理好整体推进与重点突破的关系。全面深化改革须坚持两点论和重点论的统一，习近平指出：“要更加注重各项改革的相互促进、良性互动，整体推进，重点突破，形成推进改革开放的强大合力。”
“整体推进”就是要力戒改革的单一化、局部化、碎片化；“重点突破”就是要找准制约发展的主要障碍，采取有力措施加以克服。“整体推进”与“重点突破”相辅相成：离开了前者，改革就只能各自为政、孤军奋战，后者也就失去了意义；没有后者，前者就失去了着力点，改革就难以取得质的跃进。第三是处理好胆子大与步子稳的关系。“胆子要大，就是改革再难也要向前推进，敢于担当，敢于啃硬骨头，敢于涉险滩。步子要稳，就是方向一定要准，行驶一定要稳，尤其是不能犯颠覆性错误。”
胆子要大本质上就是解放思想，步子要稳就是尊重客观规律，两者的关系充分体现了合目的与合规律相统一的辩证唯物主义要求。
底线思维体现了全面深化改革方法论“求稳”的一面，贯彻了“度”的方法论要求。从唯物辩证法来看，底线是由量变到质变的一个临界值、关节点，一旦量的变化突破底线，事物的性质就会发生根本性改变。在 2013 年初的一次重要会议上习近平指出，改革“要善于运用底线思维的方法，凡事从坏处准备，努力争取最好的结果，做到有备无患、遇事不慌，牢牢把握主动权”。在我们看来，“底线”思维主要有三方面内涵。
一是改革的方向底线。全面深化改革是中国特色社会主义的自我完善和发展，在方向问题上，必须保持清醒头脑，不走老路更不走邪路。习近平强调：“中国特色社会主义是社会主义而不是其他什么主义，科学社会主义基本原则不能丢，丢了就不是社会主义。”
“改革是社会主义制度自我完善和发展，怎么改、改什么，有我们的政治原则和底线。”
二是改革的边界底线，即不能触碰的制度和政策红线，比如，农村土地改革须坚持土地公有制性质不改变、耕地红线不突破、农民利益不受损三条底线，划定生态保护红线，控制经济增长和物价上涨区间，把坚决维护国家主权、安全、发展利益作为中国走和平发展道路的底线，等等。三是风险意识。全面深化改革面临的风险和挑战前所未有，这就要求我们必须增强风险意识，认真评估决策、行动的潜在危险，估算可能出现的最坏情况，建立防范体系，从而处变不惊，增强改革底气，力谋最好结果。每项重大改革，从制定工作方案到出台具体政策措施，都需要准确地找出短板、划定底线、管控风险。底线思维凸显的是改革的实践论和辩证法，设底线、守底线，我们就能做到胸中有数，就能最大限度地谋求长远利益、根本利益。
中国共产党在长期革命实践中形成了一切为了群众，一切依靠群众，从群众中来、到群众中去的群众路线，它是马克思主义群众史观在中国共产党工作路线上的具体体现和运用。在新时代，习近平将群众史观和群众路线进一步发扬光大，贯穿到全面深化改革的具体工作中，强调一心一意为了人民的利益和福祉，紧紧依靠人民的力量推进改革，将改革方法论的人本向度充分凸显出来。
一心一意为了人民的利益和福祉是全面深化改革方法论的根本取向。习近平在庆祝改革开放 40 周年大会上的讲话中指出：“改革开放 40 年的实践启示我们：为中国人民谋幸福，为中华民族谋复兴，是中国共产党人的初心和使命，也是改革开放的初心和使命。”
全面深化改革是中国共产党人为人民谋幸福、为民族谋复兴的战略路径和举措，必须把为人民谋幸福的初心和使命贯穿到全面深化改革的过程和成果之中，坚持以人民为中心，积极回应人民的期盼，以最广大人民的根本利益作为全面深化改革的根本出发点和落脚点。
全面深化改革，首先要解决好为什么人、由谁享有这个根本问题。党的十八届五中全会提出以人民为中心的思想，这是对全面深化改革方法论根本取向的郑重宣示。2013 年 12 月 3 日，中央政治局就历史唯物主义原理和方法进行集体学习，习近平在总结发言时提出“要坚持把实现好、维护好、发展好最广大人民根本利益作为推进改革的出发点和落脚点，让发展成果更多更公平惠及全体人民，唯有如此改革才能大有作为”。无论是之前的改革，还是新时代的全面深化改革，其最终动力无不来自人民群众对改善生活的向往。之前改革为的是解决温饱、达到小康。新时代，人民群众对更加美好的生活充满了期待，期盼更好的教育、更满意的工作、更可靠的社会保障、更高水平的医疗服务、更舒适的居住条件、更优美的环境、更公正的司法……就要树立新发展理念，以高质量发展为主题，仅仅抓住供给侧结构性改革这条主线，增加中高端产能，提高供给侧的灵活性、多样性，以充分满足人民群众在新时代对美好生活的需求。这种“积极回应广大人民群众对深化改革开放的强烈呼声和殷切期待”的根本指向，充分彰显了习近平新时代全面深化改革观的人本向度。
紧紧依靠人民是新时代改革方法论在主体问题上的鲜明特征。习近平指出：“我们要珍惜人民给予的权力，用好人民给予的权力，自觉让人民监督权力，紧紧依靠人民创造历史伟业。”
过去，我们党紧紧依靠人民进行革命、建设和改革，取得了一次次的伟大胜利，在全面深化改革时期，这一点必须继续坚持。
习近平曾发出号召：“全国各族人民一定要牢记使命，心往一处想，劲往一处使，用十三亿人的智慧和力量汇集起不可战胜的磅礴力量。”
在全面深化改革的艰苦征程上，人民群众同样是智慧和力量之源。执政党如果不首先弄清楚“我是谁”“为了谁”“依靠谁”的问题，如果脱离了人民这一最根本的历史主体和最值得依靠的力量，改革就会丧失立足点和道义基础，就会遇到重重阻力。相信群众、为了群众、尊重群众、依靠群众，让人民群众成为改革的主人和受益者，是我们党领导改革开放的成功经验，是全面深化改革不断取得胜利的可靠保证。习近平强调：“紧紧依靠人民创造历史伟业，使我们党的根基永远坚如磐石。”
全面深化改革涉及全方位的利益调整，其复杂性、全面性、深刻性前所未有，如果我们的改革举措在群众中不能形成共识，不能得到广大人民群众的支持，人民群众就只能是旁观者，改革就失去了动力，就有可能走偏。新时代的改革要真心对待群众、永远相信群众，让人民群众共同参与改革、紧紧依靠人民群众推动改革。