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明初定都今南京，永乐十八年（1420）北京建成，中枢机构北迁，至正统时期，正式确定了明代两京体制。政治中心虽然北迁，但在南京依旧保留了一套与京师军政中枢机构级别相当，形式上的中央行政、司法、监察班子和军事机关。由于政治中心北迁，特别是两京制度确立后，南京作为陪都，政治色彩已经大幅减退，虽然依旧保持政治中心的架构，但不过是徒具形式而已。南京这套形式上的中央班子，多安置年老、变相贬谪的失意官僚，亦有少部分“乞改南”，蛰伏南都，以期东山再起的官员。总而言之，相对京师官员，“南京部臣政权不属，职事高简，为人臣养望之地，非古之行尚书省也”
，意即南都官员多数有职无权，含光混世而已。由于南京政府多数行政职能与京师中枢行政职能发生重叠，导致冗员问题严重，行政效率低下，以致万历三年（1575），神宗谕吏部称“南京职务清简，官不必备，先朝有一人兼掌六部者。自后南京员缺，非紧要者，不必一一推补”
。万历三年（1575）是江陵柄政时期，针对南京冗员问题，张居正在无法突破祖制，大刀阔斧进行改革的背景下，试图以缺员不补的手段，使南京各机构因缺员而自生自灭。虽然此事最终不了了之，但也足见南京冗员问题的严重。尽管如此，南京亦有少数官员、少数职能部门手握大权，对维护南都稳定，促进江南社会繁荣，发挥一定的作用。